CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 157

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
S157F157deldelTTC---25233462523346122031-22033
S157F157SnonsyntTctCc15537152390.9808222031-22033
S157F157SnonsynTTCAGT155372840.018278922031-22033
S157F157SnonsyntTCtCT1553790.00057926222031-22033
S157F157SnonsynTTcAGc1553730.00019308722031-22033
S157F157SnonsyntTCtCA1553720.00012872522031-22033
S157F157LnonsynttCttA373336110.96731922031-22033
S157F157LnonsynTtcCtc37331070.028663322031-22033
S157F157LnonsynttCttG3733120.0032145722031-22033
S157F157LnonsynTtCCtT373320.00053576222031-22033
S157F157LnonsynTtCCtA373310.00026788122031-22033
S157F157InonsynTtCAtT8558320.97309922031-22033
S157F157InonsynTtCAtA855140.016374322031-22033
S157F157InonsynTtcAtc85590.010526322031-22033
S157F157FsynttCttT774774122031-22033
S157F157del2delTTC--N3182840.89308222031-22033
S157F157del2deltTCt--318250.078616422031-22033
S157F157del2delTTC--T31850.015723322031-22033
S157F157del2delTTc--c31830.0094339622031-22033
S157F157del2delTTC--A31810.0031446522031-22033
S157F157VnonsynTtCGtT2922670.91438422031-22033
S157F157VnonsynTtcGtc292210.071917822031-22033
S157F157VnonsynTtCGtG29230.01027422031-22033
S157F157VnonsynTtCGtA29210.0034246622031-22033
S157F157del1delTTC-NN2191040.47488622031-22033
S157F157del1delttCtt-219730.33333322031-22033
S157F157del1delTtC-tN219320.14611922031-22033
S157F157del1delTTC-GT21940.018264822031-22033
S157F157del1delTtC-tT21930.013698622031-22033
S157F157del1delTtCGt-21930.013698622031-22033
S157F157GnonsynTTCGGT1581570.99367122031-22033
S157F157GnonsynTTCGGA15810.0063291122031-22033
S157F157CnonsyntTCtGT85770.90588222031-22033
S157F157CnonsyntTctGc8580.094117622031-22033
S157F157YnonsyntTctAc42260.61904822031-22033
S157F157YnonsyntTCtAT42160.38095222031-22033
S157F157NnonsynTTCAAT23160.69565222031-22033
S157F157NnonsynTTcAAc2370.30434822031-22033
S157F157XnonsyntTCtAA1090.922031-22033
S157F157XnonsyntTCtAG1010.122031-22033
S157F157KnonsynTTCAAA99122031-22033
S157F157RnonsynTTCCGT520.422031-22033
S157F157RnonsynTTCAGA510.222031-22033
S157F157RnonsynTTcCGc510.222031-22033
S157F157RnonsynTTCAGG510.222031-22033
S157F157EnonsynTTCGAG430.7522031-22033
S157F157EnonsynTTCGAA410.2522031-22033
S157F157DnonsynTTcGAc320.66666722031-22033
S157F157DnonsynTTCGAT310.33333322031-22033
S157F157HnonsynTTcCAc210.522031-22033
S157F157PnonsynTTCCCA210.522031-22033
S157F157PnonsynTTCCCT210.522031-22033
S157F157TnonsynTTcACc210.522031-22033
S157F157TnonsynTTCACT210.522031-22033
S157F157HnonsynTTCCAT210.522031-22033
S157F157AnonsynTTcGCc11122031-22033
S157F157WnonsyntTCtGG11122031-22033

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
S157F157delTTC---25233462523346All0.48262
S157F157delTTC---602938602938AY.40.938426
S157F157delTTC---246043246043B.1.617.20.926454
S157F157delTTC---212174212174AY.430.940029
S157F157delTTC---153790153790AY.250.925019
S157F157delTTC---145987145987AY.1030.906442
S157F157delTTC---140682140682AY.440.856298
S157F157delTTC---9250892508AY.30.920121
S157F157delTTC---6336363363AY.290.999464
S157F157delTTC---4539345393AY.50.93733
S157F157delTTC---4530845308AY.4.20.982671
