CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 215 | D215G | nonsyn | gAt | gGt | 40238 | 40234 | 0.999901 | 22205-22207 | |
S | 215 | D215G | nonsyn | gAT | gGC | 40238 | 3 | 0.0000745564 | 22205-22207 | |
S | 215 | D215G | nonsyn | gAT | gGA | 40238 | 1 | 0.0000248521 | 22205-22207 |
Details of the mutation D215G within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 40234 | 40238 | All | 0.007695 |
S | 215 | D215G | gAT | gGC | 3 | 40238 | All | 0.000001 |
S | 215 | D215G | gAT | gGA | 1 | 40238 | All | 0 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 31982 | 31982 | B.1.351 | 0.950713 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3277 | 3277 | B.1.351.2 | 0.991528 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1659 | 1659 | B.1.351.5 | 0.994604 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1126 | 1126 | B.1.351.3 | 0.986854 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 360 | 360 | B.1.1.7 | 0.000322 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 235 | 235 | B.1 | 0.002152 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 226 | 226 | C.1.2 | 0.961702 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 137 | 137 | AT.1 | 0.702564 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 120 | 120 | AY.44 | 0.00073 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 55 | 55 | B.1.1 | 0.000998 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 50 | 50 | B.1.1.70 | 0.017053 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 50 | 50 | B.1.22 | 0.065876 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 49 | 49 | B.1.617.2 | 0.000185 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 46 | 46 | AY.4 | 0.000072 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 41 | 41 | B.1.258.3 | 0.068677 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 37 | 37 | B.1.616 | 0.902439 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 35 | 35 | B.1.429 | 0.000824 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 33 | 33 | AY.25 | 0.000198 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 30 | 30 | AY.103 | 0.000186 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 30 | 30 | C.36.3.1 | 0.081522 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 28 | 28 | P.3 | 0.044657 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 26 | 26 | AY.114 | 0.006009 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 25 | 25 | B.1.351.1 | 0.961538 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 22 | 22 | P.1 | 0.000347 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 21 | 21 | B.1.2 | 0.000185 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 18 | 18 | AY.20 | 0.0007 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 17 | 17 | B.1.524 | 0.02391 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 17 | 17 | B.1.620 | 0.016083 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 16 | 16 | AY.43 | 0.000071 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 16 | 16 | B.1.214.2 | 0.009592 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 15 | 15 | B.1.526 | 0.000353 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 15 | 15 | B.1.554 | 0.066079 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 14 | 14 | C.37 | 0.001625 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.1.519 | 0.000516 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.427 | 0.000656 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 11 | 11 | B | 0.001406 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 11 | 11 | B.1.111 | 0.012926 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 10 | 10 | AY.39 | 0.000247 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.102 | 0.000239 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.121 | 0.001218 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.29 | 0.000142 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.3 | 0.00009 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.177.73 | 0.005096 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.75 | 0.000448 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.617.1 | 0.001032 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.42 | 0.000282 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.45 | 0.000852 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.56 | 0.011236 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.75.1 | 0.001262 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.160 | 0.000218 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 6 | 6 | A.21 | 0.01662 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.4.2 | 0.00013 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.9.2 | 0.00022 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.28 | 0.001867 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | A | 0.001935 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | A.30 | 0.714286 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.100 | 0.00023 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.116 | 0.001434 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 5 | AY.26 | 0.000113 |
S | 215 | D215G | gAT | gGC | 1 | 5 | AY.26 | 0.000028 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.36 | 0.000741 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.88 | 0.004421 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 5 | 5 | P.5 | 0.068493 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.113 | 0.00057 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.120 | 0.000149 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.59 | 0.002119 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.7 | 0.000784 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.1.432 | 0.005063 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.258 | 0.000266 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.595 | 0.001044 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 4 | B.1.621 | 0.000266 |
S | 215 | D215G | gAT | gGA | 1 | 4 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | A.1 | 0.000846 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | A.29 | 0.015957 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.1 | 0.001187 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.105 | 0.001929 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.118 | 0.000188 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.33 | 0.001263 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.372 | 0.002066 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.389 | 0.018182 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.507 | 0.026087 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.170 | 0.012931 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | C.36.3 | 0.001702 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 3 | 3 | Q.8 | 0.000495 |
S | 215 | D215G | gAT | gGC | 2 | 2 | A.2.5 | 0.000998 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | A.27 | 0.003311 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.115 | 0.010417 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.3.1 | 0.000171 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.32 | 0.001065 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.40 | 0.001929 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.46.5 | 0.000397 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.71 | 0.00095 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.84 | 0.000875 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.96 | 0.004149 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.1 | 0.000653 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.110.3 | 0.001437 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.177.31 | 0.022989 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.375 | 0.001639 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.609 | 0.000959 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.636 | 0.013423 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.6 | 0.00182 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 2 | 2 | C.1 | 0.004785 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AA.1 | 0.007246 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.375 | 0.011905 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.521 | 0.005348 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.526 | 0.003546 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.189 | 0.004292 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.214 | 0.003663 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.214.3 | 0.007143 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.221.1 | 0.002907 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.235 | 0.002519 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.237 | 0.004975 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.336 | 0.002439 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.343 | 0.020833 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.362 | 0.001541 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.378 | 0.006849 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.399 | 0.001934 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.459 | 0.004082 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.6.3 | 0.026316 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | C.1.1 | 0.076923 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
S | 215 | D215G | gAt | gGt | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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