CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 180

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	180	E180V		nonsyn	gAa	gTa	3665	3662	0.999181	22100-22102
S	180	E180V		nonsyn	gAA	gTT	3665	2	0.000545703	22100-22102
S	180	E180V		nonsyn	gAA	gTC	3665	1	0.000272851	22100-22102
S	180	E180K		nonsyn	Gaa	Aaa	837	835	0.997611	22100-22102
S	180	E180K		nonsyn	GaA	AaG	837	2	0.00238949	22100-22102
S	180	E180Q		nonsyn	Gaa	Caa	577	576	0.998267	22100-22102
S	180	E180Q		nonsyn	GaA	CaG	577	1	0.0017331	22100-22102
S	180	E180G		nonsyn	gAa	gGa	426	426	1	22100-22102
S	180	E180E		syn	gaA	gaG	316	316	1	22100-22102
S	180	E180del		del	GAA	---	204	204	1	22100-22102
S	180	E180D		nonsyn	gaA	gaT	204	155	0.759804	22100-22102
S	180	E180D		nonsyn	gaA	gaC	204	49	0.240196	22100-22102
S	180	E180del1		del	gAa	g-a	87	79	0.908046	22100-22102
S	180	E180del1		del	Gaa	-aa	87	5	0.0574713	22100-22102
S	180	E180del1		del	gaA	ga-	87	2	0.0229885	22100-22102
S	180	E180del1		del	gAA	g-G	87	1	0.0114943	22100-22102
S	180	E180A		nonsyn	gAa	gCa	49	48	0.979592	22100-22102
S	180	E180A		nonsyn	gAA	gCG	49	1	0.0204082	22100-22102
S	180	E180X		nonsyn	Gaa	Taa	12	10	0.833333	22100-22102
S	180	E180X		nonsyn	GAa	TGa	12	2	0.166667	22100-22102
S	180	E180P		nonsyn	GAA	CCG	7	6	0.857143	22100-22102
S	180	E180P		nonsyn	GAa	CCa	7	1	0.142857	22100-22102
S	180	E180L		nonsyn	GAA	CTT	6	2	0.333333	22100-22102
S	180	E180L		nonsyn	GAa	TTa	6	2	0.333333	22100-22102
S	180	E180L		nonsyn	GAa	CTa	6	2	0.333333	22100-22102
S	180	E180H		nonsyn	GaA	CaT	4	2	0.5	22100-22102
S	180	E180H		nonsyn	GaA	CaC	4	2	0.5	22100-22102
S	180	E180del2		del	GAa	--a	2	2	1	22100-22102
S	180	E180R		nonsyn	GAa	AGa	2	2	1	22100-22102
S	180	E180F		nonsyn	GAA	TTT	2	1	0.5	22100-22102
S	180	E180F		nonsyn	GAA	TTC	2	1	0.5	22100-22102
S	180	E180Y		nonsyn	GaA	TaT	1	1	1	22100-22102
S	180	E180T		nonsyn	GAA	ACT	1	1	1	22100-22102

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	180	E180V	gAa	gTa	3662	3665	All	0.0007
S	180	E180V	gAA	gTT	2	3665	All	0
S	180	E180V	gAA	gTC	1	3665	All	0
S	180	E180V	gAa	gTa	2285	2285	AY.4	0.003556
S	180	E180V	gAa	gTa	1073	1073	B.1.234	0.141575
S	180	E180K	Gaa	Aaa	835	837	All	0.00016
S	180	E180K	GaA	AaG	2	837	All	0
S	180	E180Q	Gaa	Caa	576	577	All	0.00011
S	180	E180Q	GaA	CaG	1	577	All	0
S	180	E180G	gAa	gGa	426	426	All	0.000081
S	180	E180E	gaA	gaG	316	316	All	0.00006
S	180	E180Q	Gaa	Caa	297	297	AY.121	0.040189
S	180	E180K	Gaa	Aaa	207	207	AY.4	0.000322
S	180	E180del	GAA	---	204	204	All	0.000039
S	180	E180D	gaA	gaT	155	204	All	0.00003
S	180	E180D	gaA	gaC	49	204	All	0.000009
S	180	E180K	Gaa	Aaa	197	197	AY.103	0.001223
S	180	E180Q	Gaa	Caa	187	187	B.1.617.2	0.000704
S	180	E180G	gAa	gGa	151	151	B.1.1.7	0.000135
S	180	E180del1	gAa	g-a	79	87	All	0.000015
S	180	E180del1	Gaa	-aa	5	87	All	0.000001
S	180	E180del1	gaA	ga-	2	87	All	0
S	180	E180del1	gAA	g-G	1	87	All	0
S	180	E180K	Gaa	Aaa	87	87	B.1.1.7	0.000078
S	180	E180K	Gaa	Aaa	74	74	B.1.1.374	0.175772
S	180	E180del1	gAa	g-a	66	67	B.1.1.7	0.000059
S	180	E180del1	Gaa	-aa	1	67	B.1.1.7	0.000001
S	180	E180E	gaA	gaG	59	59	AY.4	0.000092
S	180	E180G	gAa	gGa	59	59	B.1.351.2	0.017852
S	180	E180V	gAa	gTa	58	58	B.1.617.2	0.000218
S	180	E180V	gAa	gTa	55	55	B.1.2	0.000484
S	180	E180K	Gaa	Aaa	54	54	B.1.1.214	0.002995
S	180	E180D	gaA	gaT	51	51	AY.74	0.005898
S	180	E180E	gaA	gaG	51	51	B.1.1.7	0.000046
S	180	E180A	gAa	gCa	48	49	All	0.000009
S	180	E180A	gAA	gCG	1	49	All	0
S	180	E180E	gaA	gaG	45	45	B.1.525	0.005092
S	180	E180G	gAa	gGa	44	44	B.1.1.449	1
S	180	E180D	gaA	gaT	43	43	AY.107	0.020037
S	180	E180del	GAA	---	40	40	B.1.1.7	0.000036
S	180	E180G	gAa	gGa	37	37	AY.44	0.000225
S	180	E180E	gaA	gaG	36	36	P.1	0.000567
S	180	E180G	gAa	gGa	35	35	AY.20	0.00136
