CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 210 & Codon = ---

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	210	I210del		del	ATT	---	2796	2796	1	22190-22192

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	210	I210del	ATT	---	2796	2796	All	0.000535
S	210	I210del	ATT	---	598	598	AY.13	0.096265
S	210	I210del	ATT	---	421	421	AY.29	0.006641
S	210	I210del	ATT	---	339	339	B.1.36	0.04946
S	210	I210del	ATT	---	305	305	B.1.36.9	0.980707
S	210	I210del	ATT	---	168	168	B.1.36.7	0.672
S	210	I210del	ATT	---	125	125	B.1.36.33	0.94697
S	210	I210del	ATT	---	105	105	B.1.617.2	0.000395
S	210	I210del	ATT	---	99	99	B.1.1.7	0.000089
S	210	I210del	ATT	---	81	81	AY.102	0.002148
S	210	I210del	ATT	---	76	76	AY.4	0.000118
S	210	I210del	ATT	---	35	35	AY.43	0.000155
S	210	I210del	ATT	---	27	27	AY.3	0.000269
S	210	I210del	ATT	---	25	25	B.1	0.000229
S	210	I210del	ATT	---	23	23	AY.68	0.006296
S	210	I210del	ATT	---	20	20	AY.25	0.00012
S	210	I210del	ATT	---	18	18	AY.103	0.000112
S	210	I210del	ATT	---	15	15	AY.120	0.000558
S	210	I210del	ATT	---	14	14	B.1.177	0.000184
S	210	I210del	ATT	---	13	13	AY.39	0.000321
S	210	I210del	ATT	---	13	13	AY.44	0.000079
S	210	I210del	ATT	---	13	13	AY.5	0.000268
S	210	I210del	ATT	---	11	11	B.1.243	0.000765
S	210	I210del	ATT	---	10	10	AY.26	0.000283
S	210	I210del	ATT	---	9	9	B.1.638	0.473684
S	210	I210del	ATT	---	8	8	AY.4.5	0.00086
S	210	I210del	ATT	---	8	8	AY.54	0.000763
S	210	I210del	ATT	---	8	8	P.1.15	0.001859
S	210	I210del	ATT	---	7	7	AY.119	0.000247
S	210	I210del	ATT	---	7	7	AY.29.1	0.001544
S	210	I210del	ATT	---	7	7	AY.67	0.00325
S	210	I210del	ATT	---	7	7	B.1.1	0.000127
S	210	I210del	ATT	---	7	7	B.1.214.2	0.004197
S	210	I210del	ATT	---	7	7	B.1.36.35	0.018229
S	210	I210del	ATT	---	7	7	P.1	0.00011
S	210	I210del	ATT	---	6	6	C.37	0.000696
S	210	I210del	ATT	---	5	5	A.30	0.714286
S	210	I210del	ATT	---	5	5	AY.117	0.000423
S	210	I210del	ATT	---	4	4	AY.116	0.001147
S	210	I210del	ATT	---	4	4	AY.20	0.000155
S	210	I210del	ATT	---	4	4	AY.39.1	0.000158
S	210	I210del	ATT	---	4	4	AY.42	0.000161
S	210	I210del	ATT	---	4	4	AY.9.2	0.000147
S	210	I210del	ATT	---	4	4	B.1.468	0.022857
S	210	I210del	ATT	---	3	3	AY.98	0.000237
S	210	I210del	ATT	---	3	3	B.1.1.214	0.000166
S	210	I210del	ATT	---	3	3	B.1.160	0.000094
S	210	I210del	ATT	---	3	3	B.1.351	0.000089
S	210	I210del	ATT	---	3	3	B.1.36.22	0.003623
S	210	I210del	ATT	---	3	3	B.1.596	0.000261
S	210	I210del	ATT	---	3	3	B.1.628	0.001057
S	210	I210del	ATT	---	2	2		0.111111
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.100	0.000092
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.113	0.000285
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.14	0.000176
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.35	0.000466
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.4.2	0.000043
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.45	0.000243
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.46	0.000208
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.46.6	0.000144
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.47	0.000062
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.6	0.000082
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.75	0.000112
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.84	0.000875
S	210	I210del	ATT	---	2	2	AY.99.2	0.000184
S	210	I210del	ATT	---	2	2	B	0.000256
S	210	I210del	ATT	---	2	2	B.1.1.519	0.000079
S	210	I210del	ATT	---	2	2	B.1.260	0.006689
S	210	I210del	ATT	---	2	2	B.1.637	0.000146
S	210	I210del	ATT	---	1	1	A.2.5	0.000499
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.114	0.000231
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.118	0.000063
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.16	0.00038
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.24	0.000431
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.30	0.000396
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.33	0.000067
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.34.1	0.00051
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.62	0.000436
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.64	0.000595
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.7.1	0.000113
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.74	0.000116
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.88	0.000884
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.9.1	0.000084
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.91	0.00073
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.92	0.000287
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.95	0.000761
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.96	0.002075
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.98.1	0.000048
S	210	I210del	ATT	---	1	1	AY.99.1	0.001553
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.315	0.008475
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.316	0.000925
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.39	0.00051
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.413	0.006897
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.51	0.001718
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.528	0.004808
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.63	0.000386
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.1.99	0.02381
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.140	0.018868
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.177.69	0.001484
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.177.80	0.001912
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.2	0.000009
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.218	0.005155
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.241	0.000812
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.36.10	0.004785
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.36.12	0.009615
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.36.16	0.001425
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.36.8	0.001
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.409	0.000781
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.438.1	0.000107
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.533	0.009615
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.554	0.004405
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.561	0.000397
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.621	0.000089
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.630	0.005236
S	210	I210del	ATT	---	1	1	B.1.9.5	0.005682
S	210	I210del	ATT	---	1	1	C.33	0.058824
S	210	I210del	ATT	---	1	1	P.1.1	0.000318
S	210	I210del	ATT	---	1	1	P.1.4	0.000977
S	210	I210del	ATT	---	1	1	Q.1	0.000126
S	210	I210del	ATT	---	1	1	U.3	0.003861

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.