CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 432

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S432C432CsyntgCtgT94089408122856-22858
S432C432deldelTGC---4343122856-22858
S432C432FnonsyntGctTc99122856-22858
S432C432XnonsyntgCtgA55122856-22858
S432C432SnonsyntGctCc530.622856-22858
S432C432SnonsynTgcAgc520.422856-22858
S432C432WnonsyntgCtgG33122856-22858
S432C432YnonsyntGctAc22122856-22858
S432C432RnonsynTgcCgc210.522856-22858
S432C432RnonsynTgCAgA210.522856-22858
S432C432MnonsynTGCATG11122856-22858
S432C432NnonsynTGCAAT11122856-22858
S432C432VnonsynTGcGTc11122856-22858

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S432C432CtgCtgT94089408All0.001799
S432C432CtgCtgT31543154B.1.1.70.002824
S432C432CtgCtgT535535AY.430.00237
S432C432CtgCtgT512512AY.40.000797
S432C432CtgCtgT451451B.1.617.20.001698
S432C432CtgCtgT266266AY.250.0016
S432C432CtgCtgT249249B.10.002281
S432C432CtgCtgT243243AY.30.002417
S432C432CtgCtgT207207B.1.20.001823
S432C432CtgCtgT186186P.10.00293
S432C432CtgCtgT171171AY.440.001041
S432C432CtgCtgT166166AY.1030.001031
S432C432CtgCtgT151151B.1.10.002739
S432C432CtgCtgT138138AY.9.20.005069
S432C432CtgCtgT137137B.1.4160.173858
S432C432CtgCtgT129129AY.50.002664
S432C432CtgCtgT125125D.20.00938
S432C432CtgCtgT9797AY.1090.071746
S432C432CtgCtgT9696AY.1180.006014
S432C432CtgCtgT9292AY.330.006144
S432C432CtgCtgT8686B.1.1770.001132
S432C432CtgCtgT8585AY.390.0021
S432C432CtgCtgT8080AY.1020.002121
S432C432CtgCtgT8080B.1.6210.007082
S432C432CtgCtgT7474B.1.2430.005149
S432C432CtgCtgT7171B.1.1600.002214
S432C432CtgCtgT5353AY.460.005516
S432C432CtgCtgT4848AY.260.001359
S432C432CtgCtgT4646AY.360.006818
S432C432CtgCtgT4646B.1.5260.001081
S432C432CtgCtgT4444V.11
S432C432delTGC---4343All0.000008
S432C432CtgCtgT4242AY.4.20.000911
S432C432CtgCtgT4040B.1.1.500.027155
S432C432CtgCtgT4040B.1.3510.001189
S432C432CtgCtgT4040B.1.4290.000941
S432C432CtgCtgT3737AY.4.10.027286
S432C432CtgCtgT3535AY.1210.004736
S432C432CtgCtgT3333B.1.1.3280.559322
S432C432CtgCtgT3131B.1.1.5190.001231
S432C432CtgCtgT3030B.1.258.170.003119
S432C432CtgCtgT2929B.1.5610.011513
S432C432CtgCtgT2727B.1.1.410.170886
S432C432CtgCtgT2727B.1.5960.002353
S432C432CtgCtgT2626B.1.2410.021104
S432C432CtgCtgT2424AY.470.000747
S432C432CtgCtgT2424AY.610.002515
S432C432CtgCtgT2424B.1.5950.006263
S432C432CtgCtgT2323AY.46.50.004563
S432C432CtgCtgT2323B.1.3110.006315
S432C432CtgCtgT2222B.1.1.280.006847
S432C432CtgCtgT2020AY.290.000315
S432C432CtgCtgT2020C.370.002321
S432C432CtgCtgT1616AY.1000.000736
S432C432CtgCtgT1616AY.200.000622
S432C432CtgCtgT1616B.1.1.2220.003264
S432C432CtgCtgT1616B.1.258.30.026801
S432C432CtgCtgT1515AY.1160.004302
S432C432CtgCtgT1515AY.98.10.000726
S432C432CtgCtgT1414AD.20.003065
S432C432CtgCtgT1414B.1.177.40.002955
S432C432CtgCtgT1414P.20.002613
S432C432CtgCtgT1313AY.1130.001851
S432C432CtgCtgT1313AY.340.001261
S432C432CtgCtgT1212AY.1190.000424
S432C432CtgCtgT1212B.1.177.70.001978
