CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 36

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S36V36FnonsynGttTtt822282200.99975721668-21670
S36V36FnonsynGtTTtC822220.0002432521668-21670
S36V36InonsynGttAtt209209121668-21670
S36V36VsyngtTgtC122960.78688521668-21670
S36V36VsyngtTgtG122220.18032821668-21670
S36V36VsyngtTgtA12240.032786921668-21670
S36V36deldelGTT---8585121668-21670
S36V36AnonsyngTtgCt5353121668-21670
S36V36LnonsynGttCtt25240.9621668-21670
S36V36LnonsynGtTCtC2510.0421668-21670
S36V36del1delGtt-tt840.521668-21670
S36V36del1delgTtg-t820.2521668-21670
S36V36del1delGTT-NN810.12521668-21670
S36V36del1delgtTgt-810.12521668-21670
S36V36GnonsyngTtgGt33121668-21670
S36V36SnonsynGTtAGt22121668-21670
S36V36DnonsyngTtgAt210.521668-21670
S36V36DnonsyngTTgAC210.521668-21670
S36V36HnonsynGTtCAt210.521668-21670
S36V36HnonsynGTTCAC210.521668-21670
S36V36del2delgTTg--11121668-21670

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S36V36FGttTtt82208222All0.001572
S36V36FGtTTtC28222All0
S36V36FGttTtt66136613AY.4.2.10.98525
S36V36FGttTtt860862AY.4.20.018652
S36V36FGtTTtC2862AY.4.20.000043
S36V36FGttTtt267267B.1.1.70.000239
S36V36IGttAtt209209All0.00004
S36V36VgtTgtC96122All0.000018
S36V36VgtTgtG22122All0.000004
S36V36VgtTgtA4122All0.000001
S36V36FGttTtt9494B.1.617.20.000354
S36V36delGTT---8585All0.000016
S36V36FGttTtt6969AY.40.000107
S36V36FGttTtt5858AY.1030.00036
S36V36VgtTgtC5656B.1.1.70.00005
S36V36AgTtgCt5353All0.00001
S36V36IGttAtt3232AY.40.00005
S36V36FGttTtt3131AY.390.000766
S36V36IGttAtt3030B.1.1.70.000027
S36V36IGttAtt2929AY.430.000128
S36V36LGttCtt2425All0.000005
S36V36LGtTCtC125All0
S36V36FGttTtt2323AY.430.000102
S36V36FGttTtt2020AY.440.000122
S36V36delGTT---2020B.1.1.70.000018
S36V36IGttAtt2020B.1.258.110.007927
S36V36AgTtgCt1515B.1.1.70.000013
S36V36FGttTtt1313AY.930.00355
S36V36FGttTtt1212AY.4.50.00129
S36V36FGttTtt1212AY.420.000483
S36V36VgtTgtG1112B.1.10.0002
S36V36VgtTgtA112B.1.10.000018
S36V36IGttAtt1111AY.440.000067
S36V36FGttTtt1010AY.260.000283
S36V36LGttCtt1010B.1.1.70.000009
S36V36VgtTgtC59AY.40.000008
S36V36VgtTgtG49AY.40.000006
S36V36del1Gtt-tt48All0.000001
S36V36del1gTtg-t28All0
S36V36del1GTT-NN18All0
S36V36del1gtTgt-18All0
S36V36FGttTtt88AY.290.000126
S36V36AgTtgCt88AY.430.000035
S36V36delGTT---88B.1.1770.000105
S36V36FGttTtt77AY.1000.000322
S36V36IGttAtt77AY.250.000042
S36V36delGTT---77AY.430.000031
S36V36AgTtgCt77AY.60.000288
S36V36IGttAtt77B.1.2430.000487
S36V36IGttAtt77B.1.617.20.000026
S36V36FGttTtt66AY.1020.000159
S36V36FGttTtt66AY.39.10.000238
S36V36FGttTtt66B.1.1770.000079
S36V36VgtTgtC66B.1.617.20.000023
S36V36FGttTtt55AY.230.000349
S36V36delGTT---55AY.330.000334
S36V36delGTT---55AY.40.000008
S36V36FGttTtt55B.10.000046
S36V36IGttAtt55B.1.3510.000149
S36V36FGttTtt44AY.100.00212
S36V36FGttTtt44AY.1190.000141
S36V36FGttTtt44AY.1200.000149
S36V36FGttTtt44AY.200.000155
S36V36FGttTtt44AY.250.000024
S36V36FGttTtt44AY.30.00004
