CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 95 & Codon = aTt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	95	T95I		nonsyn	aCt	aTt	1102287	1102245	0.999962	21845-21847

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	95	T95I	aCt	aTt	1102245	1102287	All	0.210817
S	95	T95I	aCt	aTt	539579	539594	AY.4	0.839813
S	95	T95I	aCt	aTt	85790	85802	B.1.617.2	0.323035
S	95	T95I	aCt	aTt	62360	62362	AY.29	0.983643
S	95	T95I	aCt	aTt	42130	42130	B.1.526	0.990246
S	95	T95I	aCt	aTt	42007	42007	AY.4.2	0.911076
S	95	T95I	aCt	aTt	35187	35187	AY.102	0.932946
S	95	T95I	aCt	aTt	23521	23521	AY.39	0.581239
S	95	T95I	aCt	aTt	22576	22576	AY.120	0.83935
S	95	T95I	aCt	aTt	21361	21361	AY.119	0.754219
S	95	T95I	aCt	aTt	18953	18956	AY.20	0.736611
S	95	T95I	aCt	aTt	18153	18153	AY.42	0.730297
S	95	T95I	aCt	aTt	13931	13931	AY.39.1	0.551854
S	95	T95I	aCt	aTt	13670	13673	AY.100	0.628911
S	95	T95I	aCt	aTt	12779	12779	AY.118	0.800589
S	95	T95I	aCt	aTt	10862	10863	B.1.621	0.961494
S	95	T95I	aCt	aTt	8536	8536	AY.34	0.827693
S	95	T95I	aCt	aTt	7812	7812	AY.117	0.660243
S	95	T95I	aCt	aTt	7369	7369	AY.4.5	0.79211
S	95	T95I	aCt	aTt	5523	5523	AY.121	0.747361
S	95	T95I	aCt	aTt	5352	5352	AY.36	0.793241
S	95	T95I	aCt	aTt	5262	5262	AY.113	0.749252
S	95	T95I	aCt	aTt	5239	5239	AY.43	0.023211
S	95	T95I	aCt	aTt	4932	4932	AY.4.2.1	0.734803
S	95	T95I	aCt	aTt	4392	4392	AY.29.1	0.968467
S	95	T95I	aCt	aTt	3959	3959	AY.111	0.725092
S	95	T95I	aCt	aTt	3677	3677	B.1.617.1	0.474207
S	95	T95I	aCt	aTt	3524	3524	AY.110	0.397115
S	95	T95I	aCt	aTt	3309	3309	AY.114	0.764733
S	95	T95I	aCt	aTt	3257	3257	B.1.1.318	0.9828
S	95	T95I	aCt	aTt	3175	3175	B.1.1.7	0.002842
S	95	T95I	aCt	aTt	2758	2758	B.1.628	0.971811
S	95	T95I	aCt	aTt	2649	2649	AY.116.1	0.824977
S	95	T95I	aCt	aTt	2619	2621	AY.120.1	0.84077
S	95	T95I	aCt	aTt	1990	1990	AY.116	0.570691
S	95	T95I	aCt	aTt	1961	1961	AY.4.4	0.802373
S	95	T95I	aCt	aTt	1912	1912	B.1.621.1	0.967122
S	95	T95I	aCt	aTt	1867	1867	AY.46.4	0.307123
S	95	T95I	aCt	aTt	1847	1847	AY.92	0.530595
S	95	T95I	aCt	aTt	1810	1810	AY.85	0.773174
S	95	T95I	aCt	aTt	1780	1780	AY.44	0.010834
S	95	T95I	aCt	aTt	1645	1645	AY.1	0.65097
S	95	T95I	aCt	aTt	1641	1641	AY.120.2.1	0.817638
S	95	T95I	aCt	aTt	1578	1578	AY.101	0.773909
S	95	T95I	aCt	aTt	1566	1566	AY.107	0.72973
S	95	T95I	aCt	aTt	1432	1432	AY.106	0.479571
S	95	T95I	aCt	aTt	1304	1304	AY.98	0.10301
S	95	T95I	aCt	aTt	1292	1292	AY.39.1.1	0.936232
S	95	T95I	aCt	aTt	1280	1280	B.1	0.011724
S	95	T95I	aCt	aTt	1182	1182	AZ.2	0.970443
S	95	T95I	aCt	aTt	1152	1152	AZ.1	0.999133
S	95	T95I	aCt	aTt	1106	1106	AY.4.1	0.815634
S	95	T95I	aCt	aTt	1071	1071	AY.109	0.79216
S	95	T95I	aCt	aTt	1030	1030	AY.4.3	0.867003
S	95	T95I	aCt	aTt	925	925	AY.25	0.005564
S	95	T95I	aCt	aTt	888	888	AY.105	0.571061
S	95	T95I	aCt	aTt	873	874	AY.103	0.005421
S	95	T95I	aCt	aTt	810	810	AY.34.1	0.413055
S	95	T95I	aCt	aTt	711	711	AY.9.2	0.026115
S	95	T95I	aCt	aTt	652	652	AZ.3	0.990881
S	95	T95I	aCt	aTt	620	620	AY.46	0.06453
S	95	T95I	aCt	aTt	608	608	AY.45	0.073984
S	95	T95I	aCt	aTt	558	558	AY.73	0.371257
S	95	T95I	aCt	aTt	522	522	AY.39.2	0.804314
S	95	T95I	aCt	aTt	465	465	AY.78	0.716487
S	95	T95I	aCt	aTt	464	464	AY.108	0.511577
S	95	T95I	aCt	aTt	456	456	AY.104	0.904762
S	95	T95I	aCt	aTt	422	422	AY.5.3	0.142375
S	95	T95I	aCt	aTt	416	416	AY.23	0.029016
S	95	T95I	aCt	aTt	412	412	AY.84	0.180227
S	95	T95I	aCt	aTt	398	398	AY.93	0.108684
S	95	T95I	aCt	aTt	395	395	AY.22	0.82636
S	95	T95I	aCt	aTt	393	393	AY.46.2	0.249682
S	95	T95I	aCt	aTt	384	384	AY.75	0.021513
S	95	T95I	aCt	aTt	381	381	AY.5	0.007867
S	95	T95I	aCt	aTt	380	380	AY.86	0.315353
S	95	T95I	aCt	aTt	373	373	B.1.2	0.003284
S	95	T95I	aCt	aTt	362	362	AY.21	0.686907
S	95	T95I	aCt	aTt	356	356	AY.41	0.104644
S	95	T95I	aCt	aTt	353	353	AY.74	0.040823
S	95	T95I	aCt	aTt	347	347	AY.33	0.023172
S	95	T95I	aCt	aTt	342	342	B.1.625	0.804706
S	95	T95I	aCt	aTt	334	334	AY.68	0.091432
S	95	T95I	aCt	aTt	329	329	AY.120.2	0.422879
S	95	T95I	aCt	aTt	316	316	B.1.398	0.940476
S	95	T95I	aCt	aTt	314	314	AY.69	0.058615
S	95	T95I	aCt	aTt	297	297	AZ.4	0.996644
S	95	T95I	aCt	aTt	290	290	B.1.631	0.976431
S	95	T95I	aCt	aTt	288	288	AY.3	0.002865
S	95	T95I	aCt	aTt	283	283	AZ.5	0.992982
S	95	T95I	aCt	aTt	276	276	B.1.634	0.945205
S	95	T95I	aCt	aTt	260	261	AY.55	0.238532
S	95	T95I	aCt	aTt	231	231	B.1.1	0.004191
S	95	T95I	aCt	aTt	207	207	AY.98.1	0.010025
S	95	T95I	aCt	aTt	195	195	AV.1	0.984848
S	95	T95I	aCt	aTt	184	184	B.1.177	0.002423
S	95	T95I	aCt	aTt	183	183	AY.79	0.22155
S	95	T95I	aCt	aTt	170	170	AY.61	0.017812
S	95	T95I	aCt	aTt	163	163	AY.46.1	0.167351
S	95	T95I	aCt	aTt	157	157	AY.6	0.006457
S	95	T95I	aCt	aTt	156	156	AY.99	0.163694
S	95	T95I	aCt	aTt	145	145	AY.54	0.013825
S	95	T95I	aCt	aTt	135	135	AY.26	0.003822
S	95	T95I	aCt	aTt	133	133	B.1.623	0.071352
S	95	T95I	aCt	aTt	132	132	AY.90	0.090349
S	95	T95I	aCt	aTt	132	132	B.1.1.294	0.167089
S	95	T95I	aCt	aTt	131	131	AY.75.1	0.023621
S	95	T95I	aCt	aTt	130	130	AY.47	0.004044
S	95	T95I	aCt	aTt	128	128	B.1.429	0.003012
S	95	T95I	aCt	aTt	123	123	AZ.2.1	1
S	95	T95I	aCt	aTt	119	119	AZ.6	1
S	95	T95I	aCt	aTt	118	118	B.1.214.3	0.842857
S	95	T95I	aCt	aTt	113	113	R.1	0.010171
S	95	T95I	aCt	aTt	111	111	B.1.311	0.030478
