CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 80

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S80D80AnonsyngAtgCt40300402980.9999521800-21802
S80D80AnonsyngATgCC4030020.000049627821800-21802
S80D80GnonsyngAtgGt1335013350121800-21802
S80D80YnonsynGatTat12907128970.99922521800-21802
S80D80YnonsynGaTTaC12907100.00077477321800-21802
S80D80DsyngaTgaC24542454121800-21802
S80D80deldelGAT---502502121800-21802
S80D80NnonsynGatAat4724710.99788121800-21802
S80D80NnonsynGaTAaC47210.0021186421800-21802
S80D80HnonsynGatCat1711700.99415221800-21802
S80D80HnonsynGaTCaC17110.0058479521800-21802
S80D80FnonsynGAtTTt6666121800-21802
S80D80EnonsyngaTgaA62450.72580621800-21802
S80D80EnonsyngaTgaG62170.27419421800-21802
S80D80VnonsyngAtgTt29280.96551721800-21802
S80D80VnonsyngATgTA2910.034482821800-21802
S80D80SnonsynGAtTCt22210.95454521800-21802
S80D80SnonsynGATTCA2210.045454521800-21802
S80D80CnonsynGAtTGt1111121800-21802
S80D80del1delgaTga-630.521800-21802
S80D80del1delGat-at620.33333321800-21802
S80D80del1delGAT-NN610.16666721800-21802
S80D80del2delgATg--320.66666721800-21802
S80D80del2delGAT--N310.33333321800-21802
S80D80TnonsynGAtACt22121800-21802
S80D80XnonsynGaTTaA11121800-21802
S80D80LnonsynGAtCTt11121800-21802
S80D80KnonsynGaTAaA11121800-21802

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S80D80AgAtgCt4029840300All0.007707
S80D80AgATgCC240300All0
S80D80AgAtgCt3303033031B.1.3510.981867
S80D80AgATgCC133031B.1.3510.00003
S80D80GgAtgGt1335013350All0.002553
S80D80YGatTat1289712907All0.002467
S80D80YGaTTaC1012907All0.000002
S80D80GgAtgGt1232612326B.1.6370.900694
S80D80AgAtgCt32993299B.1.351.20.998185
S80D80DgaTgaC24542454All0.000469
S80D80YGatTat20202020AY.1030.012542
S80D80AgAtgCt16651665B.1.351.50.998201
S80D80YGatTat15581558AY.40.002425
S80D80AgAtgCt11391139B.1.351.30.998247
S80D80YGatTat11241124B.1.3670.89065
S80D80YGatTat11211121B.1.1.70.001004
S80D80DgaTgaC895895B.1.617.20.00337
S80D80YGatTat719719B.1.177.90.95739
S80D80delGAT---502502All0.000096
S80D80AgAtgCt484484B.10.004433
S80D80NGatAat471472All0.00009
S80D80NGaTAaC1472All0
S80D80YGatTat471471B.1.617.20.001774
S80D80YGatTat422422AY.5.40.116768
S80D80YGatTat385385B.1.177.300.967337
S80D80GgAtgGt381381B.10.00349
S80D80YGatTat363363AY.440.002209
S80D80YGatTat358358B.1.1.4170.967568
S80D80YGatTat306306B.10.002803
S80D80YGatTat249250B.1.10.004517
S80D80YGaTTaC1250B.1.10.000018
S80D80DgaTgaC229229AY.4.2.10.034118
S80D80YGatTat220220AY.430.000975
S80D80YGatTat211211AY.680.057761
S80D80YGatTat209209AZ.50.733333
S80D80YGatTat208208AY.1020.005515
S80D80YGatTat198198B.1.1770.002607
S80D80GgAtgGt197197AV.10.994949
S80D80DgaTgaC182182AY.1030.00113
S80D80YGatTat179179B.1.20.001576
S80D80HGatCat170171All0.000033
S80D80HGaTCaC1171All0
S80D80YGatTat170170B.1.2580.011313
S80D80DgaTgaC161161B.1.1.70.000144
S80D80YGatTat154154B.1.1.5190.006115
S80D80YGatTat136136B.1.4290.0032
S80D80YGatTat109109B.1.1.2220.022236
S80D80YGatTat109109B.1.1600.003399
S80D80GgAtgGt9696B.1.1.70.000086
S80D80YGatTat9292B.1.36.260.262857
S80D80delGAT---9292B.1.617.20.000346
