CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
S | 173 | Q173H | nonsyn | caG | caT | 6648 | 6565 | 0.987515 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173H | nonsyn | caG | caC | 6648 | 83 | 0.012485 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173K | nonsyn | Cag | Aag | 3073 | 3073 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173Q | syn | caG | caA | 550 | 550 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173R | nonsyn | cAg | cGg | 301 | 301 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173del | del | CAG | --- | 215 | 215 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173L | nonsyn | cAg | cTg | 85 | 77 | 0.905882 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173L | nonsyn | cAG | cTC | 85 | 3 | 0.0352941 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173L | nonsyn | CAg | TTg | 85 | 2 | 0.0235294 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173L | nonsyn | cAG | cTA | 85 | 1 | 0.0117647 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173L | nonsyn | cAG | cTT | 85 | 1 | 0.0117647 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173L | nonsyn | CAG | TTA | 85 | 1 | 0.0117647 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173E | nonsyn | Cag | Gag | 60 | 59 | 0.983333 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173E | nonsyn | CaG | GaA | 60 | 1 | 0.0166667 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173P | nonsyn | cAg | cCg | 34 | 31 | 0.911765 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173P | nonsyn | cAG | cCT | 34 | 2 | 0.0588235 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173P | nonsyn | cAG | cCA | 34 | 1 | 0.0294118 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173X | nonsyn | Cag | Tag | 26 | 25 | 0.961538 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173X | nonsyn | CaG | TaA | 26 | 1 | 0.0384615 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173Y | nonsyn | CaG | TaT | 3 | 2 | 0.666667 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173del1 | del | CAg | -Tg | 3 | 1 | 0.333333 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173Y | nonsyn | CaG | TaC | 3 | 1 | 0.333333 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173del1 | del | caG | ca- | 3 | 1 | 0.333333 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173del1 | del | CaG | Na- | 3 | 1 | 0.333333 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173W | nonsyn | CAg | TGg | 2 | 2 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173G | nonsyn | CAg | GGg | 2 | 2 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173S | nonsyn | CAg | TCg | 2 | 1 | 0.5 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173S | nonsyn | CAG | AGC | 2 | 1 | 0.5 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173A | nonsyn | CAg | GCg | 1 | 1 | 1 | 22079-22081 | |
S | 173 | Q173V | nonsyn | CAG | GTT | 1 | 1 | 1 | 22079-22081 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 6565 | 6648 | All | 0.001256 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 83 | 6648 | All | 0.000016 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3785 | 3785 | AY.29.1 | 0.83462 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 3073 | 3073 | All | 0.000588 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 2695 | 2695 | B.1.2 | 0.02373 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 587 | 597 | AY.4 | 0.000914 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 10 | 597 | AY.4 | 0.000016 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 587 | 587 | AY.5.3 | 0.198043 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 550 | 550 | All | 0.000105 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 382 | 387 | AY.43 | 0.001692 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 5 | 387 | AY.43 | 0.000022 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 344 | 344 | AY.103 | 0.002136 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 327 | 327 | AY.44 | 0.00199 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 301 | 301 | All | 0.000058 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 249 | 249 | P.4 | 0.946768 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 226 | 226 | B.1.1.7 | 0.000202 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 215 | 215 | All | 0.000041 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 96 | 96 | B.1.617.2 | 0.000361 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 77 | 85 | All | 0.000015 |
S | 173 | Q173L | cAG | cTC | 3 | 85 | All | 0.000001 |
S | 173 | Q173L | CAg | TTg | 2 | 85 | All | 0 |
S | 173 | Q173L | CAG | TTA | 1 | 85 | All | 0 |
S | 173 | Q173L | cAG | cTT | 1 | 85 | All | 0 |
S | 173 | Q173L | cAG | cTA | 1 | 85 | All | 0 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 72 | 72 | B.1.617.2 | 0.000271 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 71 | 71 | AY.43 | 0.000315 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 68 | 68 | AY.37 | 0.021492 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 59 | 60 | All | 0.000011 |
S | 173 | Q173E | CaG | GaA | 1 | 60 | All | 0 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 36 | 56 | B.1.617.2 | 0.000136 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 20 | 56 | B.1.617.2 | 0.000075 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 55 | 55 | AY.120 | 0.002045 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 47 | 51 | AY.25 | 0.000283 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 4 | 51 | AY.25 | 0.000024 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 42 | 42 | AY.43 | 0.000186 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 33 | 39 | B.1.1.7 | 0.00003 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 6 | 39 | B.1.1.7 | 0.000005 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 37 | 37 | B.1.596 | 0.003224 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 31 | 34 | All | 0.000006 |
S | 173 | Q173P | cAG | cCT | 2 | 34 | All | 0 |
S | 173 | Q173P | cAG | cCA | 1 | 34 | All | 0 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 34 | 34 | B.1.380 | 0.225166 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 33 | 33 | AY.4 | 0.000051 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 33 | 33 | AY.53 | 0.009488 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 31 | 31 | B.1.1.7 | 0.000028 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 30 | 30 | B.1.1.7 | 0.000027 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 27 | 27 | B.1.617.2 | 0.000102 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 25 | 26 | All | 0.000005 |
