CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 183 | Q183H | nonsyn | caG | caT | 1000 | 998 | 0.998 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183H | nonsyn | caG | caC | 1000 | 2 | 0.002 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183R | nonsyn | cAg | cGg | 592 | 592 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183Q | syn | caG | caA | 527 | 527 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del | del | CAG | --- | 200 | 200 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183P | nonsyn | cAg | cCg | 128 | 120 | 0.9375 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183P | nonsyn | cAG | cCC | 128 | 7 | 0.0546875 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183P | nonsyn | cAG | cCT | 128 | 1 | 0.0078125 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183L | nonsyn | cAg | cTg | 107 | 104 | 0.971963 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183L | nonsyn | cAG | cTT | 107 | 2 | 0.0186916 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183L | nonsyn | cAG | cTA | 107 | 1 | 0.00934579 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183E | nonsyn | Cag | Gag | 87 | 87 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183Y | nonsyn | CaG | TaT | 75 | 75 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183K | nonsyn | Cag | Aag | 67 | 66 | 0.985075 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183K | nonsyn | CaG | AaA | 67 | 1 | 0.0149254 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183X | nonsyn | Cag | Tag | 17 | 16 | 0.941176 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183X | nonsyn | CAG | TGA | 17 | 1 | 0.0588235 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del1 | del | caG | ca- | 14 | 8 | 0.571429 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del1 | del | Cag | -ag | 14 | 3 | 0.214286 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del1 | del | CAG | -NN | 14 | 1 | 0.0714286 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del1 | del | CAG | -MR | 14 | 1 | 0.0714286 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del1 | del | CAG | -CA | 14 | 1 | 0.0714286 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del2 | del | cAG | c-- | 9 | 5 | 0.555556 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del2 | del | CAg | --g | 9 | 3 | 0.333333 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183del2 | del | CAG | --N | 9 | 1 | 0.111111 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183M | nonsyn | CAg | ATg | 7 | 7 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183T | nonsyn | CAG | ACA | 2 | 2 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183I | nonsyn | CAG | ATT | 2 | 2 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183A | nonsyn | CAg | GCg | 1 | 1 | 1 | 22109-22111 | |
S | 183 | Q183W | nonsyn | CAg | TGg | 1 | 1 | 1 | 22109-22111 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 998 | 1000 | All | 0.000191 |
S | 183 | Q183H | caG | caC | 2 | 1000 | All | 0 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 592 | 592 | All | 0.000113 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 527 | 527 | All | 0.000101 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 283 | 283 | P.1.10 | 0.07626 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 278 | 278 | B.1.1.7 | 0.000249 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 200 | 200 | All | 0.000038 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 166 | 166 | AY.5 | 0.003428 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 138 | 138 | AY.116.1 | 0.042977 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 120 | 128 | All | 0.000023 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCC | 7 | 128 | All | 0.000001 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCT | 1 | 128 | All | 0 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 104 | 107 | All | 0.00002 |
S | 183 | Q183L | cAG | cTT | 2 | 107 | All | 0 |
S | 183 | Q183L | cAG | cTA | 1 | 107 | All | 0 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 98 | 98 | C.37 | 0.011374 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 95 | 95 | AY.103 | 0.00059 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 87 | 87 | All | 0.000017 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 77 | 77 | AY.4 | 0.00012 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 77 | 77 | AY.42 | 0.003098 |
S | 183 | Q183Y | CaG | TaT | 75 | 75 | All | 0.000014 |
S | 183 | Q183Y | CaG | TaT | 75 | 75 | AY.103 | 0.000466 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 69 | 69 | B.1.2 | 0.000608 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 66 | 67 | All | 0.000013 |
S | 183 | Q183K | CaG | AaA | 1 | 67 | All | 0 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 66 | 66 | AY.39 | 0.001631 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 58 | 58 | AY.26 | 0.001642 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 47 | 47 | B.1.1.7 | 0.000042 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 43 | 43 | B.1.1.7 | 0.000038 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 40 | 40 | AY.43 | 0.000177 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 38 | 38 | AY.4 | 0.000059 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 37 | 37 | B.1.1.7 | 0.000033 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 32 | 32 | B.1 | 0.000293 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 32 | 32 | B.1.617.2 | 0.00012 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 31 | 31 | AY.39 | 0.000766 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 29 | 29 | B.1.617.2 | 0.000109 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 23 | 23 | AY.98 | 0.001817 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 22 | 22 | B.1.221 | 0.001563 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 19 | 19 | B.1.1.214 | 0.001054 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 19 | 19 | B.1.1.7 | 0.000017 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 19 | 19 | P.1 | 0.000299 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 16 | 17 | All | 0.000003 |