S	180	E180V	gAa	gTa	33	34	B.1	0.000302
S	180	E180V	gAA	gTT	1	34	B.1	0.000009
S	180	E180V	gAa	gTa	26	26	B.1.1	0.000472
S	180	E180Q	Gaa	Caa	26	26	B.1.480	0.064677
S	180	E180V	gAa	gTa	24	24	B.1.287	0.727273
S	180	E180G	gAa	gGa	20	20	AY.4	0.000031
S	180	E180K	Gaa	Aaa	19	19	AY.3	0.000189
S	180	E180del	GAA	---	19	19	AY.43	0.000084
S	180	E180G	gAa	gGa	17	17	P.1	0.000268
S	180	E180D	gaA	gaC	15	16	AZ.1	0.01301
S	180	E180D	gaA	gaT	1	16	AZ.1	0.000867
S	180	E180D	gaA	gaC	8	16	B.1.1.7	0.000007
S	180	E180D	gaA	gaT	8	16	B.1.1.7	0.000007
S	180	E180K	Gaa	Aaa	15	15	B.1.36	0.002189
S	180	E180E	gaA	gaG	13	13	AY.43	0.000058
S	180	E180K	Gaa	Aaa	13	13	P.2	0.002426
S	180	E180X	Gaa	Taa	10	12	All	0.000002
S	180	E180X	GAa	TGa	2	12	All	0
S	180	E180V	gAa	gTa	12	12	AY.54	0.001144
S	180	E180E	gaA	gaG	12	12	B.1.177.73	0.006795
S	180	E180V	gAa	gTa	12	12	B.1.596	0.001046
S	180	E180K	Gaa	Aaa	12	12	B.1.617.2	0.000045
S	180	E180del	GAA	---	12	12	P.1.15	0.002788
S	180	E180G	gAa	gGa	11	11	B.1.617.2	0.000041
S	180	E180E	gaA	gaG	11	11	B.1.617.2	0.000041
S	180	E180K	Gaa	Aaa	10	10	B.1.160	0.000312
S	180	E180del	GAA	---	10	10	B.1.177	0.000132
S	180	E180K	Gaa	Aaa	10	10	B.1.466.2	0.003912
S	180	E180del	GAA	---	10	10	C.37	0.001161
S	180	E180del	GAA	---	9	9	AY.4	0.000014
S	180	E180del	GAA	---	9	9	B.1	0.000082
S	180	E180K	Gaa	Aaa	9	9	B.1.1.12	0.067164
S	180	E180K	Gaa	Aaa	8	9	B.1.2	0.00007
S	180	E180K	GaA	AaG	1	9	B.1.2	0.000009
S	180	E180K	Gaa	Aaa	9	9	B.1.258	0.000599
S	180	E180del	GAA	---	8	8	AY.4.5	0.00086
S	180	E180del	GAA	---	8	8	P.1	0.000126
S	180	E180P	GAA	CCG	6	7	All	0.000001
S	180	E180P	GAa	CCa	1	7	All	0
S	180	E180A	gAa	gCa	7	7	B.1.617.2	0.000026
S	180	E180del	GAA	---	7	7	B.1.617.2	0.000026
S	180	E180D	gaA	gaC	4	7	B.1.617.2	0.000015
S	180	E180D	gaA	gaT	3	7	B.1.617.2	0.000011
S	180	E180L	GAa	CTa	2	6	All	0
S	180	E180L	GAA	CTT	2	6	All	0
S	180	E180L	GAa	TTa	2	6	All	0
S	180	E180D	gaA	gaC	3	6	AY.4	0.000005
S	180	E180D	gaA	gaT	3	6	AY.4	0.000005
S	180	E180V	gAa	gTa	6	6	AY.43	0.000027
S	180	E180V	gAa	gTa	6	6	AY.44	0.000037
S	180	E180D	gaA	gaT	6	6	AY.5	0.000124
S	180	E180V	gAa	gTa	6	6	AY.64	0.003571
S	180	E180V	gAa	gTa	6	6	B.1.1.7	0.000005
S	180	E180A	gAa	gCa	5	6	B.1.1.7	0.000004
S	180	E180A	gAA	gCG	1	6	B.1.1.7	0.000001
S	180	E180D	gaA	gaT	6	6	B.1.2	0.000053
S	180	E180Q	Gaa	Caa	6	6	B.1.8	0.011834
S	180	E180K	Gaa	Aaa	6	6	B.4	0.013245
S	180	E180K	Gaa	Aaa	5	5	AY.25	0.00003
S	180	E180del	GAA	---	5	5	AY.25	0.00003
S	180	E180G	gAa	gGa	5	5	AY.39.1	0.000198
S	180	E180A	gAa	gCa	5	5	AY.47	0.000156
S	180	E180K	Gaa	Aaa	5	5	B.1	0.000046
S	180	E180A	gAa	gCa	5	5	B.1	0.000046
S	180	E180K	Gaa	Aaa	5	5	B.1.1	0.000091
S	180	E180Q	Gaa	Caa	4	5	B.1.1.7	0.000004
S	180	E180Q	GaA	CaG	1	5	B.1.1.7	0.000001
S	180	E180V	gAa	gTa	5	5	B.1.177	0.000066
S	180	E180E	gaA	gaG	5	5	B.1.351	0.000149
S	180	E180D	gaA	gaT	5	5	B.1.427	0.000252
S	180	E180E	gaA	gaG	5	5	B.1.517	0.002135
S	180	E180H	GaA	CaT	2	4	All	0
S	180	E180H	GaA	CaC	2	4	All	0
S	180	E180E	gaA	gaG	4	4	AY.102	0.000106
S	180	E180A	gAa	gCa	4	4	AY.25	0.000024
S	180	E180G	gAa	gGa	4	4	AY.3	0.00004
S	180	E180E	gaA	gaG	4	4	AY.3	0.00004
S	180	E180V	gAa	gTa	4	4	AY.39	0.000099
S	180	E180K	Gaa	Aaa	4	4	AY.39	0.000099
S	180	E180E	gaA	gaG	4	4	AY.4.2	0.000087
S	180	E180Q	Gaa	Caa	4	4	AY.98	0.000316
S	180	E180D	gaA	gaC	3	4	B.1	0.000027
S	180	E180D	gaA	gaT	1	4	B.1	0.000009
S	180	E180del	GAA	---	4	4	B.1.1	0.000073
S	180	E180G	gAa	gGa	4	4	B.1.1.220	0.007435
S	180	E180P	GAA	CCG	3	4	B.1.1.7	0.000003
S	180	E180P	GAa	CCa	1	4	B.1.1.7	0.000001
S	180	E180V	gAa	gTa	4	4	B.1.177.21	0.000306
S	180	E180K	Gaa	Aaa	4	4	B.1.177.60	0.000874
S	180	E180A	gAa	gCa	4	4	B.1.2	0.000035
S	180	E180K	Gaa	Aaa	4	4	B.1.243	0.000278
S	180	E180K	Gaa	Aaa	4	4	B.1.427	0.000202
