CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 410 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	410	I410I		syn	atC	atT	54229	53942	0.994708	22790-22792

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	410	I410I	atC	atT	53942	54229	All	0.010317
S	410	I410I	atC	atT	22437	22437	AY.9.2	0.824102
S	410	I410I	atC	atT	14763	14768	AY.9	0.997905
S	410	I410I	atC	atT	11720	11720	AY.9.1	0.981246
S	410	I410I	atC	atT	1112	1256	B.1.1.7	0.000995
S	410	I410I	atC	atT	722	785	AY.106	0.241795
S	410	I410I	atC	atT	630	638	B.1.617.2	0.002372
S	410	I410I	atC	atT	506	506	AY.9.2.1	1
S	410	I410I	atC	atT	442	446	AY.4	0.000688
S	410	I410I	atC	atT	421	421	B.1.1.374	1
S	410	I410I	atC	atT	109	110	AY.120	0.004052
S	410	I410I	atC	atT	109	109	P.2	0.020343
S	410	I410I	atC	atT	85	86	AY.43	0.000377
S	410	I410I	atC	atT	60	60	AY.13	0.009659
S	410	I410I	atC	atT	44	44	AY.54	0.004195
S	410	I410I	atC	atT	39	41	B.1	0.000357
S	410	I410I	atC	atT	39	39	AY.61	0.004086
S	410	I410I	atC	atT	38	39	B.1.160	0.001185
S	410	I410I	atC	atT	37	37	AY.75.1	0.006671
S	410	I410I	atC	atT	35	37	B.1.351	0.00104
S	410	I410I	atC	atT	21	35	AY.103	0.00013
S	410	I410I	atC	atT	27	27	B.1.427	0.001363
S	410	I410I	atC	atT	26	26	P.1	0.00041
S	410	I410I	atC	atT	25	25	AY.92	0.007182
S	410	I410I	atC	atT	22	23	B.1.2	0.000194
S	410	I410I	atC	atT	19	19	D.2	0.001426
S	410	I410I	atC	atT	18	18	AY.71	0.008551
S	410	I410I	atC	atT	17	17	AY.44	0.000103
S	410	I410I	atC	atT	17	17	B.1.177.4	0.003588
S	410	I410I	atC	atT	17	17	Q.8	0.002803
S	410	I410I	atC	atT	15	15	AY.25	0.00009
S	410	I410I	atC	atT	14	14	AY.46	0.001457
S	410	I410I	atC	atT	9	14	B.1.429	0.000212
S	410	I410I	atC	atT	12	12	B.1.177.86	0.002201
S	410	I410I	atC	atT	11	11	AY.23	0.000767
S	410	I410I	atC	atT	11	11	B.1.258.17	0.001144
S	410	I410I	atC	atT	7	10	AY.26	0.000198
S	410	I410I	atC	atT	10	10	AY.75	0.00056
S	410	I410I	atC	atT	10	10	P.1.15	0.002323
S	410	I410I	atC	atT	9	9	B.1.1	0.000163
S	410	I410I	atC	atT	9	9	B.1.1.12	0.067164
S	410	I410I	atC	atT	9	9	B.1.177	0.000119
S	410	I410I	atC	atT	8	8	AY.39.1	0.000317
S	410	I410I	atC	atT	6	7	AY.70	0.001251
S	410	I410I	atC	atT	7	7	AY.98.1	0.000339
S	410	I410I	atC	atT	6	6	AY.41	0.001764
S	410	I410I	atC	atT	6	6	AY.42	0.000241
S	410	I410I	atC	atT	6	6	AY.65	0.003198
S	410	I410I	atC	atT	6	6	AZ.2	0.004926
S	410	I410I	atC	atT	5	6	B.1.36	0.00073
S	410	I410I	atC	atT	5	5	AY.16	0.001898
S	410	I410I	atC	atT	5	5	AY.45	0.000608
S	410	I410I	atC	atT	5	5	AY.67	0.002321
S	410	I410I	atC	atT	5	5	B.1.1.192	0.011547
S	410	I410I	atC	atT	5	5	B.1.1.28	0.001556
S	410	I410I	atC	atT	1	5	B.1.336	0.002439
S	410	I410I	atC	atT	5	5	B.1.619.1	0.003207
S	410	I410I	atC	atT	4	4	AY.20	0.000155
S	410	I410I	atC	atT	4	4	AY.33	0.000267
S	410	I410I	atC	atT	4	4	AY.39	0.000099
S	410	I410I	atC	atT	4	4	AY.4.2	0.000087
S	410	I410I	atC	atT	4	4	AY.46.4	0.000658
S	410	I410I	atC	atT	3	4	AY.47	0.000093
S	410	I410I	atC	atT	4	4	AY.58	0.00363
S	410	I410I	atC	atT	4	4	B.1.1.462	0.034483
S	410	I410I	atC	atT	4	4	B.1.243	0.000278
S	410	I410I	atC	atT	4	4	B.1.306	0.022857
S	410	I410I	atC	atT	4	4	B.1.526	0.000094
S	410	I410I	atC	atT	4	4	P.1.10	0.001078
S	410	I410I	atC	atT	2	3	AY.114	0.000462
S	410	I410I	atC	atT	3	3	AY.118	0.000188
S	410	I410I	atC	atT	3	3	AY.3	0.00003
S	410	I410I	atC	atT	1	3	AY.40	0.000964
S	410	I410I	atC	atT	3	3	AY.5	0.000062
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.1.134	0.034091
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.1.222	0.000612
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.1.306	0.001315
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.1.354	0.013158
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.1.519	0.000119
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.558	0.013699
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.560	0.013889
S	410	I410I	atC	atT	3	3	B.1.596	0.000261
S	410	I410I	atC	atT	2	2		0.111111
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.10	0.00106
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.102	0.000053
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.116	0.000574
