CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 233 | I233V | nonsyn | Att | Gtt | 1719 | 1719 | 1 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233I | syn | atT | atC | 525 | 513 | 0.977143 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233I | syn | atT | atA | 525 | 12 | 0.0228571 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del | del | ATT | --- | 113 | 113 | 1 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233L | nonsyn | Att | Ctt | 78 | 73 | 0.935897 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233L | nonsyn | AtT | CtG | 78 | 1 | 0.0128205 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233L | nonsyn | AtT | CtC | 78 | 1 | 0.0128205 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233L | nonsyn | AtT | TtG | 78 | 1 | 0.0128205 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233L | nonsyn | AtT | CtA | 78 | 1 | 0.0128205 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233L | nonsyn | AtT | TtA | 78 | 1 | 0.0128205 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233T | nonsyn | aTt | aCt | 41 | 33 | 0.804878 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233T | nonsyn | aTT | aCC | 41 | 7 | 0.170732 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233T | nonsyn | aTT | aCG | 41 | 1 | 0.0243902 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233S | nonsyn | aTt | aGt | 16 | 10 | 0.625 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233S | nonsyn | ATt | TCt | 16 | 4 | 0.25 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233S | nonsyn | aTT | aGC | 16 | 2 | 0.125 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233N | nonsyn | aTt | aAt | 11 | 11 | 1 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233F | nonsyn | Att | Ttt | 9 | 8 | 0.888889 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233F | nonsyn | AtT | TtC | 9 | 1 | 0.111111 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233M | nonsyn | atT | atG | 8 | 8 | 1 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del1 | del | Att | -tt | 6 | 3 | 0.5 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del1 | del | aTt | a-t | 6 | 2 | 0.333333 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del1 | del | ATT | -NN | 6 | 1 | 0.166667 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233R | nonsyn | aTT | aGA | 5 | 2 | 0.4 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233R | nonsyn | ATT | CGA | 5 | 1 | 0.2 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233R | nonsyn | aTT | aGG | 5 | 1 | 0.2 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233R | nonsyn | ATt | CGt | 5 | 1 | 0.2 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del2 | del | ATT | --N | 4 | 2 | 0.5 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del2 | del | aTT | a-- | 4 | 1 | 0.25 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233del2 | del | ATt | --t | 4 | 1 | 0.25 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233P | nonsyn | ATt | CCt | 2 | 1 | 0.5 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233P | nonsyn | ATT | CCG | 2 | 1 | 0.5 | 22259-22261 | |
S | 233 | I233K | nonsyn | aTT | aAG | 1 | 1 | 1 | 22259-22261 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1719 | 1719 | All | 0.000329 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 722 | 722 | B.1.1.377 | 0.997238 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 513 | 525 | All | 0.000098 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 12 | 525 | All | 0.000002 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 391 | 391 | B.1.438.1 | 0.041939 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 113 | 114 | B.1.1.7 | 0.000101 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 1 | 114 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 113 | 113 | All | 0.000022 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 108 | 110 | B.1.617.2 | 0.000407 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 2 | 110 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 82 | 82 | B.1.1.7 | 0.000073 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 73 | 78 | All | 0.000014 |
S | 233 | I233L | AtT | CtC | 1 | 78 | All | 0 |
S | 233 | I233L | AtT | TtA | 1 | 78 | All | 0 |
S | 233 | I233L | AtT | CtG | 1 | 78 | All | 0 |
S | 233 | I233L | AtT | TtG | 1 | 78 | All | 0 |
S | 233 | I233L | AtT | CtA | 1 | 78 | All | 0 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 71 | 71 | AY.102 | 0.001882 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 68 | 68 | AY.4 | 0.000106 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 33 | 41 | All | 0.000006 |
S | 233 | I233T | aTT | aCC | 7 | 41 | All | 0.000001 |
S | 233 | I233T | aTT | aCG | 1 | 41 | All | 0 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 37 | 37 | P.1 | 0.000583 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 35 | 35 | AY.44 | 0.000213 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 34 | 34 | B.1.617.2 | 0.000128 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 31 | 31 | B.1.258.17 | 0.003223 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 29 | 29 | AY.25 | 0.000174 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 24 | 24 | B.1.239 | 0.029304 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 23 | 23 | B.1.311 | 0.006315 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 22 | 22 | B.1.1.7 | 0.00002 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 21 | 21 | AY.39 | 0.000519 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 20 | 20 | B.1.2 | 0.000176 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 18 | 18 | B.1.340 | 0.077253 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 10 | 16 | All | 0.000002 |
S | 233 | I233S | ATt | TCt | 4 | 16 | All | 0.000001 |