S | 183 | Q183X | CAG | TGA | 1 | 17 | All | 0 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 17 | 17 | AY.43 | 0.000075 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 17 | 17 | AY.9.1 | 0.001423 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 15 | 15 | AY.4 | 0.000023 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 15 | 15 | AY.44 | 0.000091 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 15 | 15 | B.1.617.2 | 0.000056 |
S | 183 | Q183del1 | caG | ca- | 8 | 14 | All | 0.000002 |
S | 183 | Q183del1 | Cag | -ag | 3 | 14 | All | 0.000001 |
S | 183 | Q183del1 | CAG | -NN | 1 | 14 | All | 0 |
S | 183 | Q183del1 | CAG | -MR | 1 | 14 | All | 0 |
S | 183 | Q183del1 | CAG | -CA | 1 | 14 | All | 0 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 14 | 14 | AY.102 | 0.000371 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 14 | 14 | B.1.177 | 0.000184 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 14 | 14 | B.1.637 | 0.001023 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 13 | 13 | AY.43 | 0.000058 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 12 | 12 | B.1.1.7 | 0.000011 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 12 | 12 | B.1.177 | 0.000158 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 12 | 12 | B.1.617.2 | 0.000045 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 11 | 11 | AY.4 | 0.000017 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 11 | 11 | AY.43 | 0.000049 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 10 | 10 | AY.25 | 0.00006 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 10 | 10 | B.1 | 0.000092 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 10 | 10 | B.1.177 | 0.000132 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 10 | 10 | P.1.15 | 0.002323 |
S | 183 | Q183del2 | cAG | c-- | 5 | 9 | All | 0.000001 |
S | 183 | Q183del2 | CAg | --g | 3 | 9 | All | 0.000001 |
S | 183 | Q183del2 | CAG | --N | 1 | 9 | All | 0 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 9 | 9 | AY.4 | 0.000014 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 9 | 9 | AY.44 | 0.000055 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 9 | 9 | B.1.2 | 0.000079 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 9 | 9 | B.1.258 | 0.000599 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 8 | 8 | AY.102 | 0.000212 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 8 | 8 | AY.4 | 0.000012 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 8 | 8 | AY.4.5 | 0.00086 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 8 | 8 | AY.43 | 0.000035 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 8 | 8 | B.1.480 | 0.0199 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 8 | 8 | B.1.617.2 | 0.00003 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 8 | 8 | C.37 | 0.000929 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 8 | 8 | P.1 | 0.000126 |
S | 183 | Q183M | CAg | ATg | 7 | 7 | All | 0.000001 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 7 | 7 | AY.39 | 0.000173 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCC | 3 | 7 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 3 | 7 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCT | 1 | 7 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 7 | 7 | B.1.258 | 0.000466 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 6 | 6 | AY.109 | 0.004438 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 6 | 6 | AY.3 | 0.00006 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 6 | 6 | AY.43 | 0.000027 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 6 | 6 | AY.46 | 0.000624 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 6 | 6 | AY.75 | 0.000336 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 6 | 6 | B.1 | 0.000055 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 5 | 6 | B.1.1 | 0.000091 |
S | 183 | Q183H | caG | caC | 1 | 6 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 6 | 6 | B.1.351 | 0.000178 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 6 | 6 | B.1.438.1 | 0.000644 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 6 | 6 | B.1.617.2 | 0.000023 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 3 | 5 | 0.166667 | |