S	180	E180K	Gaa	Aaa	4	4	B.1.609	0.001918
S	180	E180E	gaA	gaG	4	4	P.1.15	0.000929
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3		0.166667
S	180	E180D	gaA	gaC	2	3		0.111111
S	180	E180H	GaA	CaC	2	3		0.111111
S	180	E180L	GAA	CTT	1	3		0.055556
S	180	E180L	GAa	TTa	1	3		0.055556
S	180	E180L	GAa	CTa	1	3		0.055556
S	180	E180H	GaA	CaT	1	3		0.055556
S	180	E180D	gaA	gaT	1	3		0.055556
S	180	E180D	gaA	gaT	3	3	AU.2	0.007264
S	180	E180D	gaA	gaC	2	3	AY.100	0.000092
S	180	E180D	gaA	gaT	1	3	AY.100	0.000046
S	180	E180V	gAa	gTa	3	3	AY.102	0.00008
S	180	E180K	Gaa	Aaa	3	3	AY.119	0.000106
S	180	E180V	gAa	gTa	3	3	AY.119	0.000106
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	AY.20	0.000117
S	180	E180A	gAa	gCa	3	3	AY.20	0.000117
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	AY.25	0.000018
S	180	E180K	Gaa	Aaa	3	3	AY.37	0.000948
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3	AY.39	0.000074
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3	AY.4	0.000005
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3	AY.43	0.000013
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3	AY.46.2	0.001906
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3	AY.5	0.000062
S	180	E180K	Gaa	Aaa	3	3	AY.69	0.00056
S	180	E180V	gAa	gTa	3	3	AY.88	0.002653
S	180	E180Q	Gaa	Caa	3	3	B.1	0.000027
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	B.1.1	0.000054
S	180	E180V	gAa	gTa	3	3	B.1.1.220	0.005576
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	B.1.1.519	0.000119
S	180	E180del1	gAa	g-a	2	3	B.1.160	0.000062
S	180	E180del1	gAA	g-G	1	3	B.1.160	0.000031
S	180	E180K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.177	0.00004
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	B.1.177.12	0.000455
S	180	E180del1	gAa	g-a	3	3	B.1.177.82	0.001432
S	180	E180del	GAA	---	3	3	B.1.2	0.000026
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	B.1.2	0.000026
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	B.1.311	0.000824
S	180	E180del1	gAa	g-a	3	3	B.1.351	0.000089
S	180	E180K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.351	0.000089
S	180	E180D	gaA	gaT	3	3	B.1.36	0.000438
S	180	E180K	Gaa	Aaa	3	3	B.1.36.31	0.005254
S	180	E180E	gaA	gaG	3	3	D.2	0.000225
S	180	E180del	GAA	---	3	3	P.1.7	0.000958
S	180	E180V	gAa	gTa	1	2		0.055556
S	180	E180V	gAA	gTT	1	2		0.055556
S	180	E180R	GAa	AGa	2	2	All	0
S	180	E180del2	GAa	--a	2	2	All	0
S	180	E180F	GAA	TTT	1	2	All	0
S	180	E180F	GAA	TTC	1	2	All	0
S	180	E180G	gAa	gGa	2	2	AY.102	0.000053
S	180	E180del	GAA	---	2	2	AY.102	0.000053
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.102	0.000053
S	180	E180V	gAa	gTa	2	2	AY.103	0.000012
S	180	E180D	gaA	gaC	1	2	AY.103	0.000006
S	180	E180D	gaA	gaT	1	2	AY.103	0.000006
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.106	0.00067
S	180	E180V	gAa	gTa	2	2	AY.11	0.002677
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.117	0.000169
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.119	0.000071
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.120	0.000074
S	180	E180A	gAa	gCa	2	2	AY.120	0.000074
S	180	E180del	GAA	---	2	2	AY.120	0.000074
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	AY.14	0.000176
S	180	E180G	gAa	gGa	2	2	AY.23	0.000139
S	180	E180E	gaA	gaG	2	2	AY.26	0.000057
S	180	E180V	gAa	gTa	2	2	AY.29	0.000032
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	AY.29	0.000032
S	180	E180del	GAA	---	2	2	AY.29	0.000032
S	180	E180V	gAa	gTa	2	2	AY.3	0.00002
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.34	0.000194
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	AY.38	0.000999
S	180	E180D	gaA	gaT	2	2	AY.39.1	0.000079
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	AY.39.1	0.000079
