CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 233

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	233	I233V		nonsyn	Att	Gtt	1719	1719	1	22259-22261
S	233	I233I		syn	atT	atC	525	513	0.977143	22259-22261
S	233	I233I		syn	atT	atA	525	12	0.0228571	22259-22261
S	233	I233del		del	ATT	---	113	113	1	22259-22261
S	233	I233L		nonsyn	Att	Ctt	78	73	0.935897	22259-22261
S	233	I233L		nonsyn	AtT	CtG	78	1	0.0128205	22259-22261
S	233	I233L		nonsyn	AtT	CtC	78	1	0.0128205	22259-22261
S	233	I233L		nonsyn	AtT	TtG	78	1	0.0128205	22259-22261
S	233	I233L		nonsyn	AtT	CtA	78	1	0.0128205	22259-22261
S	233	I233L		nonsyn	AtT	TtA	78	1	0.0128205	22259-22261
S	233	I233T		nonsyn	aTt	aCt	41	33	0.804878	22259-22261
S	233	I233T		nonsyn	aTT	aCC	41	7	0.170732	22259-22261
S	233	I233T		nonsyn	aTT	aCG	41	1	0.0243902	22259-22261
S	233	I233S		nonsyn	aTt	aGt	16	10	0.625	22259-22261
S	233	I233S		nonsyn	ATt	TCt	16	4	0.25	22259-22261
S	233	I233S		nonsyn	aTT	aGC	16	2	0.125	22259-22261
S	233	I233N		nonsyn	aTt	aAt	11	11	1	22259-22261
S	233	I233F		nonsyn	Att	Ttt	9	8	0.888889	22259-22261
S	233	I233F		nonsyn	AtT	TtC	9	1	0.111111	22259-22261
S	233	I233M		nonsyn	atT	atG	8	8	1	22259-22261
S	233	I233del1		del	Att	-tt	6	3	0.5	22259-22261
S	233	I233del1		del	aTt	a-t	6	2	0.333333	22259-22261
S	233	I233del1		del	ATT	-NN	6	1	0.166667	22259-22261
S	233	I233R		nonsyn	aTT	aGA	5	2	0.4	22259-22261
S	233	I233R		nonsyn	ATT	CGA	5	1	0.2	22259-22261
S	233	I233R		nonsyn	aTT	aGG	5	1	0.2	22259-22261
S	233	I233R		nonsyn	ATt	CGt	5	1	0.2	22259-22261
S	233	I233del2		del	ATT	--N	4	2	0.5	22259-22261
S	233	I233del2		del	aTT	a--	4	1	0.25	22259-22261
S	233	I233del2		del	ATt	--t	4	1	0.25	22259-22261
S	233	I233P		nonsyn	ATt	CCt	2	1	0.5	22259-22261
S	233	I233P		nonsyn	ATT	CCG	2	1	0.5	22259-22261
S	233	I233K		nonsyn	aTT	aAG	1	1	1	22259-22261

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	233	I233V	Att	Gtt	1719	1719	All	0.000329
S	233	I233V	Att	Gtt	722	722	B.1.1.377	0.997238
S	233	I233I	atT	atC	513	525	All	0.000098
S	233	I233I	atT	atA	12	525	All	0.000002
S	233	I233V	Att	Gtt	391	391	B.1.438.1	0.041939
S	233	I233I	atT	atC	113	114	B.1.1.7	0.000101
S	233	I233I	atT	atA	1	114	B.1.1.7	0.000001
S	233	I233del	ATT	---	113	113	All	0.000022
S	233	I233I	atT	atC	108	110	B.1.617.2	0.000407
S	233	I233I	atT	atA	2	110	B.1.617.2	0.000008
S	233	I233V	Att	Gtt	82	82	B.1.1.7	0.000073
S	233	I233L	Att	Ctt	73	78	All	0.000014
S	233	I233L	AtT	CtC	1	78	All	0
S	233	I233L	AtT	TtA	1	78	All	0
S	233	I233L	AtT	CtG	1	78	All	0
S	233	I233L	AtT	TtG	1	78	All	0
S	233	I233L	AtT	CtA	1	78	All	0
S	233	I233I	atT	atC	71	71	AY.102	0.001882
S	233	I233V	Att	Gtt	68	68	AY.4	0.000106
S	233	I233T	aTt	aCt	33	41	All	0.000006
S	233	I233T	aTT	aCC	7	41	All	0.000001
S	233	I233T	aTT	aCG	1	41	All	0
S	233	I233L	Att	Ctt	37	37	P.1	0.000583
S	233	I233V	Att	Gtt	35	35	AY.44	0.000213
S	233	I233V	Att	Gtt	34	34	B.1.617.2	0.000128
S	233	I233V	Att	Gtt	31	31	B.1.258.17	0.003223
S	233	I233V	Att	Gtt	29	29	AY.25	0.000174
S	233	I233V	Att	Gtt	24	24	B.1.239	0.029304
S	233	I233V	Att	Gtt	23	23	B.1.311	0.006315
S	233	I233del	ATT	---	22	22	B.1.1.7	0.00002
S	233	I233I	atT	atC	21	21	AY.39	0.000519
S	233	I233I	atT	atC	20	20	B.1.2	0.000176
S	233	I233V	Att	Gtt	18	18	B.1.340	0.077253
S	233	I233S	aTt	aGt	10	16	All	0.000002
S	233	I233S	ATt	TCt	4	16	All	0.000001
S	233	I233S	aTT	aGC	2	16	All	0
S	233	I233I	atT	atC	16	16	AY.119	0.000565
S	233	I233I	atT	atC	15	15	AY.5	0.00031
S	233	I233I	atT	atC	13	14	AY.43	0.000058
S	233	I233I	atT	atA	1	14	AY.43	0.000004
S	233	I233V	Att	Gtt	14	14	B.1.543	0.14
S	233	I233V	Att	Gtt	12	12	AY.29	0.000189
S	233	I233V	Att	Gtt	12	12	AY.43	0.000053
S	233	I233V	Att	Gtt	12	12	B.1	0.00011
