CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 689

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	689	S689I		nonsyn	aGt	aTt	2281	2280	0.999562	23627-23629
S	689	S689I		nonsyn	aGT	aTC	2281	1	0.000438404	23627-23629
S	689	S689R		nonsyn	agT	agG	548	285	0.520073	23627-23629
S	689	S689R		nonsyn	Agt	Cgt	548	253	0.461679	23627-23629
S	689	S689R		nonsyn	agT	agA	548	10	0.0182482	23627-23629
S	689	S689N		nonsyn	aGt	aAt	198	198	1	23627-23629
S	689	S689S		syn	agT	agC	173	173	1	23627-23629
S	689	S689T		nonsyn	aGt	aCt	65	65	1	23627-23629
S	689	S689del		del	AGT	---	59	59	1	23627-23629
S	689	S689G		nonsyn	Agt	Ggt	49	49	1	23627-23629
S	689	S689C		nonsyn	Agt	Tgt	10	9	0.9	23627-23629
S	689	S689C		nonsyn	AgT	TgC	10	1	0.1	23627-23629
S	689	S689K		nonsyn	aGT	aAG	6	6	1	23627-23629
S	689	S689del1		del	agT	ag-	5	2	0.4	23627-23629
S	689	S689del1		del	Agt	-gt	5	2	0.4	23627-23629
S	689	S689del1		del	aGt	a-t	5	1	0.2	23627-23629
S	689	S689Y		nonsyn	AGt	TAt	3	3	1	23627-23629
S	689	S689X		nonsyn	AGT	TAG	2	2	1	23627-23629
S	689	S689del2		del	AGt	--t	2	1	0.5	23627-23629
S	689	S689del2		del	AGT	R--	2	1	0.5	23627-23629
S	689	S689W		nonsyn	AgT	TgG	1	1	1	23627-23629
S	689	S689A		nonsyn	AGt	GCt	1	1	1	23627-23629
S	689	S689E		nonsyn	AGT	GAA	1	1	1	23627-23629

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	689	S689I	aGt	aTt	2280	2281	All	0.000436
S	689	S689I	aGT	aTC	1	2281	All	0
S	689	S689R	agT	agG	285	548	All	0.000055
S	689	S689R	Agt	Cgt	253	548	All	0.000048
S	689	S689R	agT	agA	10	548	All	0.000002
S	689	S689I	aGt	aTt	282	282	B.1.1.28	0.087768
S	689	S689I	aGt	aTt	277	277	B.1.1.7	0.000248
S	689	S689I	aGt	aTt	229	229	B.1.617.2	0.000862
S	689	S689I	aGt	aTt	228	228	AY.4	0.000355
S	689	S689R	Agt	Cgt	191	201	B.1.351	0.005678
S	689	S689R	agT	agG	5	201	B.1.351	0.000149
S	689	S689R	agT	agA	5	201	B.1.351	0.000149
S	689	S689N	aGt	aAt	198	198	All	0.000038
S	689	S689S	agT	agC	173	173	All	0.000033
S	689	S689I	aGt	aTt	130	130	B.1.177	0.001712
S	689	S689N	aGt	aAt	112	112	AY.4	0.000174
S	689	S689R	agT	agG	95	95	B.1.459	0.387755
S	689	S689I	aGt	aTt	67	67	B.1.2	0.00059
S	689	S689T	aGt	aCt	65	65	All	0.000012
S	689	S689R	agT	agG	62	62	B.1.1.375	0.738095
S	689	S689I	aGt	aTt	62	62	B.1.243	0.004314
S	689	S689del	AGT	---	59	59	All	0.000011
S	689	S689I	aGt	aTt	58	58	B.1.526	0.001363
S	689	S689I	aGt	aTt	51	51	B.1	0.000467
S	689	S689G	Agt	Ggt	49	49	All	0.000009
S	689	S689I	aGt	aTt	47	47	AY.4.2	0.001019
S	689	S689I	aGt	aTt	47	47	B.1.36	0.006857
S	689	S689I	aGt	aTt	46	46	B.1.177.5	0.057143
S	689	S689I	aGt	aTt	42	42	AY.103	0.000261
S	689	S689I	aGt	aTt	41	41	B.1.429	0.000965
S	689	S689I	aGt	aTt	40	41	B.1.596	0.003486
S	689	S689I	aGT	aTC	1	41	B.1.596	0.000087
S	689	S689I	aGt	aTt	40	40	AY.102	0.001061
S	689	S689I	aGt	aTt	40	40	AY.3	0.000398
S	689	S689I	aGt	aTt	37	37	P.1	0.000583
S	689	S689I	aGt	aTt	33	33	AY.75	0.001849
S	689	S689T	aGt	aCt	32	32	AY.36	0.004743
S	689	S689I	aGt	aTt	31	31	AY.43	0.000137
S	689	S689I	aGt	aTt	30	30	B.1.160	0.000936
S	689	S689S	agT	agC	27	27	AY.43	0.00012
S	689	S689R	Agt	Cgt	26	26	P.1.15	0.006041
S	689	S689I	aGt	aTt	23	23	B.1.1	0.000417
S	689	S689N	aGt	aAt	22	22	AY.25	0.000132
S	689	S689I	aGt	aTt	22	22	AY.44	0.000134
S	689	S689S	agT	agC	22	22	B.1.1.7	0.00002
S	689	S689I	aGt	aTt	21	21	AY.25	0.000126
S	689	S689R	agT	agG	21	21	B.1	0.000192
S	689	S689I	aGt	aTt	19	19	AY.94	0.008411
S	689	S689I	aGt	aTt	19	19	C.36	0.017304
S	689	S689I	aGt	aTt	18	18	AY.39	0.000445
S	689	S689R	agT	agG	15	16	B.1.1.7	0.000013
S	689	S689R	agT	agA	1	16	B.1.1.7	0.000001
S	689	S689T	aGt	aCt	16	16	B.1.351	0.000476
S	689	S689R	agT	agG	16	16	B.1.427	0.000808
S	689	S689I	aGt	aTt	15	15	B.1.1.348	0.011943
S	689	S689I	aGt	aTt	15	15	B.1.1.519	0.000596
S	689	S689N	aGt	aAt	15	15	B.1.1.7	0.000013
S	689	S689S	agT	agC	15	15	B.1.617.2	0.000056
S	689	S689S	agT	agC	13	13	AY.4	0.00002
S	689	S689R	agT	agG	12	12	AY.39.1	0.000475
S	689	S689S	agT	agC	11	11	B.1	0.000101
S	689	S689C	Agt	Tgt	9	10	All	0.000002
S	689	S689C	AgT	TgC	1	10	All	0
S	689	S689R	agT	agG	10	10	B.1.1.291	0.007424
S	689	S689G	Agt	Ggt	9	9	AY.39	0.000222
S	689	S689R	agT	agG	9	9	AY.4	0.000014
S	689	S689I	aGt	aTt	8	8	AY.5	0.000165
S	689	S689I	aGt	aTt	8	8	AY.9.2	0.000294