S36V36AgTtgCt44AY.39.10.000158
S36V36AgTtgCt44AY.40.000006
S36V36IGttAtt44AY.400.003857
S36V36VgtTgtC34AY.440.000018
S36V36VgtTgtG14AY.440.000006
S36V36FGttTtt44B.1.20.000035
S36V36IGttAtt44B.1.3610.005155
S36V36LGttCtt230.111111
S36V36LGtTCtC130.055556
S36V36GgTtgGt33All0.000001
S36V36delGTT---33AY.1020.00008
S36V36FGttTtt33AY.1210.000406
S36V36IGttAtt33AY.30.00003
S36V36FGttTtt33AY.340.000291
S36V36IGttAtt33AY.390.000074
S36V36FGttTtt33AY.480.001395
S36V36IGttAtt33AY.50.000062
S36V36FGttTtt33AY.610.000314
S36V36IGttAtt33AY.7.20.001678
S36V36IGttAtt33AY.98.10.000145
S36V36FGttTtt33B.1.177.210.000229
S36V36IGttAtt33B.1.5260.000071
S36V36AgTtgCt33B.1.617.20.000011
S36V36VgtTgtC33P.10.000047
S36V36DgTtgAt120.055556
S36V36HGTtCAt120.055556
S36V36DgTTgAC120.055556
S36V36HGTTCAC120.055556
S36V36SGTtAGt22All0
S36V36DgTtgAt12All0
S36V36DgTTgAC12All0
S36V36HGTTCAC12All0
S36V36HGTtCAt12All0
S36V36delGTT---22AY.1010.000981
S36V36VgtTgtC12AY.1020.000027
S36V36VgtTgtA12AY.1020.000027
S36V36IGttAtt22AY.1030.000012
S36V36AgTtgCt22AY.1030.000012
S36V36FGttTtt22AY.1080.002205
S36V36FGttTtt22AY.1160.000574
S36V36IGttAtt22AY.1180.000125
S36V36VgtTgtC22AY.16.10.00094
S36V36VgtTgtC12AY.190.00114
S36V36VgtTgtG12AY.190.00114
S36V36IGttAtt22AY.200.000078
S36V36FGttTtt22AY.270.000129
S36V36IGttAtt22AY.290.000032
S36V36delGTT---22AY.30.00002
S36V36delGTT---22AY.34.10.00102
S36V36LGttCtt22AY.40.000003
S36V36delGTT---22AY.420.00008
S36V36VgtTgtC22AY.430.000009
S36V36LGttCtt22AY.440.000012
S36V36AgTtgCt22AY.440.000012
S36V36IGttAtt22AY.450.000243
S36V36IGttAtt22AY.470.000062
S36V36VgtTgtC22AY.610.00021
S36V36IGttAtt22AY.750.000112
S36V36FGttTtt22AY.9.10.000167
S36V36FGttTtt22AY.940.000885
S36V36IGttAtt22B.10.000018
S36V36delGTT---22B.10.000018
S36V36delGTT---22B.1.10.000036
S36V36delGTT---22B.1.1.3110.000716
S36V36LGttCtt22B.1.1770.000026
S36V36VgtTgtG12B.1.20.000009
S36V36VgtTgtA12B.1.20.000009
S36V36VgtTgtC22B.1.4270.000101
S36V36FGttTtt22B.1.6090.000959
S36V36FGttTtt22P.10.000032
S36V36FGttTtt22P.1.160.000748
S36V36VgtTgtC110.055556
S36V36AgTtgCt11A.20.000662
S36V36SGTtAGt11A.20.000662
S36V36del2gTTg--11All0
S36V36delGTT---11AY.1000.000046
S36V36IGttAtt11AY.1000.000046
S36V36FGttTtt11AY.1010.00049
S36V36IGttAtt11AY.1020.000027
S36V36del1GTT-NN11AY.1020.000027
S36V36VgtTgtC11AY.1030.000006
S36V36del1Gtt-tt11AY.1030.000006
S36V36LGttCtt11AY.1030.000006
S36V36delGTT---11AY.1030.000006
S36V36delGTT---11AY.1080.001103
S36V36FGttTtt11AY.1130.000142
S36V36FGttTtt11AY.1150.005208
S36V36FGttTtt11AY.116.10.000311
S36V36VgtTgtC11AY.1210.000135
S36V36VgtTgtC11AY.200.000039
S36V36AgTtgCt11AY.200.000039
S36V36IGttAtt11AY.23.10.000417
S36V36delGTT---11AY.260.000028
S36V36IGttAtt11AY.260.000028
S36V36FGttTtt11AY.29.10.000221
S36V36AgTtgCt11AY.30.00001
S36V36del1gTtg-t11AY.3.10.000085
S36V36del1Gtt-tt11AY.330.000067
S36V36VgtTgtC11AY.330.000067
S36V36FGttTtt11AY.34.10.00051
S36V36VgtTgtC11AY.390.000025
