CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 75 | G75V | nonsyn | gGt | gTt | 15084 | 15081 | 0.999801 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75V | nonsyn | gGT | gTA | 15084 | 2 | 0.000132591 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75V | nonsyn | gGT | gTG | 15084 | 1 | 0.0000662954 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75R | nonsyn | Ggt | Cgt | 2924 | 2922 | 0.999316 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75R | nonsyn | GgT | CgG | 2924 | 2 | 0.000683995 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del | del | GGT | --- | 791 | 791 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75A | nonsyn | gGt | gCt | 612 | 612 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75S | nonsyn | Ggt | Agt | 419 | 417 | 0.995227 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75S | nonsyn | GgT | AgC | 419 | 2 | 0.00477327 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75G | syn | ggT | ggC | 289 | 275 | 0.951557 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75G | syn | ggT | ggG | 289 | 8 | 0.0276817 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75G | syn | ggT | ggA | 289 | 6 | 0.0207612 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75D | nonsyn | gGt | gAt | 244 | 244 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75C | nonsyn | Ggt | Tgt | 161 | 161 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del1 | del | Ggt | -gt | 21 | 15 | 0.714286 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del1 | del | GGT | -NN | 21 | 3 | 0.142857 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del1 | del | ggT | gg- | 21 | 1 | 0.047619 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del1 | del | GgT | -gN | 21 | 1 | 0.047619 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del1 | del | gGT | gA- | 21 | 1 | 0.047619 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75F | nonsyn | GGt | TTt | 6 | 6 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del2 | del | GGT | --N | 6 | 3 | 0.5 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del2 | del | GGt | --t | 6 | 2 | 0.333333 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75del2 | del | GGT | --C | 6 | 1 | 0.166667 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75W | nonsyn | GgT | TgG | 2 | 2 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75L | nonsyn | GGT | CTA | 2 | 1 | 0.5 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75L | nonsyn | GGT | CTG | 2 | 1 | 0.5 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75T | nonsyn | GGt | ACt | 1 | 1 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75E | nonsyn | gGT | gAG | 1 | 1 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75Q | nonsyn | GGT | CAG | 1 | 1 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75P | nonsyn | GGt | CCt | 1 | 1 | 1 | 21785-21787 | |
S | 75 | G75K | nonsyn | GGT | AAA | 1 | 1 | 1 | 21785-21787 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 15081 | 15084 | All | 0.002884 |
S | 75 | G75V | gGT | gTA | 2 | 15084 | All | 0 |
S | 75 | G75V | gGT | gTG | 1 | 15084 | All | 0 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 8207 | 8207 | C.37 | 0.95253 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2922 | 2924 | All | 0.000559 |
S | 75 | G75R | GgT | CgG | 2 | 2924 | All | 0 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2316 | 2316 | B.1.36.18 | 0.973109 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 989 | 989 | B.1.1.7 | 0.000885 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 791 | 791 | All | 0.000151 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 783 | 783 | AY.4 | 0.001219 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 612 | 612 | All | 0.000117 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 417 | 419 | All | 0.00008 |
S | 75 | G75S | GgT | AgC | 2 | 419 | All | 0 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 379 | 379 | C.37.1 | 0.992147 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 338 | 338 | B.1.617.2 | 0.001273 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 333 | 333 | AY.4 | 0.000518 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 298 | 298 | B.1.258 | 0.019831 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 275 | 289 | All | 0.000053 |
S | 75 | G75G | ggT | ggG | 8 | 289 | All | 0.000002 |
S | 75 | G75G | ggT | ggA | 6 | 289 | All | 0.000001 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 250 | 250 | C.37 | 0.029016 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 247 | 247 | AY.43 | 0.001094 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 246 | 246 | AY.103 | 0.001527 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 244 | 244 | All | 0.000047 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 232 | 232 | AY.25 | 0.001395 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 212 | 213 | AY.44 | 0.00129 |
S | 75 | G75V | gGT | gTA | 1 | 213 | AY.44 | 0.000006 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 206 | 206 | B.1.177 | 0.002713 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 163 | 163 | AY.16.1 | 0.076598 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 163 | 163 | B.1.526 | 0.003831 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 161 | 161 | All | 0.000031 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 146 | 146 | B.1 | 0.001337 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 143 | 143 | P.1.17 | 0.023132 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 137 | 137 | P.1.14 | 0.006549 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 126 | 126 | AY.4.2.1 | 0.018772 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 107 | 107 | AY.102 | 0.002837 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 99 | 99 | AY.29 | 0.001562 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 99 | 99 | B.1.351 | 0.002943 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 93 | 93 | B.1.2 | 0.000819 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 89 | 89 | B.1.1 | 0.001615 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 85 | 85 | B.1.1.7 | 0.000076 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 83 | 83 | AY.43 | 0.000368 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 81 | 81 | B.1.336 | 0.197561 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 76 | 76 | B.1.617.2 | 0.000286 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 72 | 72 | AY.5 | 0.001487 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 70 | 70 | AY.9.2 | 0.002571 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 63 | 63 | L.3 | 0.223404 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 61 | 61 | AY.43 | 0.00027 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 61 | 61 | B.1.526 | 0.001434 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 59 | 59 | B.1.351.2 | 0.017852 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 58 | 58 | B.1.1.7 | 0.000052 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 55 | 55 | AY.4 | 0.000086 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 54 | 54 | AY.34 | 0.005236 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 52 | 52 | AY.44 | 0.000317 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 51 | 51 | AY.27 | 0.003301 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 50 | 50 | AY.118 | 0.003132 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 50 | 50 | B.1.1.7 | 0.000045 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 50 | 50 | P.1 | 0.000788 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 47 | 48 | AY.3 | 0.000467 |
