CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = noncoding : CodonNum = 29778

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
noncoding29778G29778-noncodingG-37543754129778-29778
noncoding29778G29778TnoncodingGT19651965129778-29778
noncoding29778G29778AnoncodingGA792792129778-29778
noncoding29778G29778CnoncodingGC6363129778-29778
noncoding29778G29778WnoncodingGW11129778-29778

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
noncoding29778G29778-G-37543754All0.000718
noncoding29778G29778TGT19651965All0.000376
noncoding29778G29778-G-17571757B.1.1.3110.629298
noncoding29778G29778-G-13931393B.1.1.70.001247
noncoding29778G29778AGA792792All0.000151
noncoding29778G29778TGT529529B.1.1600.016498
noncoding29778G29778TGT408408B.1.617.20.001536
noncoding29778G29778TGT297297AY.40.000462
noncoding29778G29778AGA182182B.1.1.70.000163
noncoding29778G29778TGT156156P.1.150.036245
noncoding29778G29778AGA115115AY.40.000179
noncoding29778G29778TGT108108B.1.1.70.000097
noncoding29778G29778CGC6363All0.000012
noncoding29778G29778AGA5050B.1.617.20.000188
noncoding29778G29778-G-5050B.1.617.20.000188
noncoding29778G29778TGT4949AY.1180.00307
noncoding29778G29778AGA3939AY.430.000173
noncoding29778G29778TGT3838AY.5.40.010515
noncoding29778G29778-G-3636B.1.1.3510.100559
noncoding29778G29778-G-3636B.1.1600.001123
noncoding29778G29778CGC3535B.1.1.70.000031
noncoding29778G29778AGA3030AY.440.000183
noncoding29778G29778TGT2424AY.340.002327
noncoding29778G29778-G-2020B.10.000183
noncoding29778G29778-G-2020B.1.10.000363
noncoding29778G29778-G-2020B.1.1.5190.000794
noncoding29778G29778AGA1919AY.1170.001606
noncoding29778G29778-G-1919AY.920.005458
noncoding29778G29778TGT1818AY.1030.000112
noncoding29778G29778-G-1818AY.40.000028
noncoding29778G29778-G-1818AY.440.00011
noncoding29778G29778TGT1818B.10.000165
noncoding29778G29778AGA1818B.1.1.5190.000715
noncoding29778G29778AGA1818B.1.177.740.272727
noncoding29778G29778TGT1717B.1.617.10.002192
noncoding29778G29778TGT1616AY.430.000071
noncoding29778G29778AGA1616B.1.20.000141
noncoding29778G29778AGA1616B.1.5260.000376
noncoding29778G29778TGT1515AY.660.016043
noncoding29778G29778-G-1414AY.250.000084
noncoding29778G29778TGT1414AY.480.006512
noncoding29778G29778AGA1414P.10.000221
noncoding29778G29778AGA1313AY.30.000129
noncoding29778G29778AGA1313B.1.10.000236
noncoding29778G29778-G-1313B.1.3510.000386
noncoding29778G29778AGA1313B.1.4290.000306
noncoding29778G29778-G-1313B.1.5250.001471
noncoding29778G29778AGA1212AY.1030.000075
noncoding29778G29778TGT1212AY.390.000297
noncoding29778G29778-G-1212B.1.20.000106
noncoding29778G29778-G-1212B.1.2580.000799
noncoding29778G29778TGT1111AY.1020.000292
noncoding29778G29778-G-1111P.10.000173
noncoding29778G29778TGT1010AY.260.000283
noncoding29778G29778-G-1010AY.290.000158
noncoding29778G29778TGT1010AY.50.000206
noncoding29778G29778-G-1010B.1.177.860.001835
noncoding29778G29778AGA99AY.250.000054
noncoding29778G29778TGT99AY.440.000055
noncoding29778G29778-G-99AY.610.000943
noncoding29778G29778AGA99B.10.000082
noncoding29778G29778AGA99B.1.1770.000119
noncoding29778G29778AGA99B.1.2580.000599
noncoding29778G29778-G-88AY.1030.00005
