CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 842

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S842G842GsynggTggC297529600.99495824086-24088
S842G842GsynggTggA2975120.0040336124086-24088
S842G842GsynggTggG297530.001008424086-24088
S842G842SnonsynGgtAgt113411330.99911824086-24088
S842G842SnonsynGgTAgC113410.00088183424086-24088
S842G842VnonsyngGtgTt294294124086-24088
S842G842DnonsyngGtgAt208208124086-24088
S842G842CnonsynGgtTgt3939124086-24088
S842G842deldelGGT---3939124086-24088
S842G842AnonsyngGtgCt540.824086-24088
S842G842del1delGgt-gt530.624086-24088
S842G842del1delggTgg-510.224086-24088
S842G842del1delGgT-gC510.224086-24088
S842G842AnonsyngGTgCA510.224086-24088
S842G842RnonsynGgtCgt44124086-24088
S842G842NnonsynGGTAAC22124086-24088
S842G842FnonsynGGtTTt22124086-24088
S842G842XnonsynGgTTgA210.524086-24088
S842G842XnonsynGGTTAA210.524086-24088
S842G842WnonsynGgTTgG11124086-24088
S842G842del2delGGt--t11124086-24088

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S842G842GggTggC29602975All0.000566
S842G842GggTggA122975All0.000002
S842G842GggTggG32975All0.000001
S842G842GggTggC27622762B.1.1.3110.989255
S842G842SGgtAgt11331134All0.000217
S842G842SGgTAgC11134All0
S842G842SGgtAgt313313AY.980.024725
S842G842SGgtAgt298298B.1.617.20.001122
S842G842VgGtgTt294294All0.000056
S842G842DgGtgAt208208All0.00004
S842G842SGgtAgt169169AY.250.001017
S842G842VgGtgTt149149B.1.1770.001962
S842G842SGgtAgt127127AH.30.48289
S842G842GggTggC6666B.1.1.70.000059
S842G842DgGtgAt6060AY.440.000365
S842G842SGgtAgt5050AY.40.000078
S842G842delGGT---3939All0.000007
S842G842CGgtTgt3939All0.000007
S842G842GggTggC2728AY.430.00012
S842G842GggTggA128AY.430.000004
S842G842SGgtAgt2424AY.420.000966
S842G842GggTggC2222B.10.000202
S842G842VgGtgTt2121B.10.000192
S842G842VgGtgTt2121B.1.1.70.000019
S842G842DgGtgAt2020B.1.20.000176
S842G842SGgtAgt1718B.1.1.70.000015
S842G842SGgTAgC118B.1.1.70.000001
S842G842SGgtAgt1818B.1.2580.001198
S842G842VgGtgTt1717B.1.20.00015
S842G842DgGtgAt1515B.1.1.70.000013
S842G842DgGtgAt1414AY.40.000022
S842G842SGgtAgt1313A.2.40.043771
S842G842DgGtgAt1313B.1.1770.000171
S842G842GggTggC1111B.1.1770.000145
S842G842SGgtAgt1010AY.200.000389
S842G842SGgtAgt1010AY.430.000044
S842G842GggTggC1010AY.570.006562
S842G842GggTggC79B.1.1.2360.048276
S842G842GggTggA29B.1.1.2360.013793
S842G842DgGtgAt99B.1.3510.000268
S842G842GggTggC88AY.40.000012
S842G842delGGT---88B.1.1.70.000007
S842G842GggTggC77AY.250.000042
S842G842CGgtTgt77B.10.000064
S842G842SGgtAgt77B.10.000064
S842G842DgGtgAt77B.1.36.80.007
S842G842VgGtgTt66B.1.1.4640.008837
S842G842CGgtTgt66B.1.1.70.000005
S842G842GggTggC66B.1.160.160.005576
S842G842DgGtgAt66B.1.617.20.000023
S842G842AgGtgCt45All0.000001
S842G842del1Ggt-gt35All0.000001
S842G842del1ggTgg-15All0
S842G842AgGTgCA15All0
S842G842del1GgT-gC15All0
S842G842DgGtgAt55AY.1020.000133
S842G842VgGtgTt55AY.250.00003
S842G842SGgtAgt55AY.290.000079
S842G842DgGtgAt55AY.360.000741
S842G842VgGtgTt55AY.430.000022
S842G842SGgtAgt55AY.440.00003
