CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 244

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S244L244deldelTTA---30813081122292-22294
S244L244SnonsyntTatCa132813260.99849422292-22294
S244L244SnonsyntTAtCT132810.00075301222292-22294
S244L244SnonsyntTAtCC132810.00075301222292-22294
S244L244LsynTtaCta6955240.75395722292-22294
S244L244LsynttAttG6951660.23884922292-22294
S244L244LsynTtACtT69540.005755422292-22294
S244L244LsynTtACtC69510.0014388522292-22294
S244L244FnonsynttAttT1811320.72928222292-22294
S244L244FnonsynttAttC181490.27071822292-22294
S244L244VnonsynTtaGta60550.91666722292-22294
S244L244VnonsynTtAGtT6050.083333322292-22294
S244L244del2deltTAt--30230.76666722292-22294
S244L244del2delTTa--a3040.13333322292-22294
S244L244del2delTTA--N3030.122292-22294
S244L244del1delttAtt-19160.84210522292-22294
S244L244del1delTta-ta1920.10526322292-22294
S244L244del1delTTA-NN1910.052631622292-22294
S244L244InonsynTtaAta13110.84615422292-22294
S244L244InonsynTtAAtC1310.076923122292-22294
S244L244InonsynTtAAtT1310.076923122292-22294
S244L244XnonsyntTatGa520.422292-22294
S244L244XnonsyntTatAa520.422292-22294
S244L244XnonsyntTAtAG510.222292-22294
S244L244TnonsynTTaACa22122292-22294
S244L244RnonsynTTaAGa11122292-22294

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S244L244delTTA---30813081All0.000589
S244L244StTatCa13261328All0.000254
S244L244StTAtCC11328All0
S244L244StTAtCT11328All0
S244L244StTatCa10051005AY.950.76484
S244L244LTtaCta524695All0.0001
S244L244LttAttG166695All0.000032
S244L244LTtACtT4695All0.000001
S244L244LTtACtC1695All0
S244L244delTTA---409409B.1.1.70.000366
S244L244delTTA---351351P.30.559809
S244L244delTTA---313313AY.30.003113
S244L244delTTA---218218C.1.20.92766
S244L244LTtaCta141183AY.40.000219
S244L244LttAttG42183AY.40.000065
S244L244FttAttT132181All0.000025
S244L244FttAttC49181All0.000009
S244L244LTtaCta175176AY.1020.00464
S244L244LTtACtT1176AY.1020.000027
S244L244delTTA---176176B.1.6300.921466
S244L244delTTA---169169AY.40.000263
S244L244delTTA---139139B.1.617.20.000523
S244L244delTTA---7777AY.4.20.00167
S244L244StTatCa7777B.1.1.70.000069
S244L244delTTA---7272AY.440.000438
S244L244LTtaCta5771B.1.617.20.000215
S244L244LttAttG1471B.1.617.20.000053
S244L244VTtaGta5560All0.000011
S244L244VTtAGtT560All0.000001
S244L244delTTA---5959B.10.00054
S244L244delTTA---5858AY.430.000257
S244L244delTTA---5555B.1.3510.001635
S244L244delTTA---5151AY.250.000307
S244L244delTTA---4646AY.1200.00171
S244L244delTTA---4646B.1.10.000834
S244L244delTTA---4444AY.1030.000273
S244L244StTatCa4040AY.40.000062
S244L244StTatCa4040AY.4.20.000868
S244L244delTTA---3737B.1.4270.001868
S244L244delTTA---3737P.10.000583
S244L244delTTA---3131AY.290.000489
S244L244del2tTAt--2330All0.000004
S244L244del2TTa--a430All0.000001
S244L244del2TTA--N330All0.000001
S244L244LttAttG1426B.1.1.70.000013
S244L244LTtaCta1226B.1.1.70.000011
S244L244delTTA---2525B.1.20.00022
S244L244delTTA---2424B.1.1770.000316
S244L244StTatCa2323AY.1030.000143
S244L244LTtaCta1523B.1.20.000132
S244L244LttAttG823B.1.20.00007
S244L244FttAttC1323B.1.617.20.000049
S244L244FttAttT1023B.1.617.20.000038
