CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 198 | D198G | nonsyn | gAt | gGt | 1053 | 1051 | 0.998101 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198G | nonsyn | gAT | gGA | 1053 | 2 | 0.00189934 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198D | syn | gaT | gaC | 673 | 673 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198Y | nonsyn | Gat | Tat | 464 | 464 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198del | del | GAT | --- | 177 | 177 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198H | nonsyn | Gat | Cat | 134 | 134 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198A | nonsyn | gAt | gCt | 44 | 44 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198V | nonsyn | gAt | gTt | 34 | 33 | 0.970588 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198V | nonsyn | gAT | gTG | 34 | 1 | 0.0294118 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198N | nonsyn | Gat | Aat | 28 | 28 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198E | nonsyn | gaT | gaG | 21 | 13 | 0.619048 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198E | nonsyn | gaT | gaA | 21 | 8 | 0.380952 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198del1 | del | Gat | -at | 7 | 4 | 0.571429 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198del1 | del | gaT | ga- | 7 | 3 | 0.428571 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198C | nonsyn | GAt | TGt | 2 | 2 | 1 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198del2 | del | gAT | g-- | 2 | 1 | 0.5 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198del2 | del | GAt | --t | 2 | 1 | 0.5 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198X | nonsyn | GAT | TGA | 2 | 1 | 0.5 | 22154-22156 | |
S | 198 | D198X | nonsyn | GaT | TaA | 2 | 1 | 0.5 | 22154-22156 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1051 | 1053 | All | 0.000201 |
S | 198 | D198G | gAT | gGA | 2 | 1053 | All | 0 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 673 | 673 | All | 0.000129 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 464 | 464 | All | 0.000089 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 342 | 342 | B.1.2 | 0.003011 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 200 | 200 | B.1.1.306 | 0.087681 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 177 | 177 | All | 0.000034 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 172 | 172 | B.1.1.196 | 0.982857 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 164 | 164 | B.1.1.7 | 0.000147 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 161 | 161 | AY.4 | 0.000251 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 134 | 134 | All | 0.000026 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 111 | 111 | B.1.1.7 | 0.000099 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 65 | 65 | B.1.1.7 | 0.000058 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 48 | 48 | AY.103 | 0.000298 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 45 | 45 | AY.62 | 0.019608 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 44 | 44 | All | 0.000008 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 43 | 43 | B.1.1.7 | 0.000038 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 41 | 41 | AY.4 | 0.000064 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 39 | 39 | B.1 | 0.000357 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 38 | 38 | B.1.241 | 0.030844 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 33 | 34 | All | 0.000006 |
S | 198 | D198V | gAT | gTG | 1 | 34 | All | 0 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 34 | 34 | AY.34 | 0.003297 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 28 | 29 | B.1.617.2 | 0.000105 |
S | 198 | D198G | gAT | gGA | 1 | 29 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 28 | 28 | All | 0.000005 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 26 | 26 | AY.43 | 0.000115 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 26 | 26 | AY.44 | 0.000158 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 26 | 26 | B.1.1.483 | 1 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 24 | 24 | AY.4 | 0.000037 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 24 | 24 | B.1.538 | 0.193548 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 23 | 23 | B.1.2 | 0.000203 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 13 | 21 | All | 0.000002 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 8 | 21 | All | 0.000002 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 19 | 19 | B.1.617.2 | 0.000072 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 19 | 19 | B.1.617.2 | 0.000072 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 17 | 17 | AY.4 | 0.000026 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 17 | 17 | AY.44 | 0.000103 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 17 | 17 | B.1.1.1 | 0.005554 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 16 | 16 | B.1.621 | 0.001416 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 15 | 15 | AY.102 | 0.000398 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 14 | 14 | AY.43 | 0.000062 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 14 | 14 | B.1.1.7 | 0.000013 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 13 | 13 | AY.4 | 0.00002 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 13 | 13 | AY.74 | 0.001503 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 12 | 12 | B.1 | 0.00011 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 12 | 12 | B.1.1.521 | 0.064171 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 12 | 12 | B.1.177.44 | 0.006227 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.42 | 0.000443 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.43 | 0.000049 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 11 | 11 | AY.5 | 0.000227 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 11 | 11 | P.1 | 0.000173 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 10 | 10 | AY.26 | 0.000283 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 10 | 10 | AY.99.2 | 0.000922 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 10 | 10 | B.1.177 | 0.000132 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 10 | 10 | B.1.617.2 | 0.000038 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 9 | 9 | AY.39 | 0.000222 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 9 | 9 | AY.4 | 0.000014 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 9 | 9 | AY.9.2 | 0.000331 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 9 | 9 | B.1.1 | 0.000163 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.1.309 | 0.052632 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 9 | 9 | B.1.258 | 0.000599 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 9 | 9 | B.1.526 | 0.000212 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 9 | 9 | P.1.15 | 0.002091 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 8 | 8 | AY.119 | 0.000282 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 8 | 8 | AY.43 | 0.000035 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 8 | 8 | B.1.2 | 0.00007 |
S | 198 | D198del1 | Gat | -at | 4 | 7 | All | 0.000001 |
S | 198 | D198del1 | gaT | ga- | 3 | 7 | All | 0.000001 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 7 | 7 | AY.20 | 0.000272 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.3 | 0.00007 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 7 | 7 | P.1 | 0.00011 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 6 | 6 | AY.3 | 0.00006 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 6 | 6 | AY.4.5 | 0.000645 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1 | 0.000055 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1 | 0.000055 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 6 | 6 | B.1.1.47 | 0.032086 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 5 | 6 | B.1.1.7 | 0.000004 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 1 | 6 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 6 | 6 | B.1.258 | 0.000399 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 6 | 6 | B.1.526 | 0.000141 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 6 | 6 | C.37 | 0.000696 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 5 | 5 | AY.4 | 0.000008 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 5 | 5 | AY.4.5 | 0.000537 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 5 | 5 | AY.43 | 0.000022 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 5 | 5 | B.1.1 | 0.000091 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.351 | 0.000149 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 5 | 5 | B.1.429 | 0.000118 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 4 | 4 | 0.222222 | |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.25 | 0.000024 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 4 | 4 | B.1.1.7 | 0.000004 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 4 | 4 | B.1.214.2 | 0.002398 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.36 | 0.000584 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 4 | 4 | B.1.427 | 0.000202 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.111 | 0.000549 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.33 | 0.0002 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 3 | 3 | AY.36 | 0.000445 |
