CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 212

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S212L212InonsynTtaAta732732122196-22198
S212L212LsynTtaCta4933470.70385422196-22198
S212L212LsynttAttG4931440.29208922196-22198
S212L212LsynTtACtG49320.004056822196-22198
S212L212deldelTTA---197197122196-22198
S212L212SnonsyntTatCa1581490.94303822196-22198
S212L212SnonsyntTAtCG15880.050632922196-22198
S212L212SnonsyntTAtCC15810.0063291122196-22198
S212L212VnonsynTtaGta1131070.94690322196-22198
S212L212VnonsynTtAGtG11350.044247822196-22198
S212L212VnonsynTtAGtC11310.0088495622196-22198
S212L212FnonsynttAttT38370.97368422196-22198
S212L212FnonsynttAttC3810.026315822196-22198
S212L212AnonsynTTAGCG20150.7522196-22198
S212L212AnonsynTTaGCa2050.2522196-22198
S212L212XnonsyntTatGa420.522196-22198
S212L212XnonsyntTatAa420.522196-22198
S212L212PnonsynTTaCCa320.66666722196-22198
S212L212PnonsynTTACCG310.33333322196-22198
S212L212QnonsynTTACAG22122196-22198
S212L212del2delTTa--a22122196-22198
S212L212del1delttAtt-11122196-22198

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S212L212ITtaAta732732All0.00014
S212L212LTtaCta347493All0.000066
S212L212LttAttG144493All0.000028
S212L212LTtACtG2493All0
S212L212ITtaAta301301AY.1110.055128
S212L212LTtaCta264265B.1.258.170.027449
S212L212LttAttG1265B.1.258.170.000104
S212L212delTTA---197197All0.000038
S212L212StTatCa149158All0.000028
S212L212StTAtCG8158All0.000002
S212L212StTAtCC1158All0
S212L212VTtaGta107113All0.00002
S212L212VTtAGtG5113All0.000001
S212L212VTtAGtC1113All0
S212L212ITtaAta9797A.290.515957
S212L212LttAttG9093B.1.1.70.000081
S212L212LTtaCta393B.1.1.70.000003
S212L212ITtaAta6969AY.40.000107
S212L212delTTA---4444B.1.1.70.000039
S212L212ITtaAta3939B.1.1.70.000035
S212L212FttAttT3738All0.000007
S212L212FttAttC138All0
S212L212ITtaAta3030N.100.882353
S212L212StTatCa2828AY.440.00017
S212L212ITtaAta2828B.1.617.20.000105
S212L212VTtaGta2424B.1.617.20.00009
S212L212LTtaCta1622B.1.1770.000211
S212L212LttAttG622B.1.1770.000079
S212L212ATTAGCG1520All0.000003
S212L212ATTaGCa520All0.000001
S212L212StTatCa1717AY.40.000026
S212L212VTtaGta1515AY.430.000066
S212L212StTatCa1414AY.39.10.000555
S212L212delTTA---1414AY.430.000062
S212L212VTtaGta1313B.1.4290.000306
S212L212LTtaCta612AY.440.000037
S212L212LttAttG612AY.440.000037
S212L212StTatCa1212B.1.1.70.000011
S212L212delTTA---1111B.10.000101
S212L212VTtaGta1111B.1.1.280.003424
S212L212FttAttT1111B.1.1.70.00001
S212L212ITtaAta1010AY.260.000283
S212L212LTtaCta59AY.40.000008
S212L212LttAttG49AY.40.000006
S212L212LTtaCta99AY.430.00004
S212L212ITtaAta99AY.540.000858
S212L212StTatCa99B.1.617.20.000034
S212L212ITtaAta88AY.30.00008
S212L212ITtaAta88AY.320.00426
S212L212delTTA---88AY.40.000012
S212L212FttAttT88AY.40.000012
S212L212delTTA---88B.1.1770.000105
S212L212StTatCa88B.1.3510.000238
S212L212delTTA---88B.1.617.20.00003
S212L212delTTA---88P.10.000126
