CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = T29I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	29	T29I		nonsyn	aCt	aTt	5905	5903	0.999661	21647-21649
S	29	T29I		nonsyn	aCT	aTC	5905	2	0.000338696	21647-21649

Details of the mutation T29I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	29	T29I	aCt	aTt	5903	5905	All	0.001129
S	29	T29I	aCT	aTC	2	5905	All	0
S	29	T29I	aCt	aTt	822	822	B.1.1.7	0.000736
S	29	T29I	aCt	aTt	673	673	AY.4	0.001047
S	29	T29I	aCt	aTt	614	614	AY.103	0.003812
S	29	T29I	aCt	aTt	606	606	AY.121	0.082003
S	29	T29I	aCt	aTt	598	598	B.1.1.486	0.943218
S	29	T29I	aCt	aTt	205	205	B.1.1.67	0.936073
S	29	T29I	aCt	aTt	176	176	B.1	0.001612
S	29	T29I	aCt	aTt	171	171	B.1.617.2	0.000644
S	29	T29I	aCt	aTt	131	131	B.1.632	0.879195
S	29	T29I	aCt	aTt	114	114	B.1.2	0.001004
S	29	T29I	aCt	aTt	113	113	AY.43	0.000501
S	29	T29I	aCt	aTt	109	109	AY.44	0.000663
S	29	T29I	aCt	aTt	72	72	AY.25	0.000433
S	29	T29I	aCt	aTt	52	53	B.1.1	0.000943
S	29	T29I	aCT	aTC	1	53	B.1.1	0.000018
S	29	T29I	aCt	aTt	51	51	AY.4.2	0.001106
S	29	T29I	aCt	aTt	50	50	B.1.1.519	0.001986
S	29	T29I	aCt	aTt	50	50	B.1.201	0.284091
S	29	T29I	aCt	aTt	50	50	B.1.243	0.003479
S	29	T29I	aCt	aTt	50	50	P.1	0.000788
S	29	T29I	aCt	aTt	49	49	B.1.177	0.000645
S	29	T29I	aCt	aTt	42	42	AY.3	0.000418
S	29	T29I	aCt	aTt	37	37	B.1.160	0.001154
S	29	T29I	aCt	aTt	36	36	AY.99.2	0.003318
S	29	T29I	aCt	aTt	36	36	C.35	0.027864
S	29	T29I	aCt	aTt	24	24	A	0.009288
S	29	T29I	aCt	aTt	24	24	C.37	0.002786
S	29	T29I	aCt	aTt	23	23	AY.100	0.001058
S	29	T29I	aCt	aTt	23	23	AY.120	0.000855
S	29	T29I	aCt	aTt	22	22	B.1.177.81	0.004165
S	29	T29I	aCt	aTt	22	22	B.1.596	0.001917
S	29	T29I	aCt	aTt	20	20	AY.26	0.000566
S	29	T29I	aCt	aTt	19	19	B.1.111	0.022327
S	29	T29I	aCt	aTt	18	18	B.1.1.372	0.012397
S	29	T29I	aCt	aTt	18	18	B.1.526	0.000423
S	29	T29I	aCt	aTt	17	17	AY.102	0.000451
S	29	T29I	aCt	aTt	17	17	AY.36	0.00252
S	29	T29I	aCt	aTt	17	17	B.1.1.306	0.007453
S	29	T29I	aCt	aTt	16	16	B.1.177.44	0.008303
S	29	T29I	aCt	aTt	16	16	B.1.234	0.002111
S	29	T29I	aCt	aTt	15	15	B.1.36.29	0.00776
S	29	T29I	aCt	aTt	15	15	Q.8	0.002474
S	29	T29I	aCt	aTt	14	14	AL.1	0.181818
S	29	T29I	aCt	aTt	14	14	AY.5	0.000289
S	29	T29I	aCt	aTt	14	14	B.1.1.284	0.001504
S	29	T29I	aCt	aTt	14	14	B.1.369	0.003993
S	29	T29I	aCt	aTt	13	13	AY.39	0.000321
S	29	T29I	aCt	aTt	13	13	N.4	0.055319
S	29	T29I	aCt	aTt	12	12	AY.119	0.000424
S	29	T29I	aCt	aTt	12	12	B.1.36	0.001751
S	29	T29I	aCt	aTt	12	12	P.2	0.00224
S	29	T29I	aCt	aTt	11	11	A.1	0.0031
S	29	T29I	aCt	aTt	11	11	AY.4.4	0.004501
S	29	T29I	aCt	aTt	11	11	B.1.409	0.008594
S	29	T29I	aCt	aTt	11	11	P.1.15	0.002556
S	29	T29I	aCt	aTt	10	10	AY.3.1	0.000853
S	29	T29I	aCt	aTt	10	10	AY.39.1	0.000396
S	29	T29I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.39	0.005097
S	29	T29I	aCt	aTt	10	10	B.1.400	0.00429
S	29	T29I	aCt	aTt	9	9	AY.111	0.001648
S	29	T29I	aCt	aTt	9	9	AY.27	0.000582
S	29	T29I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.303	0.024862
S	29	T29I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.63	0.003472
S	29	T29I	aCt	aTt	8	8	AY.23	0.000558
S	29	T29I	aCt	aTt	8	8	AY.47	0.000249
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	AY.29	0.00011
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	AY.35	0.001631
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	AY.62	0.00305
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.222	0.001428
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.232	0.012704
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.265	0.022082
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.50	0.004752
S	29	T29I	aCt	aTt	7	7	B.1.637	0.000512
S	29	T29I	aCt	aTt	6	6	AY.110	0.000676
S	29	T29I	aCt	aTt	6	6	AY.118	0.000376
S	29	T29I	aCt	aTt	6	6	AY.20	0.000233
S	29	T29I	aCt	aTt	6	6	AY.93	0.001638
S	29	T29I	aCt	aTt	6	6	B.1.240	0.001293
S	29	T29I	aCt	aTt	6	6	B.1.429	0.000141
S	29	T29I	aCt	aTt	5	5	AY.45	0.000608
S	29	T29I	aCt	aTt	5	5	B.1.258.17	0.00052
S	29	T29I	aCt	aTt	5	5	B.1.575	0.001517
S	29	T29I	aCt	aTt	5	5	B.1.617.1	0.000645
S	29	T29I	aCt	aTt	5	5	P.1.14	0.000239
S	29	T29I	aCt	aTt	5	5	P.1.7	0.001596
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	AY.108	0.00441
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	AY.117	0.000338
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	AY.42	0.000161
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	AY.46.4	0.000658
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	AY.9.1	0.000335
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.214	0.000222
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.216	0.003562
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	B.1.432	0.044944
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	B.1.517	0.001708
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	B.1.621	0.000354
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	C.30	0.006908
S	29	T29I	aCt	aTt	4	4	C.36	0.003643
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	A.5	0.005769
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	AD.2	0.000657
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	AY.54	0.000286
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	AY.6	0.000123
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	AY.75	0.000168
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	AY.98	0.000237
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.170	0.003741
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.25	0.001706
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.28	0.000934
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.397	0.006757
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.12	0.000455
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.35	0.002073
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.73	0.001699
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.82	0.001432
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.221	0.000213
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.258	0.0002
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.311	0.000824
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.337	0.01676
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.346	0.003932
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.351	0.000089
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.403	0.009804
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.427	0.000151
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.566	0.057692
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	B.1.623	0.001609
S	29	T29I	aCt	aTt	3	3	Q.1	0.000379
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	A.23.1	0.001408
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.113	0.000285
S	29	T29I	aCT	aTC	1	2	AY.120.1	0.000321
S	29	T29I	aCt	aTt	1	2	AY.120.1	0.000321
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.15	0.004444
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.37	0.000632
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.4.2.1	0.000298
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.46	0.000208
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.5.3	0.000675
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.61	0.00021
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.63	0.000774
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.75.1	0.000361
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.84	0.000875
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.85	0.000854
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.9.2	0.000073