S | 173 | Q173X | CaG | TaA | 1 | 26 | All | 0 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 24 | 25 | AY.39 | 0.000593 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 25 | AY.39 | 0.000025 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 25 | 25 | AY.42 | 0.001006 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 17 | 19 | AY.26 | 0.000481 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 2 | 19 | AY.26 | 0.000057 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 19 | 19 | AY.9 | 0.001284 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 19 | 19 | B.1 | 0.000174 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 18 | 18 | AY.47 | 0.00056 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 17 | 17 | AY.119 | 0.0006 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 17 | 17 | AY.43 | 0.000075 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 17 | 17 | B.1.177.21 | 0.0013 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 16 | 16 | AY.4.2 | 0.000347 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 16 | 16 | B.1 | 0.000147 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 16 | 16 | P.1.15 | 0.003717 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 14 | 15 | AY.9.2 | 0.000514 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 15 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 14 | 14 | AY.114 | 0.003235 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 12 | 12 | B.1.1.7 | 0.000011 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 12 | 12 | B.1.234 | 0.001583 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 12 | 12 | P.1 | 0.000189 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 11 | 11 | AY.4 | 0.000017 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 11 | 11 | AY.46.6 | 0.000794 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 9 | 10 | AY.3 | 0.00009 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 10 | AY.3 | 0.00001 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 10 | 10 | B.1.396 | 0.007057 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 6 | 9 | AY.61 | 0.000629 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3 | 9 | AY.61 | 0.000314 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 9 | 9 | B.1 | 0.000082 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 9 | 9 | B.1.1 | 0.000163 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 9 | 9 | B.1.2 | 0.000079 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 8 | 8 | AY.103 | 0.00005 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 8 | 8 | AY.21 | 0.01518 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 8 | 8 | AY.29 | 0.000126 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 8 | 8 | AY.4.5 | 0.00086 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 8 | 8 | B.1.177 | 0.000105 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 8 | 8 | B.1.243 | 0.000557 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 8 | 8 | C.37 | 0.000929 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 7 | 7 | AY.102 | 0.000186 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 7 | 7 | AY.27 | 0.000453 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 7 | 7 | AY.5 | 0.000145 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 7 | 7 | B.1.1.7 | 0.000006 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 7 | 7 | B.1.617.2 | 0.000026 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 7 | 7 | P.1 | 0.00011 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 6 | 6 | AY.102 | 0.000159 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 6 | 6 | AY.120 | 0.000223 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 6 | 6 | AY.120.2 | 0.007712 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 6 | 6 | AY.25 | 0.000036 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 6 | 6 | AY.3 | 0.00006 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 6 | 6 | AY.39 | 0.000148 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 6 | 6 | AY.4 | 0.000009 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 4 | 6 | B.1 | 0.000037 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 6 | B.1 | 0.000018 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 6 | 6 | B.1.1.301 | 0.007075 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 6 | 6 | B.1.177 | 0.000079 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 4 | 5 | AY.119 | 0.000141 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 5 | AY.119 | 0.000035 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 5 | 5 | AY.4.5 | 0.000537 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 5 | 5 | AY.44 | 0.00003 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 5 | 5 | AY.68 | 0.001369 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 5 | 5 | B | 0.000639 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 5 | 5 | B.1.427 | 0.000252 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 5 | 5 | B.1.617.2 | 0.000019 |
S | 173 | Q173L | CAG | TTA | 1 | 4 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 4 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173L | cAG | cTA | 1 | 4 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173L | CAg | TTg | 1 | 4 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 4 | 4 | AY.23 | 0.000279 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 4 | 4 | AY.26 | 0.000113 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 4 | 4 | AY.30 | 0.001583 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3 | 4 | AY.4.2 | 0.000065 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 4 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 4 | 4 | AY.42 | 0.000161 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 4 | 4 | AY.43 | 0.000018 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 4 | 4 | AY.99.2 | 0.000369 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 4 | 4 | B.1 | 0.000037 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 4 | 4 | B.1.1 | 0.000073 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 4 | 4 | B.1.1.519 | 0.000159 |
S | 173 | Q173L | cAG | cTC | 3 | 4 | B.1.525 | 0.000339 |
