CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = noncoding : CodonNum = 29694

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
noncoding29694A29694-noncodingA-400400129694-29694
noncoding29694A29694GnoncodingAG257257129694-29694
noncoding29694A29694TnoncodingAT9898129694-29694
noncoding29694A29694CnoncodingAC7272129694-29694
noncoding29694A29694VnoncodingAV22129694-29694
noncoding29694A29694HnoncodingAH11129694-29694

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
noncoding29694A29694-A-400400All0.000077
noncoding29694A29694GAG257257All0.000049
noncoding29694A29694TAT9898All0.000019
noncoding29694A29694CAC7272All0.000014
noncoding29694A29694TAT6363AY.30.000627
noncoding29694A29694GAG6363B.1.617.20.000237
noncoding29694A29694GAG6262B.1.1.70.000056
noncoding29694A29694-A-4444B.1.1.70.000039
noncoding29694A29694-A-4141AY.1030.000255
noncoding29694A29694-A-4040AY.250.000241
noncoding29694A29694GAG3131AY.430.000137
noncoding29694A29694-A-2020AY.440.000122
noncoding29694A29694CAC1616AY.50.00033
noncoding29694A29694-A-1515AY.40.000023
noncoding29694A29694-A-1313AY.30.000129
noncoding29694A29694-A-1313AY.470.000404
noncoding29694A29694GAG1212AY.1060.004019
noncoding29694A29694CAC1111B.1.1.3300.6875
noncoding29694A29694-A-1010AY.750.00056
noncoding29694A29694-A-1010B.1.617.20.000038
noncoding29694A29694GAG99AY.1020.000239
noncoding29694A29694GAG99AY.1030.000056
noncoding29694A29694-A-99AY.430.00004
noncoding29694A29694GAG99AZ.20.007389
noncoding29694A29694-A-99B.1.1770.000119
noncoding29694A29694-A-88B.1.6210.000708
noncoding29694A29694GAG77AY.440.000043
noncoding29694A29694-A-77B.10.000064
noncoding29694A29694-A-77B.1.1.460.030568
noncoding29694A29694-A-77B.1.2100.014925
noncoding29694A29694GAG66AY.250.000036
noncoding29694A29694-A-66B.1.20.000053
noncoding29694A29694-A-66B.1.621.10.003035
noncoding29694A29694-A-66P.10.000095
noncoding29694A29694-A-55AY.390.000124
noncoding29694A29694GAG55AY.40.000008
noncoding29694A29694CAC55B.1.10.000091
noncoding29694A29694CAC55B.1.617.20.000019
noncoding29694A29694-A-44AY.1190.000141
noncoding29694A29694-A-44AY.200.000155
noncoding29694A29694-A-44AY.480.00186
noncoding29694A29694-A-44B.1.10.000073
noncoding29694A29694-A-44B.1.1.1940.019802
noncoding29694A29694-A-44B.1.2580.000266
noncoding29694A29694GAG44B.1.3510.000119
noncoding29694A29694GAG44B.1.5650.003241
noncoding29694A29694CAC44P.1.140.000191
noncoding29694A29694-A-33AY.1090.002219
noncoding29694A29694-A-33AY.1100.000338
noncoding29694A29694-A-33AY.1180.000188
noncoding29694A29694-A-33AY.130.000483
noncoding29694A29694-A-33AY.260.000085
noncoding29694A29694-A-33AY.290.000047
noncoding29694A29694GAG33AY.30.00003
noncoding29694A29694-A-33AY.3.10.000256
noncoding29694A29694GAG33AY.34.10.00153
noncoding29694A29694-A-33AY.370.000948
noncoding29694A29694TAT33AY.40.000005
noncoding29694A29694-A-33AY.50.000062
noncoding29694A29694GAG33B.1.1.3060.001315
noncoding29694A29694-A-33B.1.1.3060.001315
noncoding29694A29694-A-33B.1.160.330.013274
noncoding29694A29694-A-33B.1.2210.000213
noncoding29694A29694-A-33B.1.3510.000089
noncoding29694A29694TAT33B.1.5260.000071
noncoding29694A29694CAC33B.550.00885
noncoding29694A29694-A-33C.370.000348
noncoding29694A29694VAV22All0
noncoding29694A29694-A-22AY.1020.000053
noncoding29694A29694-A-22AY.140.000176
noncoding29694A29694CAC22AY.230.000139
noncoding29694A29694TAT22AY.250.000012
noncoding29694A29694CAC22AY.30.00002
noncoding29694A29694VAV22AY.30.00002
noncoding29694A29694-A-22AY.450.000243
noncoding29694A29694-A-22AY.46.60.000144
noncoding29694A29694-A-22AY.770.002255
noncoding29694A29694TAT22B.10.000018
noncoding29694A29694CAC22B.10.000018
noncoding29694A29694TAT22B.1.10.000036
noncoding29694A29694TAT22B.1.1.70.000002
noncoding29694A29694CAC22B.1.1.70.000002
noncoding29694A29694TAT22B.1.1390.001466
noncoding29694A29694TAT22B.1.1600.000062
noncoding29694A29694GAG22B.1.20.000018
noncoding29694A29694TAT22B.1.20.000018
noncoding29694A29694TAT22B.1.2790.001027
noncoding29694A29694GAG22B.1.360.000292
noncoding29694A29694-A-22B.1.36.80.002
noncoding29694A29694-A-22B.1.617.30.00597
noncoding29694A29694TAT22D.20.00015
noncoding29694A29694GAG22P.10.000032
