CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = Q14H

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	14	Q14H		nonsyn	caG	caT	3989	3349	0.839559	21602-21604
S	14	Q14H		nonsyn	caG	caC	3989	640	0.160441	21602-21604

Details of the mutation Q14H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	14	Q14H	caG	caT	3349	3989	All	0.000641
S	14	Q14H	caG	caC	640	3989	All	0.000122
S	14	Q14H	caG	caT	720	764	B.1.1.7	0.000645
S	14	Q14H	caG	caC	44	764	B.1.1.7	0.000039
S	14	Q14H	caG	caT	660	672	AY.4	0.001027
S	14	Q14H	caG	caC	12	672	AY.4	0.000019
S	14	Q14H	caG	caT	445	458	AY.25	0.002677
S	14	Q14H	caG	caC	13	458	AY.25	0.000078
S	14	Q14H	caG	caT	200	292	B.1.617.2	0.000753
S	14	Q14H	caG	caC	92	292	B.1.617.2	0.000346
S	14	Q14H	caG	caC	161	176	AY.102	0.004269
S	14	Q14H	caG	caT	15	176	AY.102	0.000398
S	14	Q14H	caG	caT	147	164	AY.43	0.000651
S	14	Q14H	caG	caC	17	164	AY.43	0.000075
S	14	Q14H	caG	caT	121	129	AY.103	0.000751
S	14	Q14H	caG	caC	8	129	AY.103	0.00005
S	14	Q14H	caG	caC	75	119	AY.44	0.000457
S	14	Q14H	caG	caT	44	119	AY.44	0.000268
S	14	Q14H	caG	caT	80	80	B.1.369	0.022818
S	14	Q14H	caG	caC	66	68	AY.46.4	0.010857
S	14	Q14H	caG	caT	2	68	AY.46.4	0.000329
S	14	Q14H	caG	caT	63	64	B.1.2	0.000555
S	14	Q14H	caG	caC	1	64	B.1.2	0.000009
S	14	Q14H	caG	caT	37	53	AY.3	0.000368
S	14	Q14H	caG	caC	16	53	AY.3	0.000159
S	14	Q14H	caG	caC	53	53	AY.85	0.02264
S	14	Q14H	caG	caT	49	49	AY.75	0.002745
S	14	Q14H	caG	caT	46	46	P.1	0.000725
S	14	Q14H	caG	caT	37	37	B.1.177	0.000487
S	14	Q14H	caG	caT	33	33	B.1.525	0.003734
S	14	Q14H	caG	caT	31	32	B.1.1	0.000562
S	14	Q14H	caG	caC	1	32	B.1.1	0.000018
S	14	Q14H	caG	caT	27	31	AY.47	0.00084
S	14	Q14H	caG	caC	4	31	AY.47	0.000124
S	14	Q14H	caG	caT	28	28	B.1.346	0.036697
S	14	Q14H	caG	caC	11	20	AY.46	0.001145
S	14	Q14H	caG	caT	9	20	AY.46	0.000937
S	14	Q14H	caG	caT	19	19	AY.98.1	0.00092
S	14	Q14H	caG	caT	18	19	B.1.351	0.000535
S	14	Q14H	caG	caC	1	19	B.1.351	0.00003
S	14	Q14H	caG	caT	18	18	B.1.258	0.001198
S	14	Q14H	caG	caT	15	17	AY.39	0.000371
S	14	Q14H	caG	caC	2	17	AY.39	0.000049
S	14	Q14H	caG	caC	17	17	AY.84	0.007437
S	14	Q14H	caG	caT	14	16	B.1	0.000128
S	14	Q14H	caG	caC	2	16	B.1	0.000018
S	14	Q14H	caG	caT	10	15	AY.42	0.000402
S	14	Q14H	caG	caC	5	15	AY.42	0.000201
S	14	Q14H	caG	caT	14	15	B.1.621	0.001239
S	14	Q14H	caG	caC	1	15	B.1.621	0.000089
S	14	Q14H	caG	caT	14	14	AY.26	0.000396
S	14	Q14H	caG	caT	14	14	B.1.596	0.00122
S	14	Q14H	caG	caT	13	13	AY.119	0.000459
S	14	Q14H	caG	caC	8	12	AY.120	0.000297
S	14	Q14H	caG	caT	4	12	AY.120	0.000149
S	14	Q14H	caG	caT	12	12	B.1.526	0.000282
S	14	Q14H	caG	caT	11	11	AY.20	0.000428
S	14	Q14H	caG	caT	10	11	AY.29	0.000158
S	14	Q14H	caG	caC	1	11	AY.29	0.000016
S	14	Q14H	caG	caT	9	11	AY.5	0.000186
S	14	Q14H	caG	caC	2	11	AY.5	0.000041
S	14	Q14H	caG	caT	9	10	AY.120.1	0.002889
S	14	Q14H	caG	caC	1	10	AY.120.1	0.000321
S	14	Q14H	caG	caT	10	10	AY.46.6	0.000722
S	14	Q14H	caG	caT	10	10	B.1.628	0.003524
S	14	Q14H	caG	caT	10	10	B.1.637	0.000731
S	14	Q14H	caG	caT	9	9	B.1.160	0.000281
S	14	Q14H	caG	caT	7	8	AY.100	0.000322
S	14	Q14H	caG	caC	1	8	AY.100	0.000046
S	14	Q14H	caG	caT	8	8	Q.2	0.004908
S	14	Q14H	caG	caC	5	7	AY.117	0.000423
S	14	Q14H	caG	caT	2	7	AY.117	0.000169
S	14	Q14H	caG	caT	7	7	B.1.1.28	0.002179
S	14	Q14H	caG	caT	5	6	AY.106	0.001674
S	14	Q14H	caG	caC	1	6	AY.106	0.000335
S	14	Q14H	caG	caT	6	6	AY.108	0.006615
S	14	Q14H	caG	caT	6	6	AY.4.2	0.00013
S	14	Q14H	caG	caT	6	6	B.1.1.420	0.006036
S	14	Q14H	caG	caT	5	6	B.1.429	0.000118
S	14	Q14H	caG	caC	1	6	B.1.429	0.000024
S	14	Q14H	caG	caT	3	5	AY.6	0.000123
S	14	Q14H	caG	caC	2	5	AY.6	0.000082
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	AY.9	0.000338
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	AY.9.1	0.000419
S	14	Q14H	caG	caC	4	5	AY.92	0.001149
S	14	Q14H	caG	caT	1	5	AY.92	0.000287
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.1.431	0.080645
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.1.432	0.006329
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.237	0.024876
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.36	0.00073
S	14	Q14H	caG	caT	4	5	B.1.561	0.001588
S	14	Q14H	caG	caC	1	5	B.1.561	0.000397
S	14	Q14H	caG	caT	5	5	B.1.617.1	0.000645
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	AY.113	0.00057
S	14	Q14H	caG	caT	3	4	AY.16.1	0.00141
S	14	Q14H	caG	caC	1	4	AY.16.1	0.00047
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	AY.5.3	0.00135
S	14	Q14H	caG	caT	3	4	AY.70	0.000626
S	14	Q14H	caG	caC	1	4	AY.70	0.000209
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.1.284	0.00043
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.1.33	0.001684
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.221	0.000284
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	B.1.36.29	0.002069
S	14	Q14H	caG	caT	3	4	B.1.427	0.000151
S	14	Q14H	caG	caC	1	4	B.1.427	0.00005
S	14	Q14H	caG	caT	4	4	Q.8	0.00066
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	A.1	0.000846
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.101	0.001471
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.23	0.000209
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.33	0.0002
S	14	Q14H	caG	caT	2	3	AY.45	0.000243
S	14	Q14H	caG	caC	1	3	AY.45	0.000122
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.46.1	0.00308
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.56	0.004815
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.61	0.000314
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.74	0.000347
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.9.2	0.00011
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	AY.99.2	0.000276
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B	0.000383
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B.1.1.101	0.03
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B.1.1.318	0.000905
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B.1.1.519	0.000119
S	14	Q14H	caG	caC	2	3	B.1.400	0.000858
S	14	Q14H	caG	caT	1	3	B.1.400	0.000429
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	B.1.543	0.03
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	C.37	0.000348
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	D.2	0.000225
