CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 870

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	870	I870V		nonsyn	Att	Gtt	1308	1308	1	24170-24172
S	870	I870I		syn	atT	atC	596	427	0.716443	24170-24172
S	870	I870I		syn	atT	atA	596	169	0.283557	24170-24172
S	870	I870del		del	ATT	---	146	146	1	24170-24172
S	870	I870T		nonsyn	aTt	aCt	109	109	1	24170-24172
S	870	I870S		nonsyn	aTt	aGt	79	73	0.924051	24170-24172
S	870	I870S		nonsyn	aTT	aGC	79	3	0.0379747	24170-24172
S	870	I870S		nonsyn	ATt	TCt	79	2	0.0253165	24170-24172
S	870	I870S		nonsyn	ATT	TCC	79	1	0.0126582	24170-24172
S	870	I870L		nonsyn	Att	Ctt	8	8	1	24170-24172
S	870	I870del1		del	Att	-tt	7	4	0.571429	24170-24172
S	870	I870del1		del	aTt	a-t	7	1	0.142857	24170-24172
S	870	I870del1		del	ATt	-Ct	7	1	0.142857	24170-24172
S	870	I870del1		del	ATT	-NN	7	1	0.142857	24170-24172
S	870	I870del2		del	ATT	--N	4	2	0.5	24170-24172
S	870	I870del2		del	aTT	a--	4	1	0.25	24170-24172
S	870	I870del2		del	ATt	--t	4	1	0.25	24170-24172
S	870	I870F		nonsyn	Att	Ttt	3	3	1	24170-24172
S	870	I870M		nonsyn	atT	atG	2	2	1	24170-24172
S	870	I870P		nonsyn	ATt	CCt	1	1	1	24170-24172
S	870	I870A		nonsyn	ATt	GCt	1	1	1	24170-24172
S	870	I870R		nonsyn	aTT	aGG	1	1	1	24170-24172

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	870	I870V	Att	Gtt	1308	1308	All	0.00025
S	870	I870I	atT	atC	427	596	All	0.000082
S	870	I870I	atT	atA	169	596	All	0.000032
S	870	I870V	Att	Gtt	312	312	B.1.526	0.007333
S	870	I870I	atT	atC	291	296	AY.4	0.000453
S	870	I870I	atT	atA	5	296	AY.4	0.000008
S	870	I870V	Att	Gtt	249	249	B.1.1.7	0.000223
S	870	I870del	ATT	---	146	146	All	0.000028
S	870	I870V	Att	Gtt	123	123	B.1.617.2	0.000463
S	870	I870V	Att	Gtt	116	116	AY.43	0.000514
S	870	I870T	aTt	aCt	109	109	All	0.000021
S	870	I870V	Att	Gtt	105	105	AY.4	0.000163
S	870	I870V	Att	Gtt	95	95	B.1.1.339	1
S	870	I870S	aTt	aGt	73	79	All	0.000014
S	870	I870S	aTT	aGC	3	79	All	0.000001
S	870	I870S	ATt	TCt	2	79	All	0
S	870	I870S	ATT	TCC	1	79	All	0
S	870	I870V	Att	Gtt	56	56	B.1	0.000513
S	870	I870del	ATT	---	56	56	B.1.1.7	0.00005
S	870	I870I	atT	atA	54	54	B.1.2	0.000475
S	870	I870V	Att	Gtt	48	48	B.1.258.17	0.004991
S	870	I870T	aTt	aCt	35	35	AY.4	0.000054
S	870	I870V	Att	Gtt	30	30	AY.103	0.000186
S	870	I870S	aTt	aGt	26	26	B.1.1.7	0.000023
S	870	I870I	atT	atC	22	25	B.1.1.7	0.00002
S	870	I870I	atT	atA	3	25	B.1.1.7	0.000003
S	870	I870I	atT	atA	12	22	B.1.617.2	0.000045
S	870	I870I	atT	atC	10	22	B.1.617.2	0.000038
S	870	I870I	atT	atA	17	21	AY.43	0.000075
S	870	I870I	atT	atC	4	21	AY.43	0.000018
S	870	I870I	atT	atA	10	20	P.1.14	0.000478
S	870	I870I	atT	atC	10	20	P.1.14	0.000478
S	870	I870V	Att	Gtt	19	19	AY.34.1	0.009689
S	870	I870T	aTt	aCt	19	19	B.1.221	0.00135
S	870	I870T	aTt	aCt	17	17	AY.9	0.001149
S	870	I870I	atT	atC	16	16	AY.20	0.000622
S	870	I870I	atT	atC	15	16	P.1	0.000236
S	870	I870I	atT	atA	1	16	P.1	0.000016
S	870	I870I	atT	atA	15	15	AY.116.1	0.004671
S	870	I870V	Att	Gtt	15	15	B.1.2	0.000132
S	870	I870V	Att	Gtt	14	14	AY.44	0.000085
S	870	I870V	Att	Gtt	14	14	B.1.160	0.000437
S	870	I870I	atT	atC	10	14	B.1.429	0.000235
S	870	I870I	atT	atA	4	14	B.1.429	0.000094
S	870	I870del	ATT	---	11	11	B.1.177	0.000145
S	870	I870V	Att	Gtt	10	10	AY.24	0.00431
S	870	I870I	atT	atA	10	10	N.4	0.042553
S	870	I870I	atT	atA	9	9	AY.3	0.00009
S	870	I870V	Att	Gtt	9	9	B.1.1	0.000163
S	870	I870L	Att	Ctt	8	8	All	0.000002
S	870	I870V	Att	Gtt	8	8	AY.39	0.000198
S	870	I870del	ATT	---	8	8	AY.4	0.000012
S	870	I870del1	Att	-tt	4	7	All	0.000001
S	870	I870del1	aTt	a-t	1	7	All	0
S	870	I870del1	ATt	-Ct	1	7	All	0
S	870	I870del1	ATT	-NN	1	7	All	0
S	870	I870I	atT	atC	5	7	AY.34	0.000485
S	870	I870I	atT	atA	2	7	AY.34	0.000194
S	870	I870V	Att	Gtt	7	7	B.1.486	0.777778
