CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = S : CodonNum = 156

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
S	156	E156del		del	GAG	---	2520123	2520123	1	22028-22030
S	156	E156del2		del	gAG	g--	2223	1150	0.517319	22028-22030
S	156	E156del2		del	GAg	--g	2223	1072	0.482231	22028-22030
S	156	E156del2		del	GAG	--T	2223	1	0.000449843	22028-22030
S	156	E156E		syn	gaG	gaA	1224	1224	1	22028-22030
S	156	E156G		nonsyn	gAG	gGA	746	329	0.441019	22028-22030
S	156	E156G		nonsyn	gAG	gGT	746	327	0.438338	22028-22030
S	156	E156G		nonsyn	gAg	gGg	746	90	0.120643	22028-22030
S	156	E156del1		del	gAG	g-N	636	451	0.709119	22028-22030
S	156	E156del1		del	gaG	ga-	636	125	0.196541	22028-22030
S	156	E156del1		del	GAG	-NN	636	31	0.0487421	22028-22030
S	156	E156del1		del	Gag	-ag	636	15	0.0235849	22028-22030
S	156	E156del1		del	gAG	gG-	636	8	0.0125786	22028-22030
S	156	E156del1		del	GaG	-aN	636	4	0.00628931	22028-22030
S	156	E156del1		del	GAg	-Gg	636	1	0.00157233	22028-22030
S	156	E156del1		del	gAg	g-g	636	1	0.00157233	22028-22030
S	156	E156D		nonsyn	gaG	gaT	436	430	0.986239	22028-22030
S	156	E156D		nonsyn	gaG	gaC	436	6	0.0137615	22028-22030
S	156	E156V		nonsyn	gAg	gTg	311	277	0.890675	22028-22030
S	156	E156V		nonsyn	gAG	gTT	311	31	0.0996785	22028-22030
S	156	E156V		nonsyn	gAG	gTA	311	3	0.0096463	22028-22030
S	156	E156Q		nonsyn	Gag	Cag	247	245	0.991903	22028-22030
S	156	E156Q		nonsyn	GaG	CaA	247	2	0.00809717	22028-22030
S	156	E156A		nonsyn	gAg	gCg	99	99	1	22028-22030
S	156	E156X		nonsyn	Gag	Tag	70	46	0.657143	22028-22030
S	156	E156X		nonsyn	GaG	TaA	70	18	0.257143	22028-22030
S	156	E156X		nonsyn	GAG	TGA	70	6	0.0857143	22028-22030
S	156	E156L		nonsyn	GAg	TTg	47	29	0.617021	22028-22030
S	156	E156L		nonsyn	GAG	TTA	47	11	0.234043	22028-22030
S	156	E156L		nonsyn	GAG	CTT	47	3	0.0638298	22028-22030
S	156	E156L		nonsyn	GAG	CTA	47	2	0.0425532	22028-22030
S	156	E156L		nonsyn	GAg	CTg	47	2	0.0425532	22028-22030
S	156	E156Y		nonsyn	GaG	TaT	44	44	1	22028-22030
S	156	E156F		nonsyn	GAG	TTT	39	39	1	22028-22030
S	156	E156K		nonsyn	Gag	Aag	37	28	0.756757	22028-22030
S	156	E156K		nonsyn	GaG	AaA	37	9	0.243243	22028-22030
S	156	E156I		nonsyn	GAG	ATT	21	11	0.52381	22028-22030
S	156	E156I		nonsyn	GAG	ATA	21	10	0.47619	22028-22030
S	156	E156N		nonsyn	GaG	AaT	13	13	1	22028-22030
S	156	E156W		nonsyn	GAg	TGg	7	7	1	22028-22030
S	156	E156M		nonsyn	GAg	ATg	5	5	1	22028-22030
S	156	E156R		nonsyn	GAg	AGg	5	2	0.4	22028-22030
S	156	E156R		nonsyn	GAG	AGA	5	2	0.4	22028-22030
S	156	E156R		nonsyn	GAg	CGg	5	1	0.2	22028-22030
S	156	E156S		nonsyn	GAG	AGT	3	3	1	22028-22030
S	156	E156H		nonsyn	GaG	CaT	3	3	1	22028-22030
S	156	E156C		nonsyn	GAG	TGT	1	1	1	22028-22030