S	14	Q14H	caG	caT	3	3	P.1.14	0.000143
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	A.2.5	0.000998
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.110	0.000225
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.118	0.000125
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.14	0.000176
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.3.1	0.000171
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.38	0.000999
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.39.1	0.000079
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.41	0.000588
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.53	0.000575
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.54	0.000191
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.7	0.000392
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	AY.73	0.001331
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.1.189	0.003026
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.1.214	0.000111
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.1.315	0.016949
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.1.413	0.013793
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.112	0.010363
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.177.21	0.000153
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.177.4	0.000422
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.234	0.000264
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.243	0.000139
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.349	0.00143
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.367	0.001585
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.375	0.001639
S	14	Q14H	caG	caC	1	2	B.1.404	0.001302
S	14	Q14H	caG	caT	1	2	B.1.404	0.001302
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.466.2	0.000782
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	B.1.620	0.001892
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	P.2	0.000373
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	P.3	0.00319
S	14	Q14H	caG	caT	2	2	Q.1	0.000253
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	A	0.000387
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.111	0.000183
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.114	0.000231
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.116.1	0.000311
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.12	0.000316
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.121	0.000135
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.19	0.00114
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.2	0.000356
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.4.3	0.000842
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.4.4	0.000409
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.4.5	0.000107
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.46.5	0.000198
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.5.4	0.000277
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.67	0.000464
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.7.1	0.000113
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.75.1	0.00018
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.78	0.001541
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.89	0.004902
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	AY.98	0.000079
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.121	0.002427
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.17	0.016667
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.237	0.005405
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.25	0.000569
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.261	0.008621
S	14	Q14H	caG	caC	1	1	B.1.1.288	0.001916
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.289	0.002083
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.301	0.001179
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.344	0.010753
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.362	0.005618
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	14	Q14H	caG	caC	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.433	0.001425
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.50	0.000679
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.147	0.000756
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.160.26	0.002421
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.177.60	0.000218
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.187	0.033333
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.206	0.000816
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.214.1	0.02
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.241	0.000812
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.258.17	0.000104
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.274	0.011905
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.311	0.000275
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.324	0.001605
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.409	0.000781
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.411	0.003704
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.469	0.00361
S	14	Q14H	caG	caC	1	1	B.1.470	0.001404
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.497	0.000315
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.505	0.004386
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.509	0.000866
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.564	0.000426
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.564.1	0.001577
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.591	0.010638
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S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.638	0.052632
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	B.1.8	0.001972
S	14	Q14H	caG	caC	1	1	B.40	0.000364
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	N.1	0.016949
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	P.1.10	0.000269
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	P.1.7	0.000319
S	14	Q14H	caG	caT	1	1	Q.3	0.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.