CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : Mut = A67V

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	67	A67V		nonsyn	gCt	gTt	19793	19783	0.999495	21761-21763
S	67	A67V		nonsyn	gCT	gTA	19793	6	0.000303137	21761-21763
S	67	A67V		nonsyn	gCT	gTC	19793	2	0.000101046	21761-21763
S	67	A67V		nonsyn	gCT	gTG	19793	2	0.000101046	21761-21763

Details of the mutation A67V within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	67	A67V	gCt	gTt	19783	19793	All	0.003784
S	67	A67V	gCT	gTA	6	19793	All	0.000001
S	67	A67V	gCT	gTC	2	19793	All	0
S	67	A67V	gCT	gTG	2	19793	All	0
S	67	A67V	gCt	gTt	8543	8545	B.1.525	0.966731
S	67	A67V	gCT	gTG	1	8545	B.1.525	0.000113
S	67	A67V	gCT	gTC	1	8545	B.1.525	0.000113
S	67	A67V	gCt	gTt	2211	2212	B.1.1.7	0.001979
S	67	A67V	gCT	gTA	1	2212	B.1.1.7	0.000001
S	67	A67V	gCt	gTt	1953	1953	AY.6	0.080324
S	67	A67V	gCt	gTt	1601	1601	AY.9.2	0.058804
S	67	A67V	gCt	gTt	1321	1322	AY.4	0.002056
S	67	A67V	gCT	gTC	1	1322	AY.4	0.000002
S	67	A67V	gCt	gTt	470	470	B.1.351.3	0.411919
S	67	A67V	gCt	gTt	350	350	B.1.617.2	0.001318
S	67	A67V	gCt	gTt	340	340	B.1.258.22	0.906667
S	67	A67V	gCt	gTt	338	338	AY.26	0.009569
S	67	A67V	gCt	gTt	171	171	B.1.177	0.002252
S	67	A67V	gCt	gTt	154	154	AY.44	0.000937
S	67	A67V	gCt	gTt	141	141	B.1.2	0.001242
S	67	A67V	gCt	gTt	123	123	AY.103	0.000764
S	67	A67V	gCt	gTt	107	107	AY.25	0.000644
S	67	A67V	gCt	gTt	104	104	B.1	0.000953
S	67	A67V	gCt	gTt	98	98	AY.43	0.000434
S	67	A67V	gCt	gTt	84	84	AY.36	0.01245
S	67	A67V	gCt	gTt	72	72	B.1.427	0.003636
S	67	A67V	gCt	gTt	64	64	B.1.1	0.001161
S	67	A67V	gCt	gTt	60	60	Q.2	0.03681
S	67	A67V	gCt	gTt	57	57	B.1.351	0.001694
S	67	A67V	gCt	gTt	54	54	B.1.1.519	0.002144
S	67	A67V	gCt	gTt	53	53	AY.3	0.000527
S	67	A67V	gCt	gTt	52	52	AY.109	0.038462
S	67	A67V	gCt	gTt	47	47	AY.14	0.004137
S	67	A67V	gCt	gTt	36	36	AY.4.2	0.000781
S	67	A67V	gCt	gTt	35	35	B.1.429	0.000824
S	67	A67V	gCt	gTt	33	33	B.1.526	0.000776
S	67	A67V	gCt	gTt	27	27	B.1.438.1	0.002896
S	67	A67V	gCt	gTt	26	26	AY.102	0.000689
S	67	A67V	gCt	gTt	26	26	AY.27	0.001683
S	67	A67V	gCt	gTt	25	25	AY.75	0.001401
S	67	A67V	gCt	gTt	25	25	B.1.177.53	0.059809
S	67	A67V	gCt	gTt	25	25	B.1.596	0.002178
S	67	A67V	gCt	gTt	23	23	B.1.1.368	0.070988
S	67	A67V	gCt	gTt	23	23	B.1.160	0.000717
S	67	A67V	gCt	gTt	22	22	AY.119	0.000777
S	67	A67V	gCt	gTt	18	21	P.1	0.000284
S	67	A67V	gCT	gTA	3	21	P.1	0.000047
S	67	A67V	gCt	gTt	20	20	AY.5	0.000413
S	67	A67V	gCt	gTt	19	19	AY.20	0.000738
S	67	A67V	gCt	gTt	19	19	AY.47	0.000591
S	67	A67V	gCt	gTt	18	18	C.37	0.002089
S	67	A67V	gCt	gTt	17	17	AY.39	0.00042
S	67	A67V	gCt	gTt	17	17	B.1.351.2	0.005144
S	67	A67V	gCt	gTt	16	16	AY.53	0.0046
S	67	A67V	gCt	gTt	16	16	B.1.243	0.001113
S	67	A67V	gCt	gTt	16	16	R.1	0.00144
S	67	A67V	gCt	gTt	13	13	AY.46	0.001353
S	67	A67V	gCt	gTt	13	13	B.1.258	0.000865
S	67	A67V	gCt	gTt	13	13	B.1.621	0.001151
S	67	A67V	gCt	gTt	12	12	AY.3.1	0.001023
S	67	A67V	gCt	gTt	12	12	AY.45	0.00146
S	67	A67V	gCt	gTt	11	11	AY.100	0.000506
S	67	A67V	gCt	gTt	11	11	AY.29	0.000174
S	67	A67V	gCt	gTt	11	11	AY.61	0.001153
S	67	A67V	gCt	gTt	11	11	AY.62	0.004793
S	67	A67V	gCt	gTt	11	11	AY.98	0.000869
S	67	A67V	gCt	gTt	11	11	B.1.234	0.001451
S	67	A67V	gCt	gTt	10	10	AY.120	0.000372
S	67	A67V	gCt	gTt	10	10	AY.30	0.003957
S	67	A67V	gCt	gTt	10	10	AY.42	0.000402
S	67	A67V	gCt	gTt	10	10	B.1.551	0.012903
S	67	A67V	gCt	gTt	9	9	AY.113	0.001282
S	67	A67V	gCt	gTt	9	9	B.1.1.318	0.002716
S	67	A67V	gCt	gTt	9	9	B.1.177.81	0.001704
S	67	A67V	gCt	gTt	8	8	AY.35	0.001864
S	67	A67V	gCt	gTt	8	8	AY.9	0.000541
S	67	A67V	gCt	gTt	8	8	B.1.177.4	0.001688
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	AY.32	0.003727
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	AY.33	0.000467
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	AY.5.4	0.001937
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	AY.7.1	0.000789
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	AY.9.1	0.000586
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	B.1.177.73	0.003964
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	B.1.177.86	0.001284
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	B.1.362	0.010786
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	B.1.588	0.006369
S	67	A67V	gCt	gTt	7	7	B.1.617.1	0.000903
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	AY.114	0.001387
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	AY.34.1	0.00306
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	AY.39.1	0.000238
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	AY.54	0.000572
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	AY.91	0.004383
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	AY.99.2	0.000553
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.1.263	0.009346
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.1.312	0.011472
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.177.44	0.003114
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.177.60	0.001311
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.258.14	0.005882
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.36	0.000875
S	67	A67V	gCt	gTt	6	6	B.1.36.29	0.003104
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	AY.107	0.00233
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	AY.117	0.000423
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	AY.98.1	0.000242
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	B.1.1.70	0.001705
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	B.1.575	0.001517
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	B.1.576	0.004533
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	P.6	0.015723
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	Q.8	0.000825
S	67	A67V	gCt	gTt	5	5	W.1	0.043478
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	AY.23	0.000279
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	AY.46.4	0.000658
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	AY.71	0.0019
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	AY.75.1	0.000721
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B	0.000511
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.1.214	0.000222
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.1.222	0.000816
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.1.512	0.114286
