CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 494

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	494	S494P		nonsyn	Tca	Cca	13139	13139	1	23042-23044
S	494	S494L		nonsyn	tCa	tTa	1533	1523	0.993477	23042-23044
S	494	S494L		nonsyn	TCa	CTa	1533	9	0.00587084	23042-23044
S	494	S494L		nonsyn	tCA	tTG	1533	1	0.000652316	23042-23044
S	494	S494S		syn	tcA	tcG	658	475	0.721884	23042-23044
S	494	S494S		syn	tcA	tcT	658	92	0.139818	23042-23044
S	494	S494S		syn	tcA	tcC	658	91	0.138298	23042-23044
S	494	S494A		nonsyn	Tca	Gca	126	124	0.984127	23042-23044
S	494	S494A		nonsyn	TcA	GcT	126	2	0.015873	23042-23044
S	494	S494T		nonsyn	Tca	Aca	42	42	1	23042-23044
S	494	S494del		del	TCA	---	34	34	1	23042-23044
S	494	S494X		nonsyn	tCa	tAa	9	6	0.666667	23042-23044
S	494	S494X		nonsyn	tCa	tGa	9	3	0.333333	23042-23044
S	494	S494R		nonsyn	TCa	CGa	5	5	1	23042-23044
S	494	S494Q		nonsyn	TCa	CAa	3	2	0.666667	23042-23044
S	494	S494Q		nonsyn	TCA	CAG	3	1	0.333333	23042-23044
S	494	S494V		nonsyn	TCa	GTa	2	2	1	23042-23044
S	494	S494del1		del	TCA	-AN	2	1	0.5	23042-23044
S	494	S494del1		del	Tca	-ca	2	1	0.5	23042-23044
S	494	S494del2		del	TCa	--a	1	1	1	23042-23044

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	494	S494P	Tca	Cca	13139	13139	All	0.002513
S	494	S494P	Tca	Cca	3735	3735	B.1.1.7	0.003344
S	494	S494P	Tca	Cca	3198	3198	B.1.575	0.970267
S	494	S494P	Tca	Cca	1684	1684	B.1.623	0.903433
S	494	S494L	tCa	tTa	1523	1533	All	0.000291
S	494	S494L	TCa	CTa	9	1533	All	0.000002
S	494	S494L	tCA	tTG	1	1533	All	0
S	494	S494P	Tca	Cca	1258	1258	B.1.2	0.011077
S	494	S494S	tcA	tcG	475	658	All	0.000091
S	494	S494S	tcA	tcT	92	658	All	0.000018
S	494	S494S	tcA	tcC	91	658	All	0.000017
S	494	S494P	Tca	Cca	604	604	B.1.1.523	0.94375
S	494	S494P	Tca	Cca	390	390	B.1.575.1	0.95122
S	494	S494L	tCa	tTa	349	351	AY.4	0.000543
S	494	S494L	TCa	CTa	2	351	AY.4	0.000003
S	494	S494S	tcA	tcG	264	264	AY.29	0.004164
S	494	S494P	Tca	Cca	206	206	B.1.575.2	0.990385
S	494	S494P	Tca	Cca	203	203	B.1	0.001859
S	494	S494L	tCa	tTa	175	175	AY.27	0.011326
S	494	S494L	tCa	tTa	149	150	B.1.617.2	0.000561
S	494	S494L	TCa	CTa	1	150	B.1.617.2	0.000004
S	494	S494P	Tca	Cca	147	147	AY.4	0.000229
S	494	S494A	Tca	Gca	124	126	All	0.000024
S	494	S494A	TcA	GcT	2	126	All	0
S	494	S494L	tCa	tTa	118	118	AY.103	0.000733
S	494	S494P	Tca	Cca	106	106	B.1.177	0.001396
S	494	S494P	Tca	Cca	100	100	B.1.617.2	0.000377
S	494	S494P	Tca	Cca	93	93	B.1.1	0.001687
S	494	S494S	tcA	tcC	82	82	AY.60	0.076923
S	494	S494L	tCa	tTa	64	64	AY.43	0.000284
S	494	S494P	Tca	Cca	64	64	AY.98.1	0.0031
S	494	S494P	Tca	Cca	62	62	B.1.427	0.003131
