CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = M1237I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1237	M1237I		nonsyn	atG	atT	9832	7645	0.777563	25271-25273
S	1237	M1237I		nonsyn	atG	atC	9832	2081	0.211656	25271-25273
S	1237	M1237I		nonsyn	atG	atA	9832	106	0.0107811	25271-25273

Details of the mutation M1237I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1237	M1237I	atG	atT	7645	9832	All	0.001462
S	1237	M1237I	atG	atC	2081	9832	All	0.000398
S	1237	M1237I	atG	atA	106	9832	All	0.00002
S	1237	M1237I	atG	atT	1696	2636	AY.4	0.00264
S	1237	M1237I	atG	atC	915	2636	AY.4	0.001424
S	1237	M1237I	atG	atA	25	2636	AY.4	0.000039
S	1237	M1237I	atG	atT	1242	1516	B.1.1.7	0.001112
S	1237	M1237I	atG	atC	269	1516	B.1.1.7	0.000241
S	1237	M1237I	atG	atA	5	1516	B.1.1.7	0.000004
S	1237	M1237I	atG	atT	608	663	B.1.617.2	0.002289
S	1237	M1237I	atG	atC	50	663	B.1.617.2	0.000188
S	1237	M1237I	atG	atA	5	663	B.1.617.2	0.000019
S	1237	M1237I	atG	atT	490	491	AY.9.2	0.017998
S	1237	M1237I	atG	atC	1	491	AY.9.2	0.000037
S	1237	M1237I	atG	atC	316	455	B.1.2	0.002782
S	1237	M1237I	atG	atT	138	455	B.1.2	0.001215
S	1237	M1237I	atG	atA	1	455	B.1.2	0.000009
S	1237	M1237I	atG	atT	217	279	AY.43	0.000961
S	1237	M1237I	atG	atC	43	279	AY.43	0.000191
S	1237	M1237I	atG	atA	19	279	AY.43	0.000084
S	1237	M1237I	atG	atT	227	229	B.1.621	0.020094
S	1237	M1237I	atG	atC	1	229	B.1.621	0.000089
S	1237	M1237I	atG	atA	1	229	B.1.621	0.000089
S	1237	M1237I	atG	atT	221	221	AY.5	0.004563
S	1237	M1237I	atG	atT	146	160	AY.103	0.000907
S	1237	M1237I	atG	atC	11	160	AY.103	0.000068
S	1237	M1237I	atG	atA	3	160	AY.103	0.000019
S	1237	M1237I	atG	atC	80	152	AY.26	0.002265
S	1237	M1237I	atG	atT	72	152	AY.26	0.002038
S	1237	M1237I	atG	atT	127	150	AY.44	0.000773
S	1237	M1237I	atG	atC	16	150	AY.44	0.000097
S	1237	M1237I	atG	atA	7	150	AY.44	0.000043
S	1237	M1237I	atG	atT	132	140	AY.102	0.0035
S	1237	M1237I	atG	atC	8	140	AY.102	0.000212
S	1237	M1237I	atG	atT	111	121	B.1.1	0.002014
S	1237	M1237I	atG	atC	9	121	B.1.1	0.000163
S	1237	M1237I	atG	atA	1	121	B.1.1	0.000018
S	1237	M1237I	atG	atT	86	113	B.1	0.000788
S	1237	M1237I	atG	atC	27	113	B.1	0.000247
S	1237	M1237I	atG	atT	105	112	B.1.177	0.001383
S	1237	M1237I	atG	atC	6	112	B.1.177	0.000079
S	1237	M1237I	atG	atA	1	112	B.1.177	0.000013
S	1237	M1237I	atG	atT	99	99	B.1.177.71	1
S	1237	M1237I	atG	atT	95	95	AY.29.1	0.020948
S	1237	M1237I	atG	atT	76	85	AY.25	0.000457
S	1237	M1237I	atG	atC	6	85	AY.25	0.000036
S	1237	M1237I	atG	atA	3	85	AY.25	0.000018
S	1237	M1237I	atG	atT	80	81	AY.33	0.005342
S	1237	M1237I	atG	atC	1	81	AY.33	0.000067
S	1237	M1237I	atG	atT	77	78	AY.98	0.006083
S	1237	M1237I	atG	atC	1	78	AY.98	0.000079
S	1237	M1237I	atG	atT	67	73	AY.39	0.001656
S	1237	M1237I	atG	atC	6	73	AY.39	0.000148
S	1237	M1237I	atG	atT	67	72	P.1	0.001056
S	1237	M1237I	atG	atC	4	72	P.1	0.000063
S	1237	M1237I	atG	atA	1	72	P.1	0.000016
S	1237	M1237I	atG	atT	65	68	B.1.351	0.001932
S	1237	M1237I	atG	atC	3	68	B.1.351	0.000089
S	1237	M1237I	atG	atT	58	63	AY.3	0.000577
S	1237	M1237I	atG	atC	5	63	AY.3	0.00005
S	1237	M1237I	atG	atT	52	56	AY.4.2	0.001128
S	1237	M1237I	atG	atA	3	56	AY.4.2	0.000065
S	1237	M1237I	atG	atC	1	56	AY.4.2	0.000022
S	1237	M1237I	atG	atT	53	53	B.1.258.11	0.021007
S	1237	M1237I	atG	atT	43	46	AY.121	0.005819
S	1237	M1237I	atG	atC	3	46	AY.121	0.000406
S	1237	M1237I	atG	atT	30	43	AY.100	0.00138
S	1237	M1237I	atG	atC	13	43	AY.100	0.000598
S	1237	M1237I	atG	atT	43	43	AY.46.6	0.003105
S	1237	M1237I	atG	atT	35	38	AY.120	0.001301
S	1237	M1237I	atG	atA	2	38	AY.120	0.000074
S	1237	M1237I	atG	atC	1	38	AY.120	0.000037
S	1237	M1237I	atG	atT	24	38	B.1.429	0.000565
S	1237	M1237I	atG	atC	14	38	B.1.429	0.000329
S	1237	M1237I	atG	atC	36	36	AY.1	0.014246
S	1237	M1237I	atG	atT	31	36	B.1.36	0.004523
S	1237	M1237I	atG	atC	5	36	B.1.36	0.00073
S	1237	M1237I	atG	atT	35	35	AY.7.2	0.019575
S	1237	M1237I	atG	atC	31	34	AY.24	0.013362
S	1237	M1237I	atG	atT	3	34	AY.24	0.001293
S	1237	M1237I	atG	atT	33	33	B.1.177.75	0.034339
S	1237	M1237I	atG	atT	28	28	B.1.160	0.000873
S	1237	M1237I	atG	atT	17	27	AY.20	0.000661
S	1237	M1237I	atG	atC	10	27	AY.20	0.000389
S	1237	M1237I	atG	atT	25	25	AY.12	0.007901
S	1237	M1237I	atG	atT	14	25	B.1.526	0.000329
S	1237	M1237I	atG	atC	10	25	B.1.526	0.000235
S	1237	M1237I	atG	atA	1	25	B.1.526	0.000024
S	1237	M1237I	atG	atT	20	24	B.1.1.519	0.000794
S	1237	M1237I	atG	atC	4	24	B.1.1.519	0.000159
S	1237	M1237I	atG	atT	23	23	AY.9.1	0.001926
S	1237	M1237I	atG	atT	22	22	AY.118	0.001378
S	1237	M1237I	atG	atT	12	22	B.1.258	0.000799
S	1237	M1237I	atG	atC	10	22	B.1.258	0.000665
S	1237	M1237I	atG	atT	12	20	AY.39.1	0.000475
S	1237	M1237I	atG	atC	8	20	AY.39.1	0.000317