S36V36VgtTgtC11AY.39.10.00004
S36V36AgTtgCt11AY.4.50.000107
S36V36IGttAtt11AY.4.50.000107
S36V36delGTT---11AY.4.50.000107
S36V36FGttTtt11AY.450.000122
S36V36FGttTtt11AY.46.50.000198
S36V36delGTT---11AY.46.60.000072
S36V36FGttTtt11AY.470.000031
S36V36FGttTtt11AY.50.000021
S36V36delGTT---11AY.50.000021
S36V36FGttTtt11AY.5.30.000337
S36V36FGttTtt11AY.5.40.000277
S36V36FGttTtt11AY.540.000095
S36V36FGttTtt11AY.550.000917
S36V36VgtTgtC11AY.60.000041
S36V36delGTT---11AY.600.000938
S36V36IGttAtt11AY.650.000533
S36V36delGTT---11AY.680.000274
S36V36FGttTtt11AY.680.000274
S36V36FGttTtt11AY.700.000209
S36V36FGttTtt11AY.710.000475
S36V36LGttCtt11AY.710.000475
S36V36FGttTtt11AY.750.000056
S36V36FGttTtt11AY.75.10.00018
S36V36FGttTtt11AY.840.000437
S36V36FGttTtt11AY.90.000068
S36V36IGttAtt11AY.9.10.000084
S36V36del1gTtg-t11AY.9.20.000037
S36V36IGttAtt11AY.980.000079
S36V36FGttTtt11AY.990.001049
S36V36IGttAtt11AY.99.20.000092
S36V36FGttTtt11B0.000128
S36V36VgtTgtC11B.10.000009
S36V36GgTtgGt11B.10.000009
S36V36FGttTtt11B.1.10.000018
S36V36IGttAtt11B.1.1.2220.000204
S36V36LGttCtt11B.1.1.280.000311
S36V36SGTtAGt11B.1.1.3060.000438
S36V36delGTT---11B.1.1.3060.000438
S36V36AgTtgCt11B.1.1.4160.000905
S36V36VgtTgtG11B.1.1.5190.00004
S36V36FGttTtt11B.1.1.5190.00004
S36V36del2gTTg--11B.1.1.70.000001
S36V36delGTT---11B.1.1.700.000341
S36V36IGttAtt11B.1.1770.000013
S36V36VgtTgtG11B.1.1770.000013
S36V36IGttAtt11B.1.177.140.006098
S36V36delGTT---11B.1.177.170.000821
S36V36IGttAtt11B.1.177.450.000381
S36V36FGttTtt11B.1.177.570.000281
S36V36IGttAtt11B.1.177.650.000665
S36V36delGTT---11B.1.177.70.000165
S36V36delGTT---11B.1.177.830.001481
S36V36LGttCtt11B.1.177.90.001332
S36V36delGTT---11B.1.1790.003759
S36V36IGttAtt11B.1.20.000009
S36V36delGTT---11B.1.20.000009
S36V36AgTtgCt11B.1.20.000009
S36V36LGttCtt11B.1.2210.000071
S36V36VgtTgtC11B.1.2390.001221
S36V36VgtTgtC11B.1.2430.00007
S36V36IGttAtt11B.1.2580.000067
S36V36delGTT---11B.1.2580.000067
S36V36FGttTtt11B.1.2790.000514
S36V36del1gtTgt-11B.1.3110.000275
S36V36FGttTtt11B.1.3200.001245
S36V36FGttTtt11B.1.3460.001311
S36V36FGttTtt11B.1.3510.00003
S36V36AgTtgCt11B.1.3750.00082
S36V36GgTtgGt11B.1.4270.00005
S36V36VgtTgtC11B.1.4290.000024
S36V36delGTT---11B.1.4700.001404
S36V36AgTtgCt11B.1.5250.000113
S36V36IGttAtt11B.1.5290.055556
S36V36FGttTtt11B.1.5820.000491
S36V36FGttTtt11B.1.5960.000087
S36V36FGttTtt11B.1.6000.005848
S36V36del1Gtt-tt11B.1.617.10.000129
S36V36VgtTgtG11B.1.617.10.000129
S36V36GgTtgGt11B.1.617.20.000004
S36V36delGTT---11B.1.617.20.000004
S36V36delGTT---11B.1.6200.000946
S36V36delGTT---11B.1.6210.000089
S36V36VgtTgtA11B.1.621.10.000506
S36V36VgtTgtG11B.1.6260.005714
S36V36FGttTtt11B.1.6370.000073
S36V36del1Gtt-tt11B.1.780.008547
S36V36FGttTtt11C.370.000116
S36V36IGttAtt11C.370.000116
S36V36FGttTtt11D.20.000075
S36V36LGttCtt11P.10.000016
S36V36IGttAtt11P.10.000016
S36V36delGTT---11Q.10.000126
S36V36delGTT---11Q.70.001111
S36V36VgtTgtC11R.10.00009