CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 32

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S32F32FsynttCttT93219321121656-21658
S32F32LnonsynTtcCtc6195020.81098521656-21658
S32F32LnonsynttCttG619650.10500821656-21658
S32F32LnonsynttCttA619490.079159921656-21658
S32F32LnonsynTtCCtT61930.0048465321656-21658
S32F32deldelTTC---8383121656-21658
S32F32YnonsyntTctAc82800.9756121656-21658
S32F32YnonsyntTCtAT8220.024390221656-21658
S32F32SnonsyntTctCc68670.98529421656-21658
S32F32SnonsyntTCtCA6810.014705921656-21658
S32F32VnonsynTtcGtc2424121656-21658
S32F32del2deltTCt--1390.69230821656-21658
S32F32del2delTTC--A1320.15384621656-21658
S32F32del2delTTc--c1310.076923121656-21658
S32F32del2delTTC--N1310.076923121656-21658
S32F32del1delttCtt-12100.83333321656-21658
S32F32del1delTtc-tc1220.16666721656-21658
S32F32InonsynTtcAtc1111121656-21658
S32F32XnonsyntTCtAA640.66666721656-21658
S32F32XnonsyntTCtAG620.33333321656-21658
S32F32CnonsyntTctGc540.821656-21658
S32F32CnonsyntTCtGT510.221656-21658
S32F32MnonsynTtCAtG33121656-21658
S32F32PnonsynTTCCCT320.66666721656-21658
S32F32PnonsynTTcCCc310.33333321656-21658
S32F32KnonsynTTCAAG22121656-21658
S32F32NnonsynTTcAAc22121656-21658
S32F32EnonsynTTCGAA11121656-21658

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S32F32FttCttT93219321All0.001783
S32F32FttCttT25432543B.1.1.70.002277
S32F32FttCttT16071607B.1.5260.037772
S32F32LTtcCtc502619All0.000096
S32F32LttCttG65619All0.000012
S32F32LttCttA49619All0.000009
S32F32LTtCCtT3619All0.000001
S32F32FttCttT546546AY.430.002419
S32F32FttCttT504504AY.40.000784
S32F32FttCttT225225AY.440.00137
S32F32FttCttT213213B.1.617.20.000802
S32F32FttCttT198198AY.250.001191
S32F32FttCttT198198AY.30.001969
S32F32LTtcCtc184194B.1.20.00162
S32F32LttCttA7194B.1.20.000062
S32F32LttCttG3194B.1.20.000026
S32F32FttCttT181181B.1.20.001594
S32F32FttCttT167167AY.1030.001037
S32F32FttCttT149149B.1.1.5190.005917
S32F32FttCttT143143B.10.00131
S32F32LTtcCtc131131B.1.6320.879195
S32F32FttCttT130130B.1.1770.001712
S32F32FttCttT114114A.270.188742
S32F32FttCttT9090P.10.001418
S32F32delTTC---8383All0.000016
S32F32YtTctAc8082All0.000015
S32F32YtTCtAT282All0
S32F32FttCttT8080B.1.1.5170.544218
S32F32FttCttT7777B.1.258.170.008006
S32F32FttCttT7676B.1.221.30.063333
S32F32FttCttT7373P.1.100.019671
S32F32StTctCc6768All0.000013
S32F32StTCtCA168All0
S32F32FttCttT6767B.1.10.001215
S32F32LTtcCtc4262B.1.1.70.000038
S32F32LttCttG1562B.1.1.70.000013
S32F32LttCttA562B.1.1.70.000004
S32F32FttCttT5959AY.260.00167
S32F32FttCttT5959B.1.6370.004311
S32F32FttCttT5858B.1.4290.001365
S32F32FttCttT5757B.1.6090.027325
S32F32FttCttT5656B.1.1.250.031836
S32F32FttCttT5454B.1.1600.001684
S32F32FttCttT4747AY.4.20.001019
S32F32FttCttT4545B.1.3510.001338
S32F32FttCttT4444AY.390.001087
S32F32FttCttT4444B.1.1.3430.916667
S32F32YtTctAc4242AY.130.006761
S32F32FttCttT4141AY.610.004296
S32F32FttCttT4141AY.98.10.001986
S32F32FttCttT3535AY.200.00136
S32F32FttCttT3030B.1.2580.001996
S32F32FttCttT2727AY.50.000558
