CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = Q613H

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	613	Q613H		nonsyn	caG	caT	35399	35166	0.993418	23399-23401
S	613	Q613H		nonsyn	caG	caC	35399	233	0.00658211	23399-23401

Details of the mutation Q613H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	613	Q613H	caG	caT	35166	35399	All	0.006726
S	613	Q613H	caG	caC	233	35399	All	0.000045
S	613	Q613H	caG	caT	12033	12033	AY.27	0.778785
S	613	Q613H	caG	caT	7882	7884	AY.33	0.526344
S	613	Q613H	caG	caC	2	7884	AY.33	0.000134
S	613	Q613H	caG	caT	2155	2174	B.1.617.2	0.008114
S	613	Q613H	caG	caC	19	2174	B.1.617.2	0.000072
S	613	Q613H	caG	caT	1814	1816	AY.3	0.018043
S	613	Q613H	caG	caC	2	1816	AY.3	0.00002
S	613	Q613H	caG	caT	1412	1412	A.23.1	0.994366
S	613	Q613H	caG	caT	983	1020	B.1.1.7	0.00088
S	613	Q613H	caG	caC	37	1020	B.1.1.7	0.000033
S	613	Q613H	caG	caT	988	998	AY.43	0.004377
S	613	Q613H	caG	caC	10	998	AY.43	0.000044
S	613	Q613H	caG	caT	850	854	AY.4	0.001323
S	613	Q613H	caG	caC	4	854	AY.4	0.000006
S	613	Q613H	caG	caT	808	808	AY.5	0.016685
S	613	Q613H	caG	caT	736	760	AY.103	0.00457
S	613	Q613H	caG	caC	24	760	AY.103	0.000149
S	613	Q613H	caG	caT	323	323	B.1.517	0.137916
S	613	Q613H	caG	caT	290	290	B.1.177.7	0.047807
S	613	Q613H	caG	caT	204	204	AY.26	0.005775
S	613	Q613H	caG	caT	194	196	P.1	0.003056
S	613	Q613H	caG	caC	2	196	P.1	0.000032
S	613	Q613H	caG	caT	185	186	AY.120	0.006878
S	613	Q613H	caG	caC	1	186	AY.120	0.000037
S	613	Q613H	caG	caT	165	176	AY.44	0.001004
S	613	Q613H	caG	caC	11	176	AY.44	0.000067
S	613	Q613H	caG	caT	172	172	B.1.438.1	0.018449
S	613	Q613H	caG	caT	162	171	AY.25	0.000974
S	613	Q613H	caG	caC	9	171	AY.25	0.000054
S	613	Q613H	caG	caT	128	167	AY.102	0.003394
S	613	Q613H	caG	caC	39	167	AY.102	0.001034
S	613	Q613H	caG	caT	147	154	AY.20	0.005713
S	613	Q613H	caG	caC	7	154	AY.20	0.000272
S	613	Q613H	caG	caT	149	150	AY.61	0.015612
S	613	Q613H	caG	caC	1	150	AY.61	0.000105
S	613	Q613H	caG	caT	127	129	AY.9.2	0.004665
S	613	Q613H	caG	caC	2	129	AY.9.2	0.000073
S	613	Q613H	caG	caT	115	115	B.1.177	0.001514
S	613	Q613H	caG	caT	112	112	AY.16	0.042521
S	613	Q613H	caG	caT	108	110	B.1.2	0.000951
S	613	Q613H	caG	caC	2	110	B.1.2	0.000018
S	613	Q613H	caG	caT	105	105	B.1.177.27	0.990566
S	613	Q613H	caG	caT	99	99	AY.14	0.008713
S	613	Q613H	caG	caT	97	97	AY.9.1	0.008121
S	613	Q613H	caG	caT	94	94	A.23	0.989474
S	613	Q613H	caG	caT	92	92	AY.37	0.029077
S	613	Q613H	caG	caT	89	90	B.1	0.000815
S	613	Q613H	caG	caC	1	90	B.1	0.000009
S	613	Q613H	caG	caT	82	82	P.1.7	0.026181
S	613	Q613H	caG	caT	70	70	P.1.14	0.003346
S	613	Q613H	caG	caT	62	62	B.1.526	0.001457
S	613	Q613H	caG	caT	60	60	AY.75.1	0.010819
S	613	Q613H	caG	caT	58	59	B.1.243	0.004036
S	613	Q613H	caG	caC	1	59	B.1.243	0.00007
S	613	Q613H	caG	caT	57	57	B.1.36.29	0.029488
S	613	Q613H	caG	caT	55	55	B.1.604	0.948276
S	613	Q613H	caG	caT	53	54	AY.29	0.000836
S	613	Q613H	caG	caC	1	54	AY.29	0.000016
S	613	Q613H	caG	caT	54	54	B.1.258.17	0.005614
S	613	Q613H	caG	caT	52	52	AY.4.5	0.00559
S	613	Q613H	caG	caT	51	51	AY.6	0.002098
S	613	Q613H	caG	caT	49	49	B.1.628	0.017266
S	613	Q613H	caG	caT	48	48	AY.41	0.014109
S	613	Q613H	caG	caT	46	46	AY.75	0.002577
S	613	Q613H	caG	caT	44	44	AY.106	0.014735
S	613	Q613H	caG	caT	42	42	AY.67	0.019499
S	613	Q613H	caG	caC	42	42	B.1.1.318	0.012674
S	613	Q613H	caG	caT	40	40	AY.46	0.004163
S	613	Q613H	caG	caT	35	35	AY.45	0.004259
S	613	Q613H	caG	caT	34	34	AY.39	0.00084
S	613	Q613H	caG	caT	33	33	AY.23	0.002302