S	180	E180A	gAa	gCa	2	2	AY.4	0.000003
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	AY.43	0.000009
S	180	E180G	gAa	gGa	2	2	AY.43	0.000009
S	180	E180del	GAA	---	2	2	AY.44	0.000012
S	180	E180D	gaA	gaT	2	2	AY.47	0.000062
S	180	E180A	gAa	gCa	2	2	AY.5	0.000041
S	180	E180del1	gAa	g-a	2	2	AY.52	0.001629
S	180	E180D	gaA	gaT	2	2	AY.77	0.002255
S	180	E180G	gAa	gGa	2	2	AY.8	0.001212
S	180	E180del1	Gaa	-aa	2	2	AY.82	0.002714
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	AY.9.2	0.000073
S	180	E180E	gaA	gaG	2	2	AZ.5	0.007018
S	180	E180X	Gaa	Taa	2	2	B.1	0.000018
S	180	E180E	gaA	gaG	2	2	B.1	0.000018
S	180	E180P	GAA	CCG	2	2	B.1	0.000018
S	180	E180L	GAA	CTT	1	2	B.1	0.000009
S	180	E180L	GAa	CTa	1	2	B.1	0.000009
S	180	E180D	gaA	gaC	2	2	B.1.1	0.000036
S	180	E180D	gaA	gaC	2	2	B.1.1.28	0.000622
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.1.284	0.000215
S	180	E180del	GAA	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
S	180	E180E	gaA	gaG	2	2	B.1.1.33	0.000842
S	180	E180G	gAa	gGa	2	2	B.1.1.519	0.000079
S	180	E180X	Gaa	Taa	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	180	E180del	GAA	---	2	2	B.1.160	0.000062
S	180	E180E	gaA	gaG	2	2	B.1.160	0.000062
S	180	E180E	gaA	gaG	2	2	B.1.177	0.000026
S	180	E180del	GAA	---	2	2	B.1.177.4	0.000422
S	180	E180A	gAa	gCa	2	2	B.1.177.81	0.000379
S	180	E180V	gAa	gTa	2	2	B.1.240	0.000431
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	B.1.36.29	0.001035
S	180	E180K	GaA	AaG	1	2	B.1.391	0.001127
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	2	B.1.391	0.001127
S	180	E180D	gaA	gaT	2	2	B.1.429	0.000047
S	180	E180D	gaA	gaT	2	2	B.1.540	0.019417
S	180	E180V	gAa	gTa	2	2	B.1.580	0.00813
S	180	E180X	GAa	TGa	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	180	E180del	GAA	---	2	2	B.1.621	0.000177
S	180	E180K	Gaa	Aaa	2	2	C.37	0.000232
S	180	E180G	gAa	gGa	2	2	D.2	0.00015
S	180	E180V	gAa	gTa	1	2	P.1.15	0.000232
S	180	E180V	gAA	gTC	1	2	P.1.15	0.000232
S	180	E180Q	Gaa	Caa	2	2	P.2	0.000373
S	180	E180Y	GaA	TaT	1	1		0.055556
S	180	E180F	GAA	TTT	1	1		0.055556
S	180	E180X	Gaa	Taa	1	1		0.055556
S	180	E180del	GAA	---	1	1	A	0.000387
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	A.2	0.000662
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	A.2	0.000662
S	180	E180X	Gaa	Taa	1	1	A.2	0.000662
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	A.2.4	0.003367
S	180	E180del	GAA	---	1	1	A.2.5	0.000499
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	A.2.5.2	0.001572
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	A.3	0.002096
S	180	E180T	GAA	ACT	1	1	All	0
S	180	E180Y	GaA	TaT	1	1	All	0
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.1	0.000396
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.100	0.000046
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.102	0.000027
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.103	0.000006
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.104	0.001984
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.108	0.001103
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.111	0.000183
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.113	0.000142
S	180	E180X	Gaa	Taa	1	1	AY.116	0.000287
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.118	0.000063
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.118	0.000063
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	AY.120.1	0.000321
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.120.1	0.000321
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.121	0.000135
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.13	0.000161
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.14	0.000088