S | 75 | G75V | gGT | gTG | 1 | 48 | AY.3 | 0.00001 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 44 | 44 | AY.4.2 | 0.000954 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 44 | 44 | B.1.1.7 | 0.000039 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 43 | 43 | B.1.177 | 0.000566 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 42 | 42 | AY.99.2 | 0.003871 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 40 | 40 | B.1.609 | 0.019175 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 38 | 38 | AY.20 | 0.001477 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 34 | 34 | B.1 | 0.000311 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 33 | 33 | AY.26 | 0.000934 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 33 | 33 | B.1.1.7 | 0.00003 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 33 | 33 | B.1.177.86 | 0.006054 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 33 | 33 | B.1.221 | 0.002344 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 32 | 32 | AY.4.5 | 0.00344 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 32 | 32 | B.1.617.2 | 0.00012 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 29 | 30 | B.1.1.7 | 0.000026 |
S | 75 | G75G | ggT | ggA | 1 | 30 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 29 | 29 | B.1 | 0.000266 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 28 | 28 | AY.9 | 0.001893 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 28 | 28 | B.1.177.65 | 0.018629 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 27 | 27 | AY.44 | 0.000164 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 27 | 27 | B.1.1.519 | 0.001072 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 27 | 27 | B.1.621 | 0.00239 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 26 | 26 | AY.4 | 0.00004 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 26 | 26 | AY.91 | 0.018992 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 25 | 25 | AY.3 | 0.000249 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 24 | 24 | AY.118 | 0.001504 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 24 | 24 | AY.3 | 0.000239 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 24 | 24 | AY.39 | 0.000593 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 23 | 23 | AY.100 | 0.001058 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 23 | 23 | AY.25 | 0.000138 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 22 | 22 | B.1.1.70 | 0.007503 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 22 | 22 | B.1.177.17 | 0.018062 |
S | 75 | G75del1 | Ggt | -gt | 15 | 21 | All | 0.000003 |
S | 75 | G75del1 | GGT | -NN | 3 | 21 | All | 0.000001 |
S | 75 | G75del1 | gGT | gA- | 1 | 21 | All | 0 |
S | 75 | G75del1 | ggT | gg- | 1 | 21 | All | 0 |
S | 75 | G75del1 | GgT | -gN | 1 | 21 | All | 0 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 21 | 21 | AY.113 | 0.00299 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 21 | 21 | AY.119 | 0.000741 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 21 | 21 | AY.61 | 0.0022 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 21 | 21 | AY.88 | 0.018568 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 21 | 21 | B.1.36.29 | 0.010864 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 20 | 20 | AY.4 | 0.000031 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 20 | 20 | B.1 | 0.000183 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 19 | 19 | AY.103 | 0.000118 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 19 | 19 | B.1.1 | 0.000345 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 18 | 18 | P.1 | 0.000284 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 17 | 17 | AY.51 | 0.015455 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 17 | 17 | B.1.1.7 | 0.000015 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 17 | 17 | B.1.619.1 | 0.010904 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 16 | 16 | AY.102 | 0.000424 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 16 | 16 | AY.39.2 | 0.024653 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 16 | 16 | AY.4 | 0.000025 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 16 | 16 | AY.4 | 0.000025 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 16 | 16 | B.1.160 | 0.000499 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 15 | 15 | AY.30 | 0.005936 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 15 | 15 | AY.98.1 | 0.000726 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 15 | 15 | B.1.617.2 | 0.000056 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 15 | 15 | B.1.617.2 | 0.000056 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 14 | 14 | AY.3.1 | 0.001194 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 14 | 14 | B.1.1.214 | 0.000776 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.13 | 0.002093 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 13 | 13 | B.1.1 | 0.000236 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 13 | 13 | B.1.1.189 | 0.019667 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 13 | 13 | B.1.2 | 0.000114 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 13 | 13 | B.1.2 | 0.000114 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 13 | 13 | B.1.243 | 0.000905 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 13 | 13 | B.1.326 | 0.098485 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 13 | 13 | P.1.15 | 0.00302 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 12 | 12 | AY.103 | 0.000075 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.23 | 0.000837 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 12 | 12 | AY.34.1 | 0.006119 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 12 | 12 | AY.43 | 0.000053 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.9 | 0.000811 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 12 | 12 | AY.9.2 | 0.000441 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 12 | 12 | B.1.177.60 | 0.002621 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 12 | 12 | P.1.14 | 0.000574 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 11 | 11 | AY.3 | 0.000109 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 11 | 11 | AY.4 | 0.000017 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 11 | 11 | AY.44 | 0.000067 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.47 | 0.000342 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 11 | 11 | B.1.2 | 0.000097 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 11 | 11 | B.1.36.36 | 0.006623 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 11 | 11 | B.1.436 | 0.011317 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 9 | 11 | B.1.617.2 | 0.000034 |