noncoding29778G29778TGT88AY.200.000311
noncoding29778G29778-G-88AY.470.000249
noncoding29778G29778TGT88AY.470.000249
noncoding29778G29778-G-88B.1.1.3170.003294
noncoding29778G29778-G-88C.37.10.020942
noncoding29778G29778-G-88P.1.160.002993
noncoding29778G29778-G-88P.1.170.001294
noncoding29778G29778AGA77AY.1000.000322
noncoding29778G29778AGA77AY.1020.000186
noncoding29778G29778TGT77AY.1060.002344
noncoding29778G29778AGA77AY.200.000272
noncoding29778G29778TGT77AY.330.000467
noncoding29778G29778-G-77AY.390.000173
noncoding29778G29778TGT77B.1.10.000127
noncoding29778G29778AGA77B.1.1490.023973
noncoding29778G29778-G-77B.1.2210.000497
noncoding29778G29778TGT77P.10.00011
noncoding29778G29778-G-66AY.1190.000212
noncoding29778G29778TGT66AY.250.000036
noncoding29778G29778TGT66AY.290.000095
noncoding29778G29778-G-66AY.30.00006
noncoding29778G29778AGA66AY.46.60.000433
noncoding29778G29778TGT66B.1.1.5190.000238
noncoding29778G29778AGA66B.1.1.700.002046
noncoding29778G29778AGA66B.1.4000.002574
noncoding29778G29778AGA55AY.1200.000186
noncoding29778G29778AGA55AY.1210.000677
noncoding29778G29778TGT55AY.30.00005
noncoding29778G29778CGC55AY.430.000022
noncoding29778G29778-G-55AY.430.000022
noncoding29778G29778TGT55AY.450.000608
noncoding29778G29778TGT55AY.610.000524
noncoding29778G29778TGT55AY.910.003652
noncoding29778G29778-G-55AY.99.20.000461
noncoding29778G29778TGT55B.1.1.2140.000277
noncoding29778G29778TGT55B.1.1.3060.002192
noncoding29778G29778-G-55B.1.1770.000066
noncoding29778G29778AGA55B.1.5610.001985
noncoding29778G29778-G-55B.1.6190.004355
noncoding29778G29778-G-55C.10.011962
noncoding29778G29778-G-55Q.10.000632
noncoding29778G29778-G-44AY.1000.000184
noncoding29778G29778TGT44AY.46.60.000289
noncoding29778G29778AGA44AY.610.000419
noncoding29778G29778TGT44AY.690.000747
noncoding29778G29778AGA44B.1.1600.000125
noncoding29778G29778TGT44B.1.1770.000053
noncoding29778G29778AGA44B.1.177.40.000844
noncoding29778G29778TGT44B.1.177.600.000874
noncoding29778G29778AGA44B.1.2340.000528
noncoding29778G29778-G-44B.1.2430.000278
noncoding29778G29778TGT44B.1.3510.000119
noncoding29778G29778AGA44B.1.3510.000119
noncoding29778G29778-G-44B.1.4290.000094
noncoding29778G29778TGT44B.1.5260.000094
noncoding29778G29778AGA44B.1.5960.000349
noncoding29778G29778CGC44B.1.617.20.000015
noncoding29778G29778AGA44P.20.000747
noncoding29778G29778-G-33AY.1090.002219
noncoding29778G29778AGA33AY.1140.000693
noncoding29778G29778-G-33AY.1180.000188
noncoding29778G29778-G-33AY.230.000209
noncoding29778G29778AGA33AY.340.000291
noncoding29778G29778AGA33AY.39.10.000119
noncoding29778G29778AGA33AY.4.20.000065
noncoding29778G29778AGA33AY.470.000093
noncoding29778G29778-G-33AY.50.000062
noncoding29778G29778-G-33AY.540.000286
noncoding29778G29778-G-33AY.700.000626
noncoding29778G29778TGT33AY.750.000168
noncoding29778G29778-G-33AY.9.20.00011
noncoding29778G29778-G-33B.1.1.2360.02069
noncoding29778G29778TGT33B.1.1.2840.000322
noncoding29778G29778AGA33B.1.1.3510.00838
noncoding29778G29778-G-33B.1.1.460.0131
noncoding29778G29778TGT33B.1.2430.000209
noncoding29778G29778-G-33B.1.5260.000071
noncoding29778G29778-G-33B.1.5950.000783