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.19	0.00114
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.23	0.00007
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.23	0.00007
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.23	0.00007
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.23.1	0.000417
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.24	0.000431
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.24	0.000431
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	AY.25	0.000006
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.25	0.000006
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.25	0.000006
S	180	E180X	Gaa	Taa	1	1	AY.25	0.000006
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.26	0.000028
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.27	0.000065
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.29	0.000016
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.3	0.00001
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	AY.3	0.00001
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.32	0.000532
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.33	0.000067
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.33	0.000067
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	AY.34	0.000097
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	AY.34.1	0.00051
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.37	0.000316
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	AY.39	0.000025
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.39	0.000025
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.39	0.000025
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.39.1	0.00004
S	180	E180del2	GAa	--a	1	1	AY.4	0.000002
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.42	0.00004
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.42	0.00004
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.42	0.00004
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	AY.43	0.000004
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	AY.43	0.000004
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	AY.44	0.000006
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.44	0.000006
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.44	0.000006
S	180	E180X	Gaa	Taa	1	1	AY.44	0.000006
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.44	0.000006
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	AY.45	0.000122
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.45	0.000122
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.46.1	0.001027
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.46.2	0.000635
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.47	0.000031
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.47	0.000031
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.47	0.000031
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.47	0.000031
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.5	0.000021
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.5	0.000021
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.5.4	0.000277
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.5.4	0.000277
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.53	0.000288
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.54	0.000095
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.6	0.000041
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.60	0.000938
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.61	0.000105
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.69	0.000187
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.69	0.000187
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.69	0.000187
