CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 1139 | D1139H | nonsyn | Gat | Cat | 1068 | 1067 | 0.999064 | 24977-24979 | |
S | 1139 | D1139H | nonsyn | GaT | CaC | 1068 | 1 | 0.00093633 | 24977-24979 |
Details of the mutation D1139H within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1067 | 1068 | All | 0.000204 |
S | 1139 | D1139H | GaT | CaC | 1 | 1068 | All | 0 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 190 | 190 | AV.1 | 0.959596 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 98 | 98 | B.1.234 | 0.01293 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 66 | 66 | AY.25 | 0.000397 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 66 | 66 | AY.43 | 0.000292 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 58 | 58 | B.1.1.7 | 0.000052 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 51 | 51 | AY.4 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 42 | 42 | AY.29 | 0.000662 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 38 | 38 | AY.26 | 0.001076 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 32 | 32 | B.1 | 0.000293 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 31 | 31 | B.1.617.2 | 0.000117 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 22 | 22 | AY.103 | 0.000137 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 22 | 22 | AY.44 | 0.000134 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 18 | 18 | B.1.2 | 0.000158 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 17 | 17 | AY.74 | 0.001966 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 17 | 17 | B.1.1 | 0.000308 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 14 | 14 | P.1 | 0.000221 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 13 | 13 | B.1.1.284 | 0.001396 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 12 | 12 | AY.102 | 0.000318 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 11 | 11 | B.1.177 | 0.000145 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.27 | 0.000647 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.5 | 0.000206 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 10 | 10 | AY.69 | 0.001867 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 9 | 9 | AY.6 | 0.00037 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.42 | 0.000322 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.46.5 | 0.001587 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 8 | 8 | B.1.551 | 0.010323 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.119 | 0.000247 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.33 | 0.000467 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 7 | 7 | AY.4.2 | 0.000152 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 6 | 6 | AY.45 | 0.00073 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 6 | 6 | B.1.351 | 0.000178 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.100 | 0.00023 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.20 | 0.000194 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.46.6 | 0.000361 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.34 | 0.000388 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.98 | 0.000316 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.621.1 | 0.002023 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.101 | 0.001471 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.7.1 | 0.000338 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.9.1 | 0.000251 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.1.37 | 0.000579 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.240 | 0.000647 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.243 | 0.000209 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
S | 1139 | D1139H | GaT | CaC | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 2 | 0.055556 | |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | A.23.1 | 0.001408 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.40 | 0.001929 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.59 | 0.001059 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.555 | 0.044444 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.576 | 0.001813 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.56 | 0.001605 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.88 | 0.000884 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.346 | 0.029412 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.52 | 0.001757 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.77 | 0.000726 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.258.11 | 0.000396 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.306 | 0.005714 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.468 | 0.005714 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.91 | 0.002075 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.11 | 0.010638 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.33 | 0.058824 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.36 | 0.000911 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 1139 | D1139H | Gat | Cat | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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