S842G842DgGtgAt55AY.46.40.000823
S842G842VgGtgTt55B.1.10.000091
S842G842GggTggC55B.1.10.000091
S842G842SGgtAgt55B.1.10.000091
S842G842GggTggA55B.1.1.3350.064935
S842G842RGgtCgt44All0.000001
S842G842SGgtAgt44AY.1000.000184
S842G842SGgtAgt44AY.1030.000025
S842G842VgGtgTt44AY.1030.000025
S842G842CGgtTgt44AY.250.000024
S842G842VgGtgTt44AY.40.000006
S842G842VgGtgTt44AY.440.000024
S842G842VgGtgTt44B.1.1600.000125
S842G842SGgtAgt44B.1.20.000035
S842G842GggTggC34B.1.20.000026
S842G842GggTggA14B.1.20.000009
S842G842VgGtgTt44B.1.617.20.000015
S842G842VgGtgTt33AY.1180.000188
S842G842DgGtgAt33AY.30.00003
S842G842VgGtgTt33AY.39.10.000119
S842G842CGgtTgt33AY.40.000005
S842G842delGGT---33AY.430.000013
S842G842CGgtTgt33AY.440.000018
S842G842delGGT---33B.1.1.2360.02069
S842G842SGgtAgt33B.1.2430.000209
S842G842VgGtgTt33B.1.5170.001281
S842G842VgGtgTt33C.370.000348
S842G842SGgtAgt33R.10.00027
S842G842NGGTAAC220.111111
S842G842GggTggA120.055556
S842G842GggTggG120.055556
S842G842NGGTAAC22All0
S842G842FGGtTTt22All0
S842G842XGgTTgA12All0
S842G842XGGTTAA12All0
S842G842SGgtAgt22AY.1020.000053
S842G842CGgtTgt22AY.1030.000012
S842G842SGgtAgt22AY.1180.000125
S842G842DgGtgAt22AY.1180.000125
S842G842DgGtgAt22AY.1210.000271
S842G842DgGtgAt22AY.140.000176
S842G842DgGtgAt22AY.250.000012
S842G842VgGtgTt22AY.390.000049
S842G842DgGtgAt22AY.390.000049
S842G842delGGT---22AY.40.000003
S842G842SGgtAgt22AY.4.20.000043
S842G842delGGT---22AY.4.50.000215
S842G842SGgtAgt22AY.450.000243
S842G842SGgtAgt22AY.460.000208
S842G842VgGtgTt22AY.50.000041
S842G842VgGtgTt22AY.60.000082
S842G842DgGtgAt22AY.720.002721
S842G842VgGtgTt22AY.9.20.000073
S842G842CGgtTgt22AY.980.000158
S842G842VgGtgTt22AY.98.10.000097
S842G842DgGtgAt22B.10.000018
S842G842delGGT---22B.10.000018
S842G842delGGT---22B.1.10.000036
S842G842SGgtAgt22B.1.1.2140.000111
S842G842SGgtAgt22B.1.1.2410.004141
S842G842SGgtAgt22B.1.1.2940.002532
S842G842DgGtgAt22B.1.1280.001271
S842G842GggTggC22B.1.1600.000062
S842G842SGgtAgt22B.1.177.120.000303
S842G842CGgtTgt22B.1.20.000018
S842G842GggTggC22B.1.2580.000133
S842G842VgGtgTt22B.1.4290.000047
S842G842GggTggC22B.1.4290.000047
S842G842GggTggC22B.1.5250.000226
S842G842DgGtgAt22B.1.5960.000174
S842G842CGgtTgt22B.1.5960.000174
S842G842delGGT---22B.1.617.20.000008
S842G842SGgtAgt22B.1.6210.000177
S842G842FGGtTTt22C.350.001548
S842G842DgGtgAt22P.10.000032
S842G842SGgtAgt22P.10.000032
S842G842GggTggC12P.10.000016
S842G842GggTggA12P.10.000016
S842G842GggTggG22P.1.10.000635
S842G842XGgTTgA110.055556
S842G842CGgtTgt110.055556
S842G842delGGT---11A0.000387
S842G842SGgtAgt11A.2.5.10.004808
S842G842DgGtgAt11AE.80.000489
S842G842del2GGt--t11All0
S842G842WGgTTgG11All0
S842G842AgGtgCt11AU.30.00211
S842G842CGgtTgt11AY.1020.000027
S842G842RGgtCgt11AY.1030.000006
S842G842DgGtgAt11AY.1030.000006
S842G842VgGtgTt11AY.1080.001103
S842G842SGgtAgt11AY.1080.001103
S842G842GggTggC11AY.1130.000142
S842G842SGgtAgt11AY.1160.000287
S842G842del2GGt--t11AY.1170.000085
S842G842SGgtAgt11AY.1190.000035
S842G842del1Ggt-gt11AY.1190.000035