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.7.1	0.000113
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.7.2	0.000559
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.71	0.000475
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.74	0.000116
S	180	E180del1	Gaa	-aa	1	1	AY.79	0.001211
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	AY.84	0.000437
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.85	0.000427
S	180	E180T	GAA	ACT	1	1	AY.85	0.000427
S	180	E180del	GAA	---	1	1	AY.9	0.000068
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.9.2	0.000037
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	AY.92	0.000287
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	AY.93	0.000273
S	180	E180R	GAa	AGa	1	1	AY.98	0.000079
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	AY.98	0.000079
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.98	0.000079
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	AY.99.1	0.001553
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.99.1	0.001553
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	AY.99.2	0.000092
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B	0.000128
S	180	E180del1	gaA	ga-	1	1	B.1	0.000009
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1	0.000009
S	180	E180H	GaA	CaT	1	1	B.1	0.000009
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.1	0.000018
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.189	0.001513
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.207	0.001182
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.222	0.000204
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.301	0.001179
S	180	E180P	GAA	CCG	1	1	B.1.1.315	0.008475
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.33	0.000421
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.356	0.008547
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.388	0.045455
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.47	0.005348
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.50	0.000679
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.519	0.00004
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.1.521	0.005348
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.1.523	0.001563
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.54	0.003021
S	180	E180del2	GAa	--a	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	180	E180R	GAa	AGa	1	1	B.1.1.7	0.000001
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.1.74	0.00431
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.104	0.00369
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.110.3	0.000718
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.140	0.018868
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.157	0.002985
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.160.32	0.004292
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.177.10	0.000878
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.177.18	0.00116
S	180	E180del1	gAa	g-a	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.177.65	0.000665
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	180	E180del1	Gaa	-aa	1	1	B.1.177.71	0.010101
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.177.81	0.000189
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.177.82	0.000477
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.2	0.000009
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.218	0.005155
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	B.1.240	0.000216
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.240	0.000216
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	B.1.243	0.00007