S212L212delTTA---88P.1.150.001859
S212L212ATTAGCG77A.2.50.003493
S212L212ATTAGCG57A.2.5.10.024038
S212L212ATTaGCa27A.2.5.10.009615
S212L212ITtaAta77AY.1030.000043
S212L212delTTA---77AY.4.50.000752
S212L212LTtaCta57B.10.000046
S212L212LttAttG27B.10.000018
S212L212StTAtCG36A.2.5.20.004717
S212L212VTtaGta36A.2.5.20.004717
S212L212ATTAGCG36A.2.5.20.004717
S212L212ATTaGCa36A.2.5.20.004717
S212L212VTtAGtG36A.2.5.20.004717
S212L212StTatCa36A.2.5.20.004717
S212L212LTtaCta66AY.290.000095
S212L212ITtaAta66AY.9.20.00022
S212L212VTtaGta66B.1.1.70.000005
S212L212ITtaAta66B.1.1600.000187
S212L212ITtaAta66B.1.2340.000792
S212L212StTatCa66B.1.4290.000141
S212L212ITtaAta66B.1.6210.000531
S212L212delTTA---66C.370.000696
S212L212LttAttG35A.2.5.20.004717
S212L212LTtACtG15A.2.5.20.001572
S212L212LTtaCta15A.2.5.20.001572
S212L212ITtaAta55AY.200.000194
S212L212StTatCa55AY.3.10.000426
S212L212ITtaAta55AY.4.50.000537
S212L212ITtaAta55AY.430.000022
S212L212ITtaAta55B.10.000046
S212L212ITtaAta55B.1.2430.000348
S212L212LTtaCta55B.1.617.20.000019
S212L212ITtaAta44A.2.50.001996
S212L212StTatCa24A.2.5.10.009615
S212L212VTtAGtG24A.2.5.10.009615
S212L212StTAtCG24A.2.5.10.009615
S212L212VTtaGta24A.2.5.10.009615
S212L212XtTatGa24All0
S212L212XtTatAa24All0
S212L212delTTA---44AY.1200.000149
S212L212delTTA---44AY.260.000113
S212L212ITtaAta44AY.3.10.000341
S212L212ITtaAta44AY.4.2.10.000596
S212L212ITtaAta44AY.60.000165
S212L212StTatCa44AY.850.001709
S212L212ITtaAta44AY.98.10.000194
S212L212StTatCa44B.1.1.100.004459
S212L212StTAtCG33A.2.50.001497
S212L212LttAttG33A.2.5.10.014423
S212L212PTTaCCa23All0
S212L212PTTACCG13All0
S212L212delTTA---33AY.1000.000138
S212L212VTtaGta33AY.1030.000019
S212L212LttAttG23AY.1030.000012
S212L212LTtaCta13AY.1030.000006
S212L212delTTA---33AY.30.00003
S212L212LTtaCta33AY.330.0002
S212L212FttAttT33AY.4.50.000322
S212L212ITtaAta33AY.440.000018
S212L212delTTA---33AY.440.000018
S212L212ITtaAta33AY.470.000093
S212L212LttAttG33AY.610.000314
S212L212ITtaAta33AY.710.001425
S212L212ITtaAta33B.1.10.000054
S212L212LttAttG23B.1.10.000036
S212L212LTtaCta13B.1.10.000018
S212L212StTatCa33B.1.1.1890.004539
S212L212StTatCa33B.1.2210.000213
S212L212VTtaGta33B.1.2430.000209
S212L212delTTA---33B.1.3510.000089
S212L212LTtaCta33B.1.360.000438
S212L212StTatCa33B.1.360.000438
S212L212StTatCa220.111111
S212L212XtTatGa220.111111
S212L212ITtaAta22A0.000774
S212L212PTTACCG12A.2.5.20.001572
S212L212PTTaCCa12A.2.5.20.001572
S212L212QTTACAG22All0
S212L212del2TTa--a22All0
S212L212VTtaGta22AY.10.000791
S212L212ITtaAta22AY.1050.001286
S212L212ITtaAta22AY.230.000139
S212L212delTTA---22AY.250.000012
S212L212LttAttG22AY.270.000129
S212L212ITtaAta22AY.390.000049
S212L212StTatCa22AY.390.000049
S212L212VTtaGta22AY.410.000588
S212L212VTtaGta22AY.450.000243
S212L212StTatCa22AY.460.000208
S212L212FttAttT22AY.610.00021
S212L212LttAttG22AY.740.000231
S212L212ITtaAta22AY.850.000854
S212L212LttAttG22AY.9.20.000073
