CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = V3G

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S3V3GnonsyngTtgGt18841884121569-21571

Details of the mutation V3G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S3V3GgTtgGt18841884All0.00036
S3V3GgTtgGt459459B.1.1.2410.950311
S3V3GgTtgGt249249B.1.1.70.000223
S3V3GgTtgGt248248AH.30.942966
S3V3GgTtgGt158158B.1.617.10.020377
S3V3GgTtgGt8181AY.40.000126
S3V3GgTtgGt7979AH.20.951807
S3V3GgTtgGt7070B.1.1.5190.00278
S3V3GgTtgGt6262AY.430.000275
S3V3GgTtgGt5555B.10.000504
S3V3GgTtgGt4040B.1.20.000352
S3V3GgTtgGt3131B.1.617.20.000117
S3V3GgTtgGt2727AY.1030.000168
S3V3GgTtgGt2626B.1.5260.000611
S3V3GgTtgGt2222B.1.1770.00029
S3V3GgTtgGt2121B.1.10.000381
S3V3GgTtgGt2020AY.250.00012
S3V3GgTtgGt2020AY.290.000315
S3V3GgTtgGt1111AY.440.000067
S3V3GgTtgGt1010AY.30.000099
S3V3GgTtgGt1010AY.590.005297
S3V3GgTtgGt99B.1.1.2390.290323
S3V3GgTtgGt99B.1.3510.000268
S3V3GgTtgGt88B.1.5960.000697
S3V3GgTtgGt77AH.11
S3V3GgTtgGt77AY.270.000453
S3V3GgTtgGt66B.1.1600.000187
S3V3GgTtgGt66B.1.2580.000399
S3V3GgTtgGt66P.10.000095
S3V3GgTtgGt66Q.80.000989
S3V3GgTtgGt55AY.480.002326
S3V3GgTtgGt55B.1.1.2740.025253
S3V3GgTtgGt44AY.540.000381
S3V3GgTtgGt44B.1.4290.000094
S3V3GgTtgGt33AY.450.000365
S3V3GgTtgGt33AY.720.004082
S3V3GgTtgGt33B.1.1.2220.000612
S3V3GgTtgGt33B.1.177.210.000229
S3V3GgTtgGt33B.1.177.730.001699
S3V3GgTtgGt33B.1.36.380.004926
S3V3GgTtgGt33B.1.6090.001438
S3V3GgTtgGt22A.10.000564
S3V3GgTtgGt22AY.1000.000092
S3V3GgTtgGt22AY.1100.000225
S3V3GgTtgGt22AY.1190.000071
S3V3GgTtgGt22AY.260.000057
S3V3GgTtgGt22AY.39.10.000079
S3V3GgTtgGt22AY.50.000041
S3V3GgTtgGt22AY.5.30.000675
S3V3GgTtgGt22AY.5.40.000553
S3V3GgTtgGt22B.1.1.2940.002532
S3V3GgTtgGt22B.1.1.4060.012987
S3V3GgTtgGt22B.1.4270.000101
S3V3GgTtgGt22B.1.4590.008163
S3V3GgTtgGt22D.20.00015
S3V3GgTtgGt22N.50.003534
S3V3GgTtgGt11AY.1020.000027
S3V3GgTtgGt11AY.1130.000142
S3V3GgTtgGt11AY.1160.000287
S3V3GgTtgGt11AY.1170.000085
S3V3GgTtgGt11AY.1180.000063
S3V3GgTtgGt11AY.1200.000037
S3V3GgTtgGt11AY.160.00038
S3V3GgTtgGt11AY.16.10.00047
S3V3GgTtgGt11AY.370.000316
S3V3GgTtgGt11AY.4.20.000022
S3V3GgTtgGt11AY.470.000031
S3V3GgTtgGt11AY.600.000938
S3V3GgTtgGt11AY.610.000105
S3V3GgTtgGt11AY.750.000056
S3V3GgTtgGt11AY.9.20.000037
S3V3GgTtgGt11AY.98.10.000048
S3V3GgTtgGt11AY.99.20.000092
S3V3GgTtgGt11B.1.1.2140.000055
S3V3GgTtgGt11B.1.1.2430.004082
S3V3GgTtgGt11B.1.1.2530.002506
S3V3GgTtgGt11B.1.1.2730.006757
S3V3GgTtgGt11B.1.1.280.000311
S3V3GgTtgGt11B.1.1.3110.000358
S3V3GgTtgGt11B.1.1.4010.066667
S3V3GgTtgGt11B.1.1310.008772
S3V3GgTtgGt11B.1.177.540.000606
S3V3GgTtgGt11B.1.177.600.000218
S3V3GgTtgGt11B.1.177.770.000726
S3V3GgTtgGt11B.1.177.870.000728
S3V3GgTtgGt11B.1.2210.000071
S3V3GgTtgGt11B.1.2400.000216
S3V3GgTtgGt11B.1.2430.00007
S3V3GgTtgGt11B.1.351.30.000876
S3V3GgTtgGt11B.1.36.310.001751
S3V3GgTtgGt11B.1.36.80.001
S3V3GgTtgGt11B.1.416.10.001563
S3V3GgTtgGt11B.1.4280.00102
S3V3GgTtgGt11B.1.4680.005714
S3V3GgTtgGt11B.1.4700.001404
S3V3GgTtgGt11B.1.5150.014493
S3V3GgTtgGt11B.1.5170.000427
S3V3GgTtgGt11B.1.5280.047619
S3V3GgTtgGt11B.1.5750.000303
S3V3GgTtgGt11B.1.6230.000536
S3V3GgTtgGt11B.1.6370.000073
S3V3GgTtgGt11B.60.00091
S3V3GgTtgGt11C.1.20.004255
S3V3GgTtgGt11C.370.000116
S3V3GgTtgGt11N.40.004255
S3V3GgTtgGt11P.1.130.000898
S3V3GgTtgGt11P.1.160.000374
S3V3GgTtgGt11P.20.000187

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.