S	233	I233V	Att	Gtt	12	12	B.1.351	0.000357
S	233	I233N	aTt	aAt	11	11	All	0.000002
S	233	I233I	atT	atC	11	11	AY.74	0.001272
S	233	I233T	aTt	aCt	6	11	B.1.1.7	0.000005
S	233	I233T	aTT	aCC	5	11	B.1.1.7	0.000004
S	233	I233I	atT	atC	9	10	AY.25	0.000054
S	233	I233I	atT	atA	1	10	AY.25	0.000006
S	233	I233V	Att	Gtt	10	10	AY.52	0.008143
S	233	I233V	Att	Gtt	10	10	B.1.1	0.000181
S	233	I233del	ATT	---	10	10	P.1.15	0.002323
S	233	I233F	Att	Ttt	8	9	All	0.000002
S	233	I233F	AtT	TtC	1	9	All	0
S	233	I233M	atT	atG	8	8	All	0.000002
S	233	I233L	Att	Ctt	8	8	B.1.1.28	0.00249
S	233	I233V	Att	Gtt	8	8	B.1.177	0.000105
S	233	I233I	atT	atC	5	7	AY.103	0.000031
S	233	I233I	atT	atA	2	7	AY.103	0.000012
S	233	I233L	Att	Ctt	6	7	AY.30	0.002374
S	233	I233L	AtT	CtG	1	7	AY.30	0.000396
S	233	I233del	ATT	---	7	7	AY.43	0.000031
S	233	I233I	atT	atC	6	7	AY.44	0.000037
S	233	I233I	atT	atA	1	7	AY.44	0.000006
S	233	I233I	atT	atC	7	7	AY.47	0.000218
S	233	I233del	ATT	---	7	7	B.1	0.000064
S	233	I233del	ATT	---	7	7	B.1.617.2	0.000026
S	233	I233del1	Att	-tt	3	6	All	0.000001
S	233	I233del1	aTt	a-t	2	6	All	0
S	233	I233del1	ATT	-NN	1	6	All	0
S	233	I233V	Att	Gtt	6	6	AY.103	0.000037
S	233	I233I	atT	atC	6	6	AY.120	0.000223
S	233	I233V	Att	Gtt	6	6	AY.20	0.000233
S	233	I233V	Att	Gtt	6	6	AY.6	0.000247
S	233	I233V	Att	Gtt	6	6	AY.98.1	0.000291
S	233	I233del	ATT	---	6	6	B.1.177	0.000079
S	233	I233L	Att	Ctt	3	6	B.1.617.2	0.000011
S	233	I233L	AtT	CtA	1	6	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233L	AtT	TtA	1	6	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233L	AtT	CtC	1	6	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233R	aTT	aGA	2	5	All	0
S	233	I233R	aTT	aGG	1	5	All	0
S	233	I233R	ATt	CGt	1	5	All	0
S	233	I233R	ATT	CGA	1	5	All	0
S	233	I233V	Att	Gtt	5	5	AY.119	0.000177
S	233	I233V	Att	Gtt	5	5	AY.26	0.000142
S	233	I233I	atT	atC	5	5	AY.3	0.00005
S	233	I233V	Att	Gtt	5	5	AY.33	0.000334
S	233	I233I	atT	atC	5	5	AY.4	0.000008
S	233	I233I	atT	atC	5	5	AY.46	0.00052
S	233	I233V	Att	Gtt	5	5	AY.47	0.000156
S	233	I233V	Att	Gtt	5	5	B.1.2	0.000044
S	233	I233N	aTt	aAt	5	5	B.1.351	0.000149
S	233	I233I	atT	atC	5	5	B.1.564	0.002129
S	233	I233V	Att	Gtt	5	5	B.1.637	0.000365
S	233	I233T	aTT	aCC	2	4		0.111111
S	233	I233T	aTt	aCt	2	4		0.111111
S	233	I233del2	ATT	--N	2	4	All	0
S	233	I233del2	ATt	--t	1	4	All	0
S	233	I233del2	aTT	a--	1	4	All	0
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	AY.102	0.000106
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	AY.117	0.000338
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	AY.121	0.000541
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	AY.3	0.00004
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	AY.3.1	0.000341
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	AY.5	0.000083
S	233	I233I	atT	atC	4	4	B.1	0.000037
S	233	I233I	atT	atC	4	4	B.1.177	0.000053
S	233	I233I	atT	atC	4	4	B.1.177.45	0.001525
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	B.1.214.2	0.002398
S	233	I233I	atT	atC	4	4	B.1.429	0.000094
S	233	I233V	Att	Gtt	4	4	B.1.617.1	0.000516
S	233	I233I	atT	atC	4	4	B.1.637	0.000292
S	233	I233I	atT	atC	4	4	B.40	0.001457
S	233	I233del	ATT	---	4	4	C.37	0.000464
S	233	I233del	ATT	---	4	4	P.1	0.000063
S	233	I233del	ATT	---	3	3	AY.100	0.000138
S	233	I233V	Att	Gtt	3	3	AY.100	0.000138
S	233	I233I	atT	atC	3	3	AY.111	0.000549
S	233	I233S	ATt	TCt	3	3	AY.119	0.000106
S	233	I233I	atT	atC	3	3	AY.121	0.000406
S	233	I233del	ATT	---	3	3	AY.25	0.000018
S	233	I233T	aTt	aCt	3	3	AY.3	0.00003
S	233	I233del	ATT	---	3	3	AY.4.5	0.000322
S	233	I233T	aTt	aCt	3	3	AY.44	0.000018
S	233	I233S	aTt	aGt	1	3	AY.44	0.000006
S	233	I233S	ATt	TCt	1	3	AY.44	0.000006