S842G842DgGtgAt11AY.1190.000035
S842G842VgGtgTt11AY.120.000316
S842G842GggTggC11AY.1200.000037
S842G842delGGT---11AY.1200.000037
S842G842SGgtAgt11AY.1200.000037
S842G842VgGtgTt11AY.1210.000135
S842G842SGgtAgt11AY.140.000088
S842G842VgGtgTt11AY.16.10.00047
S842G842DgGtgAt11AY.200.000039
S842G842SGgtAgt11AY.230.00007
S842G842DgGtgAt11AY.240.000431
S842G842VgGtgTt11AY.30.00001
S842G842delGGT---11AY.3.10.000085
S842G842DgGtgAt11AY.340.000097
S842G842VgGtgTt11AY.370.000316
S842G842GggTggA11AY.390.000025
S842G842SGgtAgt11AY.390.000025
S842G842VgGtgTt11AY.4.20.000022
S842G842CGgtTgt11AY.4.20.000022
S842G842DgGtgAt11AY.420.00004
S842G842RGgtCgt11AY.430.000004
S842G842delGGT---11AY.46.20.000635
S842G842VgGtgTt11AY.46.60.000072
S842G842DgGtgAt11AY.50.000021
S842G842DgGtgAt11AY.530.000288
S842G842DgGtgAt11AY.570.000656
S842G842DgGtgAt11AY.700.000209
S842G842delGGT---11AY.750.000056
S842G842CGgtTgt11AY.750.000056
S842G842DgGtgAt11AY.750.000056
S842G842DgGtgAt11AY.850.000427
S842G842delGGT---11AY.9.20.000037
S842G842delGGT---11AY.98.10.000048
S842G842DgGtgAt11B.1.10.000018
S842G842XGGTTAA11B.1.10.000018
S842G842GggTggC11B.1.1.100.001115
S842G842VgGtgTt11B.1.1.1740.003378
S842G842GggTggC11B.1.1.2140.000055
S842G842DgGtgAt11B.1.1.2220.000204
S842G842VgGtgTt11B.1.1.2220.000204
S842G842DgGtgAt11B.1.1.250.000569
S842G842SGgtAgt11B.1.1.3010.001179
S842G842VgGtgTt11B.1.1.370.000193
S842G842GggTggC11B.1.1.4090.002833
S842G842AgGtgCt11B.1.1460.004237
S842G842SGgtAgt11B.1.1600.000031
S842G842DgGtgAt11B.1.160.110.005714
S842G842GggTggC11B.1.1670.007812
S842G842delGGT---11B.1.1770.000013
S842G842DgGtgAt11B.1.177.170.000821
S842G842GggTggC11B.1.177.170.000821
S842G842delGGT---11B.1.177.170.000821
S842G842DgGtgAt11B.1.177.480.003125
S842G842GggTggC11B.1.177.560.000668
S842G842delGGT---11B.1.177.630.002703
S842G842del1Ggt-gt11B.1.177.630.002703
S842G842VgGtgTt11B.1.177.650.000665
S842G842SGgtAgt11B.1.177.800.001912
S842G842delGGT---11B.1.20.000009
S842G842VgGtgTt11B.1.2210.000071
S842G842GggTggC11B.1.2210.000071
S842G842SGgtAgt11B.1.2210.000071
S842G842VgGtgTt11B.1.2340.000132
S842G842delGGT---11B.1.2580.000067
S842G842DgGtgAt11B.1.258.170.000104
S842G842DgGtgAt11B.1.3400.004292
S842G842GggTggC11B.1.3510.00003
S842G842GggTggC11B.1.360.000146
S842G842GggTggC11B.1.36.170.000494
S842G842SGgtAgt11B.1.36.290.000517
S842G842VgGtgTt11B.1.36.290.000517
S842G842VgGtgTt11B.1.3620.001541
S842G842DgGtgAt11B.1.3690.000285
S842G842SGgtAgt11B.1.3700.008
S842G842SGgtAgt11B.1.4270.00005
S842G842DgGtgAt11B.1.4270.00005
S842G842GggTggC11B.1.428.30.012821
S842G842DgGtgAt11B.1.4290.000024
S842G842VgGtgTt11B.1.4990.00105
S842G842SGgtAgt11B.1.5250.000113
S842G842SGgtAgt11B.1.5260.000024
S842G842SGgtAgt11B.1.5510.00129
S842G842del1ggTgg-11B.1.5610.000397
S842G842VgGtgTt11B.1.5670.003333
S842G842SGgtAgt11B.1.5750.000303
S842G842VgGtgTt11B.1.5950.000261
S842G842GggTggC11B.1.5960.000087
S842G842VgGtgTt11B.1.5960.000087
S842G842GggTggC11B.1.617.10.000129
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.