S	613	Q613H	caG	caT	33	33	B.1.575	0.010012
S	613	Q613H	caG	caT	31	31	AY.9	0.002095
S	613	Q613H	caG	caT	28	29	B.1.1	0.000508
S	613	Q613H	caG	caC	1	29	B.1.1	0.000018
S	613	Q613H	caG	caT	28	28	AY.47	0.000871
S	613	Q613H	caG	caT	28	28	AY.59	0.014831
S	613	Q613H	caG	caT	26	26	AY.42	0.001046
S	613	Q613H	caG	caT	25	25	AY.100	0.00115
S	613	Q613H	caG	caT	25	25	AY.46.6	0.001805
S	613	Q613H	caG	caT	25	25	AY.98.1	0.001211
S	613	Q613H	caG	caT	21	24	AY.101	0.010299
S	613	Q613H	caG	caC	3	24	AY.101	0.001471
S	613	Q613H	caG	caT	24	24	AY.119	0.000847
S	613	Q613H	caG	caT	23	23	A	0.008901
S	613	Q613H	caG	caT	22	23	AY.4.2	0.000477
S	613	Q613H	caG	caC	1	23	AY.4.2	0.000022
S	613	Q613H	caG	caT	22	22	B.1.1.398	0.070968
S	613	Q613H	caG	caT	22	22	B.1.429	0.000518
S	613	Q613H	caG	caT	21	21	B.1.1.351	0.058659
S	613	Q613H	caG	caT	20	20	AY.110	0.002254
S	613	Q613H	caG	caT	19	19	AY.34	0.001842
S	613	Q613H	caG	caT	19	19	B.1.351	0.000565
S	613	Q613H	caG	caT	19	19	B.1.596	0.001656
S	613	Q613H	caG	caT	17	18	AY.121	0.0023
S	613	Q613H	caG	caC	1	18	AY.121	0.000135
S	613	Q613H	caG	caT	18	18	AY.69	0.00336
S	613	Q613H	caG	caT	18	18	AY.73	0.011976
S	613	Q613H	caG	caT	17	17	B.1.177.82	0.008115
S	613	Q613H	caG	caT	16	16	AY.54	0.001526
S	613	Q613H	caG	caT	15	15	B.1.621	0.001328
S	613	Q613H	caG	caT	14	14	AY.116	0.004015
S	613	Q613H	caG	caT	14	14	AY.117	0.001183
S	613	Q613H	caG	caT	14	14	B	0.001789
S	613	Q613H	caG	caT	14	14	B.1.1.362	0.078652
S	613	Q613H	caG	caT	13	13	AY.111	0.002381
S	613	Q613H	caG	caT	13	13	AY.55	0.011927
S	613	Q613H	caG	caT	13	13	B.1.1.285	0.084967
S	613	Q613H	caG	caT	13	13	B.1.177.44	0.006746
S	613	Q613H	caG	caT	13	13	B.1.258	0.000865
S	613	Q613H	caG	caT	12	12	AY.46.4	0.001974
S	613	Q613H	caG	caT	11	12	AY.71	0.005226
S	613	Q613H	caG	caC	1	12	AY.71	0.000475
S	613	Q613H	caG	caT	11	11	B.1.240	0.002371
S	613	Q613H	caG	caT	11	11	B.1.36	0.001605
S	613	Q613H	caG	caT	10	10	AY.99.2	0.000922
S	613	Q613H	caG	caT	9	9	AY.16.1	0.004229
S	613	Q613H	caG	caT	7	9	AY.36	0.001037
S	613	Q613H	caG	caC	2	9	AY.36	0.000296
S	613	Q613H	caG	caT	9	9	AY.84	0.003937
S	613	Q613H	caG	caT	9	9	B.1.1.63	0.003472
S	613	Q613H	caG	caT	7	9	C.37	0.000812
S	613	Q613H	caG	caC	2	9	C.37	0.000232
S	613	Q613H	caG	caT	8	8	AY.62	0.003486
S	613	Q613H	caG	caT	8	8	AY.70	0.001668
S	613	Q613H	caG	caT	8	8	AY.98	0.000632
S	613	Q613H	caG	caT	8	8	B.1.1.316	0.007401
S	613	Q613H	caG	caT	8	8	B.1.160	0.00025
S	613	Q613H	caG	caT	8	8	B.1.160.7	0.016632
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.105	0.004502
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.113	0.000997
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.118	0.000439
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.120.1	0.002247
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.4.2.1	0.001043
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.5.4	0.001937
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	AY.51	0.006364
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	B.1.1.214	0.000388
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	B.1.1.369	0.003124
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	B.1.619.1	0.00449
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	B.1.620	0.006623
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	B.1.637	0.000512
S	613	Q613H	caG	caT	7	7	P.1.15	0.001626
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	AY.108	0.006615
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	AY.72	0.008163