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.177.32	0.005398
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.177.33	0.006579
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.177.56	0.00267
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	B.1.337	0.022346
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	D.2	0.0003
S	67	A67V	gCt	gTt	3	4	P.2	0.00056
S	67	A67V	gCT	gTA	1	4	P.2	0.000187
S	67	A67V	gCt	gTt	4	4	Q.1	0.000505
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	A.2.5.3	0.030928
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	A.23.1	0.002113
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.116	0.00086
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.118	0.000188
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.121	0.000406
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.4.5	0.000322
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.58	0.002722
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.65	0.001599
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.74	0.000347
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	AY.99	0.003148
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.1.186	0.010309
S	67	A67V	gCt	gTt	2	3	B.1.1.28	0.000622
S	67	A67V	gCT	gTA	1	3	B.1.1.28	0.000311
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.1.284	0.000322
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.1.311	0.001074
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.1.37	0.000579
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.1.391	0.025641
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.160.22	0.02027
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.177.79	0.007026
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.258.17	0.000312
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.448	0.007874
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.465	0.011407
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.468	0.017143
S	67	A67V	gCt	gTt	3	3	B.1.637	0.000219
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.120.2.1	0.000997
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.34	0.000194
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.46.6	0.000144
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.5.2	0.004926
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.69	0.000373
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.7	0.000392
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.7.2	0.001119
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.85	0.000854
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	AY.92	0.000575
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.1.231	0.006192
S	67	A67V	gCT	gTG	1	2	B.1.1.33	0.000421
S	67	A67V	gCt	gTt	1	2	B.1.1.33	0.000421
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.170	0.008621
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.177.12	0.000303
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.177.21	0.000153
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.177.57	0.000562
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.221	0.000142
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.232	0.001075
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.240	0.000431
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.311	0.000549
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.349	0.00143
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.36.17	0.000988
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.369	0.00057
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.399	0.003868
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.426	0.002018
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.497	0.00063
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.517	0.000854
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.560	0.009259
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.567	0.006667
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.582	0.000981
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.595	0.000522
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.609	0.000959
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.619	0.001742
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	B.1.630	0.010471
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	C.1.2	0.008511
S	67	A67V	gCt	gTt	2	2	P.3	0.00319
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	A	0.000387
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AD.2	0.000219
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AK.1	0.012658
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AM.4	0.003571
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AU.1	0.001266
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.1	0.000396
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.10	0.00053
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.11	0.001339
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.111	0.000183
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.21	0.001898
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.29.1	0.000221
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.39.2	0.001541
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.40	0.000964
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.46.2	0.000635
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.48	0.000465
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.57	0.000656
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.59	0.00053
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.72	0.001361
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.76	0.004831
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.78	0.001541
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.79	0.001211
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	AY.8	0.000606
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S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	P.1.12	0.000484
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S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	P.1.15	0.000232
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	P.1.17	0.000162
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	P.1.17.1	0.000875
S	67	A67V	gCt	gTt	1	1	Q.4	0.000455

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.