CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 460

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S460N460SnonsynaAtaGt8348310.99640322940-22942
S460N460SnonsynAATTCC83420.0023980822940-22942
S460N460SnonsynaATaGC83410.0011990422940-22942
S460N460NsynaaTaaC305305122940-22942
S460N460InonsynaAtaTt7979122940-22942
S460N460KnonsynaaTaaG73580.79452122940-22942
S460N460KnonsynaaTaaA73150.20547922940-22942
S460N460deldelAAT---4848122940-22942
S460N460YnonsynAatTat4545122940-22942
S460N460TnonsynaAtaCt3737122940-22942
S460N460DnonsynAatGat35330.94285722940-22942
S460N460DnonsynAaTGaC3520.057142922940-22942
S460N460HnonsynAatCat1010122940-22942
S460N460CnonsynAATTGC430.7522940-22942
S460N460GnonsynAATGGC430.7522940-22942
S460N460del1delAat-at420.522940-22942
S460N460del1delaaTaa-410.2522940-22942
S460N460GnonsynAAtGGt410.2522940-22942
S460N460CnonsynAAtTGt410.2522940-22942
S460N460del1delAAt-Ct410.2522940-22942
S460N460AnonsynAATGCC22122940-22942
S460N460PnonsynAAtCCt210.522940-22942
S460N460PnonsynAATCCA210.522940-22942
S460N460RnonsynAAtCGt11122940-22942
S460N460EnonsynAaTGaG11122940-22942

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S460N460SaAtaGt831834All0.000159
S460N460SAATTCC2834All0
S460N460SaATaGC1834All0
S460N460SaAtaGt701701AY.40.001091
S460N460NaaTaaC305305All0.000058
S460N460NaaTaaC102102B.10.000934
S460N460IaAtaTt7979All0.000015
S460N460KaaTaaG5873All0.000011
S460N460KaaTaaA1573All0.000003
S460N460NaaTaaC7272B.1.1.70.000064
S460N460delAAT---4848All0.000009
S460N460IaAtaTt4646B.1.10.000834
S460N460YAatTat4545All0.000009
S460N460NaaTaaC3838P.10.000599
S460N460TaAtaCt3737All0.000007
S460N460DAatGat3335All0.000006
S460N460DAaTGaC235All0
S460N460SaAtaGt1919AY.470.000591
S460N460KaaTaaG1013B.1.6380.526316
S460N460KaaTaaA313B.1.6380.157895
S460N460NaaTaaC1212AY.40.000019
S460N460KaaTaaG1212Q.70.013333
S460N460SaAtaGt1111AY.250.000066
S460N460HAatCat1010All0.000002
S460N460SaAtaGt1010AY.1030.000062
S460N460SaAtaGt1010B.1.617.20.000038
S460N460YAatTat99AY.1030.000056
S460N460TaAtaCt99AY.39.10.000357
S460N460delAAT---99AY.430.00004
S460N460SaAtaGt99B.1.1.3540.039474
S460N460SaAtaGt99B.1.360.001313
S460N460delAAT---88B.1.1.70.000007
S460N460YAatTat77AY.1020.000186
S460N460DAatGat77AY.1030.000043
S460N460KaaTaaA77AY.440.000043
S460N460SaAtaGt77B.1.1.70.000006
S460N460YAatTat77B.1.617.20.000026
S460N460NaaTaaC66AY.1030.000037
S460N460NaaTaaC66AY.30.00006
S460N460DAatGat66AY.440.000037
S460N460KaaTaaG66B.1.1.70.000005
S460N460NaaTaaC66B.1.617.20.000023
S460N460KaaTaaG45AY.430.000018
S460N460KaaTaaA15AY.430.000004
S460N460KaaTaaG55B.1.20.000044
S460N460GAATGGC340.166667
S460N460SAATTCC240.111111
S460N460GAAtGGt140.055556
S460N460SaATaGC140.055556
S460N460SaAtaGt140.055556
S460N460GAATGGC34All0.000001
S460N460CAATTGC34All0.000001
S460N460del1Aat-at24All0
S460N460CAAtTGt14All0
S460N460del1aaTaa-14All0
S460N460GAAtGGt14All0
S460N460del1AAt-Ct14All0
S460N460TaAtaCt44AY.1030.000025
S460N460SaAtaGt44AY.30.00004
S460N460NaaTaaC44AY.430.000018
S460N460delAAT---44B.10.000037
