CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 252 | G252del | del | GGT | --- | 7784 | 7784 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252V | nonsyn | gGt | gTt | 1219 | 1219 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252S | nonsyn | Ggt | Agt | 458 | 458 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252D | nonsyn | gGt | gAt | 447 | 447 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252G | syn | ggT | ggC | 117 | 109 | 0.931624 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252G | syn | ggT | ggA | 117 | 5 | 0.042735 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252G | syn | ggT | ggG | 117 | 3 | 0.025641 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252R | nonsyn | Ggt | Cgt | 50 | 49 | 0.98 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252R | nonsyn | GgT | CgC | 50 | 1 | 0.02 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252E | nonsyn | gGT | gAA | 10 | 10 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252C | nonsyn | Ggt | Tgt | 7 | 7 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252del2 | del | GGT | --N | 7 | 4 | 0.571429 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252del2 | del | GGt | --t | 7 | 3 | 0.428571 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252H | nonsyn | GGt | CAt | 5 | 5 | 1 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252A | nonsyn | gGt | gCt | 5 | 4 | 0.8 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252A | nonsyn | gGT | gCA | 5 | 1 | 0.2 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252del1 | del | Ggt | -gt | 2 | 1 | 0.5 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252del1 | del | ggT | gg- | 2 | 1 | 0.5 | 22316-22318 | |
S | 252 | G252M | nonsyn | GGT | ATG | 1 | 1 | 1 | 22316-22318 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 7784 | 7784 | All | 0.001489 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 7391 | 7391 | C.37 | 0.857823 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1219 | 1219 | All | 0.000233 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 458 | 458 | All | 0.000088 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 454 | 454 | B.1.517 | 0.193851 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 447 | 447 | All | 0.000085 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 265 | 265 | C.37.1 | 0.693717 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 132 | 132 | B.1.632 | 0.885906 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 109 | 117 | All | 0.000021 |
S | 252 | G252G | ggT | ggA | 5 | 117 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252G | ggT | ggG | 3 | 117 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 117 | 117 | B.1.1.7 | 0.000105 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 104 | 104 | B.1.1.7 | 0.000093 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 92 | 92 | AY.4 | 0.000143 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 87 | 87 | B.1.1.7 | 0.000078 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 67 | 67 | AZ.2 | 0.055008 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 57 | 57 | AY.4 | 0.000089 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 53 | 53 | AY.25 | 0.000319 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 49 | 50 | All | 0.000009 |
S | 252 | G252R | GgT | CgC | 1 | 50 | All | 0 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 43 | 43 | B.1.526 | 0.001011 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 37 | 37 | AY.44 | 0.000225 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 36 | 36 | B.1.429 | 0.000847 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 34 | 34 | B.1.2 | 0.000299 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 34 | 34 | B.1.617.2 | 0.000128 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 33 | 33 | AY.1 | 0.013059 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 30 | 30 | AY.47 | 0.000933 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 29 | 29 | B.1.596 | 0.002527 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 26 | 27 | B.1.1.7 | 0.000023 |
S | 252 | G252G | ggT | ggG | 1 | 27 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 25 | 25 | AY.103 | 0.000155 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 21 | 21 | AY.3 | 0.000209 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 20 | 20 | AY.44 | 0.000122 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 20 | 20 | B.1.637 | 0.001461 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 19 | 19 | B.1.160 | 0.000593 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 18 | 18 | AY.25 | 0.000108 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 18 | 18 | AY.4.2 | 0.00039 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 17 | 17 | B.1.617.2 | 0.000064 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 17 | 17 | P.1.15 | 0.00395 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 16 | 16 | AY.103 | 0.000099 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 16 | 16 | AY.4 | 0.000025 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 16 | 16 | AY.47 | 0.000498 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 16 | 16 | B.1.1.7 | 0.000014 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 15 | 15 | B.1.177.58 | 0.019973 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 14 | 14 | B.1 | 0.000128 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 14 | 14 | B.1.526 | 0.000329 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 13 | 13 | AY.100 | 0.000598 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.43 | 0.000053 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 12 | 12 | AY.54 | 0.001144 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 11 | 11 | AY.120 | 0.000409 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 11 | 11 | B.1.1.28 | 0.003424 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 11 | 11 | B.1.1.7 | 0.00001 |
S | 252 | G252E | gGT | gAA | 10 | 10 | All | 0.000002 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 10 | 10 | AY.3.1 | 0.000853 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 10 | 10 | AY.4 | 0.000016 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 10 | 10 | B.1.525 | 0.001132 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 10 | 10 | B.1.617.2 | 0.000038 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 9 | 9 | AY.103 | 0.000056 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 9 | 9 | B.1 | 0.000082 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 9 | 9 | B.1.2 | 0.000079 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 8 | 8 | AY.102 | 0.000212 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.29 | 0.000126 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 8 | 8 | AY.34 | 0.000776 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 8 | 8 | AY.42 | 0.000322 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 7 | 7 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252del2 | GGT | --N | 4 | 7 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252del2 | GGt | --t | 3 | 7 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.1 | 0.000127 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 7 | 7 | B.1.1.41 | 0.044304 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 7 | 7 | B.1.351 | 0.000208 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 6 | 6 | AY.116.1 | 0.001869 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.3 | 0.00006 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 6 | 6 | AY.4.2 | 0.00013 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 6 | 6 | AY.43 | 0.000027 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 6 | 6 | B.1.1.50 | 0.004073 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 6 | 6 | B.1.160 | 0.000187 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.177.4 | 0.001266 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 6 | 6 | B.1.258 | 0.000399 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 6 | 6 | B.1.617.2 | 0.000023 |
S | 252 | G252del2 | GGt | --t | 3 | 6 | C.37 | 0.000348 |
S | 252 | G252del2 | GGT | --N | 3 | 6 | C.37 | 0.000348 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 6 | 6 | P.1 | 0.000095 |
S | 252 | G252H | GGt | CAt | 5 | 5 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252A | gGt | gCt | 4 | 5 | All | 0.000001 |
S | 252 | G252A | gGT | gCA | 1 | 5 | All | 0 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 4 | 5 | AY.4 | 0.000006 |