S | 233 | I233S | aTT | aGC | 2 | 16 | All | 0 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 16 | 16 | AY.119 | 0.000565 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 15 | 15 | AY.5 | 0.00031 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 13 | 14 | AY.43 | 0.000058 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 1 | 14 | AY.43 | 0.000004 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 14 | 14 | B.1.543 | 0.14 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 12 | 12 | AY.29 | 0.000189 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 12 | 12 | AY.43 | 0.000053 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 12 | 12 | B.1 | 0.00011 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 12 | 12 | B.1.351 | 0.000357 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 11 | 11 | All | 0.000002 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 11 | 11 | AY.74 | 0.001272 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 6 | 11 | B.1.1.7 | 0.000005 |
S | 233 | I233T | aTT | aCC | 5 | 11 | B.1.1.7 | 0.000004 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 9 | 10 | AY.25 | 0.000054 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 1 | 10 | AY.25 | 0.000006 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 10 | 10 | AY.52 | 0.008143 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 10 | 10 | B.1.1 | 0.000181 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 10 | 10 | P.1.15 | 0.002323 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 8 | 9 | All | 0.000002 |
S | 233 | I233F | AtT | TtC | 1 | 9 | All | 0 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 8 | 8 | All | 0.000002 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 8 | 8 | B.1.1.28 | 0.00249 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 8 | 8 | B.1.177 | 0.000105 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 5 | 7 | AY.103 | 0.000031 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 2 | 7 | AY.103 | 0.000012 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 6 | 7 | AY.30 | 0.002374 |
S | 233 | I233L | AtT | CtG | 1 | 7 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 7 | 7 | AY.43 | 0.000031 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 6 | 7 | AY.44 | 0.000037 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 1 | 7 | AY.44 | 0.000006 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 7 | 7 | AY.47 | 0.000218 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 7 | 7 | B.1 | 0.000064 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
S | 233 | I233del1 | Att | -tt | 3 | 6 | All | 0.000001 |
S | 233 | I233del1 | aTt | a-t | 2 | 6 | All | 0 |
S | 233 | I233del1 | ATT | -NN | 1 | 6 | All | 0 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 6 | 6 | AY.103 | 0.000037 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 6 | 6 | AY.120 | 0.000223 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 6 | 6 | AY.20 | 0.000233 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 6 | 6 | AY.6 | 0.000247 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 6 | 6 | AY.98.1 | 0.000291 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 6 | 6 | B.1.177 | 0.000079 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 3 | 6 | B.1.617.2 | 0.000011 |
S | 233 | I233L | AtT | CtA | 1 | 6 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233L | AtT | TtA | 1 | 6 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233L | AtT | CtC | 1 | 6 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233R | aTT | aGA | 2 | 5 | All | 0 |
S | 233 | I233R | aTT | aGG | 1 | 5 | All | 0 |
S | 233 | I233R | ATt | CGt | 1 | 5 | All | 0 |
S | 233 | I233R | ATT | CGA | 1 | 5 | All | 0 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.26 | 0.000142 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.33 | 0.000334 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 5 | 5 | AY.46 | 0.00052 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 5 | 5 | B.1.2 | 0.000044 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 5 | 5 | B.1.351 | 0.000149 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 5 | 5 | B.1.564 | 0.002129 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 5 | 5 | B.1.637 | 0.000365 |
S | 233 | I233T | aTT | aCC | 2 | 4 | 0.111111 | |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 2 | 4 | 0.111111 | |
S | 233 | I233del2 | ATT | --N | 2 | 4 | All | 0 |
S | 233 | I233del2 | ATt | --t | 1 | 4 | All | 0 |
S | 233 | I233del2 | aTT | a-- | 1 | 4 | All | 0 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.117 | 0.000338 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.121 | 0.000541 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.3.1 | 0.000341 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 4 | 4 | B.1.177 | 0.000053 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 4 | 4 | B.1.177.45 | 0.001525 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | B.1.214.2 | 0.002398 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 4 | 4 | B.1.429 | 0.000094 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 4 | 4 | B.1.617.1 | 0.000516 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 4 | 4 | B.1.637 | 0.000292 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 4 | 4 | B.40 | 0.001457 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 4 | 4 | C.37 | 0.000464 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 3 | 3 | AY.100 | 0.000138 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.100 | 0.000138 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 3 | 3 | AY.111 | 0.000549 |
S | 233 | I233S | ATt | TCt | 3 | 3 | AY.119 | 0.000106 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 3 | 3 | AY.121 | 0.000406 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 3 | 3 | AY.4.5 | 0.000322 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 1 | 3 | AY.44 | 0.000006 |
S | 233 | I233S | ATt | TCt | 1 | 3 | AY.44 | 0.000006 |
S | 233 | I233S | aTT | aGC | 1 | 3 | AY.44 | 0.000006 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 3 | 3 | AY.45 | 0.000365 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 3 | 3 | AY.5.3 | 0.001012 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 2 | 3 | AY.69 | 0.000373 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 3 | AY.69 | 0.000187 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 2 | 3 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 233 | I233S | aTT | aGC | 1 | 3 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.177.81 | 0.000568 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 3 | 3 | B.1.243.1 | 0.066667 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
S | 233 | I233del1 | aTt | a-t | 2 | 3 | B.1.617.1 | 0.000258 |