S	870	I870del	ATT	---	6	6	AY.4.5	0.000645
S	870	I870I	atT	atC	5	6	AY.44	0.00003
S	870	I870I	atT	atA	1	6	AY.44	0.000006
S	870	I870I	atT	atC	6	6	Q.2	0.003681
S	870	I870S	aTt	aGt	3	5		0.166667
S	870	I870S	aTT	aGC	2	5		0.111111
S	870	I870V	Att	Gtt	5	5	AY.3	0.00005
S	870	I870del	ATT	---	5	5	AY.43	0.000022
S	870	I870T	aTt	aCt	5	5	AY.68	0.001369
S	870	I870S	aTt	aGt	5	5	B.1.177	0.000066
S	870	I870del2	ATT	--N	2	4	All	0
S	870	I870del2	ATt	--t	1	4	All	0
S	870	I870del2	aTT	a--	1	4	All	0
S	870	I870I	atT	atA	4	4	AY.102	0.000106
S	870	I870V	Att	Gtt	4	4	AY.25	0.000024
S	870	I870I	atT	atA	4	4	AY.69	0.000747
S	870	I870S	aTt	aGt	4	4	B.1	0.000037
S	870	I870I	atT	atA	2	4	B.1	0.000018
S	870	I870I	atT	atC	2	4	B.1	0.000018
S	870	I870S	aTt	aGt	4	4	B.1.160	0.000125
S	870	I870I	atT	atC	4	4	B.1.177.60	0.000874
S	870	I870del	ATT	---	4	4	B.1.2	0.000035
S	870	I870del	ATT	---	4	4	B.1.617.2	0.000015
S	870	I870V	Att	Gtt	4	4	P.1	0.000063
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	A.23.1	0.002113
S	870	I870F	Att	Ttt	3	3	All	0.000001
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	AY.102	0.00008
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	AY.105	0.001929
S	870	I870del	ATT	---	3	3	AY.120	0.000112
S	870	I870I	atT	atA	2	3	AY.120	0.000074
S	870	I870I	atT	atC	1	3	AY.120	0.000037
S	870	I870S	aTt	aGt	3	3	AY.23	0.000209
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	AY.4.2	0.000065
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	AY.42	0.000121
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	AY.98	0.000237
S	870	I870T	aTt	aCt	3	3	B.1.1.372	0.002066
S	870	I870T	aTt	aCt	3	3	B.1.1.7	0.000003
S	870	I870I	atT	atC	3	3	B.1.177.4	0.000633
S	870	I870T	aTt	aCt	3	3	B.1.2	0.000026
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	B.1.234	0.000396
S	870	I870V	Att	Gtt	3	3	B.1.351.2	0.000908
S	870	I870I	atT	atC	3	3	B.1.595	0.000783
S	870	I870I	atT	atA	3	3	B.1.596	0.000261
S	870	I870T	aTt	aCt	3	3	B.1.617.2	0.000011
S	870	I870L	Att	Ctt	2	2		0.111111
S	870	I870M	atT	atG	2	2	All	0
S	870	I870T	aTt	aCt	2	2	AY.103	0.000012
S	870	I870V	Att	Gtt	2	2	AY.117	0.000169
S	870	I870I	atT	atC	2	2	AY.25	0.000012
S	870	I870T	aTt	aCt	2	2	AY.25	0.000012
S	870	I870V	Att	Gtt	2	2	AY.26	0.000057
S	870	I870T	aTt	aCt	2	2	AY.29	0.000032
S	870	I870I	atT	atC	2	2	AY.33	0.000134
S	870	I870V	Att	Gtt	2	2	AY.46	0.000208
S	870	I870I	atT	atC	2	2	AY.47	0.000062
S	870	I870del	ATT	---	2	2	AY.5	0.000041
S	870	I870V	Att	Gtt	2	2	AY.6	0.000082
S	870	I870S	aTt	aGt	2	2	AY.92	0.000575
S	870	I870V	Att	Gtt	2	2	B	0.000256
S	870	I870del	ATT	---	2	2	B.1	0.000018
S	870	I870T	aTt	aCt	2	2	B.1.1.176	0.000879
S	870	I870S	aTt	aGt	2	2	B.1.1.411	0.029412
S	870	I870del2	ATT	--N	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	870	I870I	atT	atA	2	2	B.1.160	0.000062
S	870	I870S	aTt	aGt	2	2	B.1.160.14	0.004237
S	870	I870S	aTt	aGt	2	2	B.1.177.53	0.004785
S	870	I870del	ATT	---	2	2	B.1.177.63	0.005405
S	870	I870del1	aTt	a-t	1	2	B.1.2	0.000009
S	870	I870del1	ATT	-NN	1	2	B.1.2	0.000009
S	870	I870S	aTt	aGt	1	2	B.1.221	0.000071
S	870	I870S	aTT	aGC	1	2	B.1.221	0.000071
S	870	I870del	ATT	---	2	2	B.1.36.17	0.000988
S	870	I870I	atT	atC	2	2	B.1.36.8	0.002
S	870	I870del	ATT	---	2	2	B.1.526	0.000047
S	870	I870S	aTt	aGt	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	870	I870del	ATT	---	2	2	Q.1	0.000253
S	870	I870del	ATT	---	1	1	A	0.000387
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AH.3	0.003802
S	870	I870R	aTT	aGG	1	1	All	0
S	870	I870A	ATt	GCt	1	1	All	0
S	870	I870P	ATt	CCt	1	1	All	0
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.100	0.000046
S	870	I870L	Att	Ctt	1	1	AY.103	0.000006
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.106	0.000335
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.109	0.00074