S212L212delTTA---22AY.950.001522
S212L212delTTA---22B.1.10.000036
S212L212LttAttG22B.1.1.3690.000892
S212L212delTTA---22B.1.1.370.000386
S212L212ITtaAta22B.1.177.520.003515
S212L212LTtaCta12B.1.20.000009
S212L212LttAttG12B.1.20.000009
S212L212StTatCa22B.1.2410.001623
S212L212LTtaCta22B.1.2580.000133
S212L212ITtaAta22B.1.5750.000607
S212L212StTatCa22B.1.617.10.000258
S212L212ITtaAta22C.110.021277
S212L212VTtaGta22C.36.30.001134
S212L212LttAttG22P.10.000032
S212L212StTatCa22P.10.000032
S212L212FttAttC12P.10.000016
S212L212FttAttT12P.10.000016
S212L212StTatCa11A.10.000282
S212L212ITtaAta11A.20.000662
S212L212delTTA---11A.2.50.000499
S212L212delTTA---11AA.10.007246
S212L212del1ttAtt-11All0
S212L212ITtaAta11AY.1020.000027
S212L212StTatCa11AY.1020.000027
S212L212delTTA---11AY.1020.000027
S212L212LttAttG11AY.1020.000027
S212L212FttAttT11AY.1020.000027
S212L212StTatCa11AY.1030.000006
S212L212XtTatAa11AY.1030.000006
S212L212LTtaCta11AY.1100.000113
S212L212LttAttG11AY.1180.000063
S212L212delTTA---11AY.1190.000035
S212L212ITtaAta11AY.1190.000035
S212L212VTtaGta11AY.1200.000037
S212L212FttAttT11AY.1200.000037
S212L212StTatCa11AY.16.10.00047
S212L212delTTA---11AY.200.000039
S212L212StTatCa11AY.230.00007
S212L212delTTA---11AY.240.000431
S212L212ITtaAta11AY.240.000431
S212L212VTtaGta11AY.240.000431
S212L212FttAttT11AY.250.000006
S212L212ITtaAta11AY.250.000006
S212L212LTtaCta11AY.250.000006
S212L212VTtaGta11AY.250.000006
S212L212StTatCa11AY.260.000028
S212L212delTTA---11AY.270.000065
S212L212delTTA---11AY.290.000016
S212L212LTtaCta11AY.30.00001
S212L212delTTA---11AY.300.000396
S212L212LTtaCta11AY.320.000532
S212L212VTtaGta11AY.330.000067
S212L212VTtaGta11AY.340.000097
S212L212LTtaCta11AY.360.000148
S212L212ITtaAta11AY.380.000499
S212L212LttAttG11AY.390.000025
S212L212ITtaAta11AY.39.10.00004
S212L212del2TTa--a11AY.40.000002
S212L212VTtaGta11AY.40.000002
S212L212delTTA---11AY.4.20.000022
S212L212ITtaAta11AY.4.20.000022
S212L212LTtaCta11AY.4.20.000022
S212L212StTatCa11AY.420.00004
S212L212ITtaAta11AY.420.00004
S212L212VTtaGta11AY.420.00004
S212L212QTTACAG11AY.430.000004
S212L212StTAtCC11AY.430.000004
S212L212PTTaCCa11AY.430.000004
S212L212delTTA---11AY.46.20.000635
S212L212ITtaAta11AY.46.40.000165
S212L212delTTA---11AY.46.60.000072
S212L212StTatCa11AY.46.60.000072
S212L212delTTA---11AY.470.000031
S212L212LTtaCta11AY.470.000031
S212L212LTtaCta11AY.480.000465
S212L212VTtaGta11AY.50.000021
S212L212LttAttG11AY.50.000021
S212L212StTatCa11AY.5.30.000337
S212L212ITtaAta11AY.530.000288
S212L212StTatCa11AY.590.00053
S212L212LTtaCta11AY.590.00053
S212L212ITtaAta11AY.610.000105
S212L212delTTA---11AY.610.000105
S212L212LTtaCta11AY.630.000387
S212L212LttAttG11AY.680.000274
S212L212LTtaCta11AY.690.000187
S212L212VTtaGta11AY.690.000187
S212L212FttAttT11AY.690.000187
S212L212StTatCa11AY.690.000187
S212L212ITtaAta11AY.70.000196
S212L212VTtaGta11AY.700.000209
S212L212FttAttT11AY.80.000606