S	95	T95I	aCt	aTt	109	109	AY.19	0.124287
S	95	T95I	aCt	aTt	108	108	AY.37	0.034134
S	95	T95I	aCt	aTt	105	105	AY.77	0.118377
S	95	T95I	aCt	aTt	100	100	AY.115	0.520833
S	95	T95I	aCt	aTt	93	93	B.1.177.73	0.052661
S	95	T95I	aCt	aTt	91	91	AY.57	0.059711
S	95	T95I	aCt	aTt	91	91	AY.88	0.08046
S	95	T95I	aCt	aTt	89	89	AY.46.6	0.006426
S	95	T95I	aCt	aTt	88	88	AY.16	0.033409
S	95	T95I	aCt	aTt	86	86	B.1.258	0.005723
S	95	T95I	aCt	aTt	85	85	AY.58	0.077132
S	95	T95I	aCt	aTt	84	84	AY.32	0.044728
S	95	T95I	aCt	aTt	82	82	B.1.427	0.004141
S	95	T95I	aCt	aTt	80	80	AY.89	0.392157
S	95	T95I	aCt	aTt	75	75	P.1	0.001182
S	95	T95I	aCt	aTt	70	70	AY.91	0.051132
S	95	T95I	aCt	aTt	70	70	B.1.525	0.007921
S	95	T95I	aCt	aTt	69	69	AY.70	0.014387
S	95	T95I	aCt	aTt	64	64	B.1.160	0.001996
S	95	T95I	aCt	aTt	63	63	B.1.1.50	0.04277
S	95	T95I	aCt	aTt	62	62	AY.64	0.036905
S	95	T95I	aCt	aTt	61	61	AY.13	0.00982
S	95	T95I	aCt	aTt	61	61	P.5	0.835616
S	95	T95I	aCt	aTt	58	58	AY.56	0.093098
S	95	T95I	aCt	aTt	54	55	AY.62	0.023529
S	95	T95I	aCt	aTt	55	55	B.1.243	0.003827
S	95	T95I	aCt	aTt	53	53	B.1.1.434	0.018473
S	95	T95I	aCt	aTt	52	52	AY.67	0.024141
S	95	T95I	aCt	aTt	52	52	AY.71	0.024703
S	95	T95I	aCt	aTt	52	52	AY.95	0.039574
S	95	T95I	aCt	aTt	50	50	AY.80	0.056433
S	95	T95I	aCt	aTt	50	50	AY.82	0.067843
S	95	T95I	aCt	aTt	48	48	AY.48	0.022326
S	95	T95I	aCt	aTt	48	48	B.1.1.209	0.428571
S	95	T95I	aCt	aTt	47	47	AY.35	0.010953
S	95	T95I	aCt	aTt	46	46	AY.52	0.037459
S	95	T95I	aCt	aTt	43	43	AY.10	0.022787
S	95	T95I	aCt	aTt	43	43	AY.99.2	0.003963
S	95	T95I	aCt	aTt	43	43	B.1.1.519	0.001708
S	95	T95I	aCt	aTt	43	43	B.1.177.86	0.007888
S	95	T95I	aCt	aTt	43	43	B.1.351	0.001278
S	95	T95I	aCt	aTt	43	43	M.1	1
S	95	T95I	aCt	aTt	40	40	AY.59	0.021186
S	95	T95I	aCt	aTt	40	40	AY.87	0.033306
S	95	T95I	aCt	aTt	39	39	B.1.1.222	0.007956
S	95	T95I	aCt	aTt	35	35	AY.14	0.00308
S	95	T95I	aCt	aTt	34	34	B.1.637	0.002484
S	95	T95I	aCt	aTt	33	33	B.1.346	0.04325
S	95	T95I	aCt	aTt	33	33	B.1.438.1	0.00354
S	95	T95I	aCt	aTt	32	32	A.29	0.170213
S	95	T95I	aCt	aTt	31	31	AY.40	0.029894
S	95	T95I	aCt	aTt	31	31	AY.53	0.008913
S	95	T95I	aCt	aTt	31	31	B.1.221	0.002202
S	95	T95I	aCt	aTt	30	30	B.1.240	0.006467
S	95	T95I	aCt	aTt	29	29	AY.9	0.00196
S	95	T95I	aCt	aTt	29	29	B.1.177.9	0.038615
S	95	T95I	aCt	aTt	29	29	B.1.609	0.013902
S	95	T95I	aCt	aTt	28	28	AY.50	0.022382
S	95	T95I	aCt	aTt	28	28	AY.65	0.014925
S	95	T95I	aCt	aTt	28	28	B.1.36.29	0.014485
S	95	T95I	aCt	aTt	27	27	B	0.003451
S	95	T95I	aCt	aTt	27	27	P.1.16	0.010101
S	95	T95I	aCt	aTt	26	26	B.1.369	0.007416
S	95	T95I	aCt	aTt	25	25	AY.81	0.049801
S	95	T95I	aCt	aTt	24	24	AY.17	0.196721
S	95	T95I	aCt	aTt	24	24	AY.83	0.041379
S	95	T95I	aCt	aTt	24	24	B.1.36.36	0.014449
S	95	T95I	aCt	aTt	24	24	B.1.596	0.002091
S	95	T95I	aCt	aTt	23	23	AY.28	0.043478
S	95	T95I	aCt	aTt	22	22	B.1.177.60	0.004806
S	95	T95I	aCt	aTt	21	21	B.1.1.312	0.040153
S	95	T95I	aCt	aTt	21	21	Q.1	0.002653
S	95	T95I	aCt	aTt	20	20	C.37	0.002321
S	95	T95I	aCt	aTt	19	19	AY.7	0.003724
S	95	T95I	aCt	aTt	19	19	B.1.36	0.002772
S	95	T95I	aCt	aTt	18	18	A.2.5	0.008982
S	95	T95I	aCt	aTt	18	18	AY.38	0.008987
S	95	T95I	aCt	aTt	18	18	P.1.14	0.00086
S	95	T95I	aCt	aTt	17	17	AY.9.1	0.001423
S	95	T95I	aCt	aTt	17	17	B.1.1.28	0.005291
S	95	T95I	aCt	aTt	17	17	B.1.1.416	0.015385
S	95	T95I	aCt	aTt	17	17	B.1.177.44	0.008822
S	95	T95I	aCt	aTt	17	17	B.1.627	0.034343
S	95	T95I	aCt	aTt	17	17	B.1.638	0.894737
S	95	T95I	aCt	aTt	15	15	B.1.1.189	0.022693
S	95	T95I	aCt	aTt	15	15	B.1.167	0.117188
S	95	T95I	aCt	aTt	15	15	B.1.574	0.032258
S	95	T95I	aCt	aTt	15	15	P.2	0.0028
S	95	T95I	aCt	aTt	14	14	A	0.005418
S	95	T95I	aCt	aTt	14	14	AY.3.1	0.001194
S	95	T95I	aCt	aTt	14	14	AY.63	0.005416
S	95	T95I	aCt	aTt	14	14	B.1.177.81	0.002651
S	95	T95I	aCt	aTt	14	14	B.1.466.2	0.005477
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	A.5	0.025
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	AY.30	0.005144
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	AY.51	0.011818
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	AY.96	0.026971
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	B.1.1.216	0.011576
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	B.1.160.28	0.038012
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	B.1.232	0.006985
S	95	T95I	aCt	aTt	13	13	P.1.12	0.006292
S	95	T95I	aCt	aTt	12	12	AY.46.3	0.011204
S	95	T95I	aCt	aTt	12	12	AY.66	0.012834
S	95	T95I	aCt	aTt	12	12	AY.7.1	0.001352
S	95	T95I	aCt	aTt	12	12	B.1.1.25	0.006822
S	95	T95I	aCt	aTt	12	12	B.1.1.269	0.016238
S	95	T95I	aCt	aTt	12	12	Q.8	0.001979
S	95	T95I	aCt	aTt	11	11	B.1.517	0.004697
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	A.27	0.016556
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	AY.12	0.003161
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	AY.27	0.000647
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	AY.5.4	0.002767
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	AY.76	0.048309
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.37	0.001929
S	95	T95I	aCt	aTt	10	10	B.1.1.507	0.086957
S	95	T95I	aCt	aTt	9	9	AY.11	0.012048
S	95	T95I	aCt	aTt	9	9	B.1.1.33	0.003788
S	95	T95I	aCt	aTt	9	9	B.1.258.17	0.000936