S460N460IaAtaTt44B.1.1.70.000004
S460N460delAAT---44B.1.617.20.000015
S460N460SaAtaGt33AY.390.000074
S460N460DAatGat33AY.40.000005
S460N460YAatTat33AY.40.000005
S460N460SaAtaGt33AY.440.000018
S460N460YAatTat33AY.610.000314
S460N460SaAtaGt33B.1.1.3060.001315
S460N460IaAtaTt33B.1.1.4190.022222
S460N460NaaTaaC33B.1.1.5190.000119
S460N460TaAtaCt33B.1.4290.000071
S460N460KaaTaaG33B.1.5960.000261
S460N460DAatGat33B.1.617.20.000011
S460N460AAATGCC220.111111
S460N460CAATTGC220.111111
S460N460delAAT---220.111111
S460N460DAaTGaC120.055556
S460N460DAatGat120.055556
S460N460AAATGCC22All0
S460N460PAATCCA12All0
S460N460PAAtCCt12All0
S460N460NaaTaaC22AY.1000.000092
S460N460delAAT---22AY.1020.000053
S460N460IaAtaTt22AY.1030.000012
S460N460IaAtaTt22AY.1110.000366
S460N460SaAtaGt22AY.1190.000071
S460N460SaAtaGt22AY.1200.000074
S460N460SaAtaGt22AY.140.000176
S460N460DAatGat22AY.250.000012
S460N460NaaTaaC22AY.250.000012
S460N460SaAtaGt22AY.340.000194
S460N460HAatCat22AY.40.000003
S460N460IaAtaTt22AY.4.2.10.000298
S460N460delAAT---22AY.420.00008
S460N460DAaTGaC12AY.420.00004
S460N460DAatGat12AY.420.00004
S460N460TaAtaCt22AY.430.000009
S460N460YAatTat22AY.430.000009
S460N460SaAtaGt22AY.430.000009
S460N460DAatGat22AY.430.000009
S460N460delAAT---22AY.440.000012
S460N460IaAtaTt22AY.440.000012
S460N460NaaTaaC22AY.440.000012
S460N460KaaTaaA22AY.50.000041
S460N460YAatTat22AY.5.30.000675
S460N460SaAtaGt22AY.710.00095
S460N460YAatTat22AY.9.20.000073
S460N460NaaTaaC22B0.000256
S460N460IaAtaTt22B.10.000018
S460N460SaAtaGt22B.10.000018
S460N460TaAtaCt22B.10.000018
S460N460HAatCat22B.1.10.000036
S460N460IaAtaTt22B.1.1.2030.033898
S460N460SaAtaGt22B.1.1.370.000386
S460N460KaaTaaG22B.1.1.3710.020833
S460N460NaaTaaC22B.1.1.3980.006452
S460N460YAatTat22B.1.1.70.000002
S460N460TaAtaCt22B.1.1.70.000002
S460N460HAatCat22B.1.1600.000062
S460N460TaAtaCt22B.1.177.580.002663
S460N460NaaTaaC22B.1.177.860.000367
S460N460NaaTaaC22B.1.214.20.001199
S460N460KaaTaaG22B.1.2430.000139
S460N460NaaTaaC22B.1.4090.001563
S460N460KaaTaaG22B.1.617.20.000008
S460N460IaAtaTt22B.1.617.20.000008
S460N460TaAtaCt22B.1.617.20.000008
S460N460SaAtaGt22B.1.6370.000146
S460N460SaAtaGt22P.1.170.000324
S460N460SaAtaGt22P.1.70.000639
S460N460NaaTaaC110.055556
S460N460delAAT---11A0.000387
S460N460SaAtaGt11A.210.00277
S460N460YAatTat11A.210.00277
S460N460EAaTGaG11All0
S460N460RAAtCGt11All0
S460N460IaAtaTt11AY.100.00053
S460N460HAatCat11AY.1000.000046
S460N460TaAtaCt11AY.1000.000046
S460N460KaaTaaG11AY.1000.000046
S460N460IaAtaTt11AY.1020.000027
S460N460NaaTaaC11AY.1020.000027
S460N460HAatCat11AY.1030.000006
S460N460delAAT---11AY.1070.000466
S460N460delAAT---11AY.1080.001103
S460N460DAatGat11AY.1130.000142
S460N460HAatCat11AY.1130.000142
S460N460TaAtaCt11AY.1160.000287
S460N460NaaTaaC11AY.1170.000085
S460N460del1Aat-at11AY.1180.000063
S460N460SaAtaGt11AY.1180.000063
S460N460NaaTaaC11AY.1190.000035
S460N460NaaTaaC11AY.160.00038
S460N460IaAtaTt11AY.260.000028
S460N460KaaTaaG11AY.260.000028
S460N460NaaTaaC11AY.270.000065
S460N460NaaTaaC11AY.290.000016