S	689	S689I	aGt	aTt	8	8	B.1.1.273	0.054054
S	689	S689I	aGt	aTt	8	8	B.1.351.2	0.002421
S	689	S689I	aGt	aTt	8	8	C.16	0.008484
S	689	S689R	Agt	Cgt	4	7	AY.103	0.000025
S	689	S689R	agT	agG	3	7	AY.103	0.000019
S	689	S689S	agT	agC	7	7	AY.26	0.000198
S	689	S689R	agT	agG	5	7	AY.43	0.000022
S	689	S689R	agT	agA	2	7	AY.43	0.000009
S	689	S689N	aGt	aAt	7	7	AY.44	0.000043
S	689	S689I	aGt	aTt	7	7	B.1.351	0.000208
S	689	S689R	Agt	Cgt	7	7	B.1.617.2	0.000026
S	689	S689R	agT	agG	7	7	C.1.1	0.538462
S	689	S689K	aGT	aAG	6	6	All	0.000001
S	689	S689I	aGt	aTt	6	6	AY.120	0.000223
S	689	S689N	aGt	aAt	6	6	AY.43	0.000027
S	689	S689I	aGt	aTt	6	6	AY.6	0.000247
S	689	S689del	AGT	---	6	6	B.1	0.000055
S	689	S689I	aGt	aTt	6	6	B.1.1.33	0.002525
S	689	S689I	aGt	aTt	6	6	B.1.1.70	0.002046
S	689	S689I	aGt	aTt	6	6	B.1.597	0.027778
S	689	S689R	agT	agG	6	6	P.1	0.000095
S	689	S689del1	Agt	-gt	2	5	All	0
S	689	S689del1	agT	ag-	2	5	All	0
S	689	S689del1	aGt	a-t	1	5	All	0
S	689	S689R	Agt	Cgt	4	5	AY.102	0.000106
S	689	S689R	agT	agG	1	5	AY.102	0.000027
S	689	S689N	aGt	aAt	5	5	AY.103	0.000031
S	689	S689S	agT	agC	5	5	AY.103	0.000031
S	689	S689I	aGt	aTt	5	5	AY.119	0.000177
S	689	S689del	AGT	---	5	5	AY.25	0.00003
S	689	S689I	aGt	aTt	5	5	AY.29	0.000079
S	689	S689N	aGt	aAt	5	5	AY.4.2	0.000108
S	689	S689S	agT	agC	5	5	AY.9.2	0.000184
S	689	S689I	aGt	aTt	5	5	AY.98.1	0.000242
S	689	S689I	aGt	aTt	5	5	B.1.1.333	0.005382
S	689	S689G	Agt	Ggt	5	5	B.1.1.7	0.000004
S	689	S689T	aGt	aCt	5	5	B.1.1.7	0.000004
S	689	S689del	AGT	---	5	5	B.1.1.7	0.000004
S	689	S689S	agT	agC	5	5	B.1.429	0.000118
S	689	S689I	aGt	aTt	5	5	B.1.560	0.023148
S	689	S689I	aGt	aTt	5	5	C.37	0.00058
S	689	S689C	Agt	Tgt	4	4		0.222222
S	689	S689I	aGt	aTt	4	4	AE.6	0.153846
S	689	S689S	agT	agC	4	4	AY.100	0.000184
S	689	S689S	agT	agC	4	4	AY.102	0.000106
S	689	S689I	aGt	aTt	4	4	AY.20	0.000155
S	689	S689S	agT	agC	4	4	AY.33	0.000267
S	689	S689N	aGt	aAt	4	4	AY.39	0.000099
S	689	S689I	aGt	aTt	4	4	AY.39.1	0.000158
S	689	S689C	Agt	Tgt	3	4	AY.43	0.000013
S	689	S689C	AgT	TgC	1	4	AY.43	0.000004
S	689	S689I	aGt	aTt	4	4	AY.83	0.006897
S	689	S689K	aGT	aAG	4	4	B.1.1	0.000073
S	689	S689I	aGt	aTt	4	4	B.1.1.317	0.001647
S	689	S689G	Agt	Ggt	4	4	B.1.429	0.000094
S	689	S689I	aGt	aTt	4	4	P.1.10	0.001078
S	689	S689Y	AGt	TAt	3	3		0.166667
S	689	S689N	aGt	aAt	3	3		0.166667
S	689	S689R	Agt	Cgt	3	3	A.2.5	0.001497
S	689	S689Y	AGt	TAt	3	3	All	0.000001
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	AY.101	0.001471
S	689	S689R	Agt	Cgt	3	3	AY.116	0.00086
S	689	S689S	agT	agC	3	3	AY.117	0.000254
S	689	S689S	agT	agC	3	3	AY.119	0.000106
S	689	S689R	Agt	Cgt	3	3	AY.120	0.000112
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	AY.26	0.000085
S	689	S689del	AGT	---	3	3	AY.4	0.000005
S	689	S689del	AGT	---	3	3	AY.43	0.000013
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.153	0.003286
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.44	0.007229
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.50	0.002037
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.1.75	0.031915
S	689	S689S	agT	agC	3	3	B.1.177	0.00004
S	689	S689S	agT	agC	3	3	B.1.2	0.000026
S	689	S689G	Agt	Ggt	3	3	B.1.2	0.000026
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.221	0.000213
S	689	S689S	agT	agC	3	3	B.1.221	0.000213
S	689	S689S	agT	agC	3	3	B.1.258	0.0002
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.258	0.0002
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.36.17	0.001482
S	689	S689I	aGt	aTt	3	3	B.1.427	0.000151
S	689	S689S	agT	agC	3	3	B.1.525	0.000339
S	689	S689del	AGT	---	3	3	B.1.617.2	0.000011
S	689	S689G	Agt	Ggt	3	3	B.1.617.2	0.000011
S	689	S689del	AGT	---	3	3	P.1	0.000047
S	689	S689del	AGT	---	3	3	P.1.15	0.000697
S	689	S689del	AGT	---	2	2		0.111111
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	A.27	0.003311
S	689	S689X	AGT	TAG	2	2	All	0
S	689	S689del2	AGt	--t	1	2	All	0
S	689	S689del2	AGT	R--	1	2	All	0
S	689	S689G	Agt	Ggt	2	2	AY.103	0.000012
S	689	S689del	AGT	---	2	2	AY.103	0.000012
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.116	0.000574
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.117	0.000169
S	689	S689N	aGt	aAt	2	2	AY.120.2	0.002571
S	689	S689S	agT	agC	2	2	AY.121	0.000271