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	B.1.1.348	0.006369
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	B.1.177.7	0.001319
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	B.1.265	0.010165
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	B.1.576	0.007253
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	C.11	0.085106
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	D.2	0.0006
S	95	T95I	aCt	aTt	8	8	Q.3	0.00116
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	AY.16.1	0.003289
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	AY.46.5	0.001389
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	AY.49	0.022364
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	AY.60	0.006567
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.214	0.000388
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.220	0.013011
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.1.1.63	0.002701
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.1.146	0.029661
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.1.177.57	0.001967
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.1.575	0.002124
S	95	T95I	aCt	aTt	7	7	B.10	0.057851
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	AY.97	0.010204
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.1.306	0.00263
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.69	0.008902
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.177.87	0.004367
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.36.8	0.006
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.468	0.034286
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.470	0.008427
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.533	0.057692
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.564	0.002555
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	B.1.577	0.004124
S	95	T95I	aCt	aTt	6	6	P.1.15	0.001394
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	A.2.5.2	0.007862
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	AY.23.1	0.002087
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	AY.8	0.00303
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	AY.99.1	0.007764
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.196	0.028571
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.351	0.013966
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.1.47	0.026738
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.128	0.003177
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.10	0.00439
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.43	0.007386
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.177.53	0.011962
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.1.241	0.004058
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.4.5	0.059524
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.40	0.001821
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	B.55	0.014749
S	95	T95I	aCt	aTt	5	5	C.1.2	0.021277
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	A.1	0.001127
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	A.23.1	0.002817
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	AD.2	0.000876
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	AY.72	0.005442
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.164	0.020619
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.227	0.017391
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.253	0.010025
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.258	0.013029
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.263	0.006231
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.1.317	0.001647
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.16	0.002658
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.4	0.000844
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.41	0.01
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.177.83	0.005926
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.214.2	0.002398
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.320	0.004981
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.324	0.006421
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.405	0.049383
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.497	0.001259
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.499	0.004202
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.568	0.004444
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	B.1.9.4	0.02454
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	N.5	0.007067
S	95	T95I	aCt	aTt	4	4	P.3	0.00638
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	AT.1	0.015385
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	AY.24	0.001293
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.284	0.000322
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.326	0.005282
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.409	0.008499
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.5	0.025
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.1.71	0.018182
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.110.3	0.002155
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.160.32	0.012876
