CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 669

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S669G669GsynggTggC9459390.99365123567-23569
S669G669GsynggTggA94540.004232823567-23569
S669G669GsynggTggG94520.002116423567-23569
S669G669deldelGGT---105105123567-23569
S669G669SnonsynGgtAgt4545123567-23569
S669G669del1delggTgg-14110.78571423567-23569
S669G669del1delGgt-gt1430.21428623567-23569
S669G669VnonsyngGtgTt1313123567-23569
S669G669CnonsynGgtTgt99123567-23569
S669G669AnonsyngGtgCt88123567-23569
S669G669RnonsynGgtCgt77123567-23569
S669G669DnonsyngGtgAt66123567-23569
S669G669InonsynGGTATC420.523567-23569
S669G669InonsynGGTATA420.523567-23569
S669G669NnonsynGGTAAC33123567-23569
S669G669del2delGGt--t22123567-23569
S669G669KnonsynGGTAAA22123567-23569
S669G669LnonsynGGTCTC11123567-23569
S669G669TnonsynGGtACt11123567-23569

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S669G669GggTggC939945All0.00018
S669G669GggTggA4945All0.000001
S669G669GggTggG2945All0
S669G669GggTggC487488AY.40.000758
S669G669GggTggG1488AY.40.000002
S669G669delGGT---105105All0.00002
S669G669GggTggC4747AY.50.000971
S669G669SGgtAgt4545All0.000009
S669G669GggTggC4444B.1.1.70.000039
S669G669SGgtAgt4141B.1.6161
S669G669GggTggC3737B.1.1.390.018858
S669G669GggTggC3535B.1.1600.001092
S669G669GggTggC3333B.1.617.20.000124
S669G669GggTggC1921B.10.000174
S669G669GggTggA221B.10.000018
S669G669GggTggC1919B.1.20.000167
S669G669GggTggC1818AY.1020.000477
S669G669delGGT---1717B.10.000156
S669G669del1ggTgg-1114All0.000002
S669G669del1Ggt-gt314All0.000001
S669G669GggTggC1414AY.4.20.000304
S669G669VgGtgTt1313All0.000002
S669G669GggTggC1313AY.250.000078
S669G669GggTggC1313AY.470.000404
S669G669GggTggC1313P.10.000205
S669G669GggTggC1212B.1.1.4850.2
S669G669GggTggC1010AY.1030.000062
S669G669GggTggC1010B.1.2210.00071
S669G669CGgtTgt99All0.000002
S669G669GggTggC99AY.30.00009
S669G669AgGtgCt88All0.000002
S669G669delGGT---88B.1.20.00007
S669G669GggTggC88B.1.214.20.004796
S669G669GggTggC88B.1.5880.007279
S669G669RGgtCgt77All0.000001
S669G669GggTggC77AY.390.000173
S669G669delGGT---77B.1.1.70.000006
S669G669DgGtgAt66All0.000001
S669G669del1ggTgg-56B.10.000046
S669G669del1Ggt-gt16B.10.000009
S669G669GggTggC56B.1.10.000091
S669G669GggTggG16B.1.10.000018
S669G669delGGT---66P.10.000095
S669G669delGGT---55AY.430.000022
S669G669VgGtgTt55D.20.000375
S669G669IGGTATA240.111111
S669G669IGGTATC240.111111
S669G669IGGTATC24All0
S669G669IGGTATA24All0
S669G669GggTggC44AY.430.000018
S669G669GggTggC44AY.440.000024
S669G669GggTggC44B.1.1.2140.000222
S669G669delGGT---44B.1.1770.000053
S669G669del1ggTgg-44B.1.20.000035
S669G669delGGT---44B.1.5960.000349
S669G669NGGTAAC33All0.000001
S669G669GggTggC33AY.1190.000106
S669G669delGGT---33AY.250.000018
S669G669GggTggC33B0.000383
S669G669GggTggC33B.1.1.4340.001046
S669G669VgGtgTt33B.1.1.70.000003
S669G669GggTggC33B.1.2580.0002
S669G669GggTggC33B.1.3510.000089
S669G669delGGT---33B.1.617.20.000011
S669G669delGGT---33B.1.6210.000266
S669G669delGGT---33P.1.150.000697
S669G669NGGTAAC220.111111
S669G669RGgtCgt220.111111
S669G669KGGTAAA220.111111
S669G669delGGT---220.111111
S669G669KGGTAAA22All0
S669G669del2GGt--t22All0
S669G669VgGtgTt22AY.1030.000012
S669G669GggTggC22AY.1060.00067
S669G669GggTggC22AY.39.10.000079
S669G669GggTggC22AY.420.00008
S669G669GggTggC22AY.98.10.000097
S669G669SGgtAgt22B.10.000018
S669G669CGgtTgt22B.1.10.000036
S669G669delGGT---22B.1.10.000036
S669G669GggTggC22B.1.1.630.000772
S669G669AgGtgCt22B.1.1.70.000002
S669G669delGGT---22B.1.1600.000062
S669G669GggTggC22B.1.466.20.000782
S669G669delGGT---22B.1.5640.000852
S669G669GggTggC22B.1.5950.000522