S244L244delTTA---2222C.400.611111
S244L244FttAttT1921B.1.1.70.000017
S244L244FttAttC221B.1.1.70.000002
S244L244delTTA---2020B.1.351.30.017528
S244L244del1ttAtt-1619All0.000003
S244L244del1Tta-ta219All0
S244L244del1TTA-NN119All0
S244L244StTatCa1919AY.250.000114
S244L244FttAttC1619AY.430.000071
S244L244FttAttT319AY.430.000013
S244L244delTTA---1919AY.690.003547
S244L244delTTA---1818AY.360.002668
S244L244StTatCa1818B.1.617.20.000068
S244L244delTTA---1818C.36.3.10.048913
S244L244FttAttT1616AY.40.000025
S244L244LTtaCta1316AY.430.000058
S244L244LttAttG316AY.430.000013
S244L244LttAttG1616AY.750.000896
S244L244FttAttT1616B.1.1770.000211
S244L244LttAttG1616Q.40.007276
S244L244delTTA---1414AY.1020.000371
S244L244LttAttG1414B.1.2650.017789
S244L244StTatCa1414B.1.4270.000707
S244L244delTTA---1414B.1.5260.000329
S244L244ITtaAta1113All0.000002
S244L244ITtAAtT113All0
S244L244ITtAAtC113All0
S244L244delTTA---1313B.1.1.2970.029083
S244L244delTTA---1313B.1.214.20.007794
S244L244delTTA---1212AY.200.000466
S244L244delTTA---1212AY.390.000297
S244L244VTtaGta1212AY.4.20.00026
S244L244LTtaCta1112AY.440.000067
S244L244LttAttG112AY.440.000006
S244L244delTTA---1212AY.460.001249
S244L244delTTA---1212AY.470.000373
S244L244delTTA---1212B.1.1600.000374
S244L244delTTA---1212C.370.001393
S244L244FttAttT1111AY.4.20.000239
S244L244LTtaCta1011B.1.1770.000132
S244L244LTtACtT111B.1.1770.000013
S244L244delTTA---1010B.1.5250.001132
S244L244delTTA---1010B.1.6370.000731
S244L244del2tTAt--1010C.400.277778
S244L244delTTA---1010P.1.150.002323
S244L244delTTA---99AY.1190.000318
S244L244VTtaGta99AY.260.000255
S244L244FttAttC99AY.34.10.004589
S244L244delTTA---99AY.9.20.000331
S244L244LttAttG48AY.1030.000025
S244L244LTtaCta48AY.1030.000025
S244L244delTTA---88AY.3.10.000682
S244L244StTatCa78AY.440.000043
S244L244StTAtCC18AY.440.000006
S244L244delTTA---88AY.99.20.000737
S244L244delTTA---88B.1.4290.000188
S244L244delTTA---88B.1.5960.000697
S244L244delTTA---88P.1.40.007812
S244L244delTTA---77AY.1000.000322
S244L244LTtaCta67AY.1180.000376
S244L244LttAttG17AY.1180.000063
S244L244delTTA---77AY.650.003731
S244L244LTtaCta57B.10.000046
S244L244LttAttG27B.10.000018
S244L244delTTA---77B.1.3690.001997
S244L244LTtaCta77P.10.00011
S244L244delTTA---66AY.340.000582
S244L244delTTA---66AY.450.00073
S244L244delTTA---66AY.50.000124
S244L244delTTA---66AY.610.000629
S244L244StTatCa66B.1.20.000053
S244L244FttAttT66B.1.2430.000418
S244L244LTtaCta66B.1.4290.000141
S244L244delTTA---66B.1.6210.000531
S244L244XtTatGa25All0
S244L244XtTatAa25All0
S244L244XtTAtAG15All0
S244L244delTTA---55AY.1010.002452
S244L244delTTA---55AY.330.000334
S244L244LTtaCta35AY.4.50.000322
S244L244LttAttG25AY.4.50.000215
S244L244delTTA---55AY.46.40.000823
S244L244delTTA---55AY.740.000578
S244L244StTatCa55B.10.000046
S244L244StTatCa55B.1.10.000091
S244L244StTatCa55B.1.1.3170.002058
S244L244delTTA---55B.1.1.5190.000199
S244L244VTtAGtT55B.1.351.10.192308
S244L244StTatCa55B.1.4290.000118
S244L244delTTA---55P.50.068493
S244L244delTTA---55Q.10.000632
S244L244delTTA---44AY.1130.00057
S244L244StTatCa44AY.1160.001147
S244L244delTTA---44AY.260.000113