S432C432CtgCtgT1212B.1.177.860.002201
S432C432CtgCtgT1111AY.1200.000409
S432C432CtgCtgT1111AY.5.30.003711
S432C432CtgCtgT1111B.1.4270.000555
S432C432CtgCtgT1111R.10.00099
S432C432CtgCtgT1010B.1.1.2140.000555
S432C432FtGctTc99All0.000002
S432C432CtgCtgT99AY.1070.004194
S432C432CtgCtgT99AY.140.000792
S432C432CtgCtgT99AY.300.003562
S432C432CtgCtgT99B.1.177.200.013657
S432C432CtgCtgT99B.1.360.001313
S432C432CtgCtgT99B.1.5820.004416
S432C432CtgCtgT88B.1.1.2160.007124
S432C432CtgCtgT88B.1.1.2770.00607
S432C432CtgCtgT88B.1.1.3170.003294
S432C432CtgCtgT88B.1.160.160.007435
S432C432CtgCtgT88B.1.177.440.004152
S432C432CtgCtgT88B.1.466.20.00313
S432C432CtgCtgT88P.1.70.002554
S432C432CtgCtgT77A.23.10.00493
S432C432CtgCtgT77AY.650.003731
S432C432CtgCtgT77AY.860.005809
S432C432CtgCtgT77B.1.36.290.003621
S432C432CtgCtgT77B.1.6090.003356
S432C432CtgCtgT77C.36.30.003971
S432C432CtgCtgT77N.50.012367
S432C432CtgCtgT77P.1.120.003388
S432C432CtgCtgT77P.1.40.006836
S432C432CtgCtgT66AY.230.000418
S432C432CtgCtgT66AY.450.00073
S432C432CtgCtgT66AY.540.000572
S432C432CtgCtgT66AY.550.005505
S432C432CtgCtgT66B.1.1.1330.050847
S432C432delTGC---66B.1.1.70.000005
S432C432CtgCtgT66B.1.1.700.002046
S432C432CtgCtgT66B.1.5250.000679
S432C432CtgCtgT66B.1.5620.111111
S432C432CtgCtgT66B.1.617.10.000774
S432C432delTGC---66B.1.617.20.000023
S432C432CtgCtgT66B.1.6250.014118
S432C432CtgCtgT66C.160.006363
S432C432CtgCtgT66Q.80.000989
S432C432XtgCtgA55All0.000001
S432C432StGctCc35All0.000001
S432C432STgcAgc25All0
S432C432CtgCtgT55AY.160.001898
S432C432CtgCtgT55AY.4.2.10.000745
S432C432CtgCtgT55AY.4.50.000537
S432C432CtgCtgT55AY.5.40.001384
S432C432CtgCtgT55AY.60.000206
S432C432CtgCtgT55AY.75.10.000902
S432C432CtgCtgT55AY.900.003422
S432C432CtgCtgT55B.1.1.1700.006234
S432C432CtgCtgT55B.1.1.2070.00591
S432C432CtgCtgT55B.1.1.2840.000537
S432C432CtgCtgT55B.1.1.630.001929
S432C432CtgCtgT55B.1.177.810.000947
S432C432CtgCtgT55B.1.2210.000355
S432C432CtgCtgT55B.1.2580.000333
S432C432CtgCtgT55B.1.4040.00651
S432C432CtgCtgT55B.1.4590.020408
S432C432CtgCtgT55B.1.5760.004533
S432C432CtgCtgT55P.1.140.000239
S432C432CtgCtgT55Q.10.000632
S432C432CtgCtgT44A.2.50.001996
S432C432CtgCtgT44AY.1050.002572
S432C432CtgCtgT44AY.190.004561
S432C432CtgCtgT44AY.270.000259
S432C432CtgCtgT44AY.39.10.000158
S432C432CtgCtgT44AY.750.000224
S432C432CtgCtgT44AY.980.000316
S432C432CtgCtgT44AY.99.20.000369
S432C432CtgCtgT44B.1.1.1230.071429
S432C432CtgCtgT44B.1.1.2320.00726
S432C432CtgCtgT44B.1.1.4320.005063
S432C432CtgCtgT44B.1.2340.000528
S432C432CtgCtgT44B.1.36.170.001976
S432C432CtgCtgT44B.1.3610.005155
S432C432CtgCtgT44B.1.5090.003463
S432C432CtgCtgT44B.1.6040.068966
S432C432CtgCtgT44B.1.6370.000292
S432C432CtgCtgT44P.30.00638
S432C432CtgCtgT33A0.001161
S432C432WtgCtgG33All0.000001
S432C432CtgCtgT33AY.1170.000254
S432C432CtgCtgT33AY.120.000948
S432C432CtgCtgT33AY.120.10.000963
S432C432CtgCtgT33AY.420.000121
S432C432CtgCtgT33AY.46.60.000217