S	1237	M1237I	atG	atT	19	20	B.1.243	0.001322
S	1237	M1237I	atG	atC	1	20	B.1.243	0.00007
S	1237	M1237I	atG	atT	13	19	AY.29	0.000205
S	1237	M1237I	atG	atC	6	19	AY.29	0.000095
S	1237	M1237I	atG	atT	18	18	AY.46	0.001873
S	1237	M1237I	atG	atC	17	18	AY.73	0.011311
S	1237	M1237I	atG	atT	1	18	AY.73	0.000665
S	1237	M1237I	atG	atT	16	16	AY.3.1	0.001364
S	1237	M1237I	atG	atT	15	16	AY.45	0.001825
S	1237	M1237I	atG	atC	1	16	AY.45	0.000122
S	1237	M1237I	atG	atC	10	15	AY.98.1	0.000484
S	1237	M1237I	atG	atT	5	15	AY.98.1	0.000242
S	1237	M1237I	atG	atT	15	15	B.1.565	0.012156
S	1237	M1237I	atG	atT	15	15	B.1.637	0.001096
S	1237	M1237I	atG	atT	14	14	B.1.369	0.003993
S	1237	M1237I	atG	atT	14	14	C.37	0.001625
S	1237	M1237I	atG	atT	11	13	AY.5.3	0.003711
S	1237	M1237I	atG	atC	2	13	AY.5.3	0.000675
S	1237	M1237I	atG	atT	13	13	AY.68	0.003559
S	1237	M1237I	atG	atT	12	12	AY.14	0.001056
S	1237	M1237I	atG	atC	11	12	C.36	0.010018
S	1237	M1237I	atG	atT	1	12	C.36	0.000911
S	1237	M1237I	atG	atT	12	12	P.1.14	0.000574
S	1237	M1237I	atG	atT	8	11	AY.113	0.001139
S	1237	M1237I	atG	atC	3	11	AY.113	0.000427
S	1237	M1237I	atG	atT	8	11	AY.117	0.000676
S	1237	M1237I	atG	atC	3	11	AY.117	0.000254
S	1237	M1237I	atG	atT	10	11	AY.42	0.000402
S	1237	M1237I	atG	atC	1	11	AY.42	0.00004
S	1237	M1237I	atG	atT	11	11	AY.9	0.000744
S	1237	M1237I	atG	atT	11	11	B.1.128	0.006989
S	1237	M1237I	atG	atC	10	11	B.1.470	0.014045
S	1237	M1237I	atG	atT	1	11	B.1.470	0.001404
S	1237	M1237I	atG	atT	9	10	AY.23	0.000628
S	1237	M1237I	atG	atC	1	10	AY.23	0.00007
S	1237	M1237I	atG	atA	10	10	AY.69	0.001867
S	1237	M1237I	atG	atT	7	10	B.1.596	0.00061
S	1237	M1237I	atG	atC	3	10	B.1.596	0.000261
S	1237	M1237I	atG	atC	6	10	P.2	0.00112
S	1237	M1237I	atG	atT	4	10	P.2	0.000747
S	1237	M1237I	atG	atT	6	9	AY.34	0.000582
S	1237	M1237I	atG	atC	3	9	AY.34	0.000291
S	1237	M1237I	atG	atT	9	9	AY.63	0.003482
S	1237	M1237I	atG	atT	9	9	B.1.1.316	0.008326
S	1237	M1237I	atG	atT	7	9	B.1.617.1	0.000903
S	1237	M1237I	atG	atC	2	9	B.1.617.1	0.000258
S	1237	M1237I	atG	atT	9	9	P.1.7	0.002874
S	1237	M1237I	atG	atT	7	8	AY.119	0.000247
S	1237	M1237I	atG	atC	1	8	AY.119	0.000035
S	1237	M1237I	atG	atT	5	8	AY.27	0.000324
S	1237	M1237I	atG	atC	3	8	AY.27	0.000194
S	1237	M1237I	atG	atT	8	8	B.1.1.17	0.133333
S	1237	M1237I	atG	atT	8	8	B.1.1.222	0.001632
S	1237	M1237I	atG	atT	7	7	AY.36	0.001037
S	1237	M1237I	atG	atT	4	7	AY.47	0.000124
S	1237	M1237I	atG	atC	3	7	AY.47	0.000093
S	1237	M1237I	atG	atT	5	7	B	0.000639
S	1237	M1237I	atG	atC	2	7	B	0.000256
S	1237	M1237I	atG	atT	7	7	B.1.1.203	0.118644
S	1237	M1237I	atG	atT	7	7	B.1.1.28	0.002179
S	1237	M1237I	atG	atT	7	7	B.1.1.507	0.06087
S	1237	M1237I	atG	atT	7	7	C.1.1	0.538462
S	1237	M1237I	atG	atT	7	7	R.1	0.00063
S	1237	M1237I	atG	atT	6	6	AY.111	0.001099
S	1237	M1237I	atG	atT	6	6	AY.19	0.006842
S	1237	M1237I	atG	atT	4	6	AY.46.5	0.000794
S	1237	M1237I	atG	atA	2	6	AY.46.5	0.000397
S	1237	M1237I	atG	atT	5	6	AY.6	0.000206
S	1237	M1237I	atG	atC	1	6	AY.6	0.000041
S	1237	M1237I	atG	atC	6	6	AY.99.1	0.009317
S	1237	M1237I	atG	atT	5	6	B.1.427	0.000252
S	1237	M1237I	atG	atC	1	6	B.1.427	0.00005
S	1237	M1237I	atG	atT	6	6	B.6.6	0.005333
S	1237	M1237I	atG	atT	6	6	P.1.2	0.006936
S	1237	M1237I	atG	atT	6	6	Q.1	0.000758
S	1237	M1237I	atG	atT	4	5	A	0.001548
S	1237	M1237I	atG	atC	1	5	A	0.000387
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	AY.114	0.001156
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	AY.46.1	0.005133
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	AY.5.4	0.001384
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	AY.55	0.004587
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	AY.7.1	0.000564
S	1237	M1237I	atG	atC	5	5	AY.74	0.000578
S	1237	M1237I	atG	atT	4	5	AY.91	0.002922
S	1237	M1237I	atG	atA	1	5	AY.91	0.00073
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	B.1.1.230	0.045872
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	B.1.1.5	0.041667
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	B.1.1.54	0.015106
S	1237	M1237I	atG	atC	5	5	B.1.298	0.010571
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	B.1.621.1	0.002529
S	1237	M1237I	atG	atT	3	5	B.1.627	0.006061
S	1237	M1237I	atG	atC	2	5	B.1.627	0.00404
S	1237	M1237I	atG	atT	5	5	C.35	0.00387
S	1237	M1237I	atG	atT	3	4	AY.101	0.001471
S	1237	M1237I	atG	atC	1	4	AY.101	0.00049
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	AY.106	0.00134
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	AY.109	0.002959
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	AY.116	0.001147
S	1237	M1237I	atG	atT	3	4	AY.116.1	0.000934
S	1237	M1237I	atG	atC	1	4	AY.116.1	0.000311
S	1237	M1237I	atG	atA	3	4	AY.120.2.1	0.001495