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.21	0.000229
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.177.54	0.001819
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.194	0.12
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.210	0.006397
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.214.1	0.06
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.237	0.014925
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.350	0.008798
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.351.2	0.000908
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.380	0.019868
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.416	0.003807
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.437	0.0625
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.44	0.025
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.456	0.009804
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.462	0.021739
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.474	0.005703
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.509	0.002597
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.551	0.003871
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.561	0.001191
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.567	0.01
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	B.1.619	0.002613
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	C.14	0.012987
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	C.16	0.003181
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	C.35	0.002322
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	P.1.17	0.000485
S	95	T95I	aCt	aTt	3	3	P.1.7	0.000958
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	A.2.2	0.003378
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	A.2.5.3	0.020619
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	A.30	0.285714
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	AY.2	0.000712
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	AY.5.2	0.004926
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	AY.91.1	0.00813
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.118	0.020408
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.15	0.027027
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.161	0.007067
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.169	0.036364
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.170	0.002494
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.279	0.002242
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.307	0.005063
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.368	0.006173
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.376	0.011905
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.39	0.001019
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.4	0.005952
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.420	0.002012
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.464	0.002946
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.53	0.027397
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.54	0.006042
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.1.70	0.000682
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.115	0.043478
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.151	0.022222
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.159	0.02439
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.160.14	0.004237
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.160.16	0.001859
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.160.18	0.014599
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.177.5	0.002484
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.214	0.007326
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.258.14	0.001961
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.273	0.025974
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.279	0.001027
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.305	0.004301
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.336	0.004878
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.356	0.003454
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.1	0.002281
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.17	0.000988
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.36.22	0.002415
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.362	0.003082
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.367	0.001585
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.379	0.034483
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.389	0.002004
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.471	0.005464
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.538	0.016129
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.565	0.001621
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.580	0.00813
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.582	0.000981
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.595	0.000522
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.600	0.011696
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.617.3	0.00597
