CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 138 | D138H | nonsyn | Gat | Cat | 28201 | 28201 | 1 | 21974-21976 |
Details of the mutation D138H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 28201 | 28201 | All | 0.005394 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12915 | 12915 | B.1.1.7 | 0.011562 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12757 | 12757 | AY.4 | 0.019855 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 623 | 623 | B.1.1 | 0.011302 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 289 | 289 | B.1.1.186 | 0.993127 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 186 | 186 | B.1.617.2 | 0.0007 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 121 | 121 | B.1 | 0.001108 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 115 | 115 | AY.29 | 0.001814 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 100 | 100 | AY.29.1 | 0.022051 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 73 | 73 | B.1.2 | 0.000643 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 64 | 64 | B.1.1.222 | 0.013056 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 63 | 63 | AY.103 | 0.000391 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 53 | 53 | B.1.160 | 0.001653 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 52 | 52 | B.1.582 | 0.025515 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 46 | 46 | B.1.177.56 | 0.030708 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 46 | 46 | B.1.565 | 0.037277 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 44 | 44 | Q.5 | 0.745763 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 36 | 36 | C.37 | 0.004178 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 35 | 35 | AY.43 | 0.000155 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 31 | 31 | B.1.177 | 0.000408 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 26 | 26 | Q.1 | 0.003284 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 24 | 24 | B.1.36 | 0.003502 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 20 | 20 | AY.44 | 0.000122 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 20 | 20 | B.1.258 | 0.001331 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 18 | 18 | AY.4.2.1 | 0.002682 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 18 | 18 | B.1.1.189 | 0.027231 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 15 | 15 | AY.39 | 0.000371 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 14 | 14 | AY.114 | 0.003235 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 14 | 14 | AY.20 | 0.000544 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 14 | 14 | B.1.177.60 | 0.003058 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 13 | 13 | AY.42 | 0.000523 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 13 | 13 | B.1.429 | 0.000306 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12 | 12 | AY.102 | 0.000318 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12 | 12 | AY.26 | 0.00034 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12 | 12 | B.1.1.216 | 0.010686 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12 | 12 | B.1.1.33 | 0.005051 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 12 | 12 | C.16 | 0.012725 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.41 | 0.002939 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 9 | 9 | AY.120 | 0.000335 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 9 | 9 | B.6.6 | 0.008 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.25 | 0.000048 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 8 | 8 | B.1.1.528 | 0.038462 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.5 | 0.000145 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 6 | 6 | AY.3 | 0.00006 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 6 | 6 | AY.93 | 0.001638 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 6 | 6 | B.1.595 | 0.001566 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 6 | 6 | B.1.621 | 0.000531 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.13 | 0.000805 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.63 | 0.001934 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 5 | 5 | B.1.1.322 | 0.04386 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 5 | 5 | B.1.153 | 0.09434 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 5 | 5 | C.30 | 0.008636 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.45 | 0.000487 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.61 | 0.000419 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.1.28 | 0.001245 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.1.38 | 0.235294 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.177.81 | 0.000757 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.351 | 0.000119 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.398 | 0.011905 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.525 | 0.000453 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.609 | 0.001918 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | C.36 | 0.003643 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 4 | 4 | P.1.1 | 0.001271 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.25 | 0.001706 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.221 | 0.000213 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.577 | 0.002062 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.6 | 0.00273 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.110 | 0.000225 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.16 | 0.000759 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.46.5 | 0.000397 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | AZ.1 | 0.001735 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.416 | 0.00181 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.139 | 0.001466 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.36.1 | 0.002281 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.36.16 | 0.002849 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.375 | 0.001639 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.393 | 0.057143 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.416 | 0.002538 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.564 | 0.000852 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.580 | 0.00813 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.620 | 0.001892 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.31 | 0.007463 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | A.27 | 0.001656 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.1 | 0.000396 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.58 | 0.000907 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.198 | 0.001468 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.210 | 0.005714 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.234 | 0.012048 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.294 | 0.001266 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.354 | 0.004386 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.375 | 0.011905 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.412 | 0.007634 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.448 | 0.002033 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.517 | 0.006803 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.8 | 0.003584 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.147 | 0.000756 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.79 | 0.002342 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.310 | 0.047619 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.10 | 0.004785 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.31 | 0.001751 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.408 | 0.00369 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.612 | 0.002653 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.625 | 0.002353 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.9.5 | 0.005682 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.10.1 | 0.00813 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 138 | D138H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.7 | 0.004367 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|