S32F32FttCttT2727AY.5.30.009109
S32F32FttCttT2626AY.1000.001196
S32F32FttCttT2525AY.39.10.00099
S32F32LTtcCtc1625AY.40.000025
S32F32LttCttG625AY.40.000009
S32F32LttCttA325AY.40.000005
S32F32VTtcGtc2424All0.000005
S32F32FttCttT2424B.1.1.2140.001331
S32F32YtTctAc2424B.1.1.70.000021
S32F32FttCttT2424B.1.177.770.017429
S32F32FttCttT2424B.1.4270.001212
S32F32FttCttT2323P.20.004293
S32F32FttCttT2222AY.160.008352
S32F32FttCttT2222AY.540.002098
S32F32FttCttT2222B.1.360.00321
S32F32FttCttT2222B.1.6280.007752
S32F32FttCttT2121AY.1020.000557
S32F32FttCttT2121AY.290.000331
S32F32LTtcCtc1120B.10.000101
S32F32LttCttA520B.10.000046
S32F32LttCttG420B.10.000037
S32F32FttCttT2020R.10.0018
S32F32FttCttT1818A0.006966
S32F32LTtcCtc1818AY.250.000108
S32F32FttCttT1717AY.46.60.001228
S32F32FttCttT1717B.1.4330.054313
S32F32FttCttT1616B.1.6210.001416
S32F32FttCttT1515AY.116.10.004671
S32F32delTTC---1515B.1.1.70.000013
S32F32FttCttT1515B.40.033113
S32F32FttCttT1515C.370.001741
S32F32FttCttT1515P.1.140.000717
S32F32FttCttT1414AY.1010.006866
S32F32LTtcCtc1114AY.440.000067
S32F32LttCttG214AY.440.000012
S32F32LTtCCtT114AY.440.000006
S32F32FttCttT1414AY.9.20.000514
S32F32LTtcCtc1014B.1.617.20.000038
S32F32LttCttG414B.1.617.20.000015
S32F32del2tTCt--913All0.000002
S32F32del2TTC--A213All0
S32F32del2TTc--c113All0
S32F32del2TTC--N113All0
S32F32FttCttT1313B.1.1.10.004247
S32F32FttCttT1313B.1.1.3110.004656
S32F32del1ttCtt-1012All0.000002
S32F32del1Ttc-tc212All0
S32F32FttCttT1212AY.1190.000424
S32F32FttCttT1212AY.1200.000446
S32F32FttCttT1212B.1.1.4200.012072
S32F32FttCttT1212B.1.2320.006448
S32F32LTtcCtc1212B.1.3900.12766
S32F32FttCttT1212B.1.5680.013333
S32F32ITtcAtc1111All0.000002
S32F32FttCttT1111AZ.10.00954
S32F32StTctCc1111B.1.1.70.00001
S32F32FttCttT1111P.1.160.004115
S32F32FttCttT1010AY.330.000668
S32F32FttCttT1010AY.60.000411
S32F32FttCttT99AY.1170.000761
S32F32StTctCc99AY.40.000014
S32F32FttCttT99AY.70.001764
S32F32FttCttT99B.1.177.200.013657
S32F32FttCttT99B.1.438.10.000965
S32F32FttCttT99B.1.5250.001018
S32F32FttCttT99B.1.5960.000784
S32F32LTtcCtc99B.1.6270.018182
S32F32FttCttT99B.1.6380.473684
S32F32FttCttT99B.4.50.107143
S32F32FttCttT88AY.1100.000902
S32F32FttCttT88AY.230.000558
S32F32delTTC---88AY.330.000534
S32F32FttCttT88AY.470.000249
S32F32FttCttT88AY.980.000632
S32F32FttCttT88B.1.1.330.003367
S32F32FttCttT88B.1.36.100.038278
S32F32FttCttT88C.350.006192
S32F32FttCttT88D.20.0006
S32F32FttCttT77B.1.1.700.002387
S32F32delTTC---77B.1.1770.000092
S32F32FttCttT77B.1.2210.000497
S32F32FttCttT77B.1.2430.000487
S32F32FttCttT77B.1.351.30.006135
S32F32FttCttT77B.1.36.290.003621
S32F32XtTCtAA46All0.000001
S32F32XtTCtAG26All0
S32F32FttCttT66AY.1090.004438
S32F32FttCttT66AY.270.000388
S32F32FttCttT66AY.3.10.000512
S32F32LttCttG36AY.430.000013
S32F32LTtcCtc26AY.430.000009
S32F32LttCttA16AY.430.000004
S32F32StTctCc66AY.440.000037
S32F32FttCttT66AY.46.40.000987
S32F32FttCttT66AY.750.000336
S32F32FttCttT66B0.000767
S32F32FttCttT66B.1.1.280.001867