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.16.1	0.00094
S	689	S689T	aGt	aCt	2	2	AY.23	0.000139
S	689	S689R	agT	agG	2	2	AY.3.1	0.000171
S	689	S689G	Agt	Ggt	2	2	AY.34	0.000194
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.36	0.000296
S	689	S689del	AGT	---	2	2	AY.39	0.000049
S	689	S689S	agT	agC	2	2	AY.39	0.000049
S	689	S689R	agT	agG	1	2	AY.39	0.000025
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	2	AY.39	0.000025
S	689	S689G	Agt	Ggt	2	2	AY.4	0.000003
S	689	S689R	Agt	Cgt	2	2	AY.44	0.000012
S	689	S689del	AGT	---	2	2	AY.46.6	0.000144
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.46.6	0.000144
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.47	0.000062
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.5.3	0.000675
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.58	0.001815
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.74	0.000231
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.92	0.000575
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	AY.98	0.000158
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.189	0.003026
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.1.291	0.001485
S	689	S689G	Agt	Ggt	2	2	B.1.177	0.000026
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.177.44	0.001038
S	689	S689N	aGt	aAt	2	2	B.1.258.11	0.000793
S	689	S689R	Agt	Cgt	2	2	B.1.36	0.000292
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.391	0.002255
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.525	0.000226
S	689	S689del	AGT	---	2	2	B.1.596	0.000174
S	689	S689N	aGt	aAt	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.619	0.001742
S	689	S689del	AGT	---	2	2	B.1.621	0.000177
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.1.637	0.000146
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	B.6	0.00182
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	C.1	0.004785
S	689	S689S	agT	agC	2	2	C.37	0.000232
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	D.2	0.00015
S	689	S689T	aGt	aCt	2	2	P.1	0.000032
S	689	S689S	agT	agC	2	2	P.1.1	0.000635
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	P.1.14	0.000096
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	P.1.15	0.000465
S	689	S689I	aGt	aTt	2	2	P.6	0.006289
S	689	S689X	AGT	TAG	1	1		0.055556
S	689	S689K	aGT	aAG	1	1		0.055556
S	689	S689R	agT	agG	1	1		0.055556
S	689	S689W	AgT	TgG	1	1		0.055556
S	689	S689del	AGT	---	1	1	A	0.000387
S	689	S689del	AGT	---	1	1	A.1	0.000282
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	A.2	0.000662
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	A.2.4	0.003367
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AH.1	0.142857
S	689	S689W	AgT	TgG	1	1	All	0
S	689	S689A	AGt	GCt	1	1	All	0
S	689	S689E	AGT	GAA	1	1	All	0
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.100	0.000046
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	AY.106	0.000335
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.110	0.000113
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.113	0.000142
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.113	0.000142
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.116	0.000287
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.118	0.000063
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.120.2.1	0.000498
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.20	0.000039
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.20	0.000039
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	AY.24	0.000431
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.25	0.000006
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	AY.25	0.000006
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.25	0.000006
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.29	0.000016
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.29	0.000016
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	AY.29.1	0.000221
S	689	S689del	AGT	---	1	1	AY.3	0.00001
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	AY.3	0.00001
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.3	0.00001
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.3	0.00001
