CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = D215H

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	215	D215H		nonsyn	Gat	Cat	4386	4385	0.999772	22205-22207
S	215	D215H		nonsyn	GaT	CaC	4386	1	0.000227998	22205-22207

Details of the mutation D215H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	215	D215H	Gat	Cat	4385	4386	All	0.000839
S	215	D215H	GaT	CaC	1	4386	All	0
S	215	D215H	Gat	Cat	1263	1263	B.1.177	0.016631
S	215	D215H	Gat	Cat	403	403	B.1.617.2	0.001517
S	215	D215H	Gat	Cat	357	357	AY.4	0.000556
S	215	D215H	Gat	Cat	279	279	B.1.1.7	0.00025
S	215	D215H	Gat	Cat	195	195	AY.9.2	0.007162
S	215	D215H	Gat	Cat	187	187	AY.103	0.001161
S	215	D215H	Gat	Cat	150	150	AY.16	0.056948
S	215	D215H	Gat	Cat	130	130	B.1.177.67	0.992366
S	215	D215H	Gat	Cat	126	126	AY.102	0.003341
S	215	D215H	Gat	Cat	105	105	AY.43	0.000465
S	215	D215H	Gat	Cat	98	98	AY.9	0.006624
S	215	D215H	Gat	Cat	89	89	B.1.1	0.001615
S	215	D215H	Gat	Cat	78	78	AY.3	0.000776
S	215	D215H	Gat	Cat	72	72	B.1	0.000659
S	215	D215H	Gat	Cat	50	51	B.1.2	0.00044
S	215	D215H	GaT	CaC	1	51	B.1.2	0.000009
S	215	D215H	Gat	Cat	48	48	AY.47	0.001493
S	215	D215H	Gat	Cat	46	46	AY.44	0.00028
S	215	D215H	Gat	Cat	45	45	AY.39	0.001112
S	215	D215H	Gat	Cat	41	41	B.1.351	0.001219
S	215	D215H	Gat	Cat	38	38	B.1.1.353	0.791667
S	215	D215H	Gat	Cat	37	37	B.1.427	0.001868
S	215	D215H	Gat	Cat	36	36	C.40	1
S	215	D215H	Gat	Cat	28	28	AY.25	0.000168
S	215	D215H	Gat	Cat	25	25	P.1	0.000394
S	215	D215H	Gat	Cat	24	24	B.1.177.66	1
S	215	D215H	Gat	Cat	20	20	B.1.429	0.000471
S	215	D215H	Gat	Cat	15	15	AY.120	0.000558
S	215	D215H	Gat	Cat	15	15	B.1.526	0.000353
S	215	D215H	Gat	Cat	14	14	AY.10	0.007419
S	215	D215H	Gat	Cat	13	13	AY.5	0.000268
S	215	D215H	Gat	Cat	11	11	B.1.525	0.001245
S	215	D215H	Gat	Cat	10	10	AY.42	0.000402
S	215	D215H	Gat	Cat	10	10	B.1.36	0.001459
S	215	D215H	Gat	Cat	9	9	AY.20	0.00035
S	215	D215H	Gat	Cat	8	8	AY.14	0.000704
S	215	D215H	Gat	Cat	8	8	AY.23	0.000558
S	215	D215H	Gat	Cat	8	8	AY.61	0.000838
S	215	D215H	Gat	Cat	8	8	B.1.621	0.000708
S	215	D215H	Gat	Cat	7	7	AY.46	0.000729
S	215	D215H	Gat	Cat	7	7	AY.99	0.007345
S	215	D215H	Gat	Cat	7	7	B	0.000895
S	215	D215H	Gat	Cat	7	7	B.1.1.291	0.005197
S	215	D215H	Gat	Cat	6	6	AY.26	0.00017
S	215	D215H	Gat	Cat	6	6	B.1.1.519	0.000238
S	215	D215H	Gat	Cat	6	6	B.1.466.2	0.002347
S	215	D215H	Gat	Cat	6	6	C.37	0.000696
S	215	D215H	Gat	Cat	5	5	AY.33	0.000334
S	215	D215H	Gat	Cat	5	5	AY.46.6	0.000361
S	215	D215H	Gat	Cat	5	5	B.1.1.63	0.001929
S	215	D215H	Gat	Cat	5	5	B.1.517	0.002135
S	215	D215H	Gat	Cat	5	5	B.1.617.1	0.000645
S	215	D215H	Gat	Cat	5	5	R.1	0.00045
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	A.27	0.006623
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	AY.100	0.000184
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	AY.113	0.00057
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	AY.118	0.000251
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	AY.119	0.000141
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	AY.4.2	0.000087
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	AY.75.1	0.000721
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	B.1.1.8	0.014337
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	B.1.166	0.033898
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	B.1.177.86	0.000734
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	B.1.243	0.000278
S	215	D215H	Gat	Cat	4	4	B.1.587	0.00759
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	A.23.1	0.002113
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.24	0.001293
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.4.5	0.000322
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.45	0.000365
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.48	0.001395
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.59	0.001589
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.71	0.001425
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.88	0.002653
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	AY.9.1	0.000251
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.214	0.000166
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.25	0.001706
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.28	0.000934
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	B.1.1.306	0.001315
S	215	D215H	Gat	Cat	3	3	B.1.36.29	0.001552
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.1	0.000791
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.108	0.002205
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.114	0.000462
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.117	0.000169
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.3.1	0.000171
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.39.1	0.000079
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.54	0.000191
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	AY.85	0.000854
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.1.170	0.002494
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.1.263	0.003115
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.1.37	0.000386
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.177.47	0.025974
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.258	0.000133
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.369	0.00057
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.396	0.001411
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.565	0.001621
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.596	0.000174
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.609	0.000959
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.628	0.000705
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	B.1.635	0.035088
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	C.36	0.001821
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	P.1.15	0.000465
S	215	D215H	Gat	Cat	2	2	Q.1	0.000253
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	A.1	0.000282
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.110	0.000113
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.121	0.000135
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.16.1	0.00047
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.18	0.010101
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.29	0.000016
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.30	0.000396
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.32	0.000532
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.34	0.000097
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.34.1	0.00051
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.36	0.000148
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.4.1	0.000737
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.4.4	0.000409
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.46.2	0.000635
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.6	0.000041
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.7	0.000196
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.7.1	0.000113
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.75	0.000056
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.84	0.000437
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.86	0.00083
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.92	0.000287
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.93	0.000273
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.98	0.000079
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AY.98.1	0.000048
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AZ.1	0.000867
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	AZ.2	0.000821
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.216	0.00089
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.284	0.000107
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.298	0.000862
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.318	0.000302
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.434	0.000349
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.111	0.001175
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.115	0.021739
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.160	0.000031
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.160.32	0.004292
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.12	0.000152
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.19	0.001431
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.33	0.001645
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.8	0.000752
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.9	0.001332
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.232	0.000537
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.234	0.000132
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.366	0.004878
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.433	0.003195
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.460	0.017857
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.575	0.000303
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.618	0.004032
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.619.1	0.000641
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.625	0.002353
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.627	0.00202
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.1.637	0.000073
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.23	0.002924
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.3	0.000831
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.38	0.02381
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.40	0.000364
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	B.61	0.005747
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	C.35	0.000774
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	P.1.1	0.000318
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	P.1.17	0.000162
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	P.1.7	0.000319
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	P.2	0.000187
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	Q.2	0.000613
S	215	D215H	Gat	Cat	1	1	Q.7	0.001111

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.