CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 183

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S183Q183HnonsyncaGcaT10009980.99822109-22111
S183Q183HnonsyncaGcaC100020.00222109-22111
S183Q183RnonsyncAgcGg592592122109-22111
S183Q183QsyncaGcaA527527122109-22111
S183Q183deldelCAG---200200122109-22111
S183Q183PnonsyncAgcCg1281200.937522109-22111
S183Q183PnonsyncAGcCC12870.054687522109-22111
S183Q183PnonsyncAGcCT12810.007812522109-22111
S183Q183LnonsyncAgcTg1071040.97196322109-22111
S183Q183LnonsyncAGcTT10720.018691622109-22111
S183Q183LnonsyncAGcTA10710.0093457922109-22111
S183Q183EnonsynCagGag8787122109-22111
S183Q183YnonsynCaGTaT7575122109-22111
S183Q183KnonsynCagAag67660.98507522109-22111
S183Q183KnonsynCaGAaA6710.014925422109-22111
S183Q183XnonsynCagTag17160.94117622109-22111
S183Q183XnonsynCAGTGA1710.058823522109-22111
S183Q183del1delcaGca-1480.57142922109-22111
S183Q183del1delCag-ag1430.21428622109-22111
S183Q183del1delCAG-NN1410.071428622109-22111
S183Q183del1delCAG-MR1410.071428622109-22111
S183Q183del1delCAG-CA1410.071428622109-22111
S183Q183del2delcAGc--950.55555622109-22111
S183Q183del2delCAg--g930.33333322109-22111
S183Q183del2delCAG--N910.11111122109-22111
S183Q183MnonsynCAgATg77122109-22111
S183Q183TnonsynCAGACA22122109-22111
S183Q183InonsynCAGATT22122109-22111
S183Q183AnonsynCAgGCg11122109-22111
S183Q183WnonsynCAgTGg11122109-22111

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S183Q183HcaGcaT9981000All0.000191
S183Q183HcaGcaC21000All0
S183Q183RcAgcGg592592All0.000113
S183Q183QcaGcaA527527All0.000101
S183Q183HcaGcaT283283P.1.100.07626
S183Q183HcaGcaT278278B.1.1.70.000249
S183Q183delCAG---200200All0.000038
S183Q183RcAgcGg166166AY.50.003428
S183Q183QcaGcaA138138AY.116.10.042977
S183Q183PcAgcCg120128All0.000023
S183Q183PcAGcCC7128All0.000001
S183Q183PcAGcCT1128All0
S183Q183LcAgcTg104107All0.00002
S183Q183LcAGcTT2107All0
S183Q183LcAGcTA1107All0
S183Q183QcaGcaA9898C.370.011374
S183Q183HcaGcaT9595AY.1030.00059
S183Q183ECagGag8787All0.000017
S183Q183QcaGcaA7777AY.40.00012
S183Q183RcAgcGg7777AY.420.003098
S183Q183YCaGTaT7575All0.000014
S183Q183YCaGTaT7575AY.1030.000466
S183Q183RcAgcGg6969B.1.20.000608
S183Q183KCagAag6667All0.000013
S183Q183KCaGAaA167All0
S183Q183HcaGcaT6666AY.390.001631
S183Q183PcAgcCg5858AY.260.001642
S183Q183delCAG---4747B.1.1.70.000042
S183Q183QcaGcaA4343B.1.1.70.000038
S183Q183RcAgcGg4040AY.430.000177
S183Q183HcaGcaT3838AY.40.000059
S183Q183RcAgcGg3737B.1.1.70.000033
S183Q183RcAgcGg3232B.10.000293
S183Q183QcaGcaA3232B.1.617.20.00012
S183Q183ECagGag3131AY.390.000766
S183Q183RcAgcGg2929B.1.617.20.000109
S183Q183QcaGcaA2323AY.980.001817
S183Q183RcAgcGg2222B.1.2210.001563
S183Q183HcaGcaT1919B.1.1.2140.001054
S183Q183KCagAag1919B.1.1.70.000017
S183Q183HcaGcaT1919P.10.000299
S183Q183XCagTag1617All0.000003
S183Q183XCAGTGA117All0
S183Q183delCAG---1717AY.430.000075
S183Q183PcAgcCg1717AY.9.10.001423
S183Q183ECagGag1515AY.40.000023
S183Q183QcaGcaA1515AY.440.000091
S183Q183HcaGcaT1515B.1.617.20.000056