S212L212FttAttT11AY.870.000833
S212L212ITtaAta11AY.870.000833
S212L212FttAttT11AY.90.000068
S212L212VTtaGta11AY.9.20.000037
S212L212VTtaGta11AY.910.00073
S212L212VTtaGta11AY.91.10.004065
S212L212delTTA---11AY.960.002075
S212L212delTTA---11AY.980.000079
S212L212VTtaGta11AY.98.10.000048
S212L212QTTACAG11AY.98.10.000048
S212L212delTTA---11AY.99.10.001553
S212L212ITtaAta11AY.99.20.000092
S212L212LttAttG11AZ.10.000867
S212L212ITtaAta11AZ.20.000821
S212L212delTTA---11B0.000128
S212L212LttAttG11B0.000128
S212L212ITtaAta11B0.000128
S212L212VTtAGtC11B.10.000009
S212L212XtTatAa11B.1.10.000018
S212L212del2TTa--a11B.1.10.000018
S212L212delTTA---11B.1.1.10.000327
S212L212LTtaCta11B.1.1.1760.000439
S212L212ITtaAta11B.1.1.2140.000055
S212L212LTtaCta11B.1.1.2160.00089
S212L212VTtaGta11B.1.1.2200.001859
S212L212ITtaAta11B.1.1.2740.005051
S212L212FttAttT11B.1.1.2770.000759
S212L212delTTA---11B.1.1.3150.008475
S212L212VTtaGta11B.1.1.3170.000412
S212L212ITtaAta11B.1.1.330.000421
S212L212delTTA---11B.1.1.330.000421
S212L212delTTA---11B.1.1.390.00051
S212L212ITtaAta11B.1.1.3980.003226
S212L212ITtaAta11B.1.1.5190.00004
S212L212delTTA---11B.1.1.700.000341
S212L212delTTA---11B.1.1400.018868
S212L212LTtaCta11B.1.1600.000031
S212L212delTTA---11B.1.160.230.004831
S212L212StTatCa11B.1.1770.000013
S212L212delTTA---11B.1.177.160.000664
S212L212delTTA---11B.1.177.180.00116
S212L212delTTA---11B.1.177.60.000977
S212L212delTTA---11B.1.177.620.001192
S212L212delTTA---11B.1.177.690.001484
S212L212delTTA---11B.1.20.000009
S212L212ITtaAta11B.1.20.000009
S212L212StTatCa11B.1.20.000009
S212L212delTTA---11B.1.2180.005155
S212L212StTatCa11B.1.2430.00007
S212L212delTTA---11B.1.2580.000067
S212L212ITtaAta11B.1.2580.000067
S212L212VTtaGta11B.1.3510.00003
S212L212delTTA---11B.1.351.20.000303
S212L212StTatCa11B.1.351.30.000876
S212L212VTtaGta11B.1.360.000146
S212L212delTTA---11B.1.36.180.00042
S212L212FttAttT11B.1.3910.001127
S212L212delTTA---11B.1.4090.000781
S212L212LTtaCta11B.1.4260.001009
S212L212delTTA---11B.1.466.20.000391
S212L212delTTA---11B.1.5170.000427
S212L212delTTA---11B.1.5610.000397
S212L212StTatCa11B.1.5870.001898
S212L212LTtaCta11B.1.5950.000261
S212L212FttAttT11B.1.5960.000087
S212L212LttAttG11B.1.5960.000087
S212L212delTTA---11B.1.5990.00365
S212L212delTTA---11B.1.617.10.000129
S212L212FttAttT11B.1.617.20.000004
S212L212delTTA---11B.1.6200.000946
S212L212delTTA---11B.1.6210.000089
S212L212LttAttG11B.1.6210.000089
S212L212ITtaAta11B.1.621.10.000506
S212L212LTtACtG11B.1.6300.005236
S212L212delTTA---11B.1.6300.005236
S212L212ITtaAta11B.1.6370.000073
S212L212delTTA---11B.1.6380.052632
S212L212LttAttG11B.6.60.000889
S212L212ITtaAta11C.1.20.004255
S212L212LttAttG11D.20.000075
S212L212FttAttT11D.20.000075
S212L212ITtaAta11P.10.000016
S212L212VTtaGta11P.10.000016
S212L212delTTA---11P.1.10.000318
S212L212del1ttAtt-11P.1.150.000232
S212L212ITtaAta11P.1.70.000319
S212L212delTTA---11U.30.003861