CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 253 | D253G | nonsyn | gAt | gGt | 46923 | 46923 | 1 | 22319-22321 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 46923 | 46923 | All | 0.008975 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 41833 | 41833 | B.1.526 | 0.983265 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1003 | 1003 | AY.4 | 0.001561 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 988 | 988 | B.1.426 | 0.996973 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 604 | 604 | B.1.1.7 | 0.000541 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 192 | 192 | B.1.617.2 | 0.000723 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 189 | 189 | B.1 | 0.001731 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 179 | 179 | AY.43 | 0.000793 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 146 | 146 | B.1.313 | 0.960526 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 127 | 127 | AY.75 | 0.007115 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 117 | 117 | B.1.1 | 0.002122 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 114 | 114 | AY.44 | 0.000694 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 104 | 104 | B.1.2 | 0.000916 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 94 | 94 | B.1.177.4 | 0.01984 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 86 | 86 | AY.47 | 0.002675 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 72 | 72 | B.1.550 | 0.986301 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 71 | 71 | AY.33 | 0.004741 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 65 | 65 | AY.25 | 0.000391 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 61 | 61 | B.1.623 | 0.032725 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 48 | 48 | AY.29 | 0.000757 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 43 | 43 | B.1.530 | 0.307143 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 37 | 37 | C.19 | 1 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 34 | 34 | B.1.3 | 0.089005 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 32 | 32 | AY.103 | 0.000199 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 32 | 32 | B.1.1.519 | 0.001271 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 23 | 23 | AY.98.1 | 0.001114 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 22 | 22 | AY.45 | 0.002677 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 21 | 21 | Q.4 | 0.00955 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 20 | 20 | P.1 | 0.000315 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 18 | 18 | AY.54 | 0.001716 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 18 | 18 | B.1.1.312 | 0.034417 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 18 | 18 | B.1.177.52 | 0.031634 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 16 | 16 | AY.102 | 0.000424 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 16 | 16 | B.1.177 | 0.000211 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 15 | 15 | AY.39 | 0.000371 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 15 | 15 | B.1.243 | 0.001044 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.100 | 0.000644 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.3 | 0.000139 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 14 | 14 | B.1.165 | 0.166667 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.221 | 0.000923 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 11 | 11 | B.1.427 | 0.000555 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 10 | 10 | B.1.258 | 0.000665 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.160 | 0.000281 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.429 | 0.000212 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.499 | 0.009454 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.596 | 0.000784 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.1.507 | 0.069565 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.36.29 | 0.004139 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.119 | 0.000247 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.1.214 | 0.000388 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.177.73 | 0.003964 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.234 | 0.000924 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.106 | 0.002009 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.416 | 0.00543 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.621 | 0.000531 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | Q.1 | 0.000758 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.101 | 0.002452 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.14 | 0.00044 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.26 | 0.000142 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.6 | 0.000206 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.9 | 0.000338 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.1.33 | 0.002104 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.575 | 0.001517 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.117 | 0.000338 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.120 | 0.000149 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.16 | 0.001519 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.9.1 | 0.000335 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | AY.9.2 | 0.000147 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.1.348 | 0.003185 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 4 | 4 | B.1.561 | 0.001588 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.114 | 0.000693 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.118 | 0.000188 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.12 | 0.000948 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.5 | 0.000062 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.53 | 0.000863 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.61 | 0.000314 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.75.1 | 0.000541 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.1 | 0.00098 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.51 | 0.005155 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.241 | 0.002435 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.438.1 | 0.000322 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.525 | 0.000339 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | C.37 | 0.000348 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | N.5 | 0.0053 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | P.1.15 | 0.000697 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 3 | 3 | P.1.17 | 0.000485 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.32 | 0.001065 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.68 | 0.000547 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.74 | 0.000231 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.78 | 0.003082 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B | 0.000256 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.161 | 0.007067 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.220 | 0.003717 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.222 | 0.000408 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.317 | 0.000823 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.318 | 0.000604 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.1.429 | 0.009217 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.177.57 | 0.000562 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.311 | 0.000549 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.367 | 0.001585 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.391 | 0.002255 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.466.2 | 0.000782 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.497 | 0.00063 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.533 | 0.019231 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.564 | 0.000852 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.567 | 0.006667 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.576 | 0.001813 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.580 | 0.00813 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.582 | 0.000981 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | P.1.1 | 0.000635 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | P.1.10 | 0.000539 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | P.1.12 | 0.000968 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | P.1.14 | 0.000096 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | A.2.5.1 | 0.004808 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | A.2.5.3 | 0.010309 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AT.1 | 0.005128 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.10 | 0.00053 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.110 | 0.000113 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.86 | 0.00083 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AZ.2 | 0.000821 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.172 | 0.018182 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.176 | 0.000439 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.303 | 0.002762 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.31 | 0.066667 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.322 | 0.008772 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.34 | 0.013158 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.438 | 0.05 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.462 | 0.008621 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.98 | 0.018519 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.160.15 | 0.00495 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.239 | 0.001221 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.293 | 0.0125 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.319 | 0.003049 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.329 | 0.000608 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.361 | 0.001289 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.403 | 0.003268 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.544 | 0.006024 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.568 | 0.001111 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.625 | 0.002353 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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