CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 253 | D253G | nonsyn | gAt | gGt | 46923 | 46923 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253N | nonsyn | Gat | Aat | 7835 | 7825 | 0.998724 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253N | nonsyn | GaT | AaC | 7835 | 10 | 0.00127632 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253A | nonsyn | gAt | gCt | 3116 | 3116 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253Y | nonsyn | Gat | Tat | 1075 | 1075 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253D | syn | gaT | gaC | 1007 | 1007 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253V | nonsyn | gAt | gTt | 137 | 137 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253del | del | GAT | --- | 93 | 93 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253E | nonsyn | gaT | gaG | 26 | 25 | 0.961538 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253E | nonsyn | gaT | gaA | 26 | 1 | 0.0384615 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253S | nonsyn | GAt | AGt | 15 | 15 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253H | nonsyn | Gat | Cat | 13 | 13 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253del1 | del | Gat | -at | 6 | 6 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253del2 | del | gAT | g-- | 3 | 2 | 0.666667 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253del2 | del | GAt | --t | 3 | 1 | 0.333333 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253Q | nonsyn | GaT | CaG | 1 | 1 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253C | nonsyn | GAt | TGt | 1 | 1 | 1 | 22319-22321 | |
S | 253 | D253X | nonsyn | GaT | TaA | 1 | 1 | 1 | 22319-22321 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 46923 | 46923 | All | 0.008975 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 41833 | 41833 | B.1.526 | 0.983265 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 7825 | 7835 | All | 0.001497 |
S | 253 | D253N | GaT | AaC | 10 | 7835 | All | 0.000002 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 7286 | 7286 | C.37 | 0.845636 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 3116 | 3116 | All | 0.000596 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 2653 | 2653 | AY.68 | 0.726252 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1075 | 1075 | All | 0.000206 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1007 | 1007 | All | 0.000193 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1003 | 1003 | AY.4 | 0.001561 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 988 | 988 | B.1.426 | 0.996973 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 646 | 646 | B.1.1.7 | 0.000578 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 604 | 604 | B.1.1.7 | 0.000541 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 489 | 489 | AY.4 | 0.000761 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 257 | 257 | C.37.1 | 0.672775 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 192 | 192 | B.1.617.2 | 0.000723 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 189 | 189 | B.1 | 0.001731 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 179 | 179 | AY.43 | 0.000793 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 178 | 178 | B.1.617.2 | 0.00067 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 146 | 146 | B.1.313 | 0.960526 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 137 | 137 | All | 0.000026 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 131 | 131 | A | 0.050697 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 128 | 128 | B.1.617.2 | 0.000482 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 127 | 127 | AY.75 | 0.007115 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 117 | 117 | B.1.1 | 0.002122 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 114 | 114 | AY.44 | 0.000694 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 104 | 104 | B.1.2 | 0.000916 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 94 | 94 | B.1.177.4 | 0.01984 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 93 | 93 | All | 0.000018 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 86 | 86 | AY.47 | 0.002675 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 75 | 75 | AY.61 | 0.007858 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 72 | 72 | B.1.550 | 0.986301 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 71 | 71 | AY.33 | 0.004741 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 70 | 70 | B.1.1.7 | 0.000063 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 65 | 65 | AY.25 | 0.000391 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 61 | 61 | B.1.623 | 0.032725 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 60 | 60 | B.1.1.7 | 0.000054 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 54 | 54 | AY.4 | 0.000084 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 54 | 54 | B.1.177.81 | 0.010223 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 48 | 48 | AY.29 | 0.000757 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 43 | 43 | B.1.2 | 0.000379 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 43 | 43 | B.1.530 | 0.307143 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 37 | 37 | C.19 | 1 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 36 | 36 | AY.39 | 0.00089 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 36 | 36 | B.1.1.7 | 0.000032 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 36 | 36 | B.1.429 | 0.000847 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 34 | 34 | B.1.3 | 0.089005 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 32 | 32 | AY.103 | 0.000199 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 32 | 32 | AY.103 | 0.000199 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 32 | 32 | B.1.1.519 | 0.001271 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 30 | 30 | AY.102 | 0.000795 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 25 | 26 | All | 0.000005 |
S | 253 | D253E | gaT | gaA | 1 | 26 | All | 0 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 25 | 25 | AY.107 | 0.01165 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 24 | 24 | B.1 | 0.00022 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 24 | 24 | B.1.1.432 | 0.03038 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 24 | 24 | B.1.617.2 | 0.00009 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 23 | 23 | AY.98.1 | 0.001114 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 22 | 22 | AY.45 | 0.002677 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 22 | 22 | C.36.3 | 0.012479 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 22 | 22 | Q.8 | 0.003628 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 21 | 21 | Q.4 | 0.00955 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 20 | 20 | P.1 | 0.000315 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 18 | 18 | AY.54 | 0.001716 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 18 | 18 | B.1.1.312 | 0.034417 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 18 | 18 | B.1.177 | 0.000237 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 18 | 18 | B.1.177.52 | 0.031634 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 17 | 17 | AY.4 | 0.000026 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 17 | 17 | P.1 | 0.000268 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 16 | 16 | AY.102 | 0.000424 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 16 | 16 | B.1.177 | 0.000211 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 16 | 16 | B.1.633 | 0.666667 |
S | 253 | D253S | GAt | AGt | 15 | 15 | All | 0.000003 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 15 | 15 | AY.39 | 0.000371 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 15 | 15 | AY.43 | 0.000066 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 15 | 15 | B.1.1.7 | 0.000013 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 15 | 15 | B.1.177.12 | 0.002275 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 15 | 15 | B.1.243 | 0.001044 |
S | 253 | D253S | GAt | AGt | 15 | 15 | B.1.526 | 0.000353 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 14 | 15 | B.1.617.2 | 0.000053 |
S | 253 | D253N | GaT | AaC | 1 | 15 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.100 | 0.000644 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 14 | 14 | AY.3 | 0.000139 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 14 | 14 | AY.33 | 0.000935 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 14 | 14 | B.1.165 | 0.166667 |
S | 253 | D253H | Gat | Cat | 13 | 13 | All | 0.000002 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 13 | 13 | AY.109 | 0.009615 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 13 | 13 | B.1.221 | 0.000923 |