S	1237	M1237I	atG	atT	1	4	AY.120.2.1	0.000498
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	AY.21	0.00759
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	AY.32	0.00213
S	1237	M1237I	atG	atT	3	4	AY.4.5	0.000322
S	1237	M1237I	atG	atC	1	4	AY.4.5	0.000107
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	AY.61	0.000419
S	1237	M1237I	atG	atT	2	4	AY.75	0.000112
S	1237	M1237I	atG	atC	1	4	AY.75	0.000056
S	1237	M1237I	atG	atA	1	4	AY.75	0.000056
S	1237	M1237I	atG	atT	3	4	AY.85	0.001282
S	1237	M1237I	atG	atA	1	4	AY.85	0.000427
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	B.1.1.63	0.001543
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	B.1.177.7	0.000659
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	B.1.258.17	0.000416
S	1237	M1237I	atG	atT	3	4	B.1.525	0.000339
S	1237	M1237I	atG	atC	1	4	B.1.525	0.000113
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	B.1.570	0.011765
S	1237	M1237I	atG	atT	4	4	B.1.623	0.002146
S	1237	M1237I	atG	atT	3	4	P.1.15	0.000697
S	1237	M1237I	atG	atC	1	4	P.1.15	0.000232
S	1237	M1237I	atG	atT	2	4	Q.8	0.00033
S	1237	M1237I	atG	atC	2	4	Q.8	0.00033
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	AY.108	0.003308
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	AY.41	0.000882
S	1237	M1237I	atG	atA	2	3	AY.60	0.001876
S	1237	M1237I	atG	atT	1	3	AY.60	0.000938
S	1237	M1237I	atG	atT	2	3	AY.62	0.000871
S	1237	M1237I	atG	atC	1	3	AY.62	0.000436
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	AY.7	0.000588
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.1.133	0.025424
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.1.214	0.000166
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.1.284	0.000322
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.1.310	0.045455
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.1.50	0.002037
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.177.11	0.005093
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.177.31	0.034483
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.36.36	0.001806
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.36.38	0.004926
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.497	0.000944
S	1237	M1237I	atG	atT	3	3	B.1.564	0.001278
S	1237	M1237I	atG	atC	2	3	D.2	0.00015
S	1237	M1237I	atG	atT	1	3	D.2	0.000075
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.104	0.003968
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.105	0.001286
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.107	0.000932
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.16.1	0.00094
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.22	0.004184
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.28	0.003781
S	1237	M1237I	atG	atC	2	2	AY.34.1	0.00102
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	AY.4.4	0.000409
S	1237	M1237I	atG	atC	1	2	AY.4.4	0.000409
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	AY.40	0.000964
S	1237	M1237I	atG	atC	1	2	AY.40	0.000964
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.46.4	0.000329
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.53	0.000575
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	AY.54	0.000095
S	1237	M1237I	atG	atC	1	2	AY.54	0.000095
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.59	0.001059
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.67	0.000929
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.70	0.000417
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.77	0.002255
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.78	0.003082
S	1237	M1237I	atG	atC	1	2	AY.84	0.000437
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	AY.84	0.000437
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.87	0.001665
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	AY.90	0.001369
S	1237	M1237I	atG	atC	1	2	B.1.1.1	0.000327
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	B.1.1.1	0.000327
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.117	0.019417
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.176	0.000879
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.269	0.002706
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.277	0.001517
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.305	0.007722
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.311	0.000716
S	1237	M1237I	atG	atA	1	2	B.1.1.354	0.004386
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	B.1.1.354	0.004386
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.368	0.006173
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.37	0.000386