noncoding29778G29778-G-33B.1.6210.000266
noncoding29778G29778AGA33C.370.000348
noncoding29778G29778AGA33P.1.170.000485
noncoding29778G29778AGA33P.30.004785
noncoding29778G29778TGT33R.10.00027
noncoding29778G29778-G-22A0.000774
noncoding29778G29778TGT22AY.1000.000092
noncoding29778G29778-G-22AY.1020.000053
noncoding29778G29778AGA22AY.1060.00067
noncoding29778G29778-G-22AY.1170.000169
noncoding29778G29778TGT22AY.1200.000074
noncoding29778G29778AGA22AY.140.000176
noncoding29778G29778-G-22AY.200.000078
noncoding29778G29778TGT22AY.230.000139
noncoding29778G29778AGA22AY.230.000139
noncoding29778G29778AGA22AY.260.000057
noncoding29778G29778CGC22AY.390.000049
noncoding29778G29778-G-22AY.4.2.10.000298
noncoding29778G29778-G-22AY.450.000243
noncoding29778G29778TGT22AY.460.000208
noncoding29778G29778-G-22AY.46.20.001271
noncoding29778G29778-G-22AY.46.40.000329
noncoding29778G29778-G-22AY.5.30.000675
noncoding29778G29778AGA22AY.540.000191
noncoding29778G29778AGA22AY.60.000082
noncoding29778G29778AGA22AY.7.20.001119
noncoding29778G29778TGT22AY.710.00095
noncoding29778G29778-G-22AY.75.10.000361
noncoding29778G29778-G-22AY.840.000875
noncoding29778G29778AGA22AY.90.000135
noncoding29778G29778AGA22AY.9.20.000073
noncoding29778G29778AGA22AY.940.000885
noncoding29778G29778-G-22AY.950.001522
noncoding29778G29778-G-22AY.98.10.000097
noncoding29778G29778AGA22AY.98.10.000097
noncoding29778G29778-G-22B0.000256
noncoding29778G29778-G-22B.1.1.1660.066667
noncoding29778G29778-G-22B.1.1.1890.003026
noncoding29778G29778-G-22B.1.1.2140.000111
noncoding29778G29778TGT22B.1.1.2190.01
noncoding29778G29778-G-22B.1.1.2220.000408
noncoding29778G29778CGC22B.1.1.2690.002706
noncoding29778G29778AGA22B.1.1.280.000622
noncoding29778G29778TGT22B.1.1.3010.002358
noncoding29778G29778AGA22B.1.1.3060.000877
noncoding29778G29778AGA22B.1.1.3180.000604
noncoding29778G29778-G-22B.1.1.3480.001592
noncoding29778G29778-G-22B.1.1.5230.003125
noncoding29778G29778CGC22B.1.1600.000062
noncoding29778G29778-G-22B.1.177.330.003289
noncoding29778G29778TGT22B.1.20.000018
noncoding29778G29778-G-22B.1.2100.004264
noncoding29778G29778TGT22B.1.2210.000142
noncoding29778G29778TGT22B.1.2580.000133
noncoding29778G29778AGA22B.1.258.140.001961
noncoding29778G29778TGT22B.1.3110.000549
noncoding29778G29778AGA22B.1.6200.001892
noncoding29778G29778TGT22B.1.6210.000177
noncoding29778G29778-G-22B.390.004662
noncoding29778G29778AGA22C.360.001821
noncoding29778G29778TGT22C.370.000232
noncoding29778G29778TGT22N.90.011905
noncoding29778G29778-G-22P.1.10.000635
noncoding29778G29778AGA22P.1.10.000635
noncoding29778G29778TGT22P.1.100.000539
noncoding29778G29778-G-22P.1.150.000465
noncoding29778G29778-G-22P.1.70.000639
noncoding29778G29778CGC11A.10.000282
noncoding29778G29778WGW11All0
noncoding29778G29778AGA11AY.100.00053
noncoding29778G29778CGC11AY.1030.000006
noncoding29778G29778TGT11AY.1050.000643
noncoding29778G29778TGT11AY.1090.00074
noncoding29778G29778TGT11AY.1100.000113
noncoding29778G29778AGA11AY.1100.000113
noncoding29778G29778-G-11AY.1130.000142
noncoding29778G29778TGT11AY.1130.000142
noncoding29778G29778TGT11AY.1140.000231