S	494	S494S	tcA	tcG	61	61	AY.47	0.001897
S	494	S494P	Tca	Cca	56	56	B.1.1.519	0.002224
S	494	S494L	tCa	tTa	54	55	AY.44	0.000329
S	494	S494L	TCa	CTa	1	55	AY.44	0.000006
S	494	S494P	Tca	Cca	49	49	AY.25	0.000295
S	494	S494P	Tca	Cca	48	48	AY.103	0.000298
S	494	S494P	Tca	Cca	48	48	AY.44	0.000292
S	494	S494P	Tca	Cca	46	46	B.1.177.75	0.047867
S	494	S494L	tCa	tTa	44	44	AY.25	0.000265
S	494	S494T	Tca	Aca	42	42	All	0.000008
S	494	S494P	Tca	Cca	42	42	Q.8	0.006926
S	494	S494L	tCa	tTa	41	41	AY.120	0.001524
S	494	S494L	tCa	tTa	41	41	AY.3	0.000408
S	494	S494P	Tca	Cca	37	37	B.1.1.174	0.125
S	494	S494P	Tca	Cca	37	37	B.1.160	0.001154
S	494	S494P	Tca	Cca	36	36	AY.43	0.000159
S	494	S494del	TCA	---	34	34	All	0.000007
S	494	S494P	Tca	Cca	32	32	AY.3	0.000318
S	494	S494S	tcA	tcT	18	31	AY.4	0.000028
S	494	S494S	tcA	tcG	13	31	AY.4	0.00002
S	494	S494S	tcA	tcG	20	31	B.1.1.7	0.000018
S	494	S494S	tcA	tcT	10	31	B.1.1.7	0.000009
S	494	S494S	tcA	tcC	1	31	B.1.1.7	0.000001
S	494	S494P	Tca	Cca	31	31	B.1.324	0.049759
S	494	S494A	Tca	Gca	30	30	AY.23	0.002092
S	494	S494P	Tca	Cca	28	28	AY.75	0.001569
S	494	S494P	Tca	Cca	28	28	B.1.221.3	0.023333
S	494	S494P	Tca	Cca	25	25	AY.4.2	0.000542
S	494	S494P	Tca	Cca	25	25	B.1.1.253	0.062657
S	494	S494P	Tca	Cca	25	25	B.1.429	0.000588
S	494	S494L	tCa	tTa	24	24	AY.29	0.000379
S	494	S494L	tCa	tTa	24	24	AY.6	0.000987
S	494	S494P	Tca	Cca	24	24	B.1.595	0.006263
S	494	S494T	Tca	Aca	21	21	AY.3	0.000209
S	494	S494P	Tca	Cca	19	19	B.1.596	0.001656
S	494	S494S	tcA	tcG	17	17	AY.20	0.000661
S	494	S494P	Tca	Cca	17	17	AY.39	0.00042
S	494	S494L	tCa	tTa	17	17	AY.5	0.000351
S	494	S494P	Tca	Cca	16	16	AY.69	0.002987
S	494	S494L	tCa	tTa	15	16	B.1.1.7	0.000013
S	494	S494L	TCa	CTa	1	16	B.1.1.7	0.000001
S	494	S494P	Tca	Cca	16	16	B.1.177.60	0.003495
S	494	S494A	Tca	Gca	16	16	B.1.617.2	0.00006
S	494	S494P	Tca	Cca	15	15	AY.100	0.00069
S	494	S494L	tCa	tTa	15	15	AY.20	0.000583
S	494	S494P	Tca	Cca	15	15	AY.26	0.000425
S	494	S494L	tCa	tTa	15	15	AY.33	0.001002
S	494	S494P	Tca	Cca	15	15	B.1.243	0.001044
S	494	S494L	tCa	tTa	13	14	AY.4.2	0.000282
S	494	S494L	TCa	CTa	1	14	AY.4.2	0.000022
S	494	S494S	tcA	tcG	8	14	AY.44	0.000049
S	494	S494S	tcA	tcT	6	14	AY.44	0.000037
S	494	S494L	tCa	tTa	13	14	B.1.2	0.000114
S	494	S494L	TCa	CTa	1	14	B.1.2	0.000009
S	494	S494P	Tca	Cca	13	13	B.1.1.214	0.000721
S	494	S494P	Tca	Cca	13	13	B.1.526	0.000306
S	494	S494S	tcA	tcG	11	13	B.1.617.2	0.000041
S	494	S494S	tcA	tcT	2	13	B.1.617.2	0.000008
S	494	S494A	Tca	Gca	12	12	AY.103	0.000075
S	494	S494P	Tca	Cca	12	12	AY.5	0.000248
S	494	S494L	tCa	tTa	12	12	AY.92	0.003447