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.119	0.000071
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.120.2	0.002571
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.46.6	0.000144
S	410	I410I	atC	atT	1	2	AY.59	0.00053
S	410	I410I	atC	atT	2	2	AY.85	0.000854
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B	0.000256
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.1.10	0.00223
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.1.344	0.021505
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.177.60	0.000437
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.210	0.004264
S	410	I410I	atC	atT	1	2	B.1.258	0.000067
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.36.18	0.00084
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.36.22	0.002415
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.438.1	0.000215
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.617.1	0.000258
S	410	I410I	atC	atT	2	2	B.1.621	0.000177
S	410	I410I	atC	atT	1	2	B.4	0.002208
S	410	I410I	atC	atT	2	2	C.37	0.000232
S	410	I410I	atC	atT	1	1	A.2.5	0.000499
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.23.1	0.000417
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.24	0.000431
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.29	0.000016
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.46.1	0.001027
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.53	0.000288
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.57	0.000656
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.60	0.000938
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.68	0.000274
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.74	0.000116
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.84	0.000437
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.96	0.002075
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.98	0.000079
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.99	0.001049
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AY.99.2	0.000092
S	410	I410I	atC	atT	1	1	AZ.1	0.000867
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.174	0.003378
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.200	0.007463
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.279	0.001121
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.337	0.003597
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.363	0.005988
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.437	0.010417
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.1.56	0.017857
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.177.75	0.001041
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.177.82	0.000477
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.221	0.000071
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.333	0.010526
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.349	0.000715
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.351.2	0.000303
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.36.29	0.000517
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.369	0.000285
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.400	0.000429
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.470	0.001404
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.497	0.000315
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.509	0.000866
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.525	0.000113
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.551	0.00129
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.568	0.001111
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.577	0.000687
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.582	0.000491
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.595.1	0.005848
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.606	0.006024
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.1.91	0.002075
S	410	I410I	atC	atT	1	1	B.35	0.007812
S	410	I410I	atC	atT	1	1	P.1.12	0.000484
S	410	I410I	atC	atT	1	1	P.1.17.1	0.000875
S	410	I410I	atC	atT	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.