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.3	0.00001
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.30	0.000396
S	689	S689R	agT	agG	1	1	AY.30	0.000396
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.33	0.000067
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.33	0.000067
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.34	0.000097
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	AY.36	0.000148
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.36	0.000148
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.38	0.000499
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.39.1	0.00004
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.39.1	0.00004
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	AY.4	0.000002
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.4.1	0.000737
S	689	S689R	agT	agG	1	1	AY.4.2	0.000022
S	689	S689R	agT	agG	1	1	AY.4.2.1	0.000149
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.4.2.1	0.000149
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.4.4	0.000409
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.40	0.000964
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.42	0.00004
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	AY.42	0.00004
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.43	0.000004
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	AY.43	0.000004
S	689	S689del	AGT	---	1	1	AY.44	0.000006
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.44	0.000006
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.45	0.000122
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.45	0.000122
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.46	0.000104
S	689	S689R	agT	agG	1	1	AY.46	0.000104
S	689	S689del	AGT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.46.4	0.000165
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.46.4	0.000165
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.47	0.000031
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.5	0.000021
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.54	0.000095
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.61	0.000105
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.62	0.000436
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.65	0.000533
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.69	0.000187
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.7	0.000196
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.71	0.000475
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.72	0.001361
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.73	0.000665
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	AY.75	0.000056
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.75.1	0.00018
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.75.1	0.00018
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.84	0.000437
S	689	S689del	AGT	---	1	1	AY.84	0.000437
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.9	0.000068
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.9.1	0.000084
S	689	S689del	AGT	---	1	1	AY.9.2	0.000037
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	AY.9.2	0.000037
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	AY.91	0.00073
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	AY.96	0.002075
S	689	S689S	agT	agC	1	1	AY.98	0.000079
S	689	S689del	AGT	---	1	1	AY.99	0.001049
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	AY.99.2	0.000092
S	689	S689R	agT	agG	1	1	AY.99.2	0.000092
S	689	S689del1	Agt	-gt	1	1	B.1	0.000009
S	689	S689C	Agt	Tgt	1	1	B.1	0.000009
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	B.1	0.000009
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	B.1	0.000009
S	689	S689del2	AGt	--t	1	1	B.1	0.000009
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	B.1	0.000009
S	689	S689del	AGT	---	1	1	B.1.1	0.000018
S	689	S689del1	agT	ag-	1	1	B.1.1	0.000018
S	689	S689E	AGT	GAA	1	1	B.1.1	0.000018
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.1	0.000018
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.170	0.001247
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.263	0.001558
