CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 880

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	880	G880G		syn	ggT	ggC	752	725	0.964096	24200-24202
S	880	G880G		syn	ggT	ggA	752	23	0.0305851	24200-24202
S	880	G880G		syn	ggT	ggG	752	4	0.00531915	24200-24202
S	880	G880del		del	GGT	---	125	125	1	24200-24202
S	880	G880S		nonsyn	Ggt	Agt	20	20	1	24200-24202
S	880	G880V		nonsyn	gGt	gTt	17	17	1	24200-24202
S	880	G880C		nonsyn	Ggt	Tgt	14	14	1	24200-24202
S	880	G880D		nonsyn	gGt	gAt	4	4	1	24200-24202
S	880	G880R		nonsyn	Ggt	Cgt	4	4	1	24200-24202
S	880	G880A		nonsyn	gGt	gCt	3	3	1	24200-24202
S	880	G880del1		del	GgT	-gN	2	1	0.5	24200-24202
S	880	G880del1		del	Ggt	-gt	2	1	0.5	24200-24202
S	880	G880L		nonsyn	GGT	TTA	1	1	1	24200-24202
S	880	G880del2		del	gGT	g--	1	1	1	24200-24202

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	880	G880G	ggT	ggC	725	752	All	0.000139
S	880	G880G	ggT	ggA	23	752	All	0.000004
S	880	G880G	ggT	ggG	4	752	All	0.000001
S	880	G880G	ggT	ggC	362	362	B.1.471	0.989071
S	880	G880del	GGT	---	125	125	All	0.000024
S	880	G880G	ggT	ggC	125	125	B.1.351	0.003716
S	880	G880G	ggT	ggC	83	83	B.1.1.7	0.000074
S	880	G880del	GGT	---	48	48	B.1.1.7	0.000043
S	880	G880G	ggT	ggA	21	24	AY.43	0.000093
S	880	G880G	ggT	ggC	3	24	AY.43	0.000013
S	880	G880S	Ggt	Agt	20	20	All	0.000004
S	880	G880G	ggT	ggC	20	20	B.1.429	0.000471
S	880	G880V	gGt	gTt	17	17	All	0.000003
S	880	G880G	ggT	ggC	15	15	AY.44	0.000091
S	880	G880C	Ggt	Tgt	14	14	All	0.000003
S	880	G880G	ggT	ggC	13	13	AY.4	0.00002
S	880	G880G	ggT	ggC	13	13	B.1	0.000119
S	880	G880G	ggT	ggC	11	11	B.1.2	0.000097
S	880	G880G	ggT	ggC	9	9	AY.111	0.001648
S	880	G880G	ggT	ggC	8	8	AY.23	0.000558
S	880	G880G	ggT	ggC	7	7	B.1.1.519	0.000278
S	880	G880G	ggT	ggC	6	6	AY.119	0.000212
S	880	G880del	GGT	---	6	6	AY.4	0.000009
S	880	G880del	GGT	---	6	6	B.1.177	0.000079
S	880	G880G	ggT	ggC	5	6	B.1.177	0.000066
S	880	G880G	ggT	ggG	1	6	B.1.177	0.000013
S	880	G880G	ggT	ggC	6	6	C.37	0.000696
S	880	G880G	ggT	ggC	6	6	P.1	0.000095
S	880	G880C	Ggt	Tgt	5	5	B.1	0.000046
S	880	G880V	gGt	gTt	4	4		0.222222
S	880	G880R	Ggt	Cgt	4	4	All	0.000001
S	880	G880D	gGt	gAt	4	4	All	0.000001
S	880	G880G	ggT	ggC	4	4	AY.25	0.000024
S	880	G880del	GGT	---	4	4	AY.4.5	0.00043
S	880	G880del	GGT	---	4	4	AY.43	0.000018
S	880	G880del	GGT	---	4	4	B.1.2	0.000035
S	880	G880del	GGT	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
S	880	G880G	ggT	ggC	4	4	B.1.617.2	0.000015
S	880	G880A	gGt	gCt	3	3	All	0.000001
S	880	G880G	ggT	ggC	3	3	AY.29	0.000047
S	880	G880G	ggT	ggC	1	3	B.1.1	0.000018
S	880	G880G	ggT	ggA	1	3	B.1.1	0.000018
S	880	G880G	ggT	ggG	1	3	B.1.1	0.000018
S	880	G880R	Ggt	Cgt	2	2		0.111111
S	880	G880del	GGT	---	2	2		0.111111
S	880	G880del1	Ggt	-gt	1	2	All	0
S	880	G880del1	GgT	-gN	1	2	All	0
S	880	G880S	Ggt	Agt	2	2	AY.111	0.000366
S	880	G880del	GGT	---	2	2	AY.120	0.000074
S	880	G880S	Ggt	Agt	2	2	AY.43	0.000009
S	880	G880del	GGT	---	2	2	AY.5	0.000041
S	880	G880S	Ggt	Agt	2	2	AY.98.1	0.000097
S	880	G880D	gGt	gAt	2	2	B.1	0.000018
S	880	G880del	GGT	---	2	2	B.1	0.000018
S	880	G880V	gGt	gTt	2	2	B.1	0.000018
S	880	G880del	GGT	---	2	2	B.1.1	0.000036
S	880	G880C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.1	0.000036
S	880	G880V	gGt	gTt	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	880	G880del	GGT	---	2	2	B.1.36	0.000292
S	880	G880del	GGT	---	2	2	B.1.526	0.000047
S	880	G880C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.596	0.000174
S	880	G880C	Ggt	Tgt	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	880	G880del	GGT	---	1	1	A	0.000387
S	880	G880R	Ggt	Cgt	1	1	A.1	0.000282
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AH.3	0.003802
S	880	G880L	GGT	TTA	1	1	All	0
S	880	G880del2	gGT	g--	1	1	All	0
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	AY.103	0.000006
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.108	0.001103
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.111	0.000183
S	880	G880D	gGt	gAt	1	1	AY.113	0.000142
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.117	0.000085
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	AY.117	0.000085
S	880	G880D	gGt	gAt	1	1	AY.117	0.000085
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.118	0.000063
S	880	G880A	gGt	gCt	1	1	AY.14	0.000088
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.19	0.00114
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.20	0.000039
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	AY.25	0.000006
