CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 880 | G880G | syn | ggT | ggC | 752 | 725 | 0.964096 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880G | syn | ggT | ggA | 752 | 23 | 0.0305851 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880G | syn | ggT | ggG | 752 | 4 | 0.00531915 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880del | del | GGT | --- | 125 | 125 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880S | nonsyn | Ggt | Agt | 20 | 20 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880V | nonsyn | gGt | gTt | 17 | 17 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880C | nonsyn | Ggt | Tgt | 14 | 14 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880D | nonsyn | gGt | gAt | 4 | 4 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880R | nonsyn | Ggt | Cgt | 4 | 4 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880A | nonsyn | gGt | gCt | 3 | 3 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880del1 | del | GgT | -gN | 2 | 1 | 0.5 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880del1 | del | Ggt | -gt | 2 | 1 | 0.5 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880L | nonsyn | GGT | TTA | 1 | 1 | 1 | 24200-24202 | |
S | 880 | G880del2 | del | gGT | g-- | 1 | 1 | 1 | 24200-24202 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 725 | 752 | All | 0.000139 |
S | 880 | G880G | ggT | ggA | 23 | 752 | All | 0.000004 |
S | 880 | G880G | ggT | ggG | 4 | 752 | All | 0.000001 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 362 | 362 | B.1.471 | 0.989071 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 125 | 125 | All | 0.000024 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 125 | 125 | B.1.351 | 0.003716 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 83 | 83 | B.1.1.7 | 0.000074 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 48 | 48 | B.1.1.7 | 0.000043 |
S | 880 | G880G | ggT | ggA | 21 | 24 | AY.43 | 0.000093 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 3 | 24 | AY.43 | 0.000013 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 20 | 20 | All | 0.000004 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 20 | 20 | B.1.429 | 0.000471 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 17 | 17 | All | 0.000003 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 15 | 15 | AY.44 | 0.000091 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 14 | 14 | All | 0.000003 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 13 | 13 | AY.4 | 0.00002 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 13 | 13 | B.1 | 0.000119 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 11 | 11 | B.1.2 | 0.000097 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 9 | 9 | AY.111 | 0.001648 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 8 | 8 | AY.23 | 0.000558 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 7 | 7 | B.1.1.519 | 0.000278 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 6 | 6 | AY.119 | 0.000212 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 6 | 6 | B.1.177 | 0.000079 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 5 | 6 | B.1.177 | 0.000066 |
S | 880 | G880G | ggT | ggG | 1 | 6 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 6 | 6 | C.37 | 0.000696 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 4 | 4 | 0.222222 | |
S | 880 | G880R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | All | 0.000001 |
S | 880 | G880D | gGt | gAt | 4 | 4 | All | 0.000001 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.4.5 | 0.00043 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.2 | 0.000035 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
S | 880 | G880A | gGt | gCt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880G | ggT | ggA | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880G | ggT | ggG | 1 | 3 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 880 | G880del1 | Ggt | -gt | 1 | 2 | All | 0 |
S | 880 | G880del1 | GgT | -gN | 1 | 2 | All | 0 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.111 | 0.000366 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
S | 880 | G880D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | A | 0.000387 |
S | 880 | G880R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AH.3 | 0.003802 |
S | 880 | G880L | GGT | TTA | 1 | 1 | All | 0 |
S | 880 | G880del2 | gGT | g-- | 1 | 1 | All | 0 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 880 | G880D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 880 | G880D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 880 | G880A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 880 | G880A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 880 | G880A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 880 | G880G | ggT | ggA | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 880 | G880del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.81 | 0.001992 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 880 | G880G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.186 | 0.003436 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.194 | 0.00495 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.236 | 0.006897 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.300 | 0.010753 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.369 | 0.000446 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
S | 880 | G880C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 880 | G880L | GGT | TTA | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 880 | G880R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 880 | G880del2 | gGT | g-- | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 880 | G880del1 | GgT | -gN | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.8 | 0.003584 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.48 | 0.003125 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.63 | 0.002703 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.87 | 0.000728 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.179 | 0.003759 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.35 | 0.008475 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 880 | G880V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.524 | 0.001406 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
S | 880 | G880G | ggT | ggG | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
S | 880 | G880G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.10 | 0.008264 |
S | 880 | G880S | Ggt | Agt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 880 | G880del | GGT | --- | 1 | 1 | U.3 | 0.003861 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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