noncoding29778G29778AGA11AY.1190.000035
noncoding29778G29778TGT11AY.1190.000035
noncoding29778G29778-G-11AY.120.000316
noncoding29778G29778-G-11AY.1200.000037
noncoding29778G29778-G-11AY.140.000088
noncoding29778G29778TGT11AY.160.00038
noncoding29778G29778AGA11AY.160.00038
noncoding29778G29778AGA11AY.20.000356
noncoding29778G29778CGC11AY.250.000006
noncoding29778G29778-G-11AY.260.000028
noncoding29778G29778CGC11AY.30.00001
noncoding29778G29778-G-11AY.3.10.000085
noncoding29778G29778AGA11AY.300.000396
noncoding29778G29778-G-11AY.300.000396
noncoding29778G29778-G-11AY.330.000067
noncoding29778G29778TGT11AY.34.10.00051
noncoding29778G29778AGA11AY.380.000499
noncoding29778G29778AGA11AY.390.000025
noncoding29778G29778-G-11AY.39.10.00004
noncoding29778G29778TGT11AY.4.20.000022
noncoding29778G29778TGT11AY.4.2.10.000149
noncoding29778G29778-G-11AY.400.000964
noncoding29778G29778TGT11AY.420.00004
noncoding29778G29778-G-11AY.420.00004
noncoding29778G29778AGA11AY.450.000122
noncoding29778G29778-G-11AY.460.000104
noncoding29778G29778TGT11AY.46.10.001027
noncoding29778G29778-G-11AY.46.30.000934
noncoding29778G29778TGT11AY.46.50.000198
noncoding29778G29778AGA11AY.46.50.000198
noncoding29778G29778AGA11AY.5.30.000337
noncoding29778G29778-G-11AY.590.00053
noncoding29778G29778AGA11AY.620.000436
noncoding29778G29778WGW11AY.620.000436
noncoding29778G29778AGA11AY.670.000464
noncoding29778G29778-G-11AY.70.000196
noncoding29778G29778-G-11AY.750.000056
noncoding29778G29778-G-11AY.810.001992
noncoding29778G29778TGT11AY.820.001357
noncoding29778G29778-G-11AY.850.000427
noncoding29778G29778-G-11AY.870.000833
noncoding29778G29778TGT11AY.90.000068
noncoding29778G29778-G-11AY.90.000068
noncoding29778G29778-G-11AY.9.10.000084
noncoding29778G29778TGT11AY.930.000273
noncoding29778G29778TGT11AY.950.000761
noncoding29778G29778TGT11AY.960.002075
noncoding29778G29778TGT11AY.980.000079
noncoding29778G29778-G-11AY.980.000079
noncoding29778G29778TGT11AY.99.20.000092
noncoding29778G29778TGT11B0.000128
noncoding29778G29778AGA11B.1.1.10.000327
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.100.001115
noncoding29778G29778AGA11B.1.1.1530.001095
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.1700.001247
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.1970.037037
noncoding29778G29778AGA11B.1.1.2140.000055
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.2180.007692
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.2770.000759
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.280.000311
noncoding29778G29778TGT11B.1.1.280.000311
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.3060.000438
noncoding29778G29778CGC11B.1.1.3060.000438
noncoding29778G29778CGC11B.1.1.3110.000358
noncoding29778G29778TGT11B.1.1.3260.001761
noncoding29778G29778AGA11B.1.1.330.000421
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.330.000421
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.370.000193
noncoding29778G29778TGT11B.1.1.4050.083333
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.4130.006897
noncoding29778G29778AGA11B.1.1.4340.000349
noncoding29778G29778AGA11B.1.1.5070.008696
