CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = L54L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S54L54LsynttGttA237016110.67974721722-21724
S54L54LsynTtgCtg23707560.31898721722-21724
S54L54LsynTtGCtT237020.00084388221722-21724
S54L54LsynTtGCtA237010.00042194121722-21724

Details of the mutation L54L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S54L54LttGttA16112370All0.000308
S54L54LTtgCtg7562370All0.000145
S54L54LTtGCtT22370All0
S54L54LTtGCtA12370All0
S54L54LttGttA706706B.1.1.2940.893671
S54L54LttGttA302302B.1.177.70.049786
S54L54LTtgCtg224278B.1.1.70.000201
S54L54LttGttA54278B.1.1.70.000048
S54L54LTtgCtg227245B.1.617.20.000855
S54L54LttGttA18245B.1.617.20.000068
S54L54LttGttA182184AY.30.00181
S54L54LTtgCtg2184AY.30.00002
S54L54LTtgCtg143143AY.200.005558
S54L54LttGttA5960B.1.2580.003926
S54L54LTtgCtg160B.1.2580.000067
S54L54LttGttA3347AY.40.000051
S54L54LTtgCtg1447AY.40.000022
S54L54LTtgCtg3544B.1.10.000635
S54L54LttGttA944B.1.10.000163
S54L54LttGttA4343M.11
S54L54LTtgCtg1318AY.430.000058
S54L54LttGttA518AY.430.000022
S54L54LttGttA1616AY.250.000096
S54L54LTtgCtg713AY.440.000043
S54L54LttGttA613AY.440.000037
S54L54LttGttA1313M.31
S54L54LttGttA912AY.50.000186
S54L54LTtgCtg312AY.50.000062
S54L54LttGttA1112B.1.4290.000259
S54L54LTtgCtg112B.1.4290.000024
S54L54LttGttA1212M.21
S54L54LTtgCtg811AY.1170.000676
S54L54LttGttA311AY.1170.000254
S54L54LTtgCtg79AY.390.000173
S54L54LttGttA29AY.390.000049
S54L54LTtgCtg88AY.450.000973
S54L54LttGttA78B.1.1770.000092
S54L54LTtgCtg18B.1.1770.000013
S54L54LttGttA77AY.98.10.000339
S54L54LttGttA77B.1.4800.017413
S54L54LttGttA66AY.470.000187
S54L54LttGttA56B.10.000046
S54L54LTtgCtg16B.10.000009
S54L54LttGttA56B.1.20.000044
S54L54LTtgCtg16B.1.20.000009
S54L54LttGttA35AY.1030.000019
S54L54LTtgCtg25AY.1030.000012
S54L54LttGttA55AY.90.000338
S54L54LTtgCtg340.166667
S54L54LTtGCtT140.055556
S54L54LttGttA44AY.1000.000184
S54L54LttGttA44AY.260.000113
S54L54LTtgCtg44B.1.1.2160.003562
S54L54LttGttA44B.1.1.280.001245
S54L54LTtGCtA14B.1.1.4090.002833
S54L54LTtGCtT14B.1.1.4090.002833
S54L54LttGttA14B.1.1.4090.002833
S54L54LTtgCtg14B.1.1.4090.002833
S54L54LttGttA44B.1.258.170.000416
S54L54LttGttA44B.1.5650.003241
S54L54LttGttA44C.360.003643
S54L54LTtgCtg24P.10.000032
S54L54LttGttA24P.10.000032
S54L54LTtgCtg33AY.1180.000188
S54L54LTtgCtg33AY.360.000445
S54L54LTtgCtg33AY.480.001395
S54L54LTtgCtg23AY.530.000575
S54L54LttGttA13AY.530.000288
S54L54LttGttA23AY.60.000082
S54L54LTtgCtg13AY.60.000041
S54L54LttGttA23AY.650.001066
S54L54LTtgCtg13AY.650.000533
S54L54LttGttA33AY.850.001282
S54L54LttGttA33B0.000383
S54L54LttGttA33B.1.1.10.00098
S54L54LttGttA23B.1.3510.000059
S54L54LTtgCtg13B.1.3510.00003
S54L54LttGttA33B.1.6230.001609
S54L54LttGttA33P.1.140.000143
S54L54LTtgCtg12AY.1190.000035
S54L54LttGttA12AY.1190.000035
S54L54LttGttA12AY.23.10.000417
S54L54LTtgCtg12AY.23.10.000417
S54L54LttGttA22AY.290.000032
S54L54LttGttA22AY.460.000208
S54L54LTtgCtg22AY.550.001835
S54L54LTtgCtg22AY.770.002255
S54L54LTtgCtg22AY.840.000875
S54L54LttGttA22AY.9.20.000073
S54L54LTtgCtg22AY.980.000158
S54L54LttGttA22B.1.1.4640.002946
S54L54LttGttA22B.1.1600.000062
S54L54LttGttA22B.1.3240.00321
S54L54LttGttA22B.1.4450.023529
S54L54LTtgCtg22B.1.4690.00722
S54L54LTtgCtg22B.1.5260.000047
S54L54LttGttA22P.20.000373
S54L54LTtgCtg11AY.1020.000027
S54L54LTtgCtg11AY.1080.001103
S54L54LTtgCtg11AY.1200.000037
S54L54LttGttA11AY.230.00007
S54L54LttGttA11AY.270.000065
S54L54LTtgCtg11AY.350.000233
S54L54LttGttA11AY.39.10.00004
S54L54LTtgCtg11AY.39.20.001541
S54L54LTtgCtg11AY.410.000294
S54L54LTtgCtg11AY.420.00004
S54L54LTtgCtg11AY.46.10.001027
S54L54LTtgCtg11AY.46.20.000635
S54L54LTtgCtg11AY.46.60.000072
S54L54LTtgCtg11AY.70.000196
S54L54LTtgCtg11AY.710.000475
S54L54LTtgCtg11AY.730.000665
S54L54LTtgCtg11AY.820.001357
S54L54LttGttA11AY.870.000833
S54L54LttGttA11AY.920.000287
S54L54LTtgCtg11AY.930.000273
S54L54LttGttA11B.1.1.2050.003717
S54L54LTtgCtg11B.1.1.2140.000055
S54L54LttGttA11B.1.177.210.000076
S54L54LTtgCtg11B.1.177.650.000665
S54L54LTtgCtg11B.1.2320.000537
S54L54LTtgCtg11B.1.258.160.001637
S54L54LttGttA11B.1.3110.000275
S54L54LttGttA11B.1.36.360.000602
S54L54LttGttA11B.1.3620.001541
S54L54LttGttA11B.1.4090.000781
S54L54LttGttA11B.1.5770.000687
S54L54LTtgCtg11B.1.5950.000261
S54L54LttGttA11B.1.617.10.000129
S54L54LttGttA11P.1.150.000232
S54L54LttGttA11P.1.70.000319
S54L54LttGttA11Q.30.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.