S | 233 | I233del1 | Att | -tt | 1 | 3 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 2 | 3 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 233 | I233F | AtT | TtC | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233R | ATt | CGt | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233R | aTT | aGA | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233R | ATT | CGA | 1 | 3 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 3 | 3 | B.1.620 | 0.002838 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 3 | 3 | P.1.17 | 0.000485 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 3 | 3 | P.2 | 0.00056 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 233 | I233P | ATT | CCG | 1 | 2 | All | 0 |
S | 233 | I233P | ATt | CCt | 1 | 2 | All | 0 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.1 | 0.000791 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.16 | 0.000759 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 233 | I233T | aTT | aCG | 1 | 2 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233P | ATT | CCG | 1 | 2 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 2 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233P | ATt | CCt | 1 | 2 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.39 | 0.000049 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | AY.46.2 | 0.001271 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | AY.46.4 | 0.000329 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | AY.54 | 0.000191 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 2 | 2 | AY.95 | 0.001522 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.1.41 | 0.012658 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.177.21 | 0.000153 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.177.65 | 0.001331 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 2 | 2 | B.1.36.17 | 0.000988 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.561 | 0.000794 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | B.1.577 | 0.001375 |
S | 233 | I233I | atT | atA | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 2 | 2 | B.1.91 | 0.004149 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | P.1 | 0.000032 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 2 | 2 | Q.8 | 0.00033 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
S | 233 | I233K | aTT | aAG | 1 | 1 | All | 0 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
S | 233 | I233L | AtT | TtG | 1 | 1 | AY.106 | 0.000335 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.114 | 0.000231 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.116.1 | 0.000311 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 233 | I233del2 | aTT | a-- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.29.1 | 0.000221 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 1 | 1 | AY.30 | 0.000396 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 233 | I233del2 | ATT | --N | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 233 | I233K | aTT | aAG | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 233 | I233del1 | Att | -tt | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.51 | 0.000909 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 1 | 1 | AY.62 | 0.000436 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | AY.95 | 0.000761 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 233 | I233del1 | ATT | -NN | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 233 | I233del2 | ATT | --N | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.153 | 0.001095 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.159 | 0.004673 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1.1.220 | 0.001859 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.240 | 0.004695 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.275 | 0.011236 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.1.377 | 0.001381 |
S | 233 | I233del1 | Att | -tt | 1 | 1 | B.1.1.377 | 0.001381 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.56 | 0.017857 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
S | 233 | I233R | aTT | aGG | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.1.83 | 0.00271 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.139 | 0.000733 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.160.14 | 0.002119 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.160.23 | 0.004831 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.160.27 | 0.015152 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.170 | 0.00431 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.62 | 0.001192 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.63 | 0.002703 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.23 | 0.006061 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.241 | 0.000812 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.333 | 0.010526 |
S | 233 | I233R | aTT | aGA | 1 | 1 | B.1.333 | 0.010526 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.333 | 0.010526 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36.36 | 0.000602 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.400 | 0.000429 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.404 | 0.001302 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.524 | 0.001406 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 233 | I233N | aTt | aAt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233S | aTt | aGt | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 233 | I233del2 | ATt | --t | 1 | 1 | B.1.617.3 | 0.002985 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 233 | I233M | atT | atG | 1 | 1 | B.1.629 | 0.013333 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | C.37.1 | 0.002618 |
S | 233 | I233F | Att | Ttt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 233 | I233T | aTt | aCt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
S | 233 | I233L | Att | Ctt | 1 | 1 | P.7 | 0.004367 |
S | 233 | I233V | Att | Gtt | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 233 | I233del | ATT | --- | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | Q.2 | 0.000613 |
S | 233 | I233I | atT | atC | 1 | 1 | Q.8 | 0.000165 |
![]() |
![]() |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|