CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 878

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S878L878LsynTtaCta361433160.91754324194-24196
S878L878LsynttAttG36142970.082180424194-24196
S878L878LsynTtACtG361410.00027670224194-24196
S878L878deldelTTA---138138124194-24196
S878L878SnonsyntTatCa2121124194-24196
S878L878VnonsynTtaGta1515124194-24196
S878L878del1delttAtt-750.71428624194-24196
S878L878del1delTTAAC-710.14285724194-24196
S878L878del1delTta-ta710.14285724194-24196
S878L878FnonsynttAttC530.624194-24196
S878L878del2delTTa--a530.624194-24196
S878L878del2deltTAt--520.424194-24196
S878L878FnonsynttAttT520.424194-24196
S878L878AnonsynTTaGCa44124194-24196
S878L878XnonsyntTatGa430.7524194-24196
S878L878XnonsyntTatAa410.2524194-24196
S878L878InonsynTtaAta22124194-24196
S878L878KnonsynTTAAAG11124194-24196
S878L878PnonsynTTACCG11124194-24196

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S878L878LTtaCta33163614All0.000634
S878L878LttAttG2973614All0.000057
S878L878LTtACtG13614All0
S878L878LTtaCta15571557B.1.619.10.998717
S878L878LTtaCta11071107B.1.6190.964286
S878L878LTtaCta254254AY.440.001546
S878L878delTTA---138138All0.000026
S878L878LTtaCta62121AY.40.000096
S878L878LttAttG59121AY.40.000092
S878L878LTtaCta4480B.1.1.70.000039
S878L878LttAttG3680B.1.1.70.000032
S878L878LTtaCta6171B.1.617.20.00023
S878L878LttAttG1071B.1.617.20.000038
S878L878LttAttG5761B.1.20.000502
S878L878LTtaCta461B.1.20.000035
S878L878LttAttG3355B.10.000302
S878L878LTtaCta2255B.10.000202
S878L878delTTA---5252B.1.1.70.000047
S878L878LttAttG2031AY.30.000199
S878L878LTtaCta1131AY.30.000109
S878L878LTtaCta2129AY.430.000093
S878L878LttAttG729AY.430.000031
S878L878LTtACtG129AY.430.000004
S878L878LTtaCta2828B.1.177.600.006116
S878L878LTtaCta2727AY.99.20.002488
S878L878StTatCa2121All0.000004
S878L878LTtaCta1720AY.250.000102
S878L878LttAttG320AY.250.000018
S878L878VTtaGta1515All0.000003
S878L878LTtaCta1213B.1.1600.000374
S878L878LttAttG113B.1.1600.000031
S878L878LTtaCta1112B.1.5250.001245
S878L878LttAttG112B.1.5250.000113
S878L878VTtaGta1010B.1.1.70.000009
S878L878LTtaCta1010P.1.120.00484
S878L878LttAttG88AY.4.50.00086
S878L878del1ttAtt-57All0.000001
S878L878del1Tta-ta17All0
S878L878del1TTAAC-17All0
S878L878delTTA---77AY.40.000011
S878L878delTTA---77B.1.1770.000092
S878L878LTtaCta77B.1.177.160.004651
S878L878LttAttG77P.1.140.000335
S878L878LttAttG46AY.1030.000025
S878L878LTtaCta26AY.1030.000012
S878L878LttAttG46AY.260.000113
S878L878LTtaCta26AY.260.000057
S878L878delTTA---66AY.4.50.000645
S878L878LTtaCta36B.1.4290.000071
S878L878LttAttG36B.1.4290.000071
S878L878del2TTa--a35All0.000001
S878L878FttAttC35All0.000001
S878L878del2tTAt--25All0
S878L878FttAttT25All0
S878L878LttAttG55AY.120.00158
S878L878LttAttG55AY.5.40.001384
S878L878LTtaCta55B.1.1.330.002104
S878L878StTatCa55B.1.1.70.000004
S878L878LTtaCta55B.1.5230.012255
S878L878ATTaGCa440.222222
S878L878delTTA---440.222222
S878L878ATTaGCa44All0.000001
S878L878XtTatGa34All0.000001
S878L878XtTatAa14All0
S878L878LttAttG24AY.340.000194
S878L878LTtaCta24AY.340.000194
S878L878LTtaCta34AY.390.000074
S878L878LttAttG14AY.390.000025
S878L878delTTA---44AY.430.000018
S878L878LTtaCta44B0.000511
S878L878LttAttG24B.1.10.000036
S878L878LTtaCta24B.1.10.000036
S878L878delTTA---44B.1.20.000035
S878L878delTTA---44B.1.617.20.000015
S878L878LTtaCta23AY.1170.000169
S878L878LttAttG13AY.1170.000085
S878L878LTtaCta23AY.200.000078
S878L878LttAttG13AY.200.000039
S878L878LttAttG33AY.790.003632
S878L878LttAttG23AY.98.10.000097
S878L878LTtaCta13AY.98.10.000048
S878L878LttAttG33B.1.2430.000209
S878L878LttAttG33B.1.5260.000071
S878L878ITtaAta22All0
S878L878LTtaCta12AY.1020.000027
S878L878LttAttG12AY.1020.000027
S878L878StTatCa22AY.1190.000071
S878L878delTTA---22AY.1200.000074
S878L878LTtaCta22AY.1200.000074
S878L878LTtaCta12AY.290.000016
S878L878LttAttG12AY.290.000016
S878L878LTtaCta12AY.460.000104
S878L878LttAttG12AY.460.000104
S878L878LTtaCta22AY.470.000062
