CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 54

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S54L54FnonsynttGttT11608101480.87422521722-21724
S54L54FnonsynttGttC1160814600.12577521722-21724
S54L54LsynttGttA237016110.67974721722-21724
S54L54LsynTtgCtg23707560.31898721722-21724
S54L54LsynTtGCtT237020.00084388221722-21724
S54L54LsynTtGCtA237010.00042194121722-21724
S54L54deldelTTG---866866121722-21724
S54L54del2deltTGt--58530.91379321722-21724
S54L54del2delTTg--g5830.051724121722-21724
S54L54del2delTTG--N5820.034482821722-21724
S54L54SnonsyntTgtCg55510.92727321722-21724
S54L54SnonsyntTGtCT5530.054545521722-21724
S54L54SnonsyntTGtCA5510.018181821722-21724
S54L54VnonsynTtgGtg5353121722-21724
S54L54WnonsyntTgtGg1919121722-21724
S54L54XnonsyntTgtAg19150.78947421722-21724
S54L54XnonsyntTGtAA1940.21052621722-21724
S54L54InonsynTtGAtA850.62521722-21724
S54L54KnonsynTTGAAA840.521722-21724
S54L54KnonsynTTgAAg840.521722-21724
S54L54InonsynTtGAtT830.37521722-21724
S54L54MnonsynTtgAtg77121722-21724
S54L54YnonsyntTGtAT55121722-21724
S54L54NnonsynTTGAAT33121722-21724
S54L54QnonsynTTgCAg320.66666721722-21724
S54L54PnonsynTTGCCT310.33333321722-21724
S54L54del1delTtG-tN310.33333321722-21724
S54L54PnonsynTTgCCg310.33333321722-21724
S54L54PnonsynTTGCCA310.33333321722-21724
S54L54del1delttGtt-310.33333321722-21724
S54L54del1delTTG-NN310.33333321722-21724
S54L54QnonsynTTGCAA310.33333321722-21724
S54L54HnonsynTTGCAT22121722-21724
S54L54CnonsyntTGtGT11121722-21724

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S54L54FttGttT1014811608All0.001941
S54L54FttGttC146011608All0.000279
S54L54LttGttA16112370All0.000308
S54L54LTtgCtg7562370All0.000145
S54L54LTtGCtT22370All0
S54L54LTtGCtA12370All0
S54L54FttGttC6811258AY.40.00106
S54L54FttGttT5771258AY.40.000898
S54L54FttGttT927927B.1.1.3330.997847
S54L54delTTG---866866All0.000166
S54L54FttGttT687774B.1.1.70.000615
S54L54FttGttC87774B.1.1.70.000078
S54L54FttGttT753753AY.4.30.633838
S54L54FttGttT724724B.1.1.2140.040151
S54L54LttGttA706706B.1.1.2940.893671
S54L54FttGttT486501B.1.10.008816
S54L54FttGttC15501B.1.10.000272
S54L54FttGttT463463B.1.3050.995699
S54L54FttGttT463463B.1.36.211
S54L54FttGttT274394B.1.20.002413
S54L54FttGttC120394B.1.20.001057
S54L54FttGttT349359B.10.003197
S54L54FttGttC10359B.10.000092
S54L54FttGttT349349B.1.36.260.997143
S54L54LttGttA302302B.1.177.70.049786
S54L54delTTG---299299AY.39.10.011844
S54L54FttGttT268290B.1.617.20.001009
S54L54FttGttC22290B.1.617.20.000083
S54L54FttGttT280280B.1.1.3510.782123
S54L54LTtgCtg224278B.1.1.70.000201
S54L54LttGttA54278B.1.1.70.000048
S54L54FttGttT229251B.1.2400.049364
S54L54FttGttC22251B.1.2400.004742
S54L54LTtgCtg227245B.1.617.20.000855
S54L54LttGttA18245B.1.617.20.000068
S54L54FttGttT233235AY.290.003675
S54L54FttGttC2235AY.290.000032
S54L54FttGttT134216AY.430.000594
S54L54FttGttC82216AY.430.000363
S54L54FttGttT204208P.10.003214
S54L54FttGttC4208P.10.000063
S54L54LttGttA182184AY.30.00181
S54L54LTtgCtg2184AY.30.00002
