CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 870 | I870V | nonsyn | Att | Gtt | 1308 | 1308 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870I | syn | atT | atC | 596 | 427 | 0.716443 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870I | syn | atT | atA | 596 | 169 | 0.283557 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del | del | ATT | --- | 146 | 146 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870T | nonsyn | aTt | aCt | 109 | 109 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870S | nonsyn | aTt | aGt | 79 | 73 | 0.924051 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870S | nonsyn | aTT | aGC | 79 | 3 | 0.0379747 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870S | nonsyn | ATt | TCt | 79 | 2 | 0.0253165 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870S | nonsyn | ATT | TCC | 79 | 1 | 0.0126582 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870L | nonsyn | Att | Ctt | 8 | 8 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del1 | del | Att | -tt | 7 | 4 | 0.571429 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del1 | del | aTt | a-t | 7 | 1 | 0.142857 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del1 | del | ATt | -Ct | 7 | 1 | 0.142857 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del1 | del | ATT | -NN | 7 | 1 | 0.142857 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del2 | del | ATT | --N | 4 | 2 | 0.5 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del2 | del | aTT | a-- | 4 | 1 | 0.25 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870del2 | del | ATt | --t | 4 | 1 | 0.25 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870F | nonsyn | Att | Ttt | 3 | 3 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870M | nonsyn | atT | atG | 2 | 2 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870P | nonsyn | ATt | CCt | 1 | 1 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870A | nonsyn | ATt | GCt | 1 | 1 | 1 | 24170-24172 | |
S | 870 | I870R | nonsyn | aTT | aGG | 1 | 1 | 1 | 24170-24172 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1308 | 1308 | All | 0.00025 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 427 | 596 | All | 0.000082 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 169 | 596 | All | 0.000032 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 312 | 312 | B.1.526 | 0.007333 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 291 | 296 | AY.4 | 0.000453 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 5 | 296 | AY.4 | 0.000008 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 249 | 249 | B.1.1.7 | 0.000223 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 146 | 146 | All | 0.000028 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 123 | 123 | B.1.617.2 | 0.000463 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 116 | 116 | AY.43 | 0.000514 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 109 | 109 | All | 0.000021 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 105 | 105 | AY.4 | 0.000163 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 95 | 95 | B.1.1.339 | 1 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 73 | 79 | All | 0.000014 |
S | 870 | I870S | aTT | aGC | 3 | 79 | All | 0.000001 |
S | 870 | I870S | ATt | TCt | 2 | 79 | All | 0 |
S | 870 | I870S | ATT | TCC | 1 | 79 | All | 0 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 56 | 56 | B.1 | 0.000513 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 56 | 56 | B.1.1.7 | 0.00005 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 54 | 54 | B.1.2 | 0.000475 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 48 | 48 | B.1.258.17 | 0.004991 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 35 | 35 | AY.4 | 0.000054 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 30 | 30 | AY.103 | 0.000186 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 26 | 26 | B.1.1.7 | 0.000023 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 22 | 25 | B.1.1.7 | 0.00002 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 3 | 25 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 12 | 22 | B.1.617.2 | 0.000045 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 10 | 22 | B.1.617.2 | 0.000038 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 17 | 21 | AY.43 | 0.000075 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 4 | 21 | AY.43 | 0.000018 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 10 | 20 | P.1.14 | 0.000478 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 10 | 20 | P.1.14 | 0.000478 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 19 | 19 | AY.34.1 | 0.009689 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 19 | 19 | B.1.221 | 0.00135 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 17 | 17 | AY.9 | 0.001149 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 16 | 16 | AY.20 | 0.000622 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 15 | 16 | P.1 | 0.000236 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 16 | P.1 | 0.000016 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 15 | 15 | AY.116.1 | 0.004671 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 15 | 15 | B.1.2 | 0.000132 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 14 | 14 | AY.44 | 0.000085 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 14 | 14 | B.1.160 | 0.000437 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 10 | 14 | B.1.429 | 0.000235 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 4 | 14 | B.1.429 | 0.000094 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 11 | 11 | B.1.177 | 0.000145 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 10 | 10 | AY.24 | 0.00431 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 10 | 10 | N.4 | 0.042553 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 9 | 9 | AY.3 | 0.00009 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 9 | 9 | B.1.1 | 0.000163 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 8 | 8 | All | 0.000002 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 8 | 8 | AY.39 | 0.000198 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 8 | 8 | AY.4 | 0.000012 |
S | 870 | I870del1 | Att | -tt | 4 | 7 | All | 0.000001 |
S | 870 | I870del1 | aTt | a-t | 1 | 7 | All | 0 |
S | 870 | I870del1 | ATt | -Ct | 1 | 7 | All | 0 |
S | 870 | I870del1 | ATT | -NN | 1 | 7 | All | 0 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 5 | 7 | AY.34 | 0.000485 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 2 | 7 | AY.34 | 0.000194 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 7 | 7 | B.1.486 | 0.777778 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 6 | 6 | AY.4.5 | 0.000645 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 5 | 6 | AY.44 | 0.00003 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 6 | AY.44 | 0.000006 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 6 | 6 | Q.2 | 0.003681 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 3 | 5 | 0.166667 | |