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	AY.91	0.004383
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	AY.92	0.001724
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	B.1.214.3	0.042857
S	613	Q613H	caG	caT	5	6	B.1.221	0.000355
S	613	Q613H	caG	caC	1	6	B.1.221	0.000071
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	B.1.311	0.001647
S	613	Q613H	caG	caT	6	6	B.1.595	0.001566
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	AY.11	0.006693
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	AY.24	0.002155
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	AY.93	0.001365
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	B.1.1.28	0.001556
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	B.1.177.46	0.004591
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	B.1.177.56	0.003338
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	B.1.177.86	0.000917
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	C.23	0.02907
S	613	Q613H	caG	caT	5	5	P.2	0.000933
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.114	0.000924
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.120.2.1	0.001993
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.13	0.000644
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.28	0.007561
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.3.1	0.000341
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.38	0.001997
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.68	0.001095
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	AY.7.1	0.000451
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.1.216	0.003562
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.1.269	0.005413
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.1.291	0.00297
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.1.37	0.000771
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.1.519	0.000159
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.195	0.020101
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.234	0.000528
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.427	0.000202
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.428	0.004082
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.565	0.003241
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.582	0.001963
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	B.1.627	0.008081
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	P.1.10	0.001078
S	613	Q613H	caG	caT	4	4	Q.1	0.000505
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.10	0.00159
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.32	0.001597
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.5.3	0.001012
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.7	0.000588
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.74	0.000347
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.77	0.003382
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	AY.88	0.002653
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	B.1.1.33	0.001263
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	B.1.1.348	0.002389
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	B.1.1.50	0.002037
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	B.1.320	0.003736
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	B.1.36.1	0.003421
S	613	Q613H	caG	caT	3	3	B.1.36.17	0.001482
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.