S	494	S494S	tcA	tcG	10	12	B.1	0.000092
S	494	S494S	tcA	tcT	2	12	B.1	0.000018
S	494	S494S	tcA	tcT	12	12	B.1.1.420	0.012072
S	494	S494S	tcA	tcT	9	12	B.1.2	0.000079
S	494	S494S	tcA	tcG	3	12	B.1.2	0.000026
S	494	S494L	tCa	tTa	12	12	B.1.429	0.000282
S	494	S494L	tCa	tTa	11	11	AY.102	0.000292
S	494	S494L	tCa	tTa	11	11	AY.118	0.000689
S	494	S494L	tCa	tTa	11	11	B.1.177	0.000145
S	494	S494P	Tca	Cca	11	11	B.1.574	0.023656
S	494	S494L	tCa	tTa	10	10	AY.119	0.000353
S	494	S494L	tCa	tTa	10	10	AY.26	0.000283
S	494	S494P	Tca	Cca	10	10	B.1.1.222	0.00204
S	494	S494P	Tca	Cca	10	10	B.1.258	0.000665
S	494	S494P	Tca	Cca	10	10	B.1.258.17	0.00104
S	494	S494P	Tca	Cca	10	10	B.1.36	0.001459
S	494	S494P	Tca	Cca	10	10	B.1.637	0.000731
S	494	S494X	tCa	tAa	6	9	All	0.000001
S	494	S494X	tCa	tGa	3	9	All	0.000001
S	494	S494P	Tca	Cca	9	9	AY.119	0.000318
S	494	S494A	Tca	Gca	9	9	AY.4	0.000014
S	494	S494L	tCa	tTa	9	9	AY.75	0.000504
S	494	S494L	tCa	tTa	9	9	AY.98	0.000711
S	494	S494P	Tca	Cca	9	9	B.1.1.33	0.003788
S	494	S494P	Tca	Cca	8	8	AY.29	0.000126
S	494	S494P	Tca	Cca	8	8	AY.34.1	0.00408
S	494	S494L	tCa	tTa	8	8	AY.39	0.000198
S	494	S494L	tCa	tTa	8	8	AY.39.1	0.000317
S	494	S494P	Tca	Cca	8	8	AY.45	0.000973
S	494	S494S	tcA	tcT	7	8	B.1.1.519	0.000278
S	494	S494S	tcA	tcG	1	8	B.1.1.519	0.00004
S	494	S494S	tcA	tcG	8	8	B.1.110.3	0.005747
S	494	S494P	Tca	Cca	8	8	B.1.177.44	0.004152
S	494	S494P	Tca	Cca	8	8	B.1.177.81	0.001515
S	494	S494P	Tca	Cca	8	8	B.1.400	0.003432
S	494	S494P	Tca	Cca	7	7	AY.113	0.000997
S	494	S494L	tCa	tTa	7	7	AY.34	0.000679
S	494	S494A	Tca	Gca	7	7	AY.4.2	0.000152
S	494	S494S	tcA	tcG	3	7	AY.43	0.000013
S	494	S494S	tcA	tcT	3	7	AY.43	0.000013
S	494	S494S	tcA	tcC	1	7	AY.43	0.000004
S	494	S494L	tCa	tTa	7	7	AY.47	0.000218
S	494	S494A	Tca	Gca	7	7	B.1	0.000064
S	494	S494L	tCa	tTa	7	7	B.1.1	0.000127
S	494	S494P	Tca	Cca	7	7	B.1.486	0.777778
S	494	S494P	Tca	Cca	7	7	B.1.620	0.006623
S	494	S494P	Tca	Cca	6	6	AY.14	0.000528
S	494	S494L	tCa	tTa	6	6	AY.23	0.000418
S	494	S494S	tcA	tcG	6	6	AY.3	0.00006
S	494	S494del	TCA	---	6	6	AY.43	0.000027
S	494	S494P	Tca	Cca	6	6	AY.54	0.000572
S	494	S494P	Tca	Cca	6	6	AY.6	0.000247
S	494	S494P	Tca	Cca	6	6	B.1.1.306	0.00263
S	494	S494A	Tca	Gca	6	6	B.1.1.7	0.000005
S	494	S494P	Tca	Cca	6	6	B.1.131	0.052632
S	494	S494A	Tca	Gca	6	6	B.1.2	0.000053
S	494	S494P	Tca	Cca	6	6	B.1.367	0.004754
S	494	S494S	tcA	tcG	6	6	P.1.16	0.002245
S	494	S494R	TCa	CGa	5	5	All	0.000001
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.100	0.00023
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	AY.102	0.000133