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.243	0.00007
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	B.1.258	0.000067
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.258.11	0.000396
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.258.3	0.001675
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.260	0.003344
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	B.1.265	0.001271
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.311	0.000275
S	180	E180X	Gaa	Taa	1	1	B.1.325	0.006897
S	180	E180del1	gAa	g-a	1	1	B.1.36.1	0.00114
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.36.18	0.00042
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.391	0.001127
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.409	0.000781
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.411	0.003704
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.427	0.00005
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.427	0.00005
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.429	0.000024
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.437	0.020833
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.497	0.000315
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	B.1.524	0.001406
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.524	0.001406
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.525	0.000113
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.525	0.000113
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.526	0.000024
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.546	0.003704
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	B.1.546	0.003704
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	B.1.552	0.015152
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.558	0.004566
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.561	0.000397
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.582	0.000491
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.582	0.000491
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.596	0.000087
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.621	0.000089
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	B.1.621	0.000089
S	180	E180del1	gaA	ga-	1	1	B.1.621	0.000089
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.623	0.000536
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.1.623	0.000536
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	B.1.630	0.005236
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	B.1.637	0.000073
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.1.638	0.052632
S	180	E180A	gAa	gCa	1	1	B.1.88.1	0.004808
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	B.3	0.000831
S	180	E180del	GAA	---	1	1	B.34	0.013699
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	C.36	0.000911
S	180	E180D	gaA	gaC	1	1	C.37	0.000116
S	180	E180G	gAa	gGa	1	1	C.37	0.000116
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	D.2	0.000075
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	P.1	0.000016
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	P.1	0.000016
S	180	E180D	gaA	gaT	1	1	P.1.1	0.000318
S	180	E180del	GAA	---	1	1	P.1.1	0.000318
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	P.1.12	0.000484
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	P.1.14	0.000048
S	180	E180L	GAa	TTa	1	1	P.1.15	0.000232
S	180	E180F	GAA	TTC	1	1	P.1.15	0.000232
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	P.1.17	0.000162
S	180	E180Q	Gaa	Caa	1	1	P.1.9	0.004808
S	180	E180K	Gaa	Aaa	1	1	P.3	0.001595
S	180	E180E	gaA	gaG	1	1	Q.1	0.000126
S	180	E180del1	gAa	g-a	1	1	R.1	0.00009
S	180	E180V	gAa	gTa	1	1	W.4	0.001351

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.