S183Q183del1caGca-814All0.000002
S183Q183del1Cag-ag314All0.000001
S183Q183del1CAG-NN114All0
S183Q183del1CAG-MR114All0
S183Q183del1CAG-CA114All0
S183Q183QcaGcaA1414AY.1020.000371
S183Q183RcAgcGg1414B.1.1770.000184
S183Q183LcAgcTg1414B.1.6370.001023
S183Q183LcAgcTg1313AY.430.000058
S183Q183LcAgcTg1212B.1.1.70.000011
S183Q183delCAG---1212B.1.1770.000158
S183Q183ECagGag1212B.1.617.20.000045
S183Q183LcAgcTg1111AY.40.000017
S183Q183KCagAag1111AY.430.000049
S183Q183HcaGcaT1010AY.250.00006
S183Q183delCAG---1010B.10.000092
S183Q183QcaGcaA1010B.1.1770.000132
S183Q183delCAG---1010P.1.150.002323
S183Q183del2cAGc--59All0.000001
S183Q183del2CAg--g39All0.000001
S183Q183del2CAG--N19All0
S183Q183RcAgcGg99AY.40.000014
S183Q183HcaGcaT99AY.440.000055
S183Q183HcaGcaT99B.1.20.000079
S183Q183RcAgcGg99B.1.2580.000599
S183Q183ECagGag88AY.1020.000212
S183Q183delCAG---88AY.40.000012
S183Q183delCAG---88AY.4.50.00086
S183Q183HcaGcaT88AY.430.000035
S183Q183HcaGcaT88B.1.4800.0199
S183Q183LcAgcTg88B.1.617.20.00003
S183Q183delCAG---88C.370.000929
S183Q183delCAG---88P.10.000126
S183Q183MCAgATg77All0.000001
S183Q183PcAgcCg77AY.390.000173
S183Q183PcAGcCC37B.1.1.70.000003
S183Q183PcAgcCg37B.1.1.70.000003
S183Q183PcAGcCT17B.1.1.70.000001
S183Q183HcaGcaT77B.1.2580.000466
S183Q183PcAgcCg77B.1.617.20.000026
S183Q183HcaGcaT66AY.1090.004438
S183Q183RcAgcGg66AY.30.00006
S183Q183PcAgcCg66AY.40.000009
S183Q183QcaGcaA66AY.430.000027
S183Q183HcaGcaT66AY.460.000624
S183Q183HcaGcaT66AY.750.000336
S183Q183LcAgcTg66B.10.000055
S183Q183HcaGcaT56B.1.10.000091
S183Q183HcaGcaC16B.1.10.000018
S183Q183QcaGcaA66B.1.3510.000178
S183Q183ECagGag66B.1.438.10.000644
S183Q183delCAG---66B.1.617.20.000023
S183Q183LcAgcTg350.166667
S183Q183LcAGcTT250.111111
S183Q183KCagAag55AY.1030.000031
S183Q183delCAG---55AY.250.00003
S183Q183HcaGcaT55AY.30.00005
S183Q183QcaGcaA55B.10.000046
S183Q183RcAgcGg55B.1.10.000091
S183Q183HcaGcaT55B.1.1.1530.005476
S183Q183KCagAag55B.1.1.5190.000199
S183Q183HcaGcaT55B.1.4860.555556
S183Q183KCagAag55B.1.617.20.000019
S183Q183HcaGcaT55C.370.00058
S183Q183HcaGcaT55P.1.170.000809
S183Q183HcaGcaT44A.20.002647
S183Q183HcaGcaT44AY.1020.000106
S183Q183RcAgcGg44AY.350.000932
S183Q183QcaGcaA44AY.390.000099
S183Q183RcAgcGg44AY.440.000024
S183Q183HcaGcaT44B.10.000037
S183Q183LcAgcTg44B.1.1600.000125
S183Q183QcaGcaA44B.1.5510.005161
S183Q183del1caGca-44P.10.000063
S183Q183RcAgcGg33AY.1030.000019
S183Q183delCAG---33AY.1030.000019
S183Q183HcaGcaT33AY.140.000264
S183Q183HcaGcaT33AY.200.000117
S183Q183LcAgcTg33AY.250.000018
S183Q183QcaGcaA33AY.250.000018
S183Q183RcAgcGg33AY.390.000074
S183Q183XCagTag33AY.40.000005
S183Q183KCagAag33AY.40.000005
S183Q183LcAgcTg33AY.4.20.000065
S183Q183PcAgcCg33AY.4.2.10.000447
S183Q183RcAgcGg33AY.75.10.000541
S183Q183XCagTag33B.10.000027
S183Q183XCagTag33B.1.10.000054
S183Q183delCAG---33B.1.10.000054
S183Q183PcAgcCg33B.1.1.2140.000166
S183Q183QcaGcaA33B.1.1.4340.001046
S183Q183RcAgcGg33B.1.1.4480.006098
S183Q183ECagGag33B.1.1.70.000003
S183Q183del2cAGc--23B.1.1.70.000002
S183Q183del2CAg--g13B.1.1.70.000001