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	B.1.93	0.001867
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	C.9	0.060606
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	N.6	0.014184
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	P.1.1	0.000635
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	P.1.10	0.000539
S	95	T95I	aCt	aTt	2	2	S.1	0.009901
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	A.18	0.05
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	A.19	0.009434
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	A.2	0.000662
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	A.2.5.1	0.004808
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	A.21	0.00277
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	AE.1	0.011364
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	AU.3	0.00211
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	AY.15	0.002222
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	AY.18	0.010101
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	AY.7.2	0.000559
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	AY.94	0.000443
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.10	0.001115
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.117	0.009709
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.121	0.002427
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.134	0.011364
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.135	0.004695
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.142	0.017544
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.153	0.001095
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.159	0.004673
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.176	0.000439
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.207	0.001182
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.217	0.003636
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.236	0.006897
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.241	0.00207
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.27	0.00565
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.291	0.000742
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.298	0.000862
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.303	0.002762
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.308	0.011765
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.331	0.011628
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.359	0.027778
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.372	0.000689
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.375	0.011905
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.377	0.001381
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.397	0.002252
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.411	0.014706
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.419	0.007407
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.432	0.001266
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.448	0.002033
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.459	0.015385
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.466	0.008696
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.49	0.017544
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.51	0.001718
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.512	0.028571
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.518	0.006329
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.52	0.012195
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.521	0.005348
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.523	0.001563
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.526	0.003546
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.56	0.017857
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.1.99	0.02381
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.103	0.019231
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.131	0.008772
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.139	0.000733
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.149	0.003425
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.157	0.002985
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.158	0.02381
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.17	0.001701
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.160.20	0.008929
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.12	0.000152
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.15	0.000631
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.20	0.001517
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.25	0.014925
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.33	0.001645
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.35	0.000691
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.52	0.001757
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.75	0.001041
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.177.8	0.000752
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.199	0.004132
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.206	0.000816
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.221.1	0.002907