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.25	0.000006
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	AY.27	0.000065
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.3	0.00001
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.34	0.000097
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.35	0.000233
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.36	0.000148
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.39	0.000025
S	880	G880A	gGt	gCt	1	1	AY.43	0.000004
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	AY.43	0.000004
S	880	G880A	gGt	gCt	1	1	AY.44	0.000006
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.44	0.000006
S	880	G880G	ggT	ggA	1	1	AY.45	0.000122
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.46	0.000104
S	880	G880C	Ggt	Tgt	1	1	AY.46.2	0.000635
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.46.6	0.000072
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.47	0.000031
S	880	G880del1	Ggt	-gt	1	1	AY.52	0.000814
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.67	0.000464
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.72	0.001361
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.75.1	0.00018
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.81	0.001992
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	AY.9	0.000068
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	AY.9.1	0.000084
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	AY.9.2	0.000037
S	880	G880G	ggT	ggG	1	1	AY.98.1	0.000048
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.99	0.001049
S	880	G880del	GGT	---	1	1	AY.99.1	0.001553
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B	0.000128
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1	0.000009
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1	0.000018
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.186	0.003436
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.194	0.00495
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.216	0.00089
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.222	0.000204
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.1.236	0.006897
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.1.277	0.000759
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.300	0.010753
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	880	G880C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.369	0.000446
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	880	G880C	Ggt	Tgt	1	1	B.1.1.464	0.001473
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	880	G880L	GGT	TTA	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	880	G880R	Ggt	Cgt	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	880	G880del2	gGT	g--	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	880	G880del1	GgT	-gN	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.1.8	0.003584
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.160.16	0.000929
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	B.1.177	0.000013
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.10	0.000878
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.17	0.000821
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.48	0.003125
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.56	0.000668
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.60	0.000218
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.179	0.003759
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.2	0.000009
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.221	0.000071
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.221	0.000071
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.221	0.000071
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.243	0.00007
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.35	0.008475
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.36.17	0.000494
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	880	G880V	gGt	gTt	1	1	B.1.427	0.00005
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	B.1.427	0.00005
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.1.524	0.001406
S	880	G880del	GGT	---	1	1	B.1.577	0.000687
S	880	G880G	ggT	ggG	1	1	B.1.609	0.000479
S	880	G880G	ggT	ggC	1	1	B.10	0.008264
S	880	G880S	Ggt	Agt	1	1	D.2	0.000075
S	880	G880del	GGT	---	1	1	P.1.13	0.000898
S	880	G880del	GGT	---	1	1	Q.1	0.000126
S	880	G880del	GGT	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.