S54L54FttGttC100182AY.440.000609
S54L54FttGttT82182AY.440.000499
S54L54FttGttT145162AY.250.000872
S54L54FttGttC17162AY.250.000102
S54L54FttGttT153154B.1.360.022323
S54L54FttGttC1154B.1.360.000146
S54L54LTtgCtg143143AY.200.005558
S54L54FttGttT119123B.1.1770.001567
S54L54FttGttC4123B.1.1770.000053
S54L54FttGttT117118AY.420.004707
S54L54FttGttC1118AY.420.00004
S54L54FttGttT94113AY.1030.000584
S54L54FttGttC19113AY.1030.000118
S54L54FttGttT105105AS.11
S54L54FttGttT9499AY.30.000935
S54L54FttGttC599AY.30.00005
S54L54FttGttT8899B.1.1600.002745
S54L54FttGttC1199B.1.1600.000343
S54L54FttGttT9898B.1.3510.002913
S54L54FttGttT9497AY.330.006277
S54L54FttGttC397AY.330.0002
S54L54FttGttT9494AY.220.196653
S54L54FttGttT8484B.1.36.80.084
S54L54delTTG---7373AY.440.000444
S54L54delTTG---7070B.1.1.70.000063
S54L54FttGttC6161B.1.3190.185976
S54L54LttGttA5960B.1.2580.003926
S54L54LTtgCtg160B.1.2580.000067
S54L54del2tTGt--5358All0.00001
S54L54del2TTg--g358All0.000001
S54L54del2TTG--N258All0
S54L54FttGttC4756AY.1180.002944
S54L54FttGttT956AY.1180.000564
S54L54StTgtCg5155All0.00001
S54L54StTGtCT355All0.000001
S54L54StTGtCA155All0
S54L54FttGttT5555B.1.1130.859375
S54L54VTtgGtg5353All0.00001
S54L54FttGttT3750AY.4.20.000802
S54L54FttGttC1350AY.4.20.000282
S54L54FttGttT5050B.1.2430.003479
S54L54delTTG---4848AY.40.000075
S54L54FttGttT4447AY.1020.001167
S54L54FttGttC347AY.1020.00008
S54L54LttGttA3347AY.40.000051
S54L54LTtgCtg1447AY.40.000022
S54L54FttGttT4546AY.1200.001673
S54L54FttGttC146AY.1200.000037
S54L54del2tTGt--4445B.1.1.70.000039
S54L54del2TTg--g145B.1.1.70.000001
S54L54LTtgCtg3544B.1.10.000635
S54L54LttGttA944B.1.10.000163
S54L54LttGttA4343M.11
S54L54delTTG---4242AY.390.001038
S54L54FttGttT3941AY.50.000805
S54L54FttGttC241AY.50.000041
S54L54FttGttT4141B.1.2340.00541
S54L54delTTG---3838B.1.617.20.000143
S54L54FttGttT3236AY.390.000791
S54L54FttGttC436AY.390.000099
S54L54FttGttT3232AY.540.003051
S54L54FttGttT2630AY.200.00101
S54L54FttGttC430AY.200.000155
S54L54delTTG---2828AY.250.000168
S54L54FttGttT2727B.1.177.491
S54L54delTTG---2525AY.430.000111
S54L54FttGttT2425B.1.1.5190.000953
S54L54FttGttC125B.1.1.5190.00004
S54L54FttGttT2124AY.140.001848
S54L54FttGttC324AY.140.000264
S54L54FttGttT1724B.1.4290.0004
S54L54FttGttC724B.1.4290.000165
S54L54FttGttT2323B.1.1.4320.029114
S54L54FttGttT2223B.1.3690.006275
S54L54FttGttC123B.1.3690.000285
S54L54FttGttT2222AY.10.008706
S54L54FttGttT1521AY.1190.00053
S54L54FttGttC621AY.1190.000212
S54L54FttGttT2121B.1.5260.000494
S54L54FttGttT1820AY.120.10.005778
S54L54FttGttC220AY.120.10.000642
S54L54WtTgtGg1919All0.000004
S54L54XtTgtAg1519All0.000003
S54L54XtTGtAA419All0.000001
S54L54FttGttT1819AY.260.00051
S54L54FttGttC119AY.260.000028
S54L54FttGttT1718AY.340.001648
S54L54FttGttC118AY.340.000097
S54L54LTtgCtg1318AY.430.000058
S54L54LttGttA518AY.430.000022
S54L54FttGttT1317B.1.2210.000923
S54L54FttGttC417B.1.2210.000284
S54L54FttGttT1717B.1.5250.001924
S54L54LttGttA1616AY.250.000096
S54L54VTtgGtg1616AY.40.000025