S | 252 | G252G | ggT | ggA | 1 | 5 | AY.4 | 0.000002 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 5 | 5 | B.1.243 | 0.000348 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 5 | 5 | B.1.243.1 | 0.111111 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.351.3 | 0.004382 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 5 | 5 | B.1.429 | 0.000118 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 5 | 5 | B.1.621 | 0.000443 |
S | 252 | G252H | GGt | CAt | 5 | 5 | C.37 | 0.00058 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.20 | 0.000155 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 4 | 4 | AY.29 | 0.000063 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.38 | 0.001997 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.39.1 | 0.000158 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.102 | 0.00008 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 3 | 3 | AY.102 | 0.00008 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.14 | 0.000264 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
S | 252 | G252E | gGT | gAA | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.46.6 | 0.000217 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.61 | 0.000314 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 3 | 3 | AY.83 | 0.005172 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | AY.9 | 0.000203 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 3 | 3 | AY.9.2 | 0.00011 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.214 | 0.000166 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.1.25 | 0.001706 |
S | 252 | G252E | gGT | gAA | 3 | 3 | B.1.1.526 | 0.010638 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 3 | 3 | B.1.258.17 | 0.000312 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 3 | 3 | B.1.609 | 0.001438 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 252 | G252G | ggT | ggA | 1 | 2 | A.2.4 | 0.003367 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 2 | A.2.4 | 0.003367 |
S | 252 | G252del1 | Ggt | -gt | 1 | 2 | All | 0 |
S | 252 | G252del1 | ggT | gg- | 1 | 2 | All | 0 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.121 | 0.000271 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.4.5 | 0.000215 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.53 | 0.000575 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | AY.8 | 0.001212 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
S | 252 | G252G | ggT | ggG | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.1.176 | 0.000879 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.1.284 | 0.000215 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.286 | 0.005797 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.318 | 0.000604 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.433 | 0.002849 |
S | 252 | G252E | gGT | gAA | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.523 | 0.003125 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.139 | 0.001466 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
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S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.36 | 0.000292 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
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S | 252 | G252del | GGT | --- | 2 | 2 | B.1.525 | 0.000226 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
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S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | B.1.638 | 0.105263 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 2 | 2 | C.39 | 0.037736 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 2 | 2 | Q.1 | 0.000253 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AE.8 | 0.000489 |
S | 252 | G252M | GGT | ATG | 1 | 1 | All | 0 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AT.1 | 0.005128 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | AU.2 | 0.002421 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
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S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
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S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
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S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 252 | G252A | gGt | gCt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.39.2 | 0.001541 |
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S | 252 | G252del1 | ggT | gg- | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
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S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
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S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
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S | 252 | G252R | GgT | CgC | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
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S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
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S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
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S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
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S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
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S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
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S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
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S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.176 | 0.000439 |
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S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.277 | 0.000759 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
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S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.1.305 | 0.003861 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
S | 252 | G252G | ggT | ggA | 1 | 1 | B.1.1.354 | 0.004386 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.37 | 0.000193 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.1.526 | 0.003546 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.1.528 | 0.004808 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 252 | G252M | GGT | ATG | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.160.10 | 0.008065 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.160.16 | 0.000929 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.177.42 | 0.000894 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.177.76 | 0.002494 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.177.82 | 0.000477 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.177.87 | 0.000728 |
S | 252 | G252del1 | Ggt | -gt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.232 | 0.000537 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.350 | 0.002933 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.497 | 0.000315 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.558 | 0.004566 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.564 | 0.000426 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 252 | G252del2 | GGT | --N | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | B.1.636 | 0.006711 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.1.637 | 0.000073 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.3 | 0.000831 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.3 | 0.000831 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | B.31 | 0.003731 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | B.6.8 | 0.008264 |
S | 252 | G252C | Ggt | Tgt | 1 | 1 | B.60 | 0.015873 |
S | 252 | G252G | ggT | ggA | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 252 | G252R | Ggt | Cgt | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | C.40 | 0.027778 |
S | 252 | G252G | ggT | ggC | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 252 | G252A | gGt | gCt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 252 | G252del | GGT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | P.6 | 0.003145 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
S | 252 | G252D | gGt | gAt | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
S | 252 | G252V | gGt | gTt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
S | 252 | G252S | Ggt | Agt | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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