CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = T307I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	307	T307I		nonsyn	aCt	aTt	3729	3729	1	22481-22483

Details of the mutation T307I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	307	T307I	aCt	aTt	3729	3729	All	0.000713
S	307	T307I	aCt	aTt	1578	1578	B.1.1.7	0.001413
S	307	T307I	aCt	aTt	466	466	AY.4	0.000725
S	307	T307I	aCt	aTt	266	266	B.1.2	0.002342
S	307	T307I	aCt	aTt	102	102	AY.44	0.000621
S	307	T307I	aCt	aTt	88	88	B.1.402	0.862745
S	307	T307I	aCt	aTt	87	87	AY.43	0.000385
S	307	T307I	aCt	aTt	87	87	B.1	0.000797
S	307	T307I	aCt	aTt	78	78	C.11	0.829787
S	307	T307I	aCt	aTt	69	69	B.1.617.2	0.00026
S	307	T307I	aCt	aTt	63	63	B.1.258.17	0.00655
S	307	T307I	aCt	aTt	62	62	AY.103	0.000385
S	307	T307I	aCt	aTt	40	40	AY.25	0.000241
S	307	T307I	aCt	aTt	34	34	AY.3	0.000338
S	307	T307I	aCt	aTt	33	33	AY.5	0.000681
S	307	T307I	aCt	aTt	30	30	B.1.1	0.000544
S	307	T307I	aCt	aTt	27	27	AY.26	0.000764
S	307	T307I	aCt	aTt	25	25	AY.98.1	0.001211
S	307	T307I	aCt	aTt	25	25	B.1.177	0.000329
S	307	T307I	aCt	aTt	23	23	AY.118	0.001441
S	307	T307I	aCt	aTt	22	22	AY.29	0.000347
S	307	T307I	aCt	aTt	21	21	AY.47	0.000653
S	307	T307I	aCt	aTt	18	18	B.1.631	0.060606
S	307	T307I	aCt	aTt	15	15	AY.20	0.000583
S	307	T307I	aCt	aTt	15	15	B.1.429	0.000353
S	307	T307I	aCt	aTt	14	14	B.1.1.222	0.002856
S	307	T307I	aCt	aTt	13	13	AY.102	0.000345
S	307	T307I	aCt	aTt	12	12	AY.39	0.000297
S	307	T307I	aCt	aTt	11	11	AY.101	0.005395
S	307	T307I	aCt	aTt	11	11	AY.119	0.000388
S	307	T307I	aCt	aTt	11	11	B	0.001406
S	307	T307I	aCt	aTt	11	11	B.1.243	0.000765
S	307	T307I	aCt	aTt	11	11	P.1	0.000173
S	307	T307I	aCt	aTt	10	10	B.1.617.1	0.00129
S	307	T307I	aCt	aTt	9	9	AY.110	0.001014
S	307	T307I	aCt	aTt	9	9	B.1.177.86	0.001651
S	307	T307I	aCt	aTt	8	8	AY.100	0.000368
S	307	T307I	aCt	aTt	8	8	AY.3.1	0.000682
S	307	T307I	aCt	aTt	8	8	AY.4.2	0.000174
S	307	T307I	aCt	aTt	8	8	B.1.221	0.000568
S	307	T307I	aCt	aTt	7	7	AY.42	0.000282
S	307	T307I	aCt	aTt	7	7	AY.98	0.000553
S	307	T307I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.369	0.003124
S	307	T307I	aCt	aTt	7	7	P.1.10	0.001886
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	AY.46	0.000624
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	AY.68	0.001642
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.284	0.000644
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.519	0.000238
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	B.1.160	0.000187
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.10	0.005268
S	307	T307I	aCt	aTt	6	6	D.2	0.00045
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	AY.45	0.000608
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.326	0.008803
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	B.1.234	0.00066
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	B.1.351	0.000149
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	B.1.526	0.000118
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	B.1.548	0.178571
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	C.37	0.00058
S	307	T307I	aCt	aTt	5	5	P.1.1	0.001588
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	AY.113	0.00057
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	AY.23	0.000279
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	AY.33	0.000267
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	AY.38	0.001997
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	AY.9.2	0.000147
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	AY.99.2	0.000369
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.77	0.002905
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	B.1.311	0.001098
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	B.1.36	0.000584
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	B.1.595	0.001044
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	B.1.596	0.000349
S	307	T307I	aCt	aTt	4	4	P.1.7	0.001277
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	AY.6	0.000123
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	AY.9	0.000203
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.214	0.000166
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.21	0.000229
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	B.1.258	0.0002
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	B.1.570	0.008824
S	307	T307I	aCt	aTt	3	3	B.1.637	0.000219
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2		0.111111
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.121	0.000271
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.13	0.000322
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.32	0.001065
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.36	0.000296
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.4.5	0.000215
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.58	0.001815
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	AY.94	0.000885
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.181	0.009091
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.306	0.000877
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.434	0.000697
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.15	0.001262
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.60	0.000437
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.258.11	0.000793
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.279	0.001027
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.424	0.016129
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.438.1	0.000215
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.470	0.002809
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.524	0.002813
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	B.1.565	0.001621
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	C.18	0.005181
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	C.36.3	0.001134
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	P.2	0.000373
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	Q.3	0.00029
S	307	T307I	aCt	aTt	2	2	Q.8	0.00033
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	A.2.5	0.000499
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	A.2.5.3	0.010309
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.109	0.00074
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.116	0.000287
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.120	0.000037
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.16	0.00038
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.29.1	0.000221
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.34	0.000097
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.39.1	0.00004
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.46.4	0.000165
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.46.5	0.000198
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.46.6	0.000072
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.5.3	0.000337
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.54	0.000095
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.55	0.000917
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.61	0.000105
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.7.1	0.000113
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.75.1	0.00018
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.8	0.000606
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.86	0.00083
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	AY.9.1	0.000084
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.153	0.001095
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.176	0.000439
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.230	0.009174
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.28	0.000311
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.362	0.005618
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.370	0.012658
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.432	0.001266
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.67	0.004566
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.164	0.014925
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.35	0.000691
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.54	0.000606
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.8	0.000752
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.83	0.001481
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.9	0.001332
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.189	0.004292
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.239	0.001221
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.21	0.007752
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.284	0.013158
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.320	0.001245
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.324	0.001605
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.346	0.001311
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.34	0.021277
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.36	0.000602
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.38	0.001642
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.39	0.002217
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.8	0.001
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.360	0.012658
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.409	0.000781
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.413	0.004255
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.427	0.00005
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.468	0.005714
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.517	0.000427
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.523	0.002451
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.525	0.000113
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.574	0.002151
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.576	0.000907
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.595.4	0.007299
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.600	0.005848
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.621	0.000089
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	C.16	0.00106
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	C.35	0.000774
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	N.4	0.004255
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	P.1.15	0.000232
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	P.1.2	0.001156
S	307	T307I	aCt	aTt	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.