CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = T719I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	719	T719I		nonsyn	aCt	aTt	11969	11969	1	23717-23719

Details of the mutation T719I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	719	T719I	aCt	aTt	11969	11969	All	0.002289
S	719	T719I	aCt	aTt	10272	10272	AY.42	0.413244
S	719	T719I	aCt	aTt	463	463	B.1.1.7	0.000414
S	719	T719I	aCt	aTt	197	197	B.1.448	0.51706
S	719	T719I	aCt	aTt	150	150	AY.103	0.000931
S	719	T719I	aCt	aTt	87	87	AY.4	0.000135
S	719	T719I	aCt	aTt	67	67	B.1.617.2	0.000252
S	719	T719I	aCt	aTt	51	51	B.1.1	0.000925
S	719	T719I	aCt	aTt	49	49	B.1.177	0.000645
S	719	T719I	aCt	aTt	47	47	AY.43	0.000208
S	719	T719I	aCt	aTt	46	46	B.1.2	0.000405
S	719	T719I	aCt	aTt	43	43	AY.44	0.000262
S	719	T719I	aCt	aTt	27	27	B.1.351	0.000803
S	719	T719I	aCt	aTt	26	26	AY.25	0.000156
S	719	T719I	aCt	aTt	25	25	B.1	0.000229
S	719	T719I	aCt	aTt	22	22	AY.26	0.000623
S	719	T719I	aCt	aTt	22	22	AY.29	0.000347
S	719	T719I	aCt	aTt	17	17	AY.98.1	0.000823
S	719	T719I	aCt	aTt	15	15	AY.100	0.00069
S	719	T719I	aCt	aTt	15	15	AY.3	0.000149
S	719	T719I	aCt	aTt	14	14	AY.102	0.000371
S	719	T719I	aCt	aTt	11	11	AY.41	0.003233
S	719	T719I	aCt	aTt	10	10	AY.39	0.000247
S	719	T719I	aCt	aTt	10	10	B.1.243	0.000696
S	719	T719I	aCt	aTt	10	10	B.1.596	0.000871
S	719	T719I	aCt	aTt	10	10	P.2	0.001866
S	719	T719I	aCt	aTt	7	7	AY.110	0.000789
S	719	T719I	aCt	aTt	7	7	AY.20	0.000272
S	719	T719I	aCt	aTt	7	7	B.1.422	0.005686
S	719	T719I	aCt	aTt	7	7	D.2	0.000525
S	719	T719I	aCt	aTt	7	7	P.1	0.00011
S	719	T719I	aCt	aTt	6	6	AY.9.1	0.000502
S	719	T719I	aCt	aTt	6	6	B.1.240	0.001293
S	719	T719I	aCt	aTt	5	5	AY.34	0.000485
S	719	T719I	aCt	aTt	5	5	AY.45	0.000608
S	719	T719I	aCt	aTt	5	5	AY.9	0.000338
S	719	T719I	aCt	aTt	5	5	B.1.258	0.000333
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	AY.4.2	0.000087
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	AY.46.4	0.000658
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	AY.5.3	0.00135
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	AY.54	0.000381
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.519	0.000159
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	B.1.369	0.001141
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	B.1.429	0.000094
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	C.23	0.023256
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	C.37	0.000464
S	719	T719I	aCt	aTt	4	4	P.1.14	0.000191
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	AY.119	0.000106
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	AY.47	0.000093
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	AY.5	0.000062
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	AY.61	0.000314
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	AY.98	0.000237
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.160	0.000094
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.10	0.002634
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.36	0.000438
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.375	0.002459
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.526	0.000071
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.577	0.002062
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	B.1.637	0.000219
S	719	T719I	aCt	aTt	3	3	Q.1	0.000379
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	A.2.5	0.000998
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.116	0.000574
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.121	0.000271
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.23	0.000139
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.3.1	0.000171
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.33	0.000134
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.39.1	0.000079
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.4.2.1	0.000298
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.73	0.001331
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.74	0.000231
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.75	0.000112
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.91	0.001461
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	AY.99.2	0.000184
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B	0.000256
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.409	0.005666
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.24	0.002591
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.43	0.002954
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.221	0.000142
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.19	0.018519
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.8	0.002
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.427	0.000101
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.525	0.000226
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	B.1.618	0.008065
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	C.36	0.001821
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	P.1.12	0.000968
S	719	T719I	aCt	aTt	2	2	R.1	0.00018
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AE.5	0.018519
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.106	0.000335
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.113	0.000142
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.118	0.000063
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.120.2	0.001285
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.16	0.00038
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.23.1	0.000417
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.32	0.000532
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.34.1	0.00051
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.35	0.000233
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.37	0.000316
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.40	0.000964
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.46	0.000104
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.46.6	0.000072
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.51	0.000909
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.53	0.000288
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.59	0.00053
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.6	0.000041
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.7.2	0.000559
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.75.1	0.00018
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.79	0.001211
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.9.2	0.000037
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	AY.99	0.001049
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.153	0.001095
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.176	0.000439
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.241	0.00207
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.265	0.003155
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.348	0.000796
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.355	0.015385
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.464	0.001473
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.63	0.000386
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.110	0.004525
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.147	0.000756
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.151	0.011111
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.167	0.007812
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.41	0.0025
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.75	0.001041
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.81	0.000189
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.206	0.000816
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.279	0.000514
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.38	0.001642
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.400	0.000429
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.416.1	0.001563
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.426	0.001009
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.470	0.001404
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.509	0.000866
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.561	0.000397
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.609	0.000479
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.621	0.000089
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.627	0.00202
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.628	0.000352
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.630	0.005236
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.1.93	0.000934
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	B.61	0.005747
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	C.35	0.000774
S	719	T719I	aCt	aTt	1	1	P.1.17	0.000162

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.