S183Q183HcaGcaT33B.1.1770.00004
S183Q183LcAgcTg33B.1.1770.00004
S183Q183PcAgcCg33B.1.1770.00004
S183Q183RcAgcGg33B.1.177.190.004292
S183Q183RcAgcGg33B.1.3510.000089
S183Q183RcAgcGg33B.1.360.000438
S183Q183HcaGcaT33B.1.5260.000071
S183Q183HcaGcaT33B.1.617.10.000387
S183Q183HcaGcaT33B.1.6210.000266
S183Q183HcaGcaT33D.20.000225
S183Q183ICAGATT220.111111
S183Q183MCAgATg220.111111
S183Q183ICAGATT22All0
S183Q183TCAGACA22All0
S183Q183HcaGcaT22AY.1000.000092
S183Q183QcaGcaA22AY.1030.000012
S183Q183QcaGcaA22AY.1050.001286
S183Q183QcaGcaA22AY.1130.000285
S183Q183QcaGcaA22AY.1160.000574
S183Q183RcAgcGg22AY.1170.000169
S183Q183HcaGcaT22AY.1190.000071
S183Q183QcaGcaA22AY.1190.000071
S183Q183delCAG---22AY.1200.000074
S183Q183KCagAag22AY.200.000078
S183Q183HcaGcaT22AY.230.000139
S183Q183RcAgcGg22AY.230.000139
S183Q183RcAgcGg22AY.250.000012
S183Q183KCagAag22AY.250.000012
S183Q183delCAG---22AY.290.000032
S183Q183PcAgcCg22AY.30.00002
S183Q183LcAgcTg22AY.30.00002
S183Q183RcAgcGg22AY.340.000194
S183Q183delCAG---22AY.440.000012
S183Q183HcaGcaT22AY.450.000243
S183Q183RcAgcGg22AY.460.000208
S183Q183delCAG---22AY.46.20.001271
S183Q183HcaGcaT22AY.480.00093
S183Q183QcaGcaA22AY.610.00021
S183Q183RcAgcGg22AY.690.000373
S183Q183ECagGag22AY.9.20.000073
S183Q183QcaGcaA22AY.920.000575
S183Q183HcaGcaT22AY.980.000158
S183Q183HcaGcaT22AY.98.10.000097
S183Q183MCAgATg22B.10.000018
S183Q183KCagAag12B.10.000009
S183Q183KCaGAaA12B.10.000009
S183Q183LcAgcTg22B.1.10.000036
S183Q183PcAGcCC12B.1.10.000018
S183Q183PcAgcCg12B.1.10.000018
S183Q183HcaGcaT22B.1.1.3540.008772
S183Q183RcAgcGg22B.1.1.3600.0625
S183Q183HcaGcaT22B.1.1.4160.00181
S183Q183RcAgcGg22B.1.1.5190.000079
S183Q183MCAgATg22B.1.1.70.000002
S183Q183HcaGcaT22B.1.1.700.000682
S183Q183delCAG---22B.1.1600.000062
S183Q183QcaGcaA22B.1.1600.000062
S183Q183PcAgcCg22B.1.1690.029851
S183Q183del2CAg--g12B.1.1770.000013
S183Q183del2cAGc--12B.1.1770.000013
S183Q183LcAgcTg22B.1.177.600.000437
S183Q183delCAG---22B.1.20.000018
S183Q183QcaGcaA22B.1.2430.000139
S183Q183ECagGag22B.1.4290.000047
S183Q183delCAG---22B.1.6210.000177
S183Q183QcaGcaA22B.1.6280.000705
S183Q183KCagAag22C.180.005181
S183Q183RcAgcGg22P.1.20.002312
S183Q183HcaGcaT22P.20.000373
S183Q183LcAgcTg11A.20.000662
S183Q183delCAG---11A.2.50.000499
S183Q183HcaGcaT11AD.20.000219
S183Q183WCAgTGg11All0
S183Q183ACAgGCg11All0
S183Q183HcaGcaT11AU.10.001266
S183Q183XCAGTGA11AY.1000.000046
S183Q183delCAG---11AY.1000.000046
S183Q183QcaGcaA11AY.1000.000046
S183Q183KCagAag11AY.1020.000027
S183Q183RcAgcGg11AY.1020.000027
S183Q183delCAG---11AY.1020.000027
S183Q183LcAgcTg11AY.1030.000006
S183Q183XCagTag11AY.1030.000006
S183Q183QcaGcaA11AY.1080.001103
S183Q183PcAgcCg11AY.1130.000142
S183Q183LcAgcTg11AY.1160.000287
S183Q183QcaGcaA11AY.1170.000085
S183Q183QcaGcaA11AY.1180.000063
S183Q183RcAgcGg11AY.1180.000063
S183Q183WCAgTGg11AY.1190.000035
S183Q183PcAgcCg11AY.120.000316
S183Q183RcAgcGg11AY.1200.000037
S183Q183XCagTag11AY.120.10.000321
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