CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 689 | S689I | nonsyn | aGt | aTt | 2281 | 2280 | 0.999562 | 23627-23629 | |
S | 689 | S689I | nonsyn | aGT | aTC | 2281 | 1 | 0.000438404 | 23627-23629 |
Details of the mutation S689I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2280 | 2281 | All | 0.000436 |
S | 689 | S689I | aGT | aTC | 1 | 2281 | All | 0 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 282 | 282 | B.1.1.28 | 0.087768 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 277 | 277 | B.1.1.7 | 0.000248 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 229 | 229 | B.1.617.2 | 0.000862 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 228 | 228 | AY.4 | 0.000355 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 130 | 130 | B.1.177 | 0.001712 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 67 | 67 | B.1.2 | 0.00059 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 62 | 62 | B.1.243 | 0.004314 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 58 | 58 | B.1.526 | 0.001363 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 51 | 51 | B.1 | 0.000467 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 47 | 47 | AY.4.2 | 0.001019 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 47 | 47 | B.1.36 | 0.006857 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 46 | 46 | B.1.177.5 | 0.057143 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 42 | 42 | AY.103 | 0.000261 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 41 | 41 | B.1.429 | 0.000965 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 40 | 41 | B.1.596 | 0.003486 |
S | 689 | S689I | aGT | aTC | 1 | 41 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 40 | 40 | AY.102 | 0.001061 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 40 | 40 | AY.3 | 0.000398 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 37 | 37 | P.1 | 0.000583 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 33 | 33 | AY.75 | 0.001849 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 31 | 31 | AY.43 | 0.000137 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 30 | 30 | B.1.160 | 0.000936 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 23 | 23 | B.1.1 | 0.000417 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 22 | 22 | AY.44 | 0.000134 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 21 | 21 | AY.25 | 0.000126 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 19 | 19 | AY.94 | 0.008411 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 19 | 19 | C.36 | 0.017304 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 18 | 18 | AY.39 | 0.000445 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 15 | 15 | B.1.1.348 | 0.011943 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 15 | 15 | B.1.1.519 | 0.000596 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 8 | 8 | AY.5 | 0.000165 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 8 | 8 | AY.9.2 | 0.000294 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 8 | 8 | B.1.1.273 | 0.054054 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 8 | 8 | B.1.351.2 | 0.002421 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 8 | 8 | C.16 | 0.008484 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 7 | 7 | B.1.351 | 0.000208 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 6 | 6 | AY.120 | 0.000223 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 6 | 6 | AY.6 | 0.000247 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 6 | 6 | B.1.1.33 | 0.002525 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 6 | 6 | B.1.1.70 | 0.002046 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 6 | 6 | B.1.597 | 0.027778 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 5 | 5 | AY.29 | 0.000079 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 5 | 5 | AY.98.1 | 0.000242 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 5 | 5 | B.1.1.333 | 0.005382 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 5 | 5 | B.1.560 | 0.023148 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 5 | 5 | C.37 | 0.00058 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 4 | 4 | AE.6 | 0.153846 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 4 | 4 | AY.39.1 | 0.000158 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 4 | 4 | AY.83 | 0.006897 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 4 | 4 | B.1.1.317 | 0.001647 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 4 | 4 | P.1.10 | 0.001078 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.101 | 0.001471 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | AY.26 | 0.000085 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.1.153 | 0.003286 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.1.44 | 0.007229 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.1.50 | 0.002037 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.1.75 | 0.031915 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.258 | 0.0002 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.36.17 | 0.001482 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | A.27 | 0.003311 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.16.1 | 0.00094 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.5.3 | 0.000675 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.58 | 0.001815 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.74 | 0.000231 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.92 | 0.000575 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.189 | 0.003026 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.1.291 | 0.001485 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.177.44 | 0.001038 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.391 | 0.002255 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.619 | 0.001742 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.1.637 | 0.000146 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | B.6 | 0.00182 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | C.1 | 0.004785 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 2 | 2 | P.6 | 0.006289 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | A.2 | 0.000662 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AH.1 | 0.142857 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.73 | 0.000665 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.170 | 0.001247 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.263 | 0.001558 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.1.416 | 0.000905 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.177.86 | 0.000183 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.214.4 | 0.009091 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.279 | 0.000514 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.341 | 0.022727 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.24 | 0.006173 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.424 | 0.008065 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.429.1 | 0.012048 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.456 | 0.003268 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.523 | 0.002451 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.566 | 0.019231 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | B.1.78 | 0.008547 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
S | 689 | S689I | aGt | aTt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|