CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 392

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S392F392FsynttTttC24452445122736-22738
S392F392deldelTTT---7575122736-22738
S392F392LnonsynTttCtt45400.88888922736-22738
S392F392LnonsynttTttA4540.088888922736-22738
S392F392LnonsynTtTCtA4510.022222222736-22738
S392F392SnonsyntTttCt16150.937522736-22738
S392F392SnonsyntTTtCA1610.062522736-22738
S392F392VnonsynTttGtt12100.83333322736-22738
S392F392VnonsynTtTGtC1210.083333322736-22738
S392F392VnonsynTtTGtA1210.083333322736-22738
S392F392InonsynTttAtt970.77777822736-22738
S392F392InonsynTtTAtA920.22222222736-22738
S392F392del1delTtt-tt44122736-22738
S392F392AnonsynTTtGCt33122736-22738
S392F392CnonsyntTttGt33122736-22738
S392F392YnonsyntTttAt33122736-22738
S392F392del2delTTt--t11122736-22738
S392F392PnonsynTTtCCt11122736-22738

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S392F392FttTttC24452445All0.000468
S392F392FttTttC14981498B.1.619.10.960872
S392F392FttTttC700700P.10.011028
S392F392delTTT---7575All0.000014
S392F392FttTttC5555B.1.1.70.000049
S392F392LTttCtt4045All0.000008
S392F392LttTttA445All0.000001
S392F392LTtTCtA145All0
S392F392FttTttC2323AY.1200.000855
S392F392FttTttC2020B.1.6270.040404
S392F392delTTT---1818B.1.1.70.000016
S392F392StTttCt1516All0.000003
S392F392StTTtCA116All0
S392F392FttTttC1313B.1.6370.00095
S392F392VTttGtt1012All0.000002
S392F392VTtTGtC112All0
S392F392VTtTGtA112All0
S392F392FttTttC1111B.1.5960.000959
S392F392FttTttC1010B.1.1.390.005097
S392F392ITttAtt79All0.000001
S392F392ITtTAtA29All0
S392F392FttTttC99AY.40.000014
S392F392FttTttC88AY.290.000126
S392F392FttTttC88B.1.1.2840.000859
S392F392FttTttC88B.1.1770.000105
S392F392FttTttC88B.1.6190.006969
S392F392VTttGtt77B.1.1.70.000006
S392F392delTTT---66AY.250.000036
S392F392FttTttC66AY.430.000027
S392F392FttTttC55AY.1030.000031
S392F392delTTT---55AY.40.000008
S392F392StTttCt45B.1.1.70.000004
S392F392StTTtCA15B.1.1.70.000001
S392F392FttTttC55B.1.20.000044
S392F392FttTttC55B.1.617.20.000019
S392F392FttTttC55B.1.6210.000443
S392F392delTTT---440.222222
S392F392del1Ttt-tt44All0.000001
S392F392FttTttC44B.10.000037
S392F392LTttCtt44B.10.000037
S392F392LTttCtt44B.1.1.70.000004
S392F392FttTttC44B.1.2340.000528
S392F392delTTT---44B.1.2580.000266
S392F392FttTttC44B.1.5610.001588
S392F392FttTttC44P.1.120.001936
S392F392VTtTGtC130.055556
S392F392VTttGtt130.055556
S392F392VTtTGtA130.055556
S392F392YtTttAt33All0.000001
S392F392ATTtGCt33All0.000001
S392F392CtTttGt33All0.000001
S392F392LTttCtt33AY.230.000209
S392F392delTTT---33AY.430.000013
S392F392delTTT---33B.10.000027
S392F392FttTttC33B.1.1.3220.026316
S392F392FttTttC33B.1.360.000438
S392F392LTttCtt23B.1.617.20.000008
S392F392LttTttA13B.1.617.20.000004
S392F392ATTtGCt33C.370.000348
S392F392ITttAtt220.111111
S392F392FttTttC22A.2.5.20.003145
S392F392FttTttC22AY.1020.000053
S392F392delTTT---22AY.4.50.000215
S392F392LTttCtt22AY.610.00021
S392F392StTttCt22B.10.000018
S392F392FttTttC22B.1.10.000036
S392F392LTttCtt22B.1.10.000036
S392F392delTTT---22B.1.20.000018
S392F392delTTT---22B.1.617.20.000008
S392F392delTTT---22P.1.10.000635
S392F392LttTttA110.055556
S392F392FttTttC110.055556
S392F392FttTttC11A0.000387
S392F392StTttCt11A.20.000662