S244L244FttAttC24AY.390.000049
S244L244FttAttT24AY.390.000049
S244L244delTTA---44AY.9.10.000335
S244L244delTTA---44AY.950.003044
S244L244LTtaCta44AY.98.10.000194
S244L244FttAttC24B.10.000018
S244L244FttAttT24B.10.000018
S244L244FttAttT44B.1.1.280.001245
S244L244delTTA---44B.1.4090.003125
S244L244delTTA---44D.20.0003
S244L244delTTA---44P.1.10.001271
S244L244delTTA---44R.10.00036
S244L244VTtaGta33AY.1030.000019
S244L244LttAttG33AY.200.000117
S244L244LTtaCta33AY.260.000085
S244L244delTTA---33AY.270.000194
S244L244delTTA---33AY.320.001597
S244L244LTtaCta33AY.34.10.00153
S244L244delTTA---33AY.380.001498
S244L244delTTA---33AY.4.50.000322
S244L244FttAttT33AY.460.000312
S244L244LTtaCta33AY.460.000312
S244L244LTtaCta33AY.46.10.00308
S244L244delTTA---33AY.5.30.001012
S244L244delTTA---33AY.540.000286
S244L244LttAttG33AY.610.000314
S244L244LTtaCta33AY.980.000237
S244L244delTTA---33B0.000383
S244L244del1ttAtt-33B.10.000027
S244L244delTTA---33B.1.1.2940.003797
S244L244LTtaCta33B.1.1.3110.001074
S244L244delTTA---33B.1.1.500.002037
S244L244VTtaGta33B.1.1.70.000003
S244L244del1Tta-ta23B.1.1.70.000002
S244L244del1TTA-NN13B.1.1.70.000001
S244L244delTTA---33B.1.177.600.000655
S244L244LTtaCta33B.1.177.820.001432
S244L244delTTA---33B.1.177.860.00055
S244L244FttAttT33B.1.20.000026
S244L244LttAttG33B.1.214.20.001799
S244L244delTTA---33B.1.2210.000213
S244L244delTTA---33B.1.2580.0002
S244L244delTTA---33B.1.360.000438
S244L244delTTA---33B.1.4330.009585
S244L244StTatCa33B.1.5260.000071
S244L244VTtaGta33B.1.617.20.000011
S244L244VTtaGta33B.4.50.035714
S244L244delTTA---33Q.20.00184
S244L244delTTA---33Q.80.000495
S244L244delTTA---220.111111
S244L244delTTA---22A0.000774
S244L244delTTA---22AB.10.016393
S244L244TTTaACa22All0
S244L244LTtaCta22AY.10.000791
S244L244delTTA---22AY.1180.000125
S244L244LTtaCta22AY.1190.000071
S244L244StTatCa22AY.1190.000071
S244L244delTTA---22AY.130.000322
S244L244LttAttG22AY.140.000176
S244L244del2TTA--N12AY.250.000006
S244L244del2tTAt--12AY.250.000006
S244L244del1ttAtt-22AY.30.00002
S244L244del2tTAt--22AY.30.00002
S244L244delTTA---22AY.370.000632
S244L244LTtaCta22AY.390.000049
S244L244VTtaGta22AY.40.000003
S244L244LttAttG12AY.4.20.000022
S244L244LTtaCta12AY.4.20.000022
S244L244delTTA---22AY.4.40.000818
S244L244delTTA---22AY.420.00008
S244L244FttAttC12AY.420.00004
S244L244FttAttT12AY.420.00004
S244L244del1ttAtt-22AY.430.000009
S244L244ITtaAta22AY.430.000009
S244L244FttAttC12AY.440.000006
S244L244FttAttT12AY.440.000006
S244L244StTatCa22AY.46.60.000144
S244L244delTTA---22AY.46.60.000144
S244L244VTtaGta22AY.470.000062
S244L244StTatCa22AY.50.000041
S244L244LTtaCta22AY.50.000041
S244L244delTTA---22AY.5.40.000553
S244L244LttAttG22AY.530.000575
S244L244delTTA---22AY.60.000082
S244L244delTTA---22AY.70.000392
S244L244delTTA---22AY.750.000112
S244L244delTTA---22AY.920.000575
S244L244XtTatAa12B.10.000009
S244L244XtTatGa12B.10.000009
S244L244del2TTA--N12B.10.000009
S244L244del2tTAt--12B.10.000009
S244L244LttAttG12B.1.10.000018
S244L244LTtaCta12B.1.10.000018
S244L244delTTA---22B.1.1.3180.000604
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