S80D80DgaTgaC8787AY.40.000135
S80D80DgaTgaC8585B.10.000779
S80D80delGAT---8484AY.430.000372
S80D80DgaTgaC7777AY.430.000341
S80D80NGatAat7777B.1.6370.005627
S80D80DgaTgaC7474AY.470.002302
S80D80DgaTgaC7070B.1.10.00127
S80D80FGAtTTt6666All0.000013
S80D80YGatTat6565D.20.004878
S80D80FGAtTTt6363B.1.2430.004384
S80D80EgaTgaA4562All0.000009
S80D80EgaTgaG1762All0.000003
S80D80YGatTat6060B.1.1.1700.074813
S80D80YGatTat5656B.1.1.2140.003106
S80D80YGatTat5454AY.90.00365
S80D80YGatTat5353AY.250.000319
S80D80AgAtgCt5252B.1.5240.073136
S80D80YGatTat4949B.1.1.280.015251
S80D80YGatTat4848AY.5.30.016194
S80D80HGatCat4747AY.40.000073
S80D80AgAtgCt4747AY.450.005719
S80D80YGatTat4646AY.46.60.003322
S80D80delGAT---4646B.1.1.70.000041
S80D80AgAtgCt4444B.1.617.20.000166
S80D80NGatAat4242B.1.1.70.000038
S80D80YGatTat4040B.1.1.390.020387
S80D80HGatCat3939B.1.1700.168103
S80D80YGatTat3838B.1.6210.003364
S80D80YGatTat3636AY.98.10.001744
S80D80NGatAat3636B.1.20.000317
S80D80YGatTat3535AY.540.003337
S80D80AgAtgCt3232AY.430.000142
S80D80YGatTat3131AY.9.20.001139
S80D80AgAtgCt3131B.1.10.000562
S80D80YGatTat3131B.1.4690.111913
S80D80AgAtgCt3030B.1.1.3060.013152
S80D80DgaTgaC3030B.1.5960.002614
S80D80VgAtgTt2829All0.000005
S80D80VgATgTA129All0
S80D80NGatAat2929B.1.1770.000382
S80D80YGatTat2828AY.30.000278
S80D80delGAT---2828AY.440.00017
S80D80GgAtgGt2828AY.860.023237
S80D80DgaTgaC2828B.1.20.000247
S80D80GgAtgGt2727AY.40.000042
S80D80delGAT---2727AY.90.001825
S80D80GgAtgGt2626B.1.10.000472
S80D80AgAtgCt2626B.1.351.11
S80D80NGatAat2525AY.30.000249
S80D80YGatTat2424AY.200.000933
S80D80YGatTat2424AY.4.40.00982
S80D80DgaTgaC2424AY.700.005004
S80D80AgAtgCt2424B.1.5540.105727
S80D80YGatTat2323AY.390.000568
S80D80NGatAat2323AY.5.40.006364
S80D80DgaTgaC2323AY.520.01873
S80D80YGatTat2323B.1.4700.032303
S80D80GgAtgGt2323B.1.5260.000541
S80D80SGAtTCt2122All0.000004
S80D80SGATTCA122All0
S80D80delGAT---2222AY.250.000132
S80D80YGatTat2222B.1.1.2840.002363
S80D80YGatTat2222B.1.2430.001531
S80D80DgaTgaC2222B.1.5650.017828
S80D80DgaTgaC2222P.1.140.001052
S80D80YGatTat2020AY.1170.00169
S80D80YGatTat2020AY.290.000315
S80D80DgaTgaC2020AY.30.000199
S80D80delGAT---2020AY.40.000031
S80D80HGatCat2020B.1.20.000176
S80D80SGAtTCt2020B.1.3510.000595
S80D80YGatTat2020B.1.360.002918
S80D80DgaTgaC1919AY.440.000116
S80D80AgAtgCt1919AY.610.001991
S80D80GgAtgGt1919B.1.177.70.003132
S80D80NGatAat1919B.1.4270.000959
S80D80YGatTat1919P.10.000299
S80D80YGatTat1818B.1.1810.352941
S80D80GgAtgGt1818B.1.20.000158
S80D80DgaTgaC1818B.1.438.10.001931
S80D80YGatTat1818B.400.006557
S80D80YGatTat1818P.20.003359
S80D80YGatTat1717A.2.50.008483
S80D80DgaTgaC1717AY.250.000102
S80D80YGatTat1717AY.260.000481
S80D80YGatTat1717AY.60.000699
S80D80YGatTat1717B.1.1.1740.057432
S80D80DgaTgaC1717B.1.221.10.049419
S80D80delGAT---1616AY.1020.000424
S80D80YGatTat1616AY.50.00033
S80D80YGatTat1616B0.002045
S80D80DgaTgaC1616B.1.1600.000499
S80D80AgAtgCt1616B.1.6360.107383
S80D80DgaTgaC1616P.10.000252
S80D80DgaTgaC1515AY.390.000371
S80D80NGatAat1515AY.40.000023
S80D80HGatCat1515AY.440.000091