S32F32FttCttT66B.1.160.140.012712
S32F32FttCttT66B.1.36.80.006
S32F32StTctCc66B.1.617.10.000774
S32F32FttCttT66Q.80.000989
S32F32CtTctGc45All0.000001
S32F32CtTCtGT15All0
S32F32LttCttA55AY.1190.000177
S32F32FttCttT55AY.320.002662
S32F32delTTC---55AY.430.000022
S32F32FttCttT55AY.880.004421
S32F32delTTC---55B.1.10.000091
S32F32VTtcGtc55B.1.1.70.000004
S32F32LttCttG55B.1.4220.004062
S32F32FttCttT55B.1.4700.007022
S32F32FttCttT55B.1.617.10.000645
S32F32FttCttT55B.1.6200.00473
S32F32LttCttA34AY.1030.000019
S32F32LTtcCtc14AY.1030.000006
S32F32FttCttT44AY.120.001264
S32F32FttCttT44AY.140.000352
S32F32FttCttT44AY.370.001264
S32F32FttCttT44AY.420.000161
S32F32VTtcGtc44AY.430.000018
S32F32FttCttT44AY.740.000463
S32F32YtTctAc44B.10.000037
S32F32FttCttT44B.1.1.2580.013029
S32F32ITtcAtc44B.1.1.70.000004
S32F32FttCttT44B.1.177.440.002076
S32F32FttCttT44B.1.177.810.000757
S32F32FttCttT44B.1.177.830.005926
S32F32FttCttT44B.1.4090.003125
S32F32FttCttT44B.1.700.097561
S32F32YtTctAc330.166667
S32F32FttCttT33A.2.50.001497
S32F32FttCttT33A.290.015957
S32F32MTtCAtG33All0.000001
S32F32PTTCCCT23All0
S32F32PTTcCCc13All0
S32F32StTctCc33AY.1010.001471
S32F32FttCttT33AY.1130.000427
S32F32LTtcCtc33AY.1180.000188
S32F32FttCttT33AY.120.10.000963
S32F32FttCttT33AY.1210.000406
S32F32FttCttT33AY.190.003421
S32F32delTTC---33AY.250.000018
S32F32StTctCc33AY.250.000018
S32F32del2tTCt--33AY.30.00003
S32F32delTTC---33AY.40.000005
S32F32del1ttCtt-23AY.40.000003
S32F32del1Ttc-tc13AY.40.000002
S32F32StTctCc33AY.430.000013
S32F32FttCttT33AY.450.000365
S32F32FttCttT33AY.5.40.00083
S32F32FttCttT33AY.510.002727
S32F32FttCttT33AY.630.001161
S32F32LTtcCtc33AY.650.001599
S32F32FttCttT33AY.75.10.000541
S32F32FttCttT33AY.780.004622
S32F32FttCttT33AY.90.000203
S32F32delTTC---33B.10.000027
S32F32LttCttA23B.1.10.000036
S32F32LTtcCtc13B.1.10.000018
S32F32FttCttT33B.1.1.2220.000612
S32F32FttCttT33B.1.1.2250.021583
S32F32FttCttT33B.1.1.2770.002276
S32F32PTTCCCT23B.1.1.70.000002
S32F32PTTcCCc13B.1.1.70.000001
S32F32LTtcCtc23B.1.1600.000062
S32F32LttCttA13B.1.1600.000031
S32F32LTtcCtc33B.1.160.260.007264
S32F32LTtcCtc23B.1.1770.000026
S32F32LttCttG13B.1.1770.000013
S32F32FttCttT33B.1.177.620.003576
S32F32del1ttCtt-33B.1.20.000026
S32F32LttCttG33B.1.36.170.001482
S32F32FttCttT33B.1.36.180.001261
S32F32FttCttT33B.1.3690.000856
S32F32FttCttT33B.1.3710.003367
S32F32LttCttG23B.1.4290.000047
S32F32LTtcCtc13B.1.4290.000024
S32F32FttCttT33B.1.466.20.001174
S32F32FttCttT33B.1.5170.001281
S32F32FttCttT33B.1.5390.052632
S32F32FttCttT33B.1.5750.00091
S32F32FttCttT33B.1.5950.000783
S32F32LTtcCtc13B.1.5950.000261
S32F32LttCttA13B.1.5950.000261
S32F32LTtCCtT13B.1.5950.000261
S32F32LttCttA13B.1.5960.000087
S32F32LttCttG13B.1.5960.000087
S32F32LTtcCtc13B.1.5960.000087
S32F32FttCttT33N.50.0053
S32F32FttCttT33N.90.017857
S32F32FttCttT33P.1.150.000697
S32F32FttCttT33W.20.014493
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S32F32FttCttT220.111111
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