S	233	I233S	aTT	aGC	1	3	AY.44	0.000006
S	233	I233I	atT	atC	3	3	AY.45	0.000365
S	233	I233V	Att	Gtt	3	3	AY.5.3	0.001012
S	233	I233I	atT	atA	2	3	AY.69	0.000373
S	233	I233I	atT	atC	1	3	AY.69	0.000187
S	233	I233S	aTt	aGt	2	3	B.1.1.7	0.000002
S	233	I233S	aTT	aGC	1	3	B.1.1.7	0.000001
S	233	I233V	Att	Gtt	3	3	B.1.160	0.000094
S	233	I233V	Att	Gtt	3	3	B.1.177.81	0.000568
S	233	I233I	atT	atC	3	3	B.1.243.1	0.066667
S	233	I233del	ATT	---	3	3	B.1.351	0.000089
S	233	I233V	Att	Gtt	3	3	B.1.526	0.000071
S	233	I233del1	aTt	a-t	2	3	B.1.617.1	0.000258
S	233	I233del1	Att	-tt	1	3	B.1.617.1	0.000129
S	233	I233F	Att	Ttt	2	3	B.1.617.2	0.000008
S	233	I233F	AtT	TtC	1	3	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233R	ATt	CGt	1	3	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233R	aTT	aGA	1	3	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233R	ATT	CGA	1	3	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233V	Att	Gtt	3	3	B.1.620	0.002838
S	233	I233L	Att	Ctt	3	3	P.1.17	0.000485
S	233	I233L	Att	Ctt	3	3	P.2	0.00056
S	233	I233I	atT	atC	2	2		0.111111
S	233	I233P	ATT	CCG	1	2	All	0
S	233	I233P	ATt	CCt	1	2	All	0
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	AY.1	0.000791
S	233	I233T	aTt	aCt	2	2	AY.113	0.000285
S	233	I233I	atT	atC	2	2	AY.116	0.000574
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	AY.118	0.000125
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	AY.16	0.000759
S	233	I233I	atT	atC	2	2	AY.20	0.000078
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	AY.27	0.000129
S	233	I233I	atT	atC	2	2	AY.29	0.000032
S	233	I233T	aTT	aCG	1	2	AY.30	0.000396
S	233	I233P	ATT	CCG	1	2	AY.30	0.000396
S	233	I233T	aTt	aCt	1	2	AY.30	0.000396
S	233	I233P	ATt	CCt	1	2	AY.30	0.000396
S	233	I233T	aTt	aCt	2	2	AY.39	0.000049
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	AY.39	0.000049
S	233	I233del	ATT	---	2	2	AY.4	0.000003
S	233	I233I	atT	atC	2	2	AY.46.2	0.001271
S	233	I233I	atT	atC	2	2	AY.46.4	0.000329
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	AY.54	0.000191
S	233	I233S	aTt	aGt	2	2	AY.69	0.000373
S	233	I233L	Att	Ctt	2	2	AY.85	0.000854
S	233	I233I	atT	atC	2	2	AY.85	0.000854
S	233	I233del	ATT	---	2	2	AY.95	0.001522
S	233	I233L	Att	Ctt	2	2	B.1	0.000018
S	233	I233L	Att	Ctt	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	B.1.1.41	0.012658
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	B.1.177.21	0.000153
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	B.1.177.65	0.001331
S	233	I233M	atT	atG	2	2	B.1.36.17	0.000988
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	B.1.561	0.000794
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	B.1.577	0.001375
S	233	I233I	atT	atA	2	2	B.1.628	0.000705
S	233	I233L	Att	Ctt	2	2	B.1.91	0.004149
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	C.37	0.000232
S	233	I233I	atT	atC	2	2	C.37	0.000232
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	P.1	0.000032
S	233	I233L	Att	Ctt	2	2	P.1.2	0.002312
S	233	I233V	Att	Gtt	2	2	Q.8	0.00033
S	233	I233F	Att	Ttt	1	1		0.055556
S	233	I233del	ATT	---	1	1	A.2.5	0.000499
S	233	I233K	aTT	aAG	1	1	All	0
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.101	0.00049
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.102	0.000027
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.103	0.000006
S	233	I233L	Att	Ctt	1	1	AY.103	0.000006
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.106	0.000335
S	233	I233L	AtT	TtG	1	1	AY.106	0.000335
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.113	0.000142
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.114	0.000231
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.116.1	0.000311