S | 173 | Q173L | cAG | cTT | 1 | 4 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 3 | 3 | 0.166667 | |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 2 | 3 | 0.111111 | |
S | 173 | Q173X | CaG | TaA | 1 | 3 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 3 | 3 | A.2.5 | 0.001497 |
S | 173 | Q173Y | CaG | TaT | 2 | 3 | All | 0 |
S | 173 | Q173del1 | CAg | -Tg | 1 | 3 | All | 0 |
S | 173 | Q173Y | CaG | TaC | 1 | 3 | All | 0 |
S | 173 | Q173del1 | caG | ca- | 1 | 3 | All | 0 |
S | 173 | Q173del1 | CaG | Na- | 1 | 3 | All | 0 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3 | 3 | AY.118 | 0.000188 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3 | 3 | AY.120.1 | 0.000963 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 3 | 3 | AY.23 | 0.000209 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 3 | 3 | AY.29 | 0.000047 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 3 | 3 | AY.3 | 0.00003 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3 | 3 | AY.33 | 0.0002 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 3 | 3 | AY.4 | 0.000005 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 2 | 3 | AY.43 | 0.000009 |
S | 173 | Q173L | CAg | TTg | 1 | 3 | AY.43 | 0.000004 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 3 | 3 | AY.44 | 0.000018 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 3 | 3 | AY.47 | 0.000093 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 3 | AY.6 | 0.000082 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 3 | AY.6 | 0.000041 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 2 | 3 | AY.71 | 0.00095 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 3 | AY.71 | 0.000475 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 3 | 3 | AY.99.2 | 0.000276 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 3 | 3 | B.1 | 0.000027 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 3 | 3 | B.1.2 | 0.000026 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 3 | 3 | B.1.234 | 0.000396 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 3 | 3 | B.1.398 | 0.008929 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 3 | 3 | B.1.427 | 0.000151 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 3 | 3 | B.1.595 | 0.000783 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 3 | 3 | B.1.637 | 0.000219 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 3 | 3 | Q.8 | 0.000495 |
S | 173 | Q173G | CAg | GGg | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | 0.111111 | |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | A.28 | 0.005291 |
S | 173 | Q173G | CAg | GGg | 2 | 2 | All | 0 |
S | 173 | Q173W | CAg | TGg | 2 | 2 | All | 0 |
S | 173 | Q173S | CAG | AGC | 1 | 2 | All | 0 |
S | 173 | Q173S | CAg | TCg | 1 | 2 | All | 0 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 2 | 2 | AY.103 | 0.000012 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 2 | 2 | AY.105 | 0.001286 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 2 | 2 | AY.106 | 0.00067 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.106 | 0.00067 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.111 | 0.000366 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 2 | 2 | AY.116 | 0.000574 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.120 | 0.000074 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 2 | 2 | AY.20 | 0.000078 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | AY.23 | 0.000139 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | AY.3 | 0.00002 |
S | 173 | Q173P | cAG | cCT | 1 | 2 | AY.3 | 0.00001 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 2 | AY.3 | 0.00001 |
S | 173 | Q173W | CAg | TGg | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000298 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 2 | 2 | AY.42 | 0.00008 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 2 | 2 | AY.43 | 0.000009 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.46 | 0.000208 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 2 | 2 | AY.55 | 0.001835 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.87 | 0.001665 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.9.1 | 0.000167 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 2 | 2 | AY.9.2 | 0.000073 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | AY.93 | 0.000546 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 2 | 2 | AY.99.2 | 0.000184 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | B.1 | 0.000018 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 2 | 2 | B.1.1.192 | 0.004619 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | B.1.1.214 | 0.000111 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.1.315 | 0.016949 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | B.1.1.466 | 0.017391 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 2 | 2 | B.1.1.526 | 0.007092 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.160 | 0.000062 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.210 | 0.004264 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 2 | 2 | B.1.241 | 0.001623 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.258 | 0.000133 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.427 | 0.000101 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 2 | 2 | B.1.429 | 0.000047 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 2 | 2 | B.1.596 | 0.000174 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | B.1.621 | 0.000177 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 2 | 2 | C.37.1 | 0.005236 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 2 | 2 | P.1.7 | 0.000639 |
S | 173 | Q173S | CAg | TCg | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173A | CAg | GCg | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 1 | 0.055556 | |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 1 | 1 | A.1 | 0.000282 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | A.2.4 | 0.003367 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | A.2.5 | 0.000499 |
S | 173 | Q173V | CAG | GTT | 1 | 1 | All | 0 |
S | 173 | Q173A | CAg | GCg | 1 | 1 | All | 0 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.102 | 0.000027 |