noncoding29778G29778CGC11B.1.1.5190.00004
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.5280.004808
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.540.003021
noncoding29778G29778-G-11B.1.1.990.02381
noncoding29778G29778-G-11B.1.1100.004525
noncoding29778G29778-G-11B.1.1110.001175
noncoding29778G29778TGT11B.1.1570.002985
noncoding29778G29778-G-11B.1.160.330.004425
noncoding29778G29778-G-11B.1.177.320.00135
noncoding29778G29778-G-11B.1.177.60.000977
noncoding29778G29778CGC11B.1.177.650.000665
noncoding29778G29778-G-11B.1.177.750.001041
noncoding29778G29778AGA11B.1.177.770.000726
noncoding29778G29778-G-11B.1.177.790.002342
noncoding29778G29778TGT11B.1.177.80.000752
noncoding29778G29778AGA11B.1.2200.01087
noncoding29778G29778AGA11B.1.2210.000071
noncoding29778G29778-G-11B.1.2400.000216
noncoding29778G29778CGC11B.1.2580.000067
noncoding29778G29778-G-11B.1.258.170.000104
noncoding29778G29778AGA11B.1.258.170.000104
noncoding29778G29778-G-11B.1.2980.002114
noncoding29778G29778TGT11B.1.351.20.000303
noncoding29778G29778-G-11B.1.351.20.000303
noncoding29778G29778AGA11B.1.360.000146
noncoding29778G29778AGA11B.1.36.10.00114
noncoding29778G29778TGT11B.1.36.180.00042
noncoding29778G29778AGA11B.1.36.290.000517
noncoding29778G29778-G-11B.1.36.310.001751
noncoding29778G29778-G-11B.1.36.80.001
noncoding29778G29778AGA11B.1.3600.012658
noncoding29778G29778TGT11B.1.4090.000781
noncoding29778G29778TGT11B.1.4160.001269
noncoding29778G29778TGT11B.1.4260.001009
noncoding29778G29778TGT11B.1.4270.00005
noncoding29778G29778TGT11B.1.4480.002625
noncoding29778G29778-G-11B.1.466.10.007194
noncoding29778G29778AGA11B.1.4680.005714
noncoding29778G29778TGT11B.1.4700.001404
noncoding29778G29778AGA11B.1.4700.001404
noncoding29778G29778TGT11B.1.4710.002732
noncoding29778G29778AGA11B.1.4970.000315
noncoding29778G29778AGA11B.1.5240.001406
noncoding29778G29778TGT11B.1.5250.000113
noncoding29778G29778TGT11B.1.5610.000397
noncoding29778G29778TGT11B.1.5670.003333
noncoding29778G29778TGT11B.1.5770.000687
noncoding29778G29778AGA11B.1.617.10.000129
noncoding29778G29778-G-11B.1.617.30.002985
noncoding29778G29778-G-11B.1.6270.00202
noncoding29778G29778-G-11B.1.6300.005236
noncoding29778G29778-G-11B.1.6370.000073
noncoding29778G29778AGA11B.400.000364
noncoding29778G29778TGT11C.160.00106
noncoding29778G29778TGT11C.20.016129
noncoding29778G29778TGT11C.350.000774
noncoding29778G29778-G-11C.360.000911
noncoding29778G29778TGT11C.360.000911
noncoding29778G29778CGC11C.360.000911
noncoding29778G29778-G-11C.370.000116
noncoding29778G29778AGA11D.20.000075
noncoding29778G29778CGC11D.20.000075
noncoding29778G29778-G-11N.40.004255
noncoding29778G29778CGC11P.10.000016
noncoding29778G29778TGT11P.1.10.000318
noncoding29778G29778TGT11P.1.140.000048
noncoding29778G29778AGA11P.1.160.000374
noncoding29778G29778CGC11P.1.160.000374
noncoding29778G29778TGT11P.1.20.001156
noncoding29778G29778AGA11P.1.70.000319
noncoding29778G29778-G-11P.20.000187
noncoding29778G29778TGT11P.20.000187
noncoding29778G29778TGT11Q.10.000126
noncoding29778G29778-G-11Q.20.000613
noncoding29778G29778-G-11R.10.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.