S | 183 | Q183L | cAG | cTT | 2 | 5 | 0.111111 | |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 5 | 5 | AY.103 | 0.000031 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 5 | 5 | AY.25 | 0.00003 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 5 | 5 | AY.3 | 0.00005 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 5 | 5 | B.1 | 0.000046 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 5 | 5 | B.1.1 | 0.000091 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 5 | 5 | B.1.1.153 | 0.005476 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 5 | 5 | B.1.1.519 | 0.000199 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 5 | 5 | B.1.486 | 0.555556 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 5 | 5 | C.37 | 0.00058 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 5 | 5 | P.1.17 | 0.000809 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 4 | 4 | A.2 | 0.002647 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 4 | 4 | AY.102 | 0.000106 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 4 | 4 | AY.35 | 0.000932 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 4 | 4 | AY.39 | 0.000099 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 4 | 4 | AY.44 | 0.000024 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 4 | 4 | B.1.160 | 0.000125 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 4 | 4 | B.1.551 | 0.005161 |
S | 183 | Q183del1 | caG | ca- | 4 | 4 | P.1 | 0.000063 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 3 | 3 | AY.103 | 0.000019 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | AY.14 | 0.000264 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 3 | 3 | AY.25 | 0.000018 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | AY.39 | 0.000074 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 3 | 3 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 3 | 3 | AY.4.2.1 | 0.000447 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | AY.75.1 | 0.000541 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 3 | 3 | B.1.1.214 | 0.000166 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 3 | 3 | B.1.1.434 | 0.001046 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | B.1.1.448 | 0.006098 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 3 | 3 | B.1.1.7 | 0.000003 |
S | 183 | Q183del2 | cAG | c-- | 2 | 3 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 183 | Q183del2 | CAg | --g | 1 | 3 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 3 | 3 | B.1.177 | 0.00004 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | B.1.177.19 | 0.004292 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 3 | 3 | B.1.36 | 0.000438 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | B.1.617.1 | 0.000387 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | B.1.621 | 0.000266 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 3 | 3 | D.2 | 0.000225 |
S | 183 | Q183I | CAG | ATT | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 183 | Q183M | CAg | ATg | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 183 | Q183I | CAG | ATT | 2 | 2 | All | 0 |
S | 183 | Q183T | CAG | ACA | 2 | 2 | All | 0 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.100 | 0.000092 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.105 | 0.001286 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.113 | 0.000285 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.119 | 0.000071 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | AY.29 | 0.000032 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.34 | 0.000194 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.45 | 0.000243 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | AY.46.2 | 0.001271 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.48 | 0.00093 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.61 | 0.00021 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.69 | 0.000373 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 2 | 2 | AY.9.2 | 0.000073 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.92 | 0.000575 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.98 | 0.000158 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | AY.98.1 | 0.000097 |
S | 183 | Q183M | CAg | ATg | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
S | 183 | Q183K | CaG | AaA | 1 | 2 | B.1 | 0.000009 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCC | 1 | 2 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 2 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | B.1.1.354 | 0.008772 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | B.1.1.360 | 0.0625 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | B.1.1.416 | 0.00181 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | B.1.1.519 | 0.000079 |
S | 183 | Q183M | CAg | ATg | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | B.1.1.70 | 0.000682 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 2 | 2 | B.1.169 | 0.029851 |
S | 183 | Q183del2 | CAg | --g | 1 | 2 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 183 | Q183del2 | cAG | c-- | 1 | 2 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 2 | 2 | B.1.177.60 | 0.000437 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.2 | 0.000018 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.243 | 0.000139 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.628 | 0.000705 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 2 | 2 | C.18 | 0.005181 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 2 | 2 | P.1.2 | 0.002312 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 2 | 2 | P.2 | 0.000373 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | A.2 | 0.000662 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AD.2 | 0.000219 |
S | 183 | Q183W | CAg | TGg | 1 | 1 | All | 0 |
S | 183 | Q183A | CAg | GCg | 1 | 1 | All | 0 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AU.1 | 0.001266 |