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.111	0.000183
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.111	0.000183
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.113	0.000142
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.116	0.000287
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.119	0.000035
S	870	I870L	Att	Ctt	1	1	AY.13	0.000161
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.19	0.00114
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.20	0.000039
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.23	0.00007
S	870	I870I	atT	atA	1	1	AY.23	0.00007
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.23.1	0.000417
S	870	I870L	Att	Ctt	1	1	AY.25	0.000006
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.25	0.000006
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.27	0.000065
S	870	I870A	ATt	GCt	1	1	AY.3	0.00001
S	870	I870P	ATt	CCt	1	1	AY.3	0.00001
S	870	I870S	ATt	TCt	1	1	AY.3	0.00001
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.3	0.00001
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.3.1	0.000085
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.32	0.000532
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	AY.34.1	0.00051
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.36	0.000148
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.38	0.000499
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.39	0.000025
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.39.1	0.00004
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.39.1	0.00004
S	870	I870del1	Att	-tt	1	1	AY.4	0.000002
S	870	I870I	atT	atA	1	1	AY.4.2	0.000022
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.4.3	0.000842
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.4.4	0.000409
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.43	0.000004
S	870	I870del1	ATt	-Ct	1	1	AY.43	0.000004
S	870	I870R	aTT	aGG	1	1	AY.43	0.000004
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.44	0.000006
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.44	0.000006
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.46	0.000104
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.47	0.000031
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.48	0.000465
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.5	0.000021
S	870	I870I	atT	atC	1	1	AY.5	0.000021
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.5.4	0.000277
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.52	0.000814
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.55	0.000917
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.6	0.000041
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	AY.60	0.000938
S	870	I870S	ATt	TCt	1	1	AY.67	0.000464
S	870	I870L	Att	Ctt	1	1	AY.69	0.000187
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.7.1	0.000113
S	870	I870S	ATT	TCC	1	1	AY.7.2	0.000559
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.72	0.001361
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.75	0.000056
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.81	0.001992
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	AY.9.2	0.000037
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	AY.98.1	0.000048
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.99	0.001049
S	870	I870del	ATT	---	1	1	AY.99.1	0.001553
S	870	I870I	atT	atC	1	1	B	0.000128
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B	0.000128
S	870	I870del2	ATt	--t	1	1	B	0.000128
S	870	I870M	atT	atG	1	1	B.1	0.000009
S	870	I870F	Att	Ttt	1	1	B.1	0.000009
S	870	I870del2	aTT	a--	1	1	B.1.1	0.000018
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.1	0.000018