S432C432CtgCtgT33AY.580.002722
S432C432CtgCtgT33AY.590.001589
S432C432CtgCtgT33AY.680.000821
S432C432CtgCtgT33AY.7.10.000338
S432C432CtgCtgT33AY.850.001282
S432C432CtgCtgT33AY.910.002191
S432C432CtgCtgT33B0.000383
S432C432CtgCtgT33B.1.1.1440.085714
S432C432CtgCtgT33B.1.1.2650.009464
S432C432CtgCtgT33B.1.1.330.001263
S432C432WtgCtgG33B.1.1.70.000003
S432C432CtgCtgT33B.1.177.560.002003
S432C432CtgCtgT33B.1.177.570.000843
S432C432CtgCtgT33B.1.177.600.000655
S432C432delTGC---33B.1.20.000026
S432C432CtgCtgT33B.1.2390.003663
S432C432CtgCtgT33B.1.36.370.008333
S432C432CtgCtgT33B.1.3620.004622
S432C432CtgCtgT33B.1.3960.002117
S432C432CtgCtgT33B.1.4330.009585
S432C432CtgCtgT33B.1.4700.004213
S432C432CtgCtgT33P.1.150.000697
S432C432delTGC---220.111111
S432C432CtgCtgT22A.2.5.20.003145
S432C432CtgCtgT22AE.80.000978
S432C432YtGctAc22All0
S432C432RTgCAgA12All0
S432C432RTgcCgc12All0
S432C432CtgCtgT22AY.1080.002205
S432C432CtgCtgT22AY.240.000862
S432C432CtgCtgT22AY.29.10.000441
S432C432CtgCtgT22AY.3.10.000171
S432C432delTGC---22AY.40.000003
S432C432CtgCtgT22AY.4.40.000818
S432C432CtgCtgT22AY.400.001929
S432C432CtgCtgT22AY.530.000575
S432C432CtgCtgT22AY.560.00321
S432C432CtgCtgT22AY.710.00095
S432C432CtgCtgT22AY.790.002421
S432C432CtgCtgT22AY.840.000875
S432C432CtgCtgT22AY.9.10.000167
S432C432CtgCtgT22AY.920.000575
S432C432CtgCtgT22AZ.10.001735
S432C432CtgCtgT22AZ.40.006711
S432C432FtGctTc22B0.000256
S432C432XtgCtgA22B.10.000018
S432C432CtgCtgT22B.1.1.250.001137
S432C432CtgCtgT22B.1.1.2890.004167
S432C432CtgCtgT22B.1.1.2970.004474
S432C432CtgCtgT22B.1.1.3480.001592
S432C432CtgCtgT22B.1.1.4190.014815
S432C432CtgCtgT22B.1.1.4480.004065
S432C432CtgCtgT22B.1.1.580.010753
S432C432CtgCtgT22B.1.160.80.002577
S432C432CtgCtgT22B.1.177.100.001756
S432C432CtgCtgT22B.1.177.190.002861
S432C432CtgCtgT22B.1.177.330.003289
S432C432CtgCtgT22B.1.177.420.001789
S432C432CtgCtgT22B.1.177.510.009132
S432C432CtgCtgT22B.1.177.540.001213
S432C432CtgCtgT22B.1.177.730.001133
S432C432CtgCtgT22B.1.1920.018519
S432C432CtgCtgT22B.1.2400.000431
S432C432CtgCtgT22B.1.258.220.005333
S432C432CtgCtgT22B.1.2790.001027
S432C432CtgCtgT22B.1.3240.00321
S432C432CtgCtgT22B.1.3490.00143
S432C432CtgCtgT22B.1.351.30.001753
S432C432CtgCtgT22B.1.3690.00057
S432C432CtgCtgT22B.1.5170.000854
S432C432CtgCtgT22B.1.5510.002581
S432C432CtgCtgT22B.1.575.10.004878
S432C432CtgCtgT22B.1.5970.009259
S432C432CtgCtgT22B.1.6180.008065
S432C432CtgCtgT22B.1.6200.001892
S432C432CtgCtgT22B.400.000729
S432C432CtgCtgT22B.60.00182
S432C432CtgCtgT22P.1.160.000748
S432C432CtgCtgT22Q.40.00091
S432C432delTGC---11A0.000387
S432C432delTGC---11A.23.10.000704
S432C432CtgCtgT11A.270.001656
S432C432CtgCtgT11AA.60.016129
S432C432CtgCtgT11AE.10.011364
S432C432VTGcGTc11All0
S432C432NTGCAAT11All0
S432C432MTGCATG11All0
S432C432CtgCtgT11AY.10.000396
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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