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	AY.98.1	0.000097
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B	0.000256
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.10	0.00223
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.312	0.003824
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.326	0.003521
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.379	0.0625
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.416	0.00181
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.432	0.002532
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.523	0.003125
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.110.3	0.001437
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.21	0.000153
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.42	0.001789
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.75	0.002081
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.241	0.001623
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.258.14	0.001961
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.27	0.001527
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.38	0.003284
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.466.2	0.000782
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.467	0.08
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.499	0.002101
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.540	0.019417
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.547	0.04878
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.562	0.037037
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.582	0.000981
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	B.1.631	0.006734
S	29	T29I	aCt	aTt	2	2	P.1.12	0.000968
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	A.2	0.000662
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.106	0.000335
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.16	0.00038
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.16.1	0.00047
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.2	0.000356
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.30	0.000396
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.32	0.000532
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.34	0.000097
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.41	0.000294
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.46.1	0.001027
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.46.6	0.000072
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.48	0.000465
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.5.2	0.002463
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.60	0.000938
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.65	0.000533
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.67	0.000464
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.91	0.00073
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.92	0.000287
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.96	0.002075
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	AY.99.1	0.001553
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.113	0.006993
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.134	0.011364
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.158	0.012195
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.176	0.000439
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.218	0.007692
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.220	0.001859
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.227	0.004348
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.241	0.00207
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.307	0.002532
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.309	0.005848
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.316	0.000925
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.317	0.000412
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.353	0.020833
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.362	0.005618
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.398	0.003226
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.407	0.041667
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.433	0.001425
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.128	0.000635
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.139	0.000733
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.157	0.002985
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.48	0.003125
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.9	0.001332
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.206	0.000816
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.210	0.002132
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.221.3	0.000833
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.232	0.000537
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.237	0.004975
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.320	0.001245
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.349	0.000715
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.3	0.000876
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.1	0.00114
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.10	0.004785
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.16	0.001425
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.26	0.002857
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.31	0.001751
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.36	0.000602
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.367	0.000792
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.371	0.001122
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.399	0.001934
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.434	0.052632
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.448	0.002625
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.460	0.017857
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.463	0.008065
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.468	0.005714
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.497	0.000315
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.509	0.000866
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.521	0.004975
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.529	0.055556
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.561	0.000397
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.565	0.00081
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.587	0.001898
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.595	0.000261
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.609	0.000479
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.1.635	0.017544
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.40	0.000364
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	B.55	0.00295
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	C.37.1	0.002618
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	D.2	0.000075
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	N.3	0.005814
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	P.1.10	0.000269
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	P.1.16	0.000374
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	P.1.6	0.001946
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	Q.3	0.000145
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	Q.4	0.000455
S	29	T29I	aCt	aTt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.