S | 870 | I870S | aTT | aGC | 2 | 5 | 0.111111 | |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 5 | 5 | AY.68 | 0.001369 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 5 | 5 | B.1.177 | 0.000066 |
S | 870 | I870del2 | ATT | --N | 2 | 4 | All | 0 |
S | 870 | I870del2 | ATt | --t | 1 | 4 | All | 0 |
S | 870 | I870del2 | aTT | a-- | 1 | 4 | All | 0 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 4 | 4 | AY.69 | 0.000747 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 2 | 4 | B.1 | 0.000018 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 2 | 4 | B.1 | 0.000018 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 4 | 4 | B.1.160 | 0.000125 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 4 | 4 | B.1.177.60 | 0.000874 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.2 | 0.000035 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 4 | 4 | B.1.617.2 | 0.000015 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | A.23.1 | 0.002113 |
S | 870 | I870F | Att | Ttt | 3 | 3 | All | 0.000001 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.102 | 0.00008 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.105 | 0.001929 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 2 | 3 | AY.120 | 0.000074 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 3 | AY.120 | 0.000037 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.42 | 0.000121 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.98 | 0.000237 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.1.372 | 0.002066 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.177.4 | 0.000633 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.234 | 0.000396 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.351.2 | 0.000908 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.595 | 0.000783 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 870 | I870M | atT | atG | 2 | 2 | All | 0 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 2 | 2 | AY.33 | 0.000134 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 2 | 2 | AY.92 | 0.000575 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 2 | 2 | B.1.1.176 | 0.000879 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.1.411 | 0.029412 |
S | 870 | I870del2 | ATT | --N | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.160.14 | 0.004237 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.177.53 | 0.004785 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.177.63 | 0.005405 |
S | 870 | I870del1 | aTt | a-t | 1 | 2 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 870 | I870del1 | ATT | -NN | 1 | 2 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 2 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 870 | I870S | aTT | aGC | 1 | 2 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.36.17 | 0.000988 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 2 | 2 | B.1.36.8 | 0.002 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | A | 0.000387 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AH.3 | 0.003802 |
S | 870 | I870R | aTT | aGG | 1 | 1 | All | 0 |
S | 870 | I870A | ATt | GCt | 1 | 1 | All | 0 |
S | 870 | I870P | ATt | CCt | 1 | 1 | All | 0 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.109 | 0.00074 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
S | 870 | I870A | ATt | GCt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 870 | I870P | ATt | CCt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 870 | I870S | ATt | TCt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.3.1 | 0.000085 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 870 | I870del1 | Att | -tt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.4.3 | 0.000842 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 870 | I870del1 | ATt | -Ct | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 870 | I870R | aTT | aGG | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
S | 870 | I870S | ATt | TCt | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
S | 870 | I870S | ATT | TCC | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.72 | 0.001361 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.81 | 0.001992 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 870 | I870del2 | ATt | --t | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 870 | I870M | atT | atG | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 870 | I870F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 870 | I870del2 | aTT | a-- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.236 | 0.006897 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.50 | 0.000679 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 870 | I870del1 | Att | -tt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 870 | I870M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.110.3 | 0.000718 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.160.28 | 0.002924 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.160.30 | 0.002976 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.17 | 0.000821 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 870 | I870del1 | Att | -tt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.48 | 0.003125 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.58 | 0.001332 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.177.81 | 0.000189 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.179 | 0.003759 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.214 | 0.003663 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.229 | 0.009709 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
S | 870 | I870I | atT | atA | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
S | 870 | I870F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.503 | 0.002488 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 870 | I870L | Att | Ctt | 1 | 1 | B.1.527 | 0.003704 |
S | 870 | I870del1 | Att | -tt | 1 | 1 | B.1.565 | 0.00081 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.577 | 0.000687 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 870 | I870F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.4 | 0.002208 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.55 | 0.00295 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | N.1 | 0.016949 |
S | 870 | I870I | atT | atC | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
S | 870 | I870V | Att | Gtt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 870 | I870T | aTt | aCt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 870 | I870S | aTt | aGt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
S | 870 | I870del | ATT | --- | 1 | 1 | U.3 | 0.003861 |
![]() |
![]() |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|