S | 75 | G75G | ggT | ggA | 2 | 11 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 10 | 10 | AY.100 | 0.00046 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.39.1 | 0.000396 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.6 | 0.000411 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.7 | 0.00196 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 10 | 10 | AY.99.1 | 0.015528 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 10 | 10 | B.1.1.372 | 0.006887 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 10 | 10 | B.1.232 | 0.005373 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 9 | 9 | AY.3 | 0.00009 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 9 | 9 | AY.33 | 0.000601 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 9 | 9 | AY.9 | 0.000608 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 9 | 9 | B.1.258.24 | 0.096774 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 9 | 9 | B.1.351 | 0.000268 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 9 | 9 | B.1.36.29 | 0.004656 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.103 | 0.00005 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 8 | 8 | AY.111 | 0.001465 |
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S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.4.2 | 0.000174 |
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S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 7 | 7 | B.1.177 | 0.000092 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | B.1.351 | 0.000208 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.617.1 | 0.000903 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
S | 75 | G75F | GGt | TTt | 6 | 6 | All | 0.000001 |
S | 75 | G75del2 | GGT | --N | 3 | 6 | All | 0.000001 |
S | 75 | G75del2 | GGt | --t | 2 | 6 | All | 0 |
S | 75 | G75del2 | GGT | --C | 1 | 6 | All | 0 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 6 | 6 | AY.101 | 0.002943 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.117 | 0.000507 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
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S | 75 | G75del | GGT | --- | 6 | 6 | AY.4.5 | 0.000645 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 6 | 6 | AY.44 | 0.000037 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.45 | 0.00073 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.46.6 | 0.000433 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 6 | 6 | B.1 | 0.000055 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.1.28 | 0.001867 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 6 | 6 | B.1.177 | 0.000079 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.236 | 0.01232 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.427 | 0.000303 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.596 | 0.000523 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.637 | 0.000438 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 4 | 5 | AY.119 | 0.000141 |
S | 75 | G75G | ggT | ggG | 1 | 5 | AY.119 | 0.000035 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 5 | 5 | AY.16 | 0.001898 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 5 | 5 | AY.46 | 0.00052 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.46.2 | 0.003177 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.46.4 | 0.000823 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | AY.5.4 | 0.001384 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 5 | 5 | B | 0.000639 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 5 | 5 | B.1.1 | 0.000091 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.1.318 | 0.001509 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.1.362 | 0.02809 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.177.45 | 0.001906 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.400 | 0.002145 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.637 | 0.000365 |
S | 75 | G75del1 | Ggt | -gt | 5 | 5 | C.37 | 0.00058 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | D.2 | 0.000375 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | P.1.1 | 0.001588 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | P.1.10 | 0.001347 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 5 | 5 | Q.3 | 0.000725 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 4 | 0.111111 | |
S | 75 | G75R | GgT | CgG | 2 | 4 | 0.111111 | |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | AY.100 | 0.000184 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.110 | 0.000451 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.118 | 0.000251 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.121 | 0.000541 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 4 | 4 | AY.4.2 | 0.000087 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 4 | 4 | AY.4.2.1 | 0.000596 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.4.4 | 0.001637 |
S | 75 | G75del1 | Ggt | -gt | 2 | 4 | AY.43 | 0.000009 |
S | 75 | G75del1 | ggT | gg- | 1 | 4 | AY.43 | 0.000004 |
S | 75 | G75del1 | GGT | -NN | 1 | 4 | AY.43 | 0.000004 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.63 | 0.001547 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 4 | 4 | AY.71 | 0.0019 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 4 | 4 | B.1.1.306 | 0.001754 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.33 | 0.001684 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.1.71 | 0.024242 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 4 | 4 | B.1.108 | 0.023256 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 4 | 4 | B.1.177.4 | 0.000844 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.177.52 | 0.00703 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.525 | 0.000453 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | B.1.634 | 0.013699 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 4 | 4 | C.36.3 | 0.002269 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | 0.166667 | |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | A.2.5 | 0.001497 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | AE.8 | 0.001467 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.114 | 0.000693 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.34.1 | 0.00153 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.39 | 0.000074 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.53 | 0.000863 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.61 | 0.000314 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.64 | 0.001786 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.78 | 0.004622 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.85 | 0.001282 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.9.2 | 0.00011 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | AY.99.2 | 0.000276 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 2 | 3 | B.1 | 0.000018 |