noncoding29694A29694-A-11A.10.000282
noncoding29694A29694-A-11AD.20.000219
noncoding29694A29694HAH11All0
noncoding29694A29694GAG11AY.1000.000046
noncoding29694A29694-A-11AY.1110.000183
noncoding29694A29694TAT11AY.1130.000142
noncoding29694A29694CAC11AY.1130.000142
noncoding29694A29694GAG11AY.1170.000085
noncoding29694A29694-A-11AY.1170.000085
noncoding29694A29694GAG11AY.1180.000063
noncoding29694A29694TAT11AY.1190.000035
noncoding29694A29694GAG11AY.120.000316
noncoding29694A29694CAC11AY.200.000039
noncoding29694A29694GAG11AY.23.10.000417
noncoding29694A29694TAT11AY.3.10.000085
noncoding29694A29694-A-11AY.340.000097
noncoding29694A29694-A-11AY.350.000233
noncoding29694A29694GAG11AY.390.000025
noncoding29694A29694CAC11AY.390.000025
noncoding29694A29694CAC11AY.39.10.00004
noncoding29694A29694GAG11AY.4.2.10.000149
noncoding29694A29694-A-11AY.400.000964
noncoding29694A29694GAG11AY.420.00004
noncoding29694A29694CAC11AY.430.000004
noncoding29694A29694GAG11AY.46.60.000072
noncoding29694A29694CAC11AY.46.60.000072
noncoding29694A29694-A-11AY.5.30.000337
noncoding29694A29694GAG11AY.530.000288
noncoding29694A29694-A-11AY.540.000095
noncoding29694A29694-A-11AY.610.000105
noncoding29694A29694-A-11AY.620.000436
noncoding29694A29694GAG11AY.690.000187
noncoding29694A29694-A-11AY.730.000665
noncoding29694A29694-A-11AY.75.10.00018
noncoding29694A29694CAC11AY.840.000437
noncoding29694A29694CAC11AY.9.20.000037
noncoding29694A29694-A-11AY.910.00073
noncoding29694A29694CAC11AY.990.001049
noncoding29694A29694-A-11AZ.20.000821
noncoding29694A29694GAG11B.10.000009
noncoding29694A29694TAT11B.1.1.1890.001513
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.1970.037037
noncoding29694A29694GAG11B.1.1.2160.00089
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.2180.007692
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.2220.000204
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.2690.001353
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.2770.000759
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.3050.003861
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.330.000421
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.3480.000796
noncoding29694A29694CAC11B.1.1.3720.000689
noncoding29694A29694GAG11B.1.1.3980.003226
noncoding29694A29694-A-11B.1.1.4090.002833
noncoding29694A29694CAC11B.1.1.4160.000905
noncoding29694A29694GAG11B.1.1570.002985
noncoding29694A29694GAG11B.1.1600.000031
noncoding29694A29694-A-11B.1.1600.000031
noncoding29694A29694TAT11B.1.160.260.002421
noncoding29694A29694TAT11B.1.1770.000013
noncoding29694A29694CAC11B.1.177.210.000076
noncoding29694A29694-A-11B.1.177.230.003236
noncoding29694A29694GAG11B.1.177.630.002703
noncoding29694A29694CAC11B.1.177.820.000477
noncoding29694A29694TAT11B.1.214.30.007143
noncoding29694A29694-A-11B.1.2400.000216
noncoding29694A29694-A-11B.1.258.160.001637
noncoding29694A29694-A-11B.1.2980.002114
noncoding29694A29694CAC11B.1.360.000146
noncoding29694A29694GAG11B.1.36.290.000517
noncoding29694A29694GAG11B.1.36.360.000602
noncoding29694A29694GAG11B.1.4160.001269
noncoding29694A29694-A-11B.1.4290.000024
noncoding29694A29694-A-11B.1.438.10.000107
noncoding29694A29694-A-11B.1.4430.004673
noncoding29694A29694TAT11B.1.4970.000315
noncoding29694A29694CAC11B.1.4970.000315
noncoding29694A29694-A-11B.1.5170.000427
noncoding29694A29694TAT11B.1.5230.002451
noncoding29694A29694-A-11B.1.5260.000024
noncoding29694A29694TAT11B.1.5330.009615
noncoding29694A29694-A-11B.1.5750.000303
noncoding29694A29694-A-11B.1.5820.000491
noncoding29694A29694HAH11B.1.617.20.000004
noncoding29694A29694TAT11B.1.617.20.000004
noncoding29694A29694-A-11B.1.6300.005236
noncoding29694A29694-A-11B.1.6370.000073
noncoding29694A29694-A-11B.580.010204
noncoding29694A29694-A-11B.60.00091
noncoding29694A29694CAC11C.160.00106
noncoding29694A29694CAC11C.360.000911
noncoding29694A29694CAC11D.20.000075
noncoding29694A29694-A-11D.20.000075
noncoding29694A29694-A-11P.1.100.000269
noncoding29694A29694-A-11P.1.150.000232
noncoding29694A29694-A-11P.1.170.000162
noncoding29694A29694CAC11P.20.000187
noncoding29694A29694CAC11Q.30.000145
noncoding29694A29694GAG11Q.80.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.