S | 198 | D198del1 | Gat | -at | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.4.3 | 0.002525 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 3 | 3 | AY.43 | 0.000013 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 3 | 3 | AY.5.4 | 0.00083 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 3 | 3 | AY.8 | 0.001818 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | AY.93 | 0.000819 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 3 | 3 | AY.99.2 | 0.000276 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.1.231 | 0.009288 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 3 | 3 | B.1.1.519 | 0.000119 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.160 | 0.000094 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 3 | 3 | B.1.177.35 | 0.002073 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 3 | 3 | B.1.596 | 0.000261 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | A.2.5 | 0.000998 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | AE.6 | 0.076923 |
S | 198 | D198C | GAt | TGt | 2 | 2 | All | 0 |
S | 198 | D198del2 | gAT | g-- | 1 | 2 | All | 0 |
S | 198 | D198X | GAT | TGA | 1 | 2 | All | 0 |
S | 198 | D198X | GaT | TaA | 1 | 2 | All | 0 |
S | 198 | D198del2 | GAt | --t | 1 | 2 | All | 0 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 1 | 2 | AY.103 | 0.000006 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 1 | 2 | AY.103 | 0.000006 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.14 | 0.000176 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.29.1 | 0.000441 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.38 | 0.000999 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.39.1 | 0.000079 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 2 | 2 | AY.46.2 | 0.001271 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.47 | 0.000062 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.78 | 0.003082 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | AY.87 | 0.001665 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | AY.99.2 | 0.000184 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.1.33 | 0.000842 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 198 | D198V | gAT | gTG | 1 | 2 | B.1.105 | 0.009615 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 1 | 2 | B.1.105 | 0.009615 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | B.1.177 | 0.000026 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.369 | 0.00057 |
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S | 198 | D198X | GAT | TGA | 1 | 2 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 2 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 198 | D198X | GaT | TaA | 1 | 2 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
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S | 198 | D198D | gaT | gaC | 2 | 2 | C.37 | 0.000232 |
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S | 198 | D198del1 | Gat | -at | 1 | 1 | AM.3 | 0.033333 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.101 | 0.00049 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
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S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
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S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
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S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
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S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
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S | 198 | D198E | gaT | gaG | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
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S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
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S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
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S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
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S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
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S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.86 | 0.00083 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
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S | 198 | D198del1 | gaT | ga- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.9.2.1 | 0.001976 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | AY.99.2 | 0.000092 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.139 | 0.022727 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.157 | 0.000913 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.170 | 0.001247 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
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S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.434 | 0.000349 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.1.63 | 0.000386 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.160.23 | 0.004831 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 198 | D198del2 | GAt | --t | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.177.42 | 0.000894 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.56 | 0.000668 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.57 | 0.000281 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.6 | 0.000977 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.62 | 0.001192 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
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S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.195 | 0.005025 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.206 | 0.000816 |
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S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.218 | 0.005155 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.221.2 | 0.004016 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | B.1.222 | 0.001692 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
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S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.258.17 | 0.000104 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.258.3 | 0.001675 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.337 | 0.005587 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.340 | 0.004292 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.351.2 | 0.000303 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.351.5 | 0.0006 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.36 | 0.000146 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.16 | 0.001425 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.36.17 | 0.000494 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 198 | D198E | gaT | gaG | 1 | 1 | B.1.36.35 | 0.002604 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.367 | 0.000792 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 198 | D198C | GAt | TGt | 1 | 1 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.470 | 0.001404 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.516 | 0.001957 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.533 | 0.009615 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.570 | 0.002941 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.575 | 0.000303 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.602 | 0.006536 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.609 | 0.000479 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
S | 198 | D198A | gAt | gCt | 1 | 1 | B.1.630 | 0.005236 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.630 | 0.005236 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.630 | 0.005236 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | B.1.632 | 0.006711 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | B.1.638 | 0.052632 |
S | 198 | D198E | gaT | gaA | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | C.1.1 | 0.076923 |
S | 198 | D198N | Gat | Aat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 198 | D198H | Gat | Cat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 198 | D198G | gAt | gGt | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 198 | D198V | gAt | gTt | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1.14 | 0.000048 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 198 | D198D | gaT | gaC | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
S | 198 | D198Y | Gat | Tat | 1 | 1 | R.1 | 0.00009 |
S | 198 | D198del | GAT | --- | 1 | 1 | U.3 | 0.003861 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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