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.118	0.000063
S	233	I233L	Att	Ctt	1	1	AY.119	0.000035
S	233	I233N	aTt	aAt	1	1	AY.119	0.000035
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.120	0.000037
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.120.1	0.000321
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.13	0.000161
S	233	I233S	aTt	aGt	1	1	AY.16	0.00038
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.19	0.00114
S	233	I233N	aTt	aAt	1	1	AY.23	0.00007
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.23	0.00007
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.23.1	0.000417
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.23.1	0.000417
S	233	I233N	aTt	aAt	1	1	AY.23.1	0.000417
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.24	0.000431
S	233	I233del2	aTT	a--	1	1	AY.25	0.000006
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.25	0.000006
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.27	0.000065
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.29	0.000016
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.29.1	0.000221
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.30	0.000396
S	233	I233M	atT	atG	1	1	AY.30	0.000396
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.33	0.000067
S	233	I233S	aTt	aGt	1	1	AY.39	0.000025
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.39.1	0.00004
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.4	0.000002
S	233	I233F	Att	Ttt	1	1	AY.4	0.000002
S	233	I233del2	ATT	--N	1	1	AY.4	0.000002
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.4.2	0.000022
S	233	I233F	Att	Ttt	1	1	AY.4.5	0.000107
S	233	I233K	aTT	aAG	1	1	AY.42	0.00004
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.42	0.00004
S	233	I233del1	Att	-tt	1	1	AY.43	0.000004
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.44	0.000006
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	AY.45	0.000122
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.48	0.000465
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.5	0.000021
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.51	0.000909
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.61	0.000105
S	233	I233N	aTt	aAt	1	1	AY.62	0.000436
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.65	0.000533
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.67	0.000464
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.7.2	0.000559
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.82	0.001357
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.84	0.000437
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.9	0.000068
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.9.2	0.000037
S	233	I233M	atT	atG	1	1	AY.9.2	0.000037
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	AY.95	0.000761
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.96	0.002075
S	233	I233del	ATT	---	1	1	AY.98	0.000079
S	233	I233I	atT	atC	1	1	AY.98.1	0.000048
S	233	I233del1	ATT	-NN	1	1	B.1	0.000009
S	233	I233del2	ATT	--N	1	1	B.1	0.000009
S	233	I233M	atT	atG	1	1	B.1.1	0.000018
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	B.1.1	0.000018
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.1	0.000018
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.153	0.001095
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.1.159	0.004673
S	233	I233N	aTt	aAt	1	1	B.1.1.220	0.001859
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.222	0.000204
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.240	0.004695
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.275	0.011236
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.1.348	0.000796