S157F157delTTC---3371633716AY.390.833173
S157F157delTTC---3345433454AY.1020.886998
S157F157delTTC---3191031910AY.260.903377
S157F157delTTC---3004730047AY.470.934617
S157F157delTTC---2505125051AY.9.20.920113
S157F157delTTC---2498124981AY.1200.928765
S157F157delTTC---2481124811AY.1190.876033
S157F157delTTC---2341223412AY.200.909911
S157F157delTTC---2269622696AY.60.933454
S157F157delTTC---2267222672AY.39.10.898114
S157F157delTTC---2170321703AY.420.873114
S157F157delTTC---1915019150AY.98.10.927451
S157F157delTTC---1854118541AY.1000.853009
S157F157StTctCc1523915537All0.002915
S157F157STTCAGT28415537All0.000054
S157F157StTCtCT915537All0.000002
S157F157STTcAGc315537All0.000001
S157F157StTCtCA215537All0
S157F157delTTC---1552115521AY.750.869524
S157F157delTTC---1530715307AY.270.99068
S157F157delTTC---1435214352AY.1180.899135
S157F157delTTC---1364313643AY.330.911052
S157F157delTTC---1357713577AY.90.917737
S157F157StTctCc1349913506B.1.6370.986408
S157F157StTCtCT613506B.1.6370.000438
S157F157StTCtCA113506B.1.6370.000073
S157F157delTTC---1255212552AY.46.60.906347
S157F157delTTC---1234412344AY.230.860989
S157F157delTTC---1145011450AY.980.904495
S157F157delTTC---1128611286AY.9.10.94491
S157F157delTTC---1083910839AY.3.10.92412
S157F157delTTC---1022110221AY.1170.863844
S157F157delTTC---1015610156AY.140.893857
S157F157delTTC---97809780AY.99.20.901299
S157F157delTTC---95219521AY.340.923204
S157F157delTTC---92529252AY.540.882151
S157F157delTTC---87918791AY.4.50.944964
S157F157delTTC---84888488AY.1100.956502
S157F157delTTC---84478447AY.7.10.951989
S157F157delTTC---74937493AY.460.779871
S157F157delTTC---74927492AY.610.784996
S157F157delTTC---69866986AY.740.80791
S157F157delTTC---67776777AY.450.824653
S157F157delTTC---66456645AY.1210.899188
S157F157delTTC---64536453AY.4.2.10.961412
S157F157delTTC---62956295AY.1130.896341
S157F157delTTC---59895989AY.360.887654
S157F157delTTC---57425742AY.46.40.944563
S157F157delTTC---52815281AY.130.850129
S157F157delTTC---51035103AY.1110.934615
S157F157delTTC---48904890AY.46.50.970238
S157F157delTTC---48004800AY.690.896024
S157F157delTTC---47594759AY.70.932771
S157F157delTTC---46934693AY.75.10.846195
S157F157delTTC---44424442AY.700.926188
S157F157delTTC---39253925AY.1140.907095
S157F157delTTC---38503850AY.29.10.848953
S157F157delTTC---37733773AY.350.879282
S157F157LttCttA36113733All0.000691
S157F157LTtcCtc1073733All0.00002
S157F157LttCttG123733All0.000002
S157F157LTtCCtT23733All0
S157F157LTtCCtA13733All0
S157F157delTTC---36443644AY.930.995085
S157F157delTTC---30973097AY.5.40.856945
S157F157delTTC---30873087AY.410.907407
S157F157delTTC---29522952AY.920.848032
S157F157delTTC---29322932AY.120.926675
S157F157delTTC---28982898AY.370.915929
S157F157delTTC---28402840AY.116.10.88446
S157F157delTTC---28302830AY.530.813686
S157F157delTTC---27892789AY.120.10.895345
S157F157delTTC---27512751AY.680.75308
S157F157delTTC---27002700AY.1160.774305
S157F157delTTC---26332633AY.5.30.888327
S157F157delTTC---25902590AY.1060.867381
S157F157delTTC---25542554AY.630.988008
S157F157delTTC---25382538AY.20.903846
S157F157delTTC---23322332AY.23.10.973289
S157F157delTTC---22192219AY.4.40.907938
S157F157delTTC---21882188AY.850.934643