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	B.1.1.318	0.000302
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	B.1.1.326	0.001761
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.326	0.001761
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.1.348	0.000796
S	689	S689del	AGT	---	1	1	B.1.1.372	0.000689
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.409	0.002833
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.1.416	0.000905
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	B.1.1.434	0.000349
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	B.1.1.48	0.002874
S	689	S689S	agT	agC	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	689	S689C	Agt	Tgt	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	689	S689del2	AGT	R--	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.157	0.002985
S	689	S689R	Agt	Cgt	1	1	B.1.160.16	0.000929
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.170	0.00431
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.177	0.000013
S	689	S689S	agT	agC	1	1	B.1.177.21	0.000076
S	689	S689S	agT	agC	1	1	B.1.177.43	0.001477
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.177.86	0.000183
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.177.86	0.000183
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	B.1.2	0.000009
S	689	S689del1	aGt	a-t	1	1	B.1.2	0.000009
S	689	S689del	AGT	---	1	1	B.1.2	0.000009
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.214.4	0.009091
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.234	0.000132
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	B.1.241	0.000812
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.258.17	0.000104
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.279	0.000514
S	689	S689A	AGt	GCt	1	1	B.1.311	0.000275
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.341	0.022727
S	689	S689del1	agT	ag-	1	1	B.1.351	0.00003
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	B.1.351	0.00003
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.36.10	0.004785
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.36.24	0.006173
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	689	S689S	agT	agC	1	1	B.1.36.8	0.001
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.424	0.008065
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.429.1	0.012048
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.456	0.003268
S	689	S689N	aGt	aAt	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.523	0.002451
S	689	S689R	agT	agA	1	1	B.1.526	0.000024
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.533	0.009615
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.566	0.019231
S	689	S689S	agT	agC	1	1	B.1.576	0.000907
S	689	S689R	agT	agA	1	1	B.1.590	0.004545
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.595	0.000261
S	689	S689del1	Agt	-gt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	689	S689T	aGt	aCt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	689	S689K	aGT	aAG	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	689	S689X	AGT	TAG	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	689	S689del	AGT	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.621	0.000089
S	689	S689R	agT	agG	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	689	S689del	AGT	---	1	1	B.1.627	0.00202
S	689	S689del	AGT	---	1	1	B.1.638	0.052632
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	B.1.78	0.008547
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	B.60	0.015873
S	689	S689del	AGT	---	1	1	C.37	0.000116
S	689	S689R	agT	agG	1	1	C.6	0.037037
S	689	S689R	agT	agG	1	1	D.2	0.000075
S	689	S689S	agT	agC	1	1	P.1	0.000016
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	P.1.1	0.000318
S	689	S689S	agT	agC	1	1	P.1.10	0.000269
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	P.1.12	0.000484
S	689	S689S	agT	agC	1	1	P.1.13	0.000898
S	689	S689del	AGT	---	1	1	P.1.13	0.000898
S	689	S689S	agT	agC	1	1	P.1.14	0.000048
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	P.1.16	0.000374
S	689	S689I	aGt	aTt	1	1	P.2	0.000187
S	689	S689G	Agt	Ggt	1	1	Q.1	0.000126
S	689	S689S	agT	agC	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.