S | 183 | Q183X | CAG | TGA | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 183 | Q183W | CAg | TGg | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.12 | 0.000316 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.120.1 | 0.000321 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.23.1 | 0.000417 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 183 | Q183del2 | cAG | c-- | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 183 | Q183del1 | CAG | -NN | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.38 | 0.000499 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 183 | Q183del1 | caG | ca- | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 183 | Q183A | CAg | GCg | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCC | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 183 | Q183T | CAG | ACA | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.5.4 | 0.000277 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 183 | Q183T | CAG | ACA | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.66 | 0.00107 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.84 | 0.000437 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCC | 1 | 1 | AY.85 | 0.000427 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 183 | Q183P | cAG | cCC | 1 | 1 | B.1.1.1 | 0.000327 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.180 | 0.010753 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.210 | 0.005714 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.222 | 0.000204 |
S | 183 | Q183del2 | CAg | --g | 1 | 1 | B.1.1.236 | 0.006897 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.1.240 | 0.004695 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.1.301 | 0.001179 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
S | 183 | Q183M | CAg | ATg | 1 | 1 | B.1.1.315 | 0.008475 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.1.315 | 0.008475 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.33 | 0.000421 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
S | 183 | Q183del1 | caG | ca- | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.1.70 | 0.000341 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | B.1.1.86 | 0.035714 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.140 | 0.018868 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.160.14 | 0.002119 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.160.23 | 0.004831 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.10 | 0.000878 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 183 | Q183del2 | cAG | c-- | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.18 | 0.00116 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 183 | Q183del1 | Cag | -ag | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.62 | 0.001192 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.69 | 0.001484 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.177.75 | 0.001041 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.177.86 | 0.000183 |
S | 183 | Q183del1 | caG | ca- | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.218 | 0.005155 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.243 | 0.00007 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.258.3 | 0.001675 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.293 | 0.0125 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.319 | 0.003049 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.351 | 0.00003 |
S | 183 | Q183P | cAg | cCg | 1 | 1 | B.1.351.3 | 0.000876 |
S | 183 | Q183L | cAG | cTA | 1 | 1 | B.1.36.16 | 0.001425 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.36.7 | 0.004 |
S | 183 | Q183del1 | CAG | -MR | 1 | 1 | B.1.391 | 0.001127 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.408 | 0.00369 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
S | 183 | Q183H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.480 | 0.002488 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.526 | 0.000024 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.545 | 0.014493 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 183 | Q183del1 | CAG | -CA | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 183 | Q183del1 | Cag | -ag | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.630 | 0.005236 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.638 | 0.052632 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | B.34 | 0.013699 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.55 | 0.00295 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | C.37.1 | 0.002618 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 183 | Q183L | cAg | cTg | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 183 | Q183K | Cag | Aag | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 183 | Q183X | Cag | Tag | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 183 | Q183del1 | caG | ca- | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 183 | Q183E | Cag | Gag | 1 | 1 | P.1.2 | 0.001156 |
S | 183 | Q183del1 | Cag | -ag | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
S | 183 | Q183del2 | CAG | --N | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
S | 183 | Q183H | caG | caT | 1 | 1 | P.1.7 | 0.000319 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | P.2 | 0.000187 |
S | 183 | Q183Q | caG | caA | 1 | 1 | P.3 | 0.001595 |
S | 183 | Q183del | CAG | --- | 1 | 1 | U.3 | 0.003861 |
S | 183 | Q183R | cAg | cGg | 1 | 1 | W.2 | 0.004831 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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