S54L54FttGttT1316AY.450.001582
S54L54FttGttC316AY.450.000365
S54L54FttGttT1515AY.570.009843
S54L54FttGttT1515B.1.1.2910.011136
S54L54FttGttT1313AY.1000.000598
S54L54LTtgCtg713AY.440.000043
S54L54LttGttA613AY.440.000037
S54L54LttGttA1313M.31
S54L54FttGttC1012AY.1110.001832
S54L54FttGttT212AY.1110.000366
S54L54delTTG---1212AY.30.000119
S54L54delTTG---1212AY.50.000248
S54L54LttGttA912AY.50.000186
S54L54LTtgCtg312AY.50.000062
S54L54FttGttT912AY.750.000504
S54L54FttGttC312AY.750.000168
S54L54FttGttT1212B.1.2470.179104
S54L54FttGttT1212B.1.2580.000799
S54L54LttGttA1112B.1.4290.000259
S54L54LTtgCtg112B.1.4290.000024
S54L54LttGttA1212M.21
S54L54LTtgCtg811AY.1170.000676
S54L54LttGttA311AY.1170.000254
S54L54FttGttT1111AY.360.00163
S54L54StTgtCg1011AY.40.000016
S54L54StTGtCT111AY.40.000002
S54L54FttGttT1111AY.70.002156
S54L54FttGttT1111B.1.3110.00302
S54L54FttGttT1011B.1.6210.000885
S54L54FttGttC111B.1.6210.000089
S54L54FttGttT1011P.1.70.003193
S54L54FttGttC111P.1.70.000319
S54L54FttGttT611P.20.00112
S54L54FttGttC511P.20.000933
S54L54FttGttT1010AY.60.000411
S54L54FttGttT810AY.9.20.000294
S54L54FttGttC210AY.9.20.000073
S54L54FttGttT1010B.1.1.280.003112
S54L54FttGttT910B.1.4270.000454
S54L54FttGttC110B.1.4270.00005
S54L54FttGttT1010B.1.4560.03268
S54L54delTTG---99AY.1020.000239
S54L54FttGttT79AY.1210.000947
S54L54FttGttC29AY.1210.000271
S54L54FttGttT69AY.230.000418
S54L54FttGttC39AY.230.000209
S54L54LTtgCtg79AY.390.000173
S54L54LttGttA29AY.390.000049
S54L54delTTG---99AY.90.000608
S54L54FttGttT99AY.90.000608
S54L54delTTG---99B.1.1770.000119
S54L54ITtGAtA58All0.000001
S54L54KTTGAAA48All0.000001
S54L54KTTgAAg48All0.000001
S54L54ITtGAtT38All0.000001
S54L54delTTG---88AY.4.50.00086
S54L54LTtgCtg88AY.450.000973
S54L54FttGttT68AY.470.000187
S54L54FttGttC28AY.470.000062
S54L54FttGttT88B.1.1.2070.009456
S54L54FttGttT88B.1.1.3480.006369
S54L54FttGttT88B.1.1.3720.00551
S54L54StTgtCg88B.1.1.70.000007
S54L54LttGttA78B.1.1770.000092
S54L54LTtgCtg18B.1.1770.000013
S54L54FttGttT67A.10.001691
S54L54FttGttC17A.10.000282
S54L54MTtgAtg77All0.000001
S54L54delTTG---77AY.60.000288
S54L54FttGttT67AY.980.000474
S54L54FttGttC17AY.980.000079
S54L54LttGttA77AY.98.10.000339
S54L54delTTG---77B.1.10.000127
S54L54FttGttT77B.1.1.2320.012704
S54L54FttGttT77B.1.1.2840.000752
S54L54FttGttT77B.1.1.3050.027027
S54L54FttGttT77B.1.1.700.002387
S54L54FttGttT77B.1.177.210.000535
S54L54FttGttT77B.1.2500.101449
S54L54LttGttA77B.1.4800.017413
S54L54FttGttT77B.1.617.10.000903
S54L54FttGttC47C.370.000464
S54L54FttGttT37C.370.000348
S54L54FttGttT66A.2.50.002994
S54L54delTTG---66AY.380.002996
S54L54delTTG---66AY.460.000624
S54L54LttGttA66AY.470.000187
S54L54FttGttT66B0.000767
S54L54LttGttA56B.10.000046
S54L54LTtgCtg16B.10.000009
S54L54FttGttT66B.1.1.1980.008811
S54L54LttGttA56B.1.20.000044
S54L54LTtgCtg16B.1.20.000009
S54L54FttGttT56B.1.5960.000436
S54L54FttGttC16B.1.5960.000087
S54L54FttGttT36P.1.140.000143
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