CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = G142V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	142	G142V		nonsyn	gGt	gTt	3655	3645	0.997264	21986-21988
S	142	G142V		nonsyn	gGT	gTG	3655	9	0.00246238	21986-21988
S	142	G142V		nonsyn	gGT	gTA	3655	1	0.000273598	21986-21988

Details of the mutation G142V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	142	G142V	gGt	gTt	3645	3655	All	0.000697
S	142	G142V	gGT	gTG	9	3655	All	0.000002
S	142	G142V	gGT	gTA	1	3655	All	0
S	142	G142V	gGt	gTt	2841	2848	B.1.1.7	0.002543
S	142	G142V	gGT	gTG	7	2848	B.1.1.7	0.000006
S	142	G142V	gGt	gTt	229	229	P.4	0.870722
S	142	G142V	gGt	gTt	119	119	B.1	0.00109
S	142	G142V	gGt	gTt	55	55	B.1.637	0.004019
S	142	G142V	gGt	gTt	45	45	B.1.621	0.003983
S	142	G142V	gGt	gTt	41	41	B.1.616	1
S	142	G142V	gGt	gTt	33	33	B.1.346	0.04325
S	142	G142V	gGt	gTt	31	31	B.1.177	0.000408
S	142	G142V	gGt	gTt	31	31	B.1.525	0.003508
S	142	G142V	gGt	gTt	22	22	Q.1	0.002779
S	142	G142V	gGt	gTt	18	18	B.1.2	0.000158
S	142	G142V	gGt	gTt	17	17	B.1.1	0.000308
S	142	G142V	gGt	gTt	13	13	B.1.621.1	0.006576
S	142	G142V	gGt	gTt	11	11	B.1.526	0.000259
S	142	G142V	gGt	gTt	7	7	B.1.1.28	0.002179
S	142	G142V	gGt	gTt	7	7	Q.2	0.004294
S	142	G142V	gGt	gTt	6	6	Q.8	0.000989
S	142	G142V	gGt	gTt	3	5	B.1.221	0.000213
S	142	G142V	gGT	gTA	1	5	B.1.221	0.000071
S	142	G142V	gGT	gTG	1	5	B.1.221	0.000071
S	142	G142V	gGt	gTt	4	4	B.1.351	0.000119
S	142	G142V	gGt	gTt	4	4	B.1.36	0.000584
S	142	G142V	gGt	gTt	4	4	D.2	0.0003
S	142	G142V	gGt	gTt	3	3	AY.25	0.000018
S	142	G142V	gGt	gTt	3	3	AY.4	0.000005
S	142	G142V	gGt	gTt	3	3	AY.44	0.000018
S	142	G142V	gGt	gTt	3	3	B.1.1.318	0.000905
S	142	G142V	gGt	gTt	3	3	B.1.427	0.000151
S	142	G142V	gGt	gTt	3	3	C.36.3.1	0.008152
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	AY.14	0.000176
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.273	0.013514
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.311	0.000716
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.4	0.005952
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.177.57	0.000562
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.177.75	0.002081
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.270	0.011236
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.324	0.00321
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.380	0.013245
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.438.1	0.000215
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.470	0.002809
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	B.1.596	0.000174
S	142	G142V	gGT	gTG	1	2	B.1.625	0.002353
S	142	G142V	gGt	gTt	1	2	B.1.625	0.002353
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	P.2	0.000373
S	142	G142V	gGt	gTt	2	2	Q.7	0.002222
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	A	0.000387
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	A.5	0.001923
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.100	0.000046
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.109	0.00074
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.16	0.00038
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.43	0.000004
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.53	0.000288
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.75.1	0.00018
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AY.99.2	0.000092
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	AZ.2	0.000821
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.153	0.001095
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.486	0.001577
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.157	0.002985
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.10	0.000878
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.33	0.001645
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.60	0.000218
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.22	0.001318
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.234	0.000132
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.239	0.001221
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.243	0.00007
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.3	0.002618
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.309	0.047619
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.311	0.000275
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.333	0.010526
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.338	0.008621
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.356	0.001727
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.36.21	0.00216
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.369	0.000285
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.371	0.001122
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.375	0.00082
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.400	0.000429
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.409	0.000781
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.416	0.001269
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.429	0.000024
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.456	0.003268
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.509	0.000866
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.595	0.000261
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.619	0.000871
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.623	0.000536
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.638	0.052632
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.1.78	0.008547
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.37	0.028571
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	B.52	0.010101
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	C.35	0.000774
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	C.36.3	0.000567
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	N.4	0.004255
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	P.1	0.000016
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	P.1.12	0.000484
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	P.1.14	0.000048
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	Q.3	0.000145
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	Q.4	0.000455
S	142	G142V	gGt	gTt	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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