CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = V772I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	772	V772I		nonsyn	Gtt	Att	11124	11123	0.99991	23876-23878
S	772	V772I		nonsyn	GtT	AtA	11124	1	0.0000898957	23876-23878

Details of the mutation V772I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	772	V772I	Gtt	Att	11123	11124	All	0.002127
S	772	V772I	GtT	AtA	1	11124	All	0
S	772	V772I	Gtt	Att	9547	9547	B.1.258.17	0.992618
S	772	V772I	Gtt	Att	290	290	B.1.258.4	1
S	772	V772I	Gtt	Att	143	143	B.1	0.00131
S	772	V772I	Gtt	Att	136	136	B.1.258	0.00905
S	772	V772I	Gtt	Att	116	116	B.1.1.7	0.000104
S	772	V772I	Gtt	Att	114	114	B.1.258.5	1
S	772	V772I	Gtt	Att	108	108	AY.5	0.00223
S	772	V772I	Gtt	Att	90	90	B.1.617.2	0.000339
S	772	V772I	Gtt	Att	65	65	AY.4	0.000101
S	772	V772I	Gtt	Att	49	49	AY.116.1	0.01526
S	772	V772I	Gtt	Att	43	43	AY.42	0.00173
S	772	V772I	Gtt	Att	42	42	B.1.258.23	1
S	772	V772I	Gtt	Att	30	30	AY.116	0.008603
S	772	V772I	Gtt	Att	28	28	B.1.609	0.013423
S	772	V772I	Gtt	Att	27	27	B.1.1	0.00049
S	772	V772I	Gtt	Att	20	20	B.1.399	0.038685
S	772	V772I	Gtt	Att	19	19	B.1.258.24	0.204301
S	772	V772I	Gtt	Att	17	17	AY.43	0.000075
S	772	V772I	Gtt	Att	16	16	B.1.36	0.002334
S	772	V772I	Gtt	Att	15	15	B.1.2	0.000132
S	772	V772I	Gtt	Att	15	15	B.1.367	0.011886
S	772	V772I	Gtt	Att	13	13	AY.102	0.000345
S	772	V772I	Gtt	Att	12	12	B.1.177	0.000158
S	772	V772I	Gtt	Att	10	10	B.1.221	0.00071
S	772	V772I	Gtt	Att	10	10	B.1.36.31	0.017513
S	772	V772I	Gtt	Att	9	9	P.6	0.028302
S	772	V772I	Gtt	Att	7	7	AY.20	0.000272
S	772	V772I	Gtt	Att	7	7	B.4.1	0.132075
S	772	V772I	Gtt	Att	6	6	AY.44	0.000037
S	772	V772I	Gtt	Att	6	6	AY.9.2	0.00022
S	772	V772I	Gtt	Att	5	5	B.1.596	0.000436
S	772	V772I	Gtt	Att	4	4	AY.119	0.000141
S	772	V772I	Gtt	Att	4	4	AY.3	0.00004
S	772	V772I	Gtt	Att	4	4	AY.75	0.000224
S	772	V772I	Gtt	Att	4	4	AY.90	0.002738
S	772	V772I	Gtt	Att	4	4	AY.99.2	0.000369
S	772	V772I	Gtt	Att	4	4	P.3	0.00638
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	AY.39	0.000074
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	AY.45	0.000365
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	B	0.000383
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	B.1.177.73	0.001699
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	B.1.375	0.002459
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	B.1.429	0.000071
S	772	V772I	Gtt	Att	3	3	Q.1	0.000379
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	AY.100	0.000092
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	AY.25	0.000012
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	AY.33	0.000134
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.160	0.000062
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.177.86	0.000367
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.243	0.000139
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.351	0.000059
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.480	0.004975
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.526	0.000047
S	772	V772I	Gtt	Att	2	2	B.1.617.1	0.000258
S	772	V772I	GtT	AtA	1	2	P.1.12	0.000484
S	772	V772I	Gtt	Att	1	2	P.1.12	0.000484
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	A	0.000387
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	A.2.5	0.000499
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.103	0.000006
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.111	0.000183
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.121	0.000135
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.23	0.00007
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.29	0.000016
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.29.1	0.000221
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.46.6	0.000072
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.47	0.000031
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.5.4	0.000277
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.52	0.000814
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	AY.70	0.000209
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.192	0.002309
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.317	0.000412
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.409	0.002833
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.139	0.000733
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.157	0.002985
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.160.33	0.004425
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.222	0.001692
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.232	0.000537
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.237	0.004975
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.301	0.005917
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.351.3	0.000876
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.362	0.001541
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.438.1	0.000107
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.524	0.001406
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.525	0.000113
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.599	0.00365
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.623	0.000536
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.627	0.00202
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.1.637	0.000073
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.33	0.021277
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	B.4	0.002208
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	P.1	0.000016
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	P.1.15	0.000232
S	772	V772I	Gtt	Att	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.