S80D80YGatTat1515AY.470.000467
S80D80DgaTgaC1515AY.50.00031
S80D80DgaTgaC1515AY.5.30.005061
S80D80YGatTat1515B.1.1.3980.048387
S80D80YGatTat1515B.1.177.810.00284
S80D80YGatTat1515B.1.5650.012156
S80D80YGatTat1515B.1.5960.001307
S80D80YGatTat1414AY.1200.000521
S80D80EgaTgaA1314AY.40.00002
S80D80EgaTgaG114AY.40.000002
S80D80YGatTat1414AY.46.40.002303
S80D80GgAtgGt1414B.1.4290.000329
S80D80NGatAat1414B.1.4290.000329
S80D80YGatTat1414C.370.001625
S80D80YGatTat1414R.10.00126
S80D80DgaTgaC1313B.1.2430.000905
S80D80YGatTat1313B.1.3800.086093
S80D80DgaTgaC1313B.1.5260.000306
S80D80delGAT---1212AY.34.10.006119
S80D80AgAtgCt1212AY.440.000073
S80D80AgAtgCt1212B.1.1.4320.01519
S80D80YGatTat1212B.1.4090.009375
S80D80YGatTat1212B.1.5260.000282
S80D80NGatAat1212B.1.5950.003132
S80D80DgaTgaC1111A0.004257
S80D80CGAtTGt1111All0.000002
S80D80YGatTat1111AY.910.008035
S80D80YGatTat1111AY.920.00316
S80D80NGatAat1111B.10.000101
S80D80AgAtgCt1111B.1.177.730.006229
S80D80YGatTat1111B.1.2210.000781
S80D80CGAtTGt1111B.1.6370.000804
S80D80DgaTgaC1010AY.290.000158
S80D80GgAtgGt1010AY.440.000061
S80D80YGatTat1010AY.460.001041
S80D80AgAtgCt1010AY.590.005297
S80D80YGatTat1010AY.610.001048
S80D80YGatTat1010AY.770.011274
S80D80NGatAat910B.1.10.000163
S80D80NGaTAaC110B.1.10.000018
S80D80AgAtgCt1010B.1.1.1890.015129
S80D80YGatTat1010B.1.1.250.005685
S80D80AgAtgCt1010B.1.1.70.000009
S80D80GgAtgGt1010B.1.4270.000505
S80D80YGatTat1010P.1.140.000478
S80D80AgAtgCt99AY.190.010262
S80D80AgAtgCt99AY.380.004493
S80D80DgaTgaC99AY.570.005906
S80D80GgAtgGt99B.1.1.5070.078261
S80D80AgAtgCt99B.1.1.5070.078261
S80D80NGatAat99B.1.1.630.003472
S80D80YGatTat99B.1.177.40.0019
S80D80YGatTat99B.1.36.180.003782
S80D80DgaTgaC99B.1.5170.003843
S80D80NGatAat99B.1.5680.01
S80D80GgAtgGt99B.1.617.20.000034
S80D80YGatTat88A.2.5.30.082474
S80D80NGatAat88AE.80.003912
S80D80GgAtgGt88AY.1030.00005
S80D80DgaTgaC88AY.330.000534
S80D80YGatTat88AY.330.000534
S80D80GgAtgGt88AY.4.20.000174
S80D80YGatTat88AY.4.50.00086
S80D80YGatTat88AY.750.000448
S80D80AgAtgCt88AY.75.10.001442
S80D80GgAtgGt88B0.001022
S80D80DgaTgaC88B.1.1.4340.002788
S80D80YGatTat88B.1.1.500.005431
S80D80EgaTgaA88B.1.1.70.000007
S80D80YGaTTaC88B.1.438.20.153846
S80D80NGatAat88C.10.019139
S80D80YGatTat77AY.1190.000247
S80D80DgaTgaC77AY.1200.00026
S80D80YGatTat77AY.120.10.002247
S80D80YGatTat67AY.230.000418
S80D80YGaTTaC17AY.230.00007
S80D80AgAtgCt77AY.260.000198
S80D80delGAT---77AY.30.00007
S80D80YGatTat77AY.3.10.000597
S80D80AgAtgCt77AY.390.000173
S80D80AgAtgCt77AY.40.000011
S80D80AgAtgCt77AY.710.003325
S80D80AgAtgCt77AY.860.005809
S80D80YGatTat77AY.980.000553
S80D80DgaTgaC77B.1.1.260.036649
S80D80YGatTat77B.1.1.5120.2
S80D80YGatTat77B.1.2410.005682
S80D80NGatAat77B.1.36.290.003621
S80D80YGatTat77B.1.36.290.003621
S80D80del1gaTga-36All0.000001
S80D80del1Gat-at26All0
S80D80del1GAT-NN16All0
S80D80YGatTat66AY.1000.000276
S80D80delGAT---66AY.1030.000037
S80D80GgAtgGt66AY.250.000036
S80D80GgAtgGt66AY.30.00006
S80D80DgaTgaC66AY.3.10.000512
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