S878L878delTTA---22AY.50.000041
S878L878LttAttG12AY.750.000056
S878L878LTtaCta12AY.750.000056
S878L878LttAttG22AY.90.000135
S878L878LttAttG12AY.9.20.000037
S878L878LTtaCta12AY.9.20.000037
S878L878del1ttAtt-22B.10.000018
S878L878delTTA---22B.10.000018
S878L878XtTatAa12B.10.000009
S878L878FttAttC12B.10.000009
S878L878XtTatGa12B.10.000009
S878L878FttAttT12B.10.000009
S878L878del2tTAt--12B.1.1.70.000001
S878L878del2TTa--a12B.1.1.70.000001
S878L878StTatCa22B.1.1.700.000682
S878L878delTTA---22B.1.177.630.005405
S878L878LTtaCta22B.1.3510.000059
S878L878delTTA---22B.1.360.000292
S878L878delTTA---22B.1.36.170.000988
S878L878LTtaCta12B.1.4270.00005
S878L878LttAttG12B.1.4270.00005
S878L878delTTA---22B.1.5260.000047
S878L878delTTA---11A0.000387
S878L878VTtaGta11A.20.000662
S878L878delTTA---11AH.30.003802
S878L878KTTAAAG11All0
S878L878PTTACCG11All0
S878L878LttAttG11AY.1050.000643
S878L878LTtaCta11AY.1060.000335
S878L878delTTA---11AY.1110.000183
S878L878LttAttG11AY.1130.000142
S878L878StTatCa11AY.1170.000085
S878L878delTTA---11AY.190.00114
S878L878delTTA---11AY.250.000006
S878L878LttAttG11AY.29.10.000221
S878L878delTTA---11AY.360.000148
S878L878VTtaGta11AY.360.000148
S878L878del2TTa--a11AY.39.10.00004
S878L878StTatCa11AY.40.000002
S878L878StTatCa11AY.420.00004
S878L878PTTACCG11AY.430.000004
S878L878del1ttAtt-11AY.430.000004
S878L878ITtaAta11AY.430.000004
S878L878delTTA---11AY.440.000006
S878L878StTatCa11AY.440.000006
S878L878LTtaCta11AY.450.000122
S878L878delTTA---11AY.460.000104
S878L878delTTA---11AY.46.20.000635
S878L878delTTA---11AY.520.000814
S878L878LTtaCta11AY.540.000095
S878L878StTatCa11AY.60.000041
S878L878LTtaCta11AY.610.000105
S878L878del1TTAAC-11AY.670.000464
S878L878LTtaCta11AY.690.000187
S878L878delTTA---11AY.720.001361
S878L878delTTA---11AY.810.001992
S878L878LttAttG11AY.980.000079
S878L878delTTA---11AY.990.001049
S878L878delTTA---11AY.99.10.001553
S878L878delTTA---11B.1.10.000018
S878L878KTTAAAG11B.1.10.000018
S878L878FttAttC11B.1.10.000018
S878L878LTtaCta11B.1.1.1410.002012
S878L878LTtaCta11B.1.1.1610.003534
S878L878LTtaCta11B.1.1.2190.005
S878L878delTTA---11B.1.1.2360.006897
S878L878LTtaCta11B.1.1.250.000569
S878L878LTtaCta11B.1.1.280.000311
S878L878StTatCa11B.1.1.280.000311
S878L878delTTA---11B.1.1.3110.000358
S878L878delTTA---11B.1.1.3120.001912
S878L878LttAttG11B.1.1.5180.006329
S878L878LTtaCta11B.1.1.5190.00004
S878L878StTatCa11B.1.1.630.000386
S878L878del1Tta-ta11B.1.1.70.000001
S878L878ITtaAta11B.1.1.70.000001
S878L878XtTatGa11B.1.1.70.000001
S878L878FttAttT11B.1.1.70.000001
S878L878StTatCa11B.1.140.017544
S878L878del2tTAt--11B.1.1770.000013
S878L878StTatCa11B.1.1770.000013
S878L878VTtaGta11B.1.1770.000013
S878L878delTTA---11B.1.177.100.000878
S878L878delTTA---11B.1.177.170.000821
S878L878delTTA---11B.1.177.180.00116
S878L878VTtaGta11B.1.177.190.001431
S878L878delTTA---11B.1.177.210.000076
S878L878del1ttAtt-11B.1.177.440.000519
S878L878LTtaCta11B.1.177.440.000519
S878L878delTTA---11B.1.177.480.003125
S878L878delTTA---11B.1.177.540.000606
S878L878delTTA---11B.1.177.560.000668
S878L878delTTA---11B.1.177.580.001332
S878L878delTTA---11B.1.177.600.000218
S878L878delTTA---11B.1.177.870.000728
S878L878delTTA---11B.1.1790.003759
S878L878delTTA---11B.1.2210.000071
S878L878delTTA---11B.1.2580.000067
S878L878LttAttG11B.1.36.100.004785
S878L878delTTA---11B.1.36.180.00042
S878L878LttAttG11B.1.4210.007463
S878L878FttAttC11B.1.4290.000024
S878L878StTatCa11B.1.5260.000024
S878L878delTTA---11B.1.5770.000687
S878L878del1ttAtt-11B.1.5820.000491
S878L878LTtaCta11B.1.5950.000261
S878L878LttAttG11B.1.5960.000087
S878L878VTtaGta11B.1.5960.000087
S878L878StTatCa11B.1.617.20.000004
S878L878del2TTa--a11B.1.6370.000073
S878L878StTatCa11D.20.000075
S878L878LTtaCta11P.10.000016
S878L878delTTA---11P.1.130.000898
S878L878LTtaCta11P.1.170.000162
S878L878delTTA---11Q.10.000126
S878L878LTtaCta11R.10.00009
S878L878delTTA---11U.30.003861
S878L878XtTatGa11W.40.001351