S392F392delTTT---11A.280.002646
S392F392ITtTAtA11AE.30.032258
S392F392del2TTt--t11All0
S392F392PTTtCCt11All0
S392F392LTttCtt11AY.1000.000046
S392F392FttTttC11AY.1000.000046
S392F392StTttCt11AY.1030.000006
S392F392LTttCtt11AY.1030.000006
S392F392delTTT---11AY.1070.000466
S392F392del1Ttt-tt11AY.1080.001103
S392F392StTttCt11AY.1130.000142
S392F392delTTT---11AY.1180.000063
S392F392LTttCtt11AY.140.000088
S392F392FttTttC11AY.230.00007
S392F392ITttAtt11AY.250.000006
S392F392FttTttC11AY.250.000006
S392F392StTttCt11AY.250.000006
S392F392StTttCt11AY.290.000016
S392F392FttTttC11AY.30.00001
S392F392delTTT---11AY.330.000067
S392F392CtTttGt11AY.390.000025
S392F392LTttCtt11AY.390.000025
S392F392StTttCt11AY.39.10.00004
S392F392LTttCtt11AY.40.000002
S392F392FttTttC11AY.4.20.000022
S392F392FttTttC11AY.410.000294
S392F392StTttCt11AY.430.000004
S392F392LTttCtt11AY.430.000004
S392F392ITttAtt11AY.430.000004
S392F392del1Ttt-tt11AY.430.000004
S392F392LTttCtt11AY.440.000006
S392F392FttTttC11AY.440.000006
S392F392YtTttAt11AY.450.000122
S392F392LTttCtt11AY.46.60.000072
S392F392delTTT---11AY.590.00053
S392F392delTTT---11AY.670.000464
S392F392delTTT---11AY.720.001361
S392F392LTttCtt11AY.750.000056
S392F392LTttCtt11AY.75.10.00018
S392F392delTTT---11AY.90.000068
S392F392CtTttGt11B.10.000009
S392F392PTTtCCt11B.10.000009
S392F392delTTT---11B.1.10.000018
S392F392FttTttC11B.1.1.10.000327
S392F392LTttCtt11B.1.1.10.000327
S392F392delTTT---11B.1.1.1370.0125
S392F392ITttAtt11B.1.1.1890.001513
S392F392ITttAtt11B.1.1.2210.010101
S392F392LTttCtt11B.1.1.3060.000438
S392F392delTTT---11B.1.1.3150.008475
S392F392LTttCtt11B.1.1.3160.000925
S392F392FttTttC11B.1.1.5190.00004
S392F392LTttCtt11B.1.1.5190.00004
S392F392delTTT---11B.1.1.5190.00004
S392F392YtTttAt11B.1.1.70.000001
S392F392delTTT---11B.1.160.290.004219
S392F392delTTT---11B.1.1770.000013
S392F392VTttGtt11B.1.1770.000013
S392F392LTttCtt11B.1.177.170.000821
S392F392delTTT---11B.1.177.210.000076
S392F392del1Ttt-tt11B.1.20.000009
S392F392LTttCtt11B.1.20.000009
S392F392FttTttC11B.1.2400.000216
S392F392delTTT---11B.1.2420.018868
S392F392StTttCt11B.1.2430.00007
S392F392LTttCtt11B.1.2430.00007
S392F392ITttAtt11B.1.258.40.003448
S392F392LTttCtt11B.1.3320.003497
S392F392FttTttC11B.1.3490.000715
S392F392FttTttC11B.1.3510.00003
S392F392delTTT---11B.1.3510.00003
S392F392LTttCtt11B.1.3510.00003
S392F392ITtTAtA11B.1.360.000146
S392F392FttTttC11B.1.36.100.004785
S392F392FttTttC11B.1.36.180.00042
S392F392delTTT---11B.1.36.290.000517
S392F392FttTttC11B.1.4290.000024
S392F392LttTttA11B.1.438.10.000107
S392F392delTTT---11B.1.4460.02
S392F392VTttGtt11B.1.4620.007246
S392F392CtTttGt11B.1.466.20.000391
S392F392LTtTCtA11B.1.5250.000113
S392F392delTTT---11B.1.5260.000024
S392F392LTttCtt11B.1.564.10.001577
S392F392LTttCtt11B.1.5950.000261
S392F392del1Ttt-tt11B.1.5960.000087
S392F392LttTttA11B.1.617.10.000129
S392F392StTttCt11B.1.617.20.000004
S392F392del2TTt--t11B.1.617.20.000004
S392F392delTTT---11B.1.6200.000946
S392F392delTTT---11B.1.6210.000089
S392F392FttTttC11B.1.6300.005236
S392F392LTttCtt11B.1.90.006173
S392F392delTTT---11B.340.013699
S392F392YtTttAt11P.10.000016
S392F392LTttCtt11P.1.10.000318
S392F392FttTttC11P.1.140.000048
S392F392FttTttC11P.20.000187
S392F392delTTT---11Q.20.000613