S | 173 | Q173del1 | caG | ca- | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.116 | 0.000287 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.118 | 0.000063 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.16 | 0.00038 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.20 | 0.000039 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.24 | 0.000431 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.29 | 0.000016 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.32 | 0.000532 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.33 | 0.000067 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.36 | 0.000148 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.39.1 | 0.00004 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.4.2 | 0.000022 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.4.4 | 0.000409 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.42 | 0.00004 |
S | 173 | Q173P | cAG | cCA | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 173 | Q173Y | CaG | TaT | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.45 | 0.000122 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.46 | 0.000104 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | AY.46.2 | 0.000635 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.46.3 | 0.000934 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.47 | 0.000031 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.5 | 0.000021 |
S | 173 | Q173Y | CaG | TaT | 1 | 1 | AY.5.3 | 0.000337 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | AY.52 | 0.000814 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
S | 173 | Q173S | CAG | AGC | 1 | 1 | AY.59 | 0.00053 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.60 | 0.000938 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.63 | 0.000387 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.64 | 0.000595 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.69 | 0.000187 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.7.2 | 0.000559 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.76 | 0.004831 |
S | 173 | Q173E | CaG | GaA | 1 | 1 | AY.79 | 0.001211 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
S | 173 | Q173del1 | CaG | Na- | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.9.2.1 | 0.001976 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.91 | 0.00073 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.96 | 0.002075 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.98 | 0.000079 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AY.98.1 | 0.000048 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | AZ.2 | 0.000821 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B | 0.000128 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.10 | 0.001115 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.1.177 | 0.019231 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.1.214 | 0.000055 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.294 | 0.001266 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.301 | 0.001179 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.1.311 | 0.000358 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.1.368 | 0.003086 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.1.397 | 0.002252 |
S | 173 | Q173E | Cag | Gag | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
S | 173 | Q173del1 | CAg | -Tg | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 173 | Q173V | CAG | GTT | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.1.71 | 0.006061 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.115 | 0.021739 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.140 | 0.018868 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.157 | 0.002985 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.160.23 | 0.004831 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.177 | 0.000013 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.16 | 0.000664 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.177.23 | 0.003236 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.177.4 | 0.000211 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.6 | 0.000977 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.62 | 0.001192 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.177.63 | 0.002703 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.177.65 | 0.000665 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.214.2 | 0.0006 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.218 | 0.005155 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.1.223 | 0.002778 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.258.19 | 0.007092 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.301 | 0.005917 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.36.18 | 0.00042 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.428 | 0.00102 |
S | 173 | Q173X | Cag | Tag | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.429 | 0.000024 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | B.1.495 | 0.009091 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 173 | Q173P | cAG | cCT | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.561 | 0.000397 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.580 | 0.004065 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.600 | 0.005848 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 173 | Q173Y | CaG | TaC | 1 | 1 | B.1.617.2 | 0.000004 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | B.1.621 | 0.000089 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.621.1 | 0.000506 |
S | 173 | Q173K | Cag | Aag | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.627 | 0.00202 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | B.1.636 | 0.006711 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.1.638 | 0.052632 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | B.34 | 0.013699 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | B.40 | 0.000364 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | C.37 | 0.000116 |
S | 173 | Q173L | cAg | cTg | 1 | 1 | D.2 | 0.000075 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
S | 173 | Q173P | cAg | cCg | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 173 | Q173del | CAG | --- | 1 | 1 | P.1.1 | 0.000318 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
S | 173 | Q173H | caG | caT | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
S | 173 | Q173H | caG | caC | 1 | 1 | P.1.17 | 0.000162 |
S | 173 | Q173R | cAg | cGg | 1 | 1 | Q.3 | 0.000145 |
S | 173 | Q173Q | caG | caA | 1 | 1 | Q.4 | 0.000455 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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