S | 75 | G75G | ggT | ggG | 1 | 3 | B.1 | 0.000009 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.1.37 | 0.000579 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.1.377 | 0.004144 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.1.67 | 0.013699 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 3 | 3 | B.1.177.4 | 0.000633 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.177.58 | 0.003995 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.177.7 | 0.000495 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 3 | 3 | B.1.177.73 | 0.001699 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.315 | 0.018182 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.36 | 0.000438 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.36.8 | 0.003 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.425 | 0.008982 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | B.1.558 | 0.013699 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.595 | 0.000783 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.621 | 0.000266 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.631 | 0.010101 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | C.1.2 | 0.012766 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | C.39 | 0.056604 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 3 | 3 | P.1.12 | 0.001452 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 3 | 3 | P.1.17 | 0.000485 |
S | 75 | G75W | GgT | TgG | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | A | 0.000774 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | A.21 | 0.00554 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AD.2 | 0.000438 |
S | 75 | G75W | GgT | TgG | 2 | 2 | All | 0 |
S | 75 | G75L | GGT | CTG | 1 | 2 | All | 0 |
S | 75 | G75L | GGT | CTA | 1 | 2 | All | 0 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.108 | 0.002205 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 2 | 2 | AY.110 | 0.000225 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.114 | 0.000462 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.19 | 0.002281 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.2 | 0.000712 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.29.1 | 0.000441 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
S | 75 | G75del1 | Ggt | -gt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.4.1 | 0.001475 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.41 | 0.000588 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.5 | 0.000041 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.5.3 | 0.000675 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.59 | 0.001059 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.65 | 0.001066 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 2 | AY.69 | 0.000187 |
S | 75 | G75G | ggT | ggA | 1 | 2 | AY.69 | 0.000187 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.7 | 0.000392 |
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S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.7.2 | 0.001119 |
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S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 2 | 2 | AZ.1 | 0.001735 |
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S | 75 | G75del | GGT | --- | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
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S | 75 | G75del2 | GGT | --C | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
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S | 75 | G75del2 | GGT | --N | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
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S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
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S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
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S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.120.2.1 | 0.000498 |
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S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
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S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 75 | G75del2 | GGt | --t | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
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S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
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S | 75 | G75E | gGT | gAG | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
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S | 75 | G75Q | GGT | CAG | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
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S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
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S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.39.1.1 | 0.000725 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
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S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 75 | G75del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 75 | G75F | GGt | TTt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 75 | G75G | ggT | ggG | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 75 | G75del2 | GGT | --N | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 75 | G75del1 | GGT | -NN | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.46.5 | 0.000198 |
S | 75 | G75del1 | GGT | -NN | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.49 | 0.003195 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.50 | 0.000799 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
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S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.627 | 0.00202 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.636 | 0.006711 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.4.2 | 0.066667 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
S | 75 | G75del1 | gGT | gA- | 1 | 1 | B.61 | 0.005747 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | C.1 | 0.002392 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | C.32 | 0.023256 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | C.35 | 0.000774 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
S | 75 | G75G | ggT | ggA | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | C.36.3 | 0.000567 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | L.3 | 0.003546 |
S | 75 | G75D | gGt | gAt | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
S | 75 | G75del1 | GgT | -gN | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 75 | G75R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 75 | G75G | ggT | ggC | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
S | 75 | G75del | GGT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 75 | G75A | gGt | gCt | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 75 | G75S | Ggt | Agt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 75 | G75V | gGt | gTt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
S | 75 | G75C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | Z.1 | 0.00289 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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