CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = I1114I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	1114	I1114I		syn	atC	atT	14279	14227	0.996358	24902-24904
S	1114	I1114I		syn	atC	atA	14279	52	0.00364171	24902-24904

Details of the mutation I1114I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	1114	I1114I	atC	atT	14227	14279	All	0.002721
S	1114	I1114I	atC	atA	52	14279	All	0.00001
S	1114	I1114I	atC	atT	3568	3580	B.1.1.7	0.003194
S	1114	I1114I	atC	atA	12	3580	B.1.1.7	0.000011
S	1114	I1114I	atC	atT	1611	1612	AY.4	0.002507
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1612	AY.4	0.000002
S	1114	I1114I	atC	atT	1353	1353	B.1.396	0.954834
S	1114	I1114I	atC	atT	863	870	B.1.617.2	0.00325
S	1114	I1114I	atC	atA	7	870	B.1.617.2	0.000026
S	1114	I1114I	atC	atT	602	602	AY.43	0.002667
S	1114	I1114I	atC	atT	535	536	B.1.2	0.004711
S	1114	I1114I	atC	atA	1	536	B.1.2	0.000009
S	1114	I1114I	atC	atT	485	488	B.1	0.004442
S	1114	I1114I	atC	atA	3	488	B.1	0.000027
S	1114	I1114I	atC	atT	466	467	AY.25	0.002803
S	1114	I1114I	atC	atA	1	467	AY.25	0.000006
S	1114	I1114I	atC	atT	299	299	B.1.1	0.005424
S	1114	I1114I	atC	atT	276	276	AY.4.2	0.005986
S	1114	I1114I	atC	atT	228	228	AY.34	0.022108
S	1114	I1114I	atC	atT	224	225	AY.103	0.001391
S	1114	I1114I	atC	atA	1	225	AY.103	0.000006
S	1114	I1114I	atC	atT	199	199	AY.23	0.01388
S	1114	I1114I	atC	atT	181	184	AY.44	0.001102
S	1114	I1114I	atC	atA	3	184	AY.44	0.000018
S	1114	I1114I	atC	atT	171	171	AY.3	0.001701
S	1114	I1114I	atC	atT	125	125	B.1.1.251	0.992063
S	1114	I1114I	atC	atT	97	97	AY.46.6	0.007004
S	1114	I1114I	atC	atT	93	93	AY.120	0.003458
S	1114	I1114I	atC	atT	93	93	B.1.177	0.001225
S	1114	I1114I	atC	atT	88	88	P.1	0.001386
S	1114	I1114I	atC	atT	87	87	B.1.243	0.006054
S	1114	I1114I	atC	atT	78	78	AY.9.2	0.002865
S	1114	I1114I	atC	atT	75	76	B.1.596	0.006535
S	1114	I1114I	atC	atA	1	76	B.1.596	0.000087
S	1114	I1114I	atC	atT	61	61	AY.102	0.001617
S	1114	I1114I	atC	atT	60	60	AY.99.2	0.005529
S	1114	I1114I	atC	atT	59	59	AY.5	0.001218
S	1114	I1114I	atC	atT	58	58	AY.47	0.001804
S	1114	I1114I	atC	atT	58	58	P.5	0.794521
S	1114	I1114I	atC	atT	56	56	B.1.526	0.001316
S	1114	I1114I	atC	atT	55	55	AY.119	0.001942
S	1114	I1114I	atC	atT	53	53	B.1.241	0.043019
S	1114	I1114I	atC	atT	49	52	AY.26	0.001387
S	1114	I1114I	atC	atA	3	52	AY.26	0.000085
S	1114	I1114I	atC	atT	49	49	B.1.160	0.001528
S	1114	I1114I	atC	atT	48	48	AY.39.1	0.001901
S	1114	I1114I	atC	atT	48	48	B.46	1
S	1114	I1114I	atC	atT	48	48	C.37	0.005571
S	1114	I1114I	atC	atT	47	47	Q.8	0.007751
S	1114	I1114I	atC	atT	44	44	B.1.1.318	0.013277
S	1114	I1114I	atC	atT	44	44	B.1.177.9	0.058589
S	1114	I1114I	atC	atT	42	42	B.1.1.28	0.013072
S	1114	I1114I	atC	atT	38	38	B.1.1.1	0.012414
S	1114	I1114I	atC	atT	35	35	AY.39	0.000865
S	1114	I1114I	atC	atT	34	34	AY.117	0.002874
S	1114	I1114I	atC	atT	27	32	AY.20	0.001049
S	1114	I1114I	atC	atA	5	32	AY.20	0.000194
S	1114	I1114I	atC	atT	32	32	B.1.427	0.001616
S	1114	I1114I	atC	atT	31	31	AY.33	0.00207
S	1114	I1114I	atC	atT	31	31	B.1.1.326	0.054577
S	1114	I1114I	atC	atT	31	31	B.1.258	0.002063
S	1114	I1114I	atC	atT	29	29	B.1.1.70	0.009891
S	1114	I1114I	atC	atT	29	29	B.1.177.60	0.006335
S	1114	I1114I	atC	atT	29	29	B.1.221	0.00206
S	1114	I1114I	atC	atT	29	29	B.1.240	0.006251
S	1114	I1114I	atC	atT	28	28	AY.36	0.00415
S	1114	I1114I	atC	atT	28	28	B.1.351	0.000832
S	1114	I1114I	atC	atT	28	28	B.1.599	0.10219
S	1114	I1114I	atC	atT	27	27	AY.29	0.000426
S	1114	I1114I	atC	atT	27	27	AY.74	0.003122
S	1114	I1114I	atC	atT	26	26	B.1.177.81	0.004922
S	1114	I1114I	atC	atT	25	25	AY.100	0.00115
S	1114	I1114I	atC	atT	25	25	AY.111	0.004579
S	1114	I1114I	atC	atT	25	25	AY.42	0.001006
S	1114	I1114I	atC	atT	24	24	B.1.429	0.000565
S	1114	I1114I	atC	atT	23	23	AY.61	0.00241
S	1114	I1114I	atC	atT	23	23	B.1.1.348	0.018312
S	1114	I1114I	atC	atT	21	21	B.1.1.519	0.000834
S	1114	I1114I	atC	atT	19	19	AY.98	0.001501
S	1114	I1114I	atC	atT	17	17	AY.66	0.018182
S	1114	I1114I	atC	atT	17	17	AY.90	0.011636
S	1114	I1114I	atC	atT	16	16	AY.98.1	0.000775
S	1114	I1114I	atC	atT	16	16	B.1.177.12	0.002427
S	1114	I1114I	atC	atT	15	15	A.2.5	0.007485
S	1114	I1114I	atC	atT	15	15	B.1.595	0.003914
S	1114	I1114I	atC	atT	14	14	B.1.621	0.001239
S	1114	I1114I	atC	atT	13	13	AY.110	0.001465
S	1114	I1114I	atC	atT	13	13	B.1.1.44	0.031325
S	1114	I1114I	atC	atT	13	13	B.1.397	0.063107
S	1114	I1114I	atC	atT	13	13	P.1.14	0.000621
S	1114	I1114I	atC	atT	13	13	P.2	0.002426
S	1114	I1114I	atC	atT	12	12	B.1.1.317	0.00494
S	1114	I1114I	atC	atT	12	12	B.1.409	0.009375
S	1114	I1114I	atC	atT	11	11	A.29	0.058511
S	1114	I1114I	atC	atT	11	11	AY.45	0.001339
S	1114	I1114I	atC	atT	10	10	AY.15	0.022222
S	1114	I1114I	atC	atT	10	10	AY.75	0.00056
S	1114	I1114I	atC	atT	10	10	B.1.258.17	0.00104
S	1114	I1114I	atC	atT	9	9	AY.118	0.000564
S	1114	I1114I	atC	atT	9	9	AY.121	0.001218
S	1114	I1114I	atC	atT	9	9	AY.48	0.004186
S	1114	I1114I	atC	atT	9	9	AY.6	0.00037
S	1114	I1114I	atC	atT	9	9	B.1.637	0.000658
S	1114	I1114I	atC	atT	8	8	B.1.1.464	0.011782
S	1114	I1114I	atC	atT	8	8	B.1.537	0.16
S	1114	I1114I	atC	atT	7	7	AY.41	0.002058
S	1114	I1114I	atC	atT	7	7	B.1.1.141	0.014085
S	1114	I1114I	atC	atT	7	7	B.1.617.1	0.000903
S	1114	I1114I	atC	atT	7	7	C.26	0.051471
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	A	0.002322
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	AY.106	0.002009
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	AY.37	0.001896
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	AY.9.1	0.000502
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	B.1.1.214	0.000333
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	B.1.1.291	0.004454
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	B.1.234	0.000792
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	B.1.351.2	0.001815
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	B.1.36	0.000875
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	B.1.618	0.024194
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	C.36	0.005464
S	1114	I1114I	atC	atT	6	6	R.1	0.00054
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	AY.1	0.001979
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	AY.107	0.00233
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	AY.120.1	0.001605
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	AY.27	0.000324
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	AY.58	0.004537
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	AY.65	0.002665
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B	0.000639
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B.1.177.40	0.025773
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B.1.177.57	0.001405
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B.1.311	0.001373
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B.1.36.29	0.002587