S460N460SaAtaGt11AY.29.10.000221
S460N460KaaTaaG11AY.30.00001
S460N460YAatTat11AY.30.00001
S460N460NaaTaaC11AY.340.000097
S460N460IaAtaTt11AY.360.000148
S460N460TaAtaCt11AY.390.000025
S460N460TaAtaCt11AY.40.000002
S460N460KaaTaaG11AY.4.20.000022
S460N460DAatGat11AY.4.50.000107
S460N460SaAtaGt11AY.420.00004
S460N460YAatTat11AY.420.00004
S460N460CAATTGC11AY.430.000004
S460N460TaAtaCt11AY.440.000006
S460N460YAatTat11AY.440.000006
S460N460CAAtTGt11AY.450.000122
S460N460YAatTat11AY.450.000122
S460N460NaaTaaC11AY.470.000031
S460N460SaAtaGt11AY.50.000021
S460N460SaAtaGt11AY.510.000909
S460N460delAAT---11AY.540.000095
S460N460IaAtaTt11AY.60.000041
S460N460NaaTaaC11AY.60.000041
S460N460NaaTaaC11AY.610.000105
S460N460YAatTat11AY.670.000464
S460N460NaaTaaC11AY.680.000274
S460N460IaAtaTt11AY.70.000196
S460N460delAAT---11AY.750.000056
S460N460NaaTaaC11AY.820.001357
S460N460RAAtCGt11AY.9.20.000037
S460N460del1Aat-at11AY.9.20.000037
S460N460SaAtaGt11AY.9.20.000037
S460N460SaAtaGt11AY.98.10.000048
S460N460delAAT---11AY.990.001049
S460N460DAatGat11B.10.000009
S460N460PAAtCCt11B.1.10.000018
S460N460TaAtaCt11B.1.10.000018
S460N460NaaTaaC11B.1.10.000018
S460N460IaAtaTt11B.1.1.100.001115
S460N460IaAtaTt11B.1.1.1340.011364
S460N460IaAtaTt11B.1.1.1530.001095
S460N460IaAtaTt11B.1.1.160.055556
S460N460NaaTaaC11B.1.1.1940.00495
S460N460NaaTaaC11B.1.1.2740.005051
S460N460delAAT---11B.1.1.3060.000438
S460N460KaaTaaG11B.1.1.3850.004464
S460N460SaAtaGt11B.1.1.4200.001006
S460N460SaAtaGt11B.1.1.5190.00004
S460N460DAatGat11B.1.1.70.000001
S460N460EAaTGaG11B.1.1.70.000001
S460N460TaAtaCt11B.1.1.700.000341
S460N460TaAtaCt11B.1.1110.001175
S460N460NaaTaaC11B.1.1600.000031
S460N460KaaTaaA11B.1.1600.000031
S460N460SaAtaGt11B.1.1600.000031
S460N460NaaTaaC11B.1.160.70.002079
S460N460DAatGat11B.1.1770.000013
S460N460NaaTaaC11B.1.1770.000013
S460N460IaAtaTt11B.1.177.40.000211
S460N460delAAT---11B.1.177.40.000211
S460N460KaaTaaG11B.1.177.440.000519
S460N460DAatGat11B.1.177.440.000519
S460N460KaaTaaG11B.1.177.50.001242
S460N460NaaTaaC11B.1.177.600.000218
S460N460KaaTaaG11B.1.1820.007246
S460N460NaaTaaC11B.1.20.000009
S460N460IaAtaTt11B.1.20.000009
S460N460delAAT---11B.1.20.000009
S460N460del1AAt-Ct11B.1.20.000009
S460N460DAatGat11B.1.20.000009
S460N460KaaTaaG11B.1.2210.000071
S460N460NaaTaaC11B.1.2210.000071
S460N460NaaTaaC11B.1.2340.000132
S460N460SaAtaGt11B.1.2580.000067
S460N460delAAT---11B.1.258.170.000104
S460N460KaaTaaG11B.1.3510.00003
S460N460delAAT---11B.1.3510.00003
S460N460TaAtaCt11B.1.3710.001122
S460N460NaaTaaC11B.1.3770.004566
S460N460NaaTaaC11B.1.3990.001934
S460N460NaaTaaC11B.1.4080.00369
S460N460NaaTaaC11B.1.4270.00005
S460N460KaaTaaG11B.1.4290.000024
S460N460NaaTaaC11B.1.4560.003268
S460N460NaaTaaC11B.1.4680.005714
S460N460SaAtaGt11B.1.5090.000866
S460N460NaaTaaC11B.1.5170.000427
S460N460NaaTaaC11B.1.5180.011765
S460N460SaAtaGt11B.1.5250.000113
S460N460delAAT---11B.1.5260.000024
S460N460TaAtaCt11B.1.5260.000024
S460N460NaaTaaC11B.1.5450.014493
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