S157F157delTTC---21612161AY.240.931466
S157F157delTTC---21612161AY.620.941612
S157F157delTTC---20782078AY.940.919876
S157F157delTTC---20582058AY.300.814404
S157F157delTTC---19041904AY.710.904513
S157F157delTTC---18871887AY.1070.87931
S157F157delTTC---18741874AY.10.741591
S157F157delTTC---18671867AY.480.868372
S157F157delTTC---18181818AY.120.2.10.90583
S157F157delTTC---17941794AY.840.784777
S157F157delTTC---17931793AY.670.832405
S157F157delTTC---17791779AY.380.888168
S157F157delTTC---17691769AY.1010.867582
S157F157delTTC---16841684AY.7.20.941834
S157F157delTTC---16521652AY.100.875464
S157F157delTTC---16051605AY.590.850106
S157F157delTTC---15911591AY.80.964242
S157F157delTTC---15261526AY.640.908333
S157F157delTTC---15171517AY.650.808635
S157F157delTTC---14891489AY.320.792865
S157F157delTTC---14741474AY.570.967192
S157F157delTTC---14681468AY.46.20.932656
S157F157delTTC---14641464AY.730.974052
S157F157delTTC---14301430AY.160.542901
S157F157delTTC---14111411AY.1050.907395
S157F157LttCttA13691369A.23.10.964085
S157F157delTTC---13531353AY.39.1.10.980435
S157F157delTTC---13521352AY.900.925394
S157F157delTTC---12961296AY.34.10.660887
S157F157delTTC---12771277AY.4.10.94174
S157F157delTTC---12111211AY.1090.89571
S157F157delTTC---11471147AY.910.837838
S157F157delTTC---11421142AY.500.91287
S157F157delTTC---11331133AY.860.940249
S157F157delTTC---10961096AY.870.912573
S157F157delTTC---10951095AY.4.30.921717
S157F157delTTC---996996AY.46.30.929972
S157F157delTTC---995995AY.510.904545
S157F157delTTC---986986AY.580.894737
S157F157delTTC---962962AY.600.902439
S157F157delTTC---943943AY.46.10.968172
S157F157delTTC---913913AY.880.80725
S157F157delTTC---892892AY.660.954011
S157F157delTTC---883883AY.16.10.414944
S157F157ITtCAtT832855All0.000159
S157F157ITtCAtA14855All0.000003
S157F157ITtcAtc9855All0.000002
S157F157delTTC---832832AY.800.939052
S157F157delTTC---816816AY.520.664495
S157F157LttCttA805816B.1.1.70.000721
S157F157LTtcCtc7816B.1.1.70.000006
S157F157LttCttG2816B.1.1.70.000002
S157F157LTtCCtT1816B.1.1.70.000001
S157F157LTtCCtA1816B.1.1.70.000001
S157F157delTTC---782782AY.790.946731
S157F157FttCttT774774All0.000148
S157F157delTTC---771771AY.400.743491
S157F157delTTC---762762AY.990.79958
S157F157delTTC---752752AY.1080.829107
S157F157delTTC---750750AY.190.855188
S157F157delTTC---716716AY.950.544901
S157F157delTTC---707707AY.720.961905
S157F157delTTC---701701AY.110.93842
S157F157delTTC---684684AY.120.20.879177
S157F157StTctCc652653B.10.005972
S157F157STTCAGT1653B.10.000009
S157F157delTTC---622622AY.39.20.958398
S157F157delTTC---612612AY.820.830393
S157F157delTTC---605605AY.770.682074
S157F157delTTC---601601B.1.1.5230.939063
S157F157delTTC---573573AY.780.882897
S157F157delTTC---573573AY.99.10.889752
S157F157delTTC---545545AY.830.939655
S157F157delTTC---499499AY.560.800963
S157F157delTTC---486486AY.280.918715
S157F157delTTC---476476AY.970.809524
S157F157delTTC---473473AY.9.2.10.934783
S157F157delTTC---460460AY.1040.912698
S157F157delTTC---458458AY.810.912351
S157F157delTTC---455455AY.210.863378
S157F157delTTC---447447AY.220.935146
S157F157delTTC---393393AY.150.873333
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