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.222	0.001692
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.223	0.002778
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.234	0.000132
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.239	0.001221
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.243.1	0.022222
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.247	0.014925
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.11	0.000396
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.21	0.007752
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.5	0.008772
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.258.7	0.001912
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.264	0.012346
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.270	0.005618
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.274	0.011905
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.298	0.002114
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.304	0.023256
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.325	0.006897
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.349	0.000715
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.1	0.038462
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.351.5	0.0006
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.10	0.004785
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.19	0.009259
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.20	0.016949
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.21	0.00216
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.26	0.002857
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.38	0.001642
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.36.39	0.002217
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.362.2	0.004717
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.375	0.00082
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.378	0.006849
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.391	0.001127
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.395	0.007042
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.396	0.000706
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.397	0.004854
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.399	0.001934
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.400	0.000429
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.404	0.001302
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.408	0.00369
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.409	0.000781
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.416.1	0.001563
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.417	0.028571
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.421	0.007463
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.424	0.008065
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.428.2	0.033333
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.436	0.001029
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.452	0.013699
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.460	0.017857
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.465	0.003802
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.469	0.00361
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.485	0.014925
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.524	0.001406
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.527	0.003704
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.540	0.009709
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.544	0.006024
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.545	0.014493
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.556	0.007519
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.572	0.025
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.599	0.00365
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.612	0.002653
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.620	0.000946
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.632	0.006711
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.78	0.008547
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.1.84	0.020833
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.3	0.000831
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.31	0.003731
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.4	0.002208
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	B.6.6	0.000889
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	C.1	0.002392
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	C.33	0.058824
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	C.36	0.000911
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	C.8	0.004464
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	D.5	0.004975
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	L.4	0.05
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	N.1	0.016949
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	N.3	0.005814
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	P.1.13	0.000898
S	95	T95I	aCt	aTt	1	1	P.6	0.003145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.