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.375	0.02381
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.380	0.019608
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.1.432	0.002532
S	1237	M1237I	atG	atC	2	2	B.1.147	0.001512
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.177.21	0.000153
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.177.4	0.000422
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.177.44	0.001038
S	1237	M1237I	atG	atC	1	2	B.1.177.57	0.000281
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	B.1.177.57	0.000281
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.221	0.000142
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.240	0.000431
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.36.1	0.002281
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.415.1	0.015152
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.428	0.002041
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.560	0.009259
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	B.1.609	0.000959
S	1237	M1237I	atG	atC	2	2	B.1.626	0.011429
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	C.26	0.014706
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	N.4	0.008511
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	P.1.1	0.000635
S	1237	M1237I	atG	atA	1	2	Q.3	0.000145
S	1237	M1237I	atG	atT	1	2	Q.3	0.000145
S	1237	M1237I	atG	atT	2	2	V.2	0.064516
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	A.1	0.000282
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	A.2	0.000662
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	A.2.5	0.000499
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	A.23.1	0.000704
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	A.5	0.001923
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AD.2	0.000219
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AN.1	0.02
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AT.1	0.005128
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AU.1	0.001266
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AW.1	0.003049
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.10	0.00053
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.110	0.000113
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AY.120.1	0.000321
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.13	0.000161
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.15	0.002222
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.16	0.00038
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.38	0.000499
S	1237	M1237I	atG	atA	1	1	AY.48	0.000465
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.51	0.000909
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.52	0.000814
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AY.56	0.001605
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AY.57	0.000656
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AY.58	0.000907
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.65	0.000533
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AY.66	0.00107
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.75.1	0.00018
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.8	0.000606
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.81	0.001992
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.92	0.000287
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.99	0.001049
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	AY.99.2	0.000092
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	AZ.3	0.00152
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.216	0.00089
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.220	0.001859
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.282	0.011628
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.297	0.002237
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.300	0.010753
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.326	0.001761
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.389	0.006061
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.416	0.000905
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.1.448	0.002033
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.464	0.001473
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.53	0.013699
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.1.57	0.011494
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.119	0.010526
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.126	0.001276
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.127	0.002198
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.131	0.008772