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B.1.404	0.00651
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	B.1.525	0.000566
S	1114	I1114I	atC	atT	5	5	C.36.3	0.002836
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4		0.222222
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	A.1	0.001127
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	AE.8	0.001956
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	AY.12	0.001264
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	AY.16.1	0.00188
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	AY.39.1.1	0.002899
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	AY.54	0.000381
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.1.222	0.000816
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.1.306	0.001754
S	1114	I1114I	atC	atA	4	4	B.1.177.54	0.002426
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.177.65	0.002661
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.298	0.008457
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.426	0.004036
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.561	0.001588
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.564	0.001704
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	B.1.568	0.004444
S	1114	I1114I	atC	atT	4	4	Q.1	0.000505
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	AY.114	0.000693
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	AY.3.1	0.000256
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	AY.46	0.000312
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	AY.46.5	0.000595
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	AY.88	0.002653
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.1.39	0.001529
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.1.50	0.002037
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.1.63	0.001157
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.139	0.002199
S	1114	I1114I	atC	atT	2	3	B.1.177.21	0.000153
S	1114	I1114I	atC	atA	1	3	B.1.177.21	0.000076
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.177.4	0.000633
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.177.86	0.00055
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.206	0.002447
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.214.2	0.001799
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.36.38	0.004926
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.361	0.003866
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.362	0.004622
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.369	0.000856
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.580	0.012195
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.609	0.001438
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	B.1.78	0.025641
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	C.17	0.166667
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	D.2	0.000225
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	P.1.15	0.000697
S	1114	I1114I	atC	atT	3	3	P.1.9	0.014423
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	A.23.1	0.001408
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.113	0.000285
S	1114	I1114I	atC	atT	1	2	AY.13	0.000161
S	1114	I1114I	atC	atA	1	2	AY.13	0.000161
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.24	0.000862
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.32	0.001065
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.34.1	0.00102
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.5.1	0.007519
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.62	0.000871
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.7	0.000392
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.70	0.000417
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.72	0.002721
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.84	0.000875
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.85	0.000854
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.86	0.00166
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.9	0.000135
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	AY.94	0.000885
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.1.220	0.003717
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.1.25	0.001137
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.1.397	0.004505
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.1.434	0.000697
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.111	0.00235
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.160.16	0.001859
S	1114	I1114I	atC	atT	1	2	B.1.177.23	0.003236
S	1114	I1114I	atC	atA	1	2	B.1.177.23	0.003236
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.239	0.002442
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.258.14	0.001961
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.265	0.002541
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.329	0.001215
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.371	0.002245
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.375	0.001639
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.408	0.00738
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.438.1	0.000215
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.470	0.002809
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.499	0.002101
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.540	0.019417
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.577	0.001375
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.597	0.009259
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.606	0.012048
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.1.627	0.00404
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.4	0.004415
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	B.55	0.0059
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	C.18	0.005181
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	N.5	0.003534
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	P.1.12	0.000968
S	1114	I1114I	atC	atT	2	2	P.1.17	0.000324
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	A.2.2	0.001689
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	A.27	0.001656
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AD.2	0.000219
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.101	0.00049
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	AY.108	0.001103
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.116	0.000287
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.116.1	0.000311
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.14	0.000088
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.19	0.00114
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.2	0.000356
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.29.1	0.000221
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.30	0.000396