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	AY.118	0.000313
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	AY.20	0.000194
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	AY.33	0.000334
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.45	0.000608
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.46	0.00052
S	494	S494S	tcA	tcG	5	5	AY.46.4	0.000823
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.46.6	0.000361
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.48	0.002326
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.62	0.002179
S	494	S494L	tCa	tTa	4	5	AY.9	0.00027
S	494	S494L	TCa	CTa	1	5	AY.9	0.000068
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.9.2	0.000184
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.98.1	0.000242
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	AY.99.2	0.000461
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	B.1.160	0.000156
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	B.1.241	0.004058
S	494	S494L	tCa	tTa	5	5	B.1.258	0.000333
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	B.1.621	0.000443
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	B.1.635	0.087719
S	494	S494P	Tca	Cca	5	5	P.1	0.000079
S	494	S494A	TcA	GcT	2	4		0.111111
S	494	S494A	Tca	Gca	2	4		0.111111
S	494	S494P	Tca	Cca	4	4	A.2.5	0.001996
S	494	S494T	Tca	Aca	4	4	AY.100	0.000184
S	494	S494P	Tca	Cca	4	4	AY.108	0.00441
S	494	S494L	tCa	tTa	4	4	AY.117	0.000338
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S	494	S494Q	TCa	CAa	1	1	B.1.623	0.000536
S	494	S494L	tCa	tTa	1	1	B.1.628	0.000352
S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	B.1.634	0.003425
S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	B.3.1	0.001658
S	494	S494del	TCA	---	1	1	B.34	0.013699
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S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	C.2	0.016129
S	494	S494L	tCa	tTa	1	1	C.23	0.005814
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S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	C.37	0.000116
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S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	D.2	0.000075
S	494	S494X	tCa	tGa	1	1	D.2	0.000075
S	494	S494T	Tca	Aca	1	1	P.1	0.000016
S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	P.1.12	0.000484
S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	P.1.13	0.000898
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S	494	S494P	Tca	Cca	1	1	P.1.4	0.000977
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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