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.139	0.000733
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.160.20	0.008929
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.169	0.014925
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.10	0.000878
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.15	0.000631
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.38	0.010417
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.46	0.000918
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.51	0.004566
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.52	0.001757
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.65	0.000665
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
S	1237	M1237I	atG	atA	1	1	B.1.177.77	0.000726
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.199	0.004132
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.221.3	0.000833
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.234	0.000132
S	1237	M1237I	atG	atA	1	1	B.1.282	0.014925
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.301	0.005917
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.311	0.000275
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.332	0.003497
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.333	0.010526
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.338	0.008621
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.351.2	0.000303
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.351.3	0.000876
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.36.16	0.001425
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.36.22	0.001208
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.36.24	0.006173
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.36.31	0.001751
S	1237	M1237I	atG	atA	1	1	B.1.36.7	0.004
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.36.8	0.001
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.360	0.012658
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.367	0.000792
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.382	0.008929
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.404	0.001302
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.409	0.000781
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.411	0.003704
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.416	0.001269
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.416.1	0.001563
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.417	0.028571
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.438.1	0.000107
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.468	0.005714
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.492	0.007042
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.503	0.002488
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.517	0.000427
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.533	0.009615
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.545	0.014493
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.546	0.003704
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.575	0.000303
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.579	0.011236
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.587	0.001898
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.595	0.000261
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.617.3	0.002985
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	B.1.619	0.000871
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.628	0.000352
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.635	0.017544
S	1237	M1237I	atG	atA	1	1	B.1.9.4	0.006135
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.9.5	0.005682
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.1.93	0.000934
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.3	0.000831
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.31	0.003731
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	B.40	0.000364
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	C.1	0.002392
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	C.36.3	0.000567
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	C.4	0.01
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	K.1	0.02381
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	N.9	0.005952
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	P.1.17	0.000162
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	P.1.17.1	0.000875
S	1237	M1237I	atG	atA	1	1	P.1.8	0.004785
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	P.3	0.001595
S	1237	M1237I	atG	atC	1	1	P.6	0.003145
S	1237	M1237I	atG	atT	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.