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.35	0.000233
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.38	0.000499
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.4.4	0.000409
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.4.5	0.000107
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.46.4	0.000165
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.52	0.000814
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.55	0.000917
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.57	0.000656
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.63	0.000387
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.67	0.000464
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.68	0.000274
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	AY.79	0.001211
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.80	0.001129
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.91	0.00073
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.92	0.000287
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.99	0.001049
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AY.99.1	0.001553
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	AZ.2	0.000821
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.10	0.001115
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.113	0.006993
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.163	0.007634
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.176	0.000439
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.192	0.002309
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.216	0.00089
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.234	0.012048
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.249	0.071429
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.329	0.003846
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.335	0.012987
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.345	0.043478
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.389	0.006061
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	B.1.1.402	0.011111
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.409	0.002833
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.440	0.011765
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	B.1.1.448	0.002033
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.528	0.004808
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.54	0.003021
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.1.58	0.005376
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.104	0.00369
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.110.3	0.000718
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.126	0.001276
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.147	0.000756
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.160.30	0.002976
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.18	0.00116
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.20	0.001517
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.45	0.000381
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.58	0.001332
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.84	0.006667
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.177.85	0.005435
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.203	0.0625
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.221.4	0.004167
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.235	0.002519
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.236	0.002053
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.258.6	0.019608
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.264	0.012346
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.279	0.000514
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.284	0.013158
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.330	0.028571
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	B.1.332	0.003497
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.351.3	0.000876
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.36.36	0.000602
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.36.37	0.002778
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.362.2	0.004717
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.370	0.008
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.378	0.006849
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.383	0.009009
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.385	0.010638
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.416.1	0.001563
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.428	0.00102
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.443	0.004673
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.453	0.003236
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.471	0.002732
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.473	0.019231
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.505	0.004386
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.521	0.004975
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.558	0.004566
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.566	0.019231
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.569	0.014493
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.575	0.000303
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.576	0.000907
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.581	0.009434
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.588	0.00091
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.590	0.004545
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.602	0.006536
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.610	0.003546
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.612	0.002653
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.630	0.005236
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.635	0.017544
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.1.94	0.027027
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	B.23	0.002924
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	B.6	0.00091
S	1114	I1114I	atC	atA	1	1	B.6.6	0.000889
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	C.16	0.00106
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	C.23	0.005814
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	N.2	0.038462
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	N.3	0.005814
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	N.6	0.007092
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	P.1.13	0.000898
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	P.1.16	0.000374
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	P.1.7	0.000319
S	1114	I1114I	atC	atT	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.