CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 215 | D215H | nonsyn | Gat | Cat | 4386 | 4385 | 0.999772 | 22205-22207 | |
S | 215 | D215H | nonsyn | GaT | CaC | 4386 | 1 | 0.000227998 | 22205-22207 |
Details of the mutation D215H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4385 | 4386 | All | 0.000839 |
S | 215 | D215H | GaT | CaC | 1 | 4386 | All | 0 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1263 | 1263 | B.1.177 | 0.016631 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 403 | 403 | B.1.617.2 | 0.001517 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 357 | 357 | AY.4 | 0.000556 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 279 | 279 | B.1.1.7 | 0.00025 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 195 | 195 | AY.9.2 | 0.007162 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 187 | 187 | AY.103 | 0.001161 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 150 | 150 | AY.16 | 0.056948 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 130 | 130 | B.1.177.67 | 0.992366 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 126 | 126 | AY.102 | 0.003341 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 105 | 105 | AY.43 | 0.000465 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 98 | 98 | AY.9 | 0.006624 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 89 | 89 | B.1.1 | 0.001615 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 78 | 78 | AY.3 | 0.000776 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 72 | 72 | B.1 | 0.000659 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 50 | 51 | B.1.2 | 0.00044 |
S | 215 | D215H | GaT | CaC | 1 | 51 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 48 | 48 | AY.47 | 0.001493 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 46 | 46 | AY.44 | 0.00028 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 45 | 45 | AY.39 | 0.001112 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 41 | 41 | B.1.351 | 0.001219 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 38 | 38 | B.1.1.353 | 0.791667 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 37 | 37 | B.1.427 | 0.001868 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 36 | 36 | C.40 | 1 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 28 | 28 | AY.25 | 0.000168 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 25 | 25 | P.1 | 0.000394 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 24 | 24 | B.1.177.66 | 1 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 20 | 20 | B.1.429 | 0.000471 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 15 | 15 | AY.120 | 0.000558 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 15 | 15 | B.1.526 | 0.000353 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 14 | 14 | AY.10 | 0.007419 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 13 | 13 | AY.5 | 0.000268 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 11 | 11 | B.1.525 | 0.001245 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.42 | 0.000402 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 10 | 10 | B.1.36 | 0.001459 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.14 | 0.000704 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.23 | 0.000558 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.61 | 0.000838 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 8 | 8 | B.1.621 | 0.000708 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.46 | 0.000729 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.99 | 0.007345 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 7 | 7 | B | 0.000895 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 7 | 7 | B.1.1.291 | 0.005197 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 6 | 6 | AY.26 | 0.00017 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 6 | 6 | B.1.1.519 | 0.000238 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 6 | 6 | B.1.466.2 | 0.002347 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 6 | 6 | C.37 | 0.000696 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.33 | 0.000334 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.46.6 | 0.000361 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 5 | 5 | B.1.1.63 | 0.001929 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 5 | 5 | B.1.517 | 0.002135 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 5 | 5 | B.1.617.1 | 0.000645 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 5 | 5 | R.1 | 0.00045 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | A.27 | 0.006623 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.100 | 0.000184 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.113 | 0.00057 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.118 | 0.000251 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.119 | 0.000141 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.4.2 | 0.000087 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.75.1 | 0.000721 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.1.8 | 0.014337 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.166 | 0.033898 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.177.86 | 0.000734 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.243 | 0.000278 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.587 | 0.00759 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | A.23.1 | 0.002113 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.24 | 0.001293 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.45 | 0.000365 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.48 | 0.001395 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.59 | 0.001589 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.71 | 0.001425 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.88 | 0.002653 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.9.1 | 0.000251 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.214 | 0.000166 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.25 | 0.001706 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.28 | 0.000934 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.306 | 0.001315 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.36.29 | 0.001552 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.108 | 0.002205 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.114 | 0.000462 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.170 | 0.002494 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.263 | 0.003115 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.37 | 0.000386 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.177.47 | 0.025974 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.369 | 0.00057 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.396 | 0.001411 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.565 | 0.001621 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.609 | 0.000959 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.635 | 0.035088 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | C.36 | 0.001821 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | P.1.15 | 0.000465 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.18 | 0.010101 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.4.1 | 0.000737 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.86 | 0.00083 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AZ.1 | 0.000867 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | AZ.2 | 0.000821 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.269 | 0.001353 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.298 | 0.000862 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.111 | 0.001175 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.115 | 0.021739 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.160.32 | 0.004292 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.19 | 0.001431 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.33 | 0.001645 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.8 | 0.000752 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.9 | 0.001332 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.366 | 0.004878 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.433 | 0.003195 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.460 | 0.017857 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.618 | 0.004032 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.625 | 0.002353 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.627 | 0.00202 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.23 | 0.002924 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.3 | 0.000831 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.38 | 0.02381 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.61 | 0.005747 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | Q.2 | 0.000613 |
S | 215 | D215H | Gat | Cat | 1 | 1 | Q.7 | 0.001111 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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