S669G669GggTggC22B.1.5960.000174
S669G669CGgtTgt22D.20.00015
S669G669GggTggC22P.1.140.000096
S669G669delGGT---11A.2.20.001689
S669G669TGGtACt11All0
S669G669LGGTCTC11All0
S669G669CGgtTgt11AY.1020.000027
S669G669DgGtgAt11AY.1030.000006
S669G669delGGT---11AY.1030.000006
S669G669LGGTCTC11AY.1130.000142
S669G669GggTggC11AY.1130.000142
S669G669GggTggC11AY.1170.000085
S669G669GggTggC11AY.140.000088
S669G669GggTggC11AY.200.000039
S669G669GggTggC11AY.230.00007
S669G669AgGtgCt11AY.230.00007
S669G669AgGtgCt11AY.250.000006
S669G669GggTggC11AY.260.000028
S669G669SGgtAgt11AY.30.00001
S669G669DgGtgAt11AY.30.00001
S669G669GggTggC11AY.340.000097
S669G669delGGT---11AY.390.000025
S669G669VgGtgTt11AY.40.000002
S669G669GggTggC11AY.4.30.000842
S669G669CGgtTgt11AY.430.000004
S669G669del2GGt--t11AY.440.000006
S669G669TGGtACt11AY.440.000006
S669G669AgGtgCt11AY.440.000006
S669G669GggTggC11AY.450.000122
S669G669GggTggC11AY.460.000104
S669G669delGGT---11AY.670.000464
S669G669GggTggC11AY.7.10.000113
S669G669delGGT---11AY.840.000437
S669G669GggTggC11AY.90.000068
S669G669delGGT---11AY.9.20.000037
S669G669GggTggC11AY.950.000761
S669G669delGGT---11AY.990.001049
S669G669AgGtgCt11B.10.000009
S669G669NGGTAAC11B.10.000009
S669G669CGgtTgt11B.10.000009
S669G669DgGtgAt11B.10.000009
S669G669RGgtCgt11B.1.10.000018
S669G669del1Ggt-gt11B.1.10.000018
S669G669delGGT---11B.1.1.1970.037037
S669G669AgGtgCt11B.1.1.2080.012195
S669G669delGGT---11B.1.1.2220.000204
S669G669GggTggA11B.1.1.2650.003155
S669G669DgGtgAt11B.1.1.2880.001916
S669G669DgGtgAt11B.1.1.3070.002532
S669G669GggTggC11B.1.1.3170.000412
S669G669GggTggC11B.1.1.370.000193
S669G669delGGT---11B.1.1.3720.000689
S669G669GggTggC11B.1.1.4320.001266
S669G669GggTggA11B.1.1.500.000679
S669G669GggTggC11B.1.1.5190.00004
S669G669RGgtCgt11B.1.1.70.000001
S669G669SGgtAgt11B.1.1.70.000001
S669G669DgGtgAt11B.1.1.70.000001
S669G669CGgtTgt11B.1.1.70.000001
S669G669GggTggC11B.1.1.700.000341
S669G669GggTggC11B.1.1280.000635
S669G669VgGtgTt11B.1.1280.000635
S669G669GggTggC11B.1.1400.018868
S669G669del1Ggt-gt11B.1.1600.000031
S669G669GggTggC11B.1.160.150.00495
S669G669delGGT---11B.1.160.330.004425
S669G669delGGT---11B.1.177.120.000152
S669G669delGGT---11B.1.177.210.000076
S669G669del1ggTgg-11B.1.177.210.000076
S669G669delGGT---11B.1.177.350.000691
S669G669del1ggTgg-11B.1.177.570.000281
S669G669GggTggC11B.1.177.70.000165
S669G669RGgtCgt11B.1.177.70.000165
S669G669VgGtgTt11B.1.177.730.000566
S669G669delGGT---11B.1.2210.000071
S669G669delGGT---11B.1.2340.000132
S669G669CGgtTgt11B.1.2360.002053
S669G669delGGT---11B.1.2400.000216
S669G669delGGT---11B.1.258.220.002667
S669G669AgGtgCt11B.1.2820.014925
S669G669delGGT---11B.1.3250.006897
S669G669GggTggC11B.1.3560.001727
S669G669delGGT---11B.1.3710.001122
S669G669GggTggC11B.1.3750.00082
S669G669del2GGt--t11B.1.3750.00082
S669G669delGGT---11B.1.390.003906
S669G669GggTggC11B.1.4110.003704
S669G669GggTggC11B.1.4270.00005
S669G669delGGT---11B.1.4290.000024
S669G669GggTggC11B.1.4290.000024
S669G669delGGT---11B.1.4500.011364
S669G669delGGT---11B.1.4970.000315
S669G669delGGT---11B.1.5170.000427
S669G669GggTggC11B.1.5250.000113
S669G669RGgtCgt11B.1.5590.025
S669G669delGGT---11B.1.5800.004065
S669G669delGGT---11B.1.5950.000261
S669G669RGgtCgt11B.1.617.20.000004
S669G669delGGT---11B.1.6200.000946
S669G669delGGT---11B.1.6270.00202
S669G669GggTggC11B.1.6350.017544
S669G669delGGT---11B.1.6380.052632
S669G669delGGT---11C.36.30.000567
S669G669delGGT---11C.370.000116
S669G669GggTggC11N.50.001767
S669G669delGGT---11P.1.10.000318
S669G669delGGT---11P.1.130.000898
S669G669GggTggC11P.20.000187
S669G669GggTggC11R.10.00009
S669G669GggTggC11W.30.005263