S | 253 | D253N | GaT | AaC | 7 | 12 | AY.103 | 0.000043 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 5 | 12 | AY.103 | 0.000031 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 12 | 12 | AY.44 | 0.000073 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 12 | 12 | AY.98 | 0.000948 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.25 | 0.000066 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 11 | 11 | AY.75.1 | 0.001983 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 11 | 11 | AY.75.1 | 0.001983 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 11 | 11 | B.1.427 | 0.000555 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.100 | 0.00046 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 10 | 10 | AY.44 | 0.000061 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 10 | 10 | B.1.258 | 0.000665 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 9 | 9 | AY.25 | 0.000054 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 9 | 9 | AY.4 | 0.000014 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 9 | 9 | AY.85 | 0.003845 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.160 | 0.000281 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.429 | 0.000212 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.499 | 0.009454 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.596 | 0.000784 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 9 | 9 | P.1.15 | 0.002091 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 8 | 8 | AY.119 | 0.000282 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 8 | 8 | AY.43 | 0.000035 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 8 | 8 | B.1 | 0.000073 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.1.507 | 0.069565 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 8 | 8 | B.1.1.7 | 0.000007 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 8 | 8 | B.1.1.7 | 0.000007 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 8 | 8 | B.1.177.41 | 0.02 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 8 | 8 | B.1.2 | 0.00007 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 8 | 8 | B.1.36.29 | 0.004139 |
S | 253 | D253H | Gat | Cat | 8 | 8 | B.1.480 | 0.0199 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 7 | 7 | A.1 | 0.001973 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.119 | 0.000247 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.25 | 0.000042 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 7 | 7 | AY.29 | 0.00011 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 7 | 7 | AY.3 | 0.00007 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 7 | 7 | AY.4 | 0.000011 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 7 | 7 | AY.43 | 0.000031 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.1.214 | 0.000388 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 7 | 7 | B.1.1.519 | 0.000278 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.177.73 | 0.003964 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 7 | 7 | B.1.234 | 0.000924 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 7 | 7 | B.1.617.1 | 0.000903 |
S | 253 | D253del1 | Gat | -at | 6 | 6 | All | 0.000001 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | AY.106 | 0.002009 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.114 | 0.001387 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 6 | 6 | AY.39 | 0.000148 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 6 | 6 | AY.39 | 0.000148 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 6 | 6 | AY.43 | 0.000027 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.416 | 0.00543 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.2 | 0.000053 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 6 | 6 | B.1.351 | 0.000178 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.621 | 0.000531 |
S | 253 | D253del1 | Gat | -at | 6 | 6 | C.37 | 0.000696 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 6 | 6 | P.1.15 | 0.001394 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 6 | 6 | Q.1 | 0.000758 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.100 | 0.00023 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.101 | 0.002452 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 5 | 5 | AY.11 | 0.006693 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.118 | 0.000313 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.14 | 0.00044 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.26 | 0.000142 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.6 | 0.000206 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.9 | 0.000338 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 5 | 5 | AY.9.2 | 0.000184 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.1.33 | 0.002104 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.575 | 0.001517 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
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S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
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S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
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S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 253 | D253C | GAt | TGt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
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S | 253 | D253Q | GaT | CaG | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 253 | D253H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
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S | 253 | D253E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
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S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.58 | 0.000907 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 253 | D253del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
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S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
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S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.86 | 0.00083 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.9.1 | 0.000084 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.92 | 0.000287 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | AZ.2 | 0.000821 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.113 | 0.006993 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.172 | 0.018182 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.176 | 0.000439 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.210 | 0.005714 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.229 | 0.005747 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.241 | 0.00207 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.301 | 0.001179 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.303 | 0.002762 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
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S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.318 | 0.000302 |
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S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
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S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
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S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.409 | 0.002833 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.419 | 0.007407 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.1.422 | 0.045455 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.438 | 0.05 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.462 | 0.008621 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.51 | 0.001718 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.1.528 | 0.004808 |
S | 253 | D253X | GaT | TaA | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 253 | D253del2 | GAt | --t | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.1.98 | 0.018519 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.120 | 0.007692 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
S | 253 | D253H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.160.15 | 0.00495 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177.15 | 0.000631 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.76 | 0.002494 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.236 | 0.002053 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.239 | 0.001221 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.293 | 0.0125 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.319 | 0.003049 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.329 | 0.000608 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.361 | 0.001289 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.369 | 0.000285 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.403 | 0.003268 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.411 | 0.003704 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.426 | 0.001009 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 253 | D253H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.517 | 0.000427 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.544 | 0.006024 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.568 | 0.001111 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.625 | 0.002353 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 253 | D253A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.3 | 0.000831 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
S | 253 | D253E | gaT | gaG | 1 | 1 | C.14 | 0.004329 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 253 | D253V | gAt | gTt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 253 | D253E | gaT | gaA | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | N.3 | 0.005814 |
S | 253 | D253del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.13 | 0.000898 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 253 | D253del2 | gAT | g-- | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1.16 | 0.000374 |
S | 253 | D253D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 253 | D253Y | Gat | Tat | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 253 | D253G | gAt | gGt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 253 | D253N | Gat | Aat | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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