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.1.377	0.001381
S	233	I233del1	Att	-tt	1	1	B.1.1.377	0.001381
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.464	0.001473
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.523	0.001563
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.56	0.017857
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.63	0.000386
S	233	I233R	aTT	aGG	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	233	I233F	Att	Ttt	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	233	I233M	atT	atG	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.1.83	0.00271
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.139	0.000733
S	233	I233F	Att	Ttt	1	1	B.1.160	0.000031
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.160.14	0.002119
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.160.27	0.015152
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.170	0.00431
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	B.1.177	0.000013
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.177.63	0.002703
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.177.69	0.001484
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	B.1.2	0.000009
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.23	0.006061
S	233	I233S	aTt	aGt	1	1	B.1.234	0.000132
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.241	0.000812
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.243	0.00007
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.258	0.000067
S	233	I233S	aTt	aGt	1	1	B.1.333	0.010526
S	233	I233R	aTT	aGA	1	1	B.1.333	0.010526
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	B.1.333	0.010526
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.36	0.000146
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.36	0.000602
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.36.8	0.001
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.400	0.000429
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.404	0.001302
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.416.1	0.001563
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.427	0.00005
S	233	I233M	atT	atG	1	1	B.1.429	0.000024
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	B.1.429	0.000024
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.509	0.000866
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.524	0.001406
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.525	0.000113
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.561	0.000397
S	233	I233I	atT	atC	1	1	B.1.596	0.000087
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	B.1.596	0.000087
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	233	I233N	aTt	aAt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233S	aTt	aGt	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	233	I233del2	ATt	--t	1	1	B.1.617.3	0.002985
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	233	I233del	ATT	---	1	1	B.1.621	0.000089
S	233	I233M	atT	atG	1	1	B.1.629	0.013333
S	233	I233del	ATT	---	1	1	C.37.1	0.002618
S	233	I233F	Att	Ttt	1	1	D.2	0.000075
S	233	I233T	aTt	aCt	1	1	D.2	0.000075
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	D.2	0.000075
S	233	I233del	ATT	---	1	1	P.1.1	0.000318
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	P.1.15	0.000232
S	233	I233I	atT	atC	1	1	P.1.17	0.000162
S	233	I233L	Att	Ctt	1	1	P.7	0.004367
S	233	I233V	Att	Gtt	1	1	Q.1	0.000126
S	233	I233del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
S	233	I233I	atT	atC	1	1	Q.2	0.000613
S	233	I233I	atT	atC	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.