CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 247

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S247S247deldelAGT---80488048122301-22303
S247S247NnonsynaGtaAt385385122301-22303
S247S247InonsynaGtaTt290290122301-22303
S247S247GnonsynAgtGgt191191122301-22303
S247S247RnonsynagTagG136730.53676522301-22303
S247S247RnonsynAgtCgt136520.38235322301-22303
S247S247RnonsynagTagA136110.080882422301-22303
S247S247SsynagTagC1321210.91666722301-22303
S247S247SsynAGtTCt132110.083333322301-22303
S247S247CnonsynAgtTgt26250.96153822301-22303
S247S247CnonsynAgTTgC2610.038461522301-22303
S247S247del2delAGt--t18170.94444422301-22303
S247S247del2delAGTG--1810.055555622301-22303
S247S247TnonsynaGtaCt66122301-22303
S247S247del1delagTag-640.66666722301-22303
S247S247del1delAGT-NN610.16666722301-22303
S247S247del1delaGta-t610.16666722301-22303
S247S247DnonsynAGtGAt22122301-22303
S247S247HnonsynAGtCAt22122301-22303
S247S247FnonsynAGtTTt11122301-22303
S247S247XnonsynAgTTgA11122301-22303
S247S247LnonsynAGtCTt11122301-22303

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S247S247delAGT---80488048All0.001539
S247S247delAGT---74157415C.370.860608
S247S247NaGtaAt385385All0.000074
S247S247IaGtaTt290290All0.000055
S247S247delAGT---269269C.37.10.704188
S247S247GAgtGgt191191All0.000037
S247S247NaGtaAt166166AY.1030.001031
S247S247RagTagG73136All0.000014
S247S247RAgtCgt52136All0.00001
S247S247RagTagA11136All0.000002
S247S247SagTagC121132All0.000023
S247S247SAGtTCt11132All0.000002
S247S247NaGtaAt8888B.1.617.20.000331
S247S247IaGtaTt7979AY.340.00766
S247S247delAGT---6363B.1.243.20.913043
S247S247SagTagC6060B.1.1.70.000054
S247S247IaGtaTt5555B.1.1.70.000049
S247S247delAGT---3939B.1.1.70.000035
S247S247RagTagG3031B0.003834
S247S247RAgtCgt131B0.000128
S247S247IaGtaTt2929AY.40.000045
S247S247delAGT---2727B.10.000247
S247S247CAgtTgt2526All0.000005
S247S247CAgTTgC126All0
S247S247GAgtGgt2222B.1.771
S247S247delAGT---2222C.400.611111
S247S247GAgtGgt2020B.1.1.70.000018
S247S247GAgtGgt2020B.1.20.000176
S247S247GAgtGgt1919AY.1140.004391
S247S247delAGT---1919P.1.150.004414
S247S247del2AGt--t1718All0.000003
S247S247del2AGTG--118All0
S247S247GAgtGgt1717B.1.617.20.000064
S247S247NaGtaAt1616B.1.1.5190.000635
S247S247RagTagG914B.10.000082
S247S247RagTagA414B.10.000037
S247S247RAgtCgt114B.10.000009
S247S247delAGT---1414B.1.351.30.01227
S247S247RAgtCgt1113AY.430.000049
S247S247RagTagG213AY.430.000009
S247S247NaGtaAt1313B.1.20.000114
S247S247IaGtaTt1313B.1.3510.000386
S247S247SagTagC1313C.160.013786
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S247S247SagTagC1212B.1.617.20.000045
S247S247del2AGt--t1212C.400.333333
S247S247GAgtGgt1212P.10.000189
S247S247NaGtaAt1111B.10.000101
S247S247SAGtTCt1111C.370.001277
S247S247IaGtaTt1010AY.1030.000062
S247S247IaGtaTt1010AY.60.000411
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S247S247delAGT---1010B.1.6390.217391
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S247S247GAgtGgt11AY.550.000917
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S247S247NaGtaAt11AY.60.000041
S247S247IaGtaTt11AY.600.000938
S247S247SagTagC11AY.610.000105
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S247S247GAgtGgt11AY.660.00107
S247S247IaGtaTt11AY.740.000116
S247S247delAGT---11AY.750.000056
S247S247NaGtaAt11AY.750.000056
S247S247IaGtaTt11AY.840.000437
S247S247delAGT---11AY.980.000079
S247S247IaGtaTt11AY.98.10.000048
S247S247NaGtaAt11AY.98.10.000048
S247S247GAgtGgt11AY.98.10.000048
S247S247CAgtTgt11B0.000128
S247S247HAGtCAt11B.10.000009
S247S247del2AGt--t11B.10.000009
S247S247SagTagC11B.1.10.000018
S247S247delAGT---11B.1.1.10.000327
S247S247IaGtaTt11B.1.1.10.000327
S247S247delAGT---11B.1.1.1590.004673
S247S247TaGtaCt11B.1.1.1890.001513
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