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.1.236	0.006897
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.1.312	0.001912
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.50	0.000679
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	870	I870del1	Att	-tt	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	870	I870L	Att	Ctt	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	870	I870M	atT	atG	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.110.3	0.000718
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.160.28	0.002924
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.160.30	0.002976
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.177	0.000013
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.177	0.000013
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.10	0.000878
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.17	0.000821
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	870	I870del1	Att	-tt	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.177.43	0.001477
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.48	0.003125
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.54	0.000606
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.56	0.000668
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.58	0.001332
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.177.60	0.000218
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.177.81	0.000189
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.179	0.003759
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.2	0.000009
S	870	I870I	atT	atC	1	1	B.1.214	0.003663
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.221	0.000071
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.221	0.000071
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.229	0.009709
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.236	0.002053
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.240	0.000216
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	B.1.240	0.000216
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.258	0.000067
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.258	0.000067
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	B.1.258.17	0.000104
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.351	0.00003
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.36	0.000146
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.375	0.00082
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.427	0.00005
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.427	0.00005
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	B.1.438.1	0.000107
S	870	I870I	atT	atA	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	870	I870F	Att	Ttt	1	1	B.1.503	0.002488
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	B.1.525	0.000113
S	870	I870I	atT	atC	1	1	B.1.526	0.000024
S	870	I870L	Att	Ctt	1	1	B.1.527	0.003704
S	870	I870del1	Att	-tt	1	1	B.1.565	0.00081
S	870	I870del	ATT	---	1	1	B.1.577	0.000687
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	870	I870F	Att	Ttt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.4	0.002208
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.55	0.00295
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	B.6	0.00091
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	N.1	0.016949
S	870	I870I	atT	atC	1	1	N.3	0.005814
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	P.1	0.000016
S	870	I870del	ATT	---	1	1	P.1.13	0.000898
S	870	I870V	Att	Gtt	1	1	P.1.14	0.000048
S	870	I870del	ATT	---	1	1	P.1.15	0.000232
S	870	I870T	aTt	aCt	1	1	P.2	0.000187
S	870	I870S	aTt	aGt	1	1	R.1	0.00009
S	870	I870del	ATT	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.