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
S	156	E156del	GAG	---	2520123	2520123	All	0.482003
S	156	E156del	GAG	---	603309	603309	AY.4	0.939004
S	156	E156del	GAG	---	245949	245949	B.1.617.2	0.9261
S	156	E156del	GAG	---	210926	210926	AY.43	0.9345
S	156	E156del	GAG	---	153780	153780	AY.25	0.924959
S	156	E156del	GAG	---	146001	146001	AY.103	0.906529
S	156	E156del	GAG	---	140680	140680	AY.44	0.856285
S	156	E156del	GAG	---	92518	92518	AY.3	0.92022
S	156	E156del	GAG	---	63370	63370	AY.29	0.999574
S	156	E156del	GAG	---	45407	45407	AY.5	0.937619
S	156	E156del	GAG	---	45317	45317	AY.4.2	0.982866
S	156	E156del	GAG	---	33712	33712	AY.39	0.833074
S	156	E156del	GAG	---	33524	33524	AY.102	0.888854
S	156	E156del	GAG	---	31914	31914	AY.26	0.903491
S	156	E156del	GAG	---	30051	30051	AY.47	0.934741
S	156	E156del	GAG	---	24983	24983	AY.120	0.92884
S	156	E156del	GAG	---	24914	24914	AY.9.2	0.915081
S	156	E156del	GAG	---	24817	24817	AY.119	0.876245
S	156	E156del	GAG	---	23410	23410	AY.20	0.909833
S	156	E156del	GAG	---	22723	22723	AY.6	0.934564
S	156	E156del	GAG	---	22662	22662	AY.39.1	0.897718
S	156	E156del	GAG	---	21751	21751	AY.42	0.875045
S	156	E156del	GAG	---	19169	19169	AY.98.1	0.928371
S	156	E156del	GAG	---	18532	18532	AY.100	0.852595
S	156	E156del	GAG	---	15519	15519	AY.75	0.869412
S	156	E156del	GAG	---	15307	15307	AY.27	0.99068
S	156	E156del	GAG	---	14357	14357	AY.118	0.899449
S	156	E156del	GAG	---	13689	13689	AY.33	0.914124
S	156	E156del	GAG	---	13587	13587	AY.9	0.918413
S	156	E156del	GAG	---	12578	12578	AY.46.6	0.908224
S	156	E156del	GAG	---	12408	12408	AY.23	0.865453
S	156	E156del	GAG	---	11468	11468	AY.98	0.905917
S	156	E156del	GAG	---	11316	11316	AY.9.1	0.947421
S	156	E156del	GAG	---	10843	10843	AY.3.1	0.924461
S	156	E156del	GAG	---	10170	10170	AY.14	0.895089
S	156	E156del	GAG	---	10008	10008	AY.117	0.845842
S	156	E156del	GAG	---	9783	9783	AY.99.2	0.901576
S	156	E156del	GAG	---	9529	9529	AY.34	0.923979
S	156	E156del	GAG	---	9249	9249	AY.54	0.881865
S	156	E156del	GAG	---	8790	8790	AY.4.5	0.944856
S	156	E156del	GAG	---	8459	8459	AY.7.1	0.953342
S	156	E156del	GAG	---	7497	7497	AY.61	0.78552
S	156	E156del	GAG	---	7493	7493	AY.46	0.779871
S	156	E156del	GAG	---	6990	6990	AY.74	0.808373
S	156	E156del	GAG	---	6782	6782	AY.45	0.825262
S	156	E156del	GAG	---	6723	6723	AY.121	0.909743
S	156	E156del	GAG	---	6455	6455	AY.4.2.1	0.96171
S	156	E156del	GAG	---	6302	6302	AY.113	0.897337
S	156	E156del	GAG	---	5999	5999	AY.110	0.67602
S	156	E156del	GAG	---	5995	5995	AY.36	0.888543
S	156	E156del	GAG	---	5741	5741	AY.46.4	0.944399
S	156	E156del	GAG	---	5271	5271	AY.13	0.848519
S	156	E156del	GAG	---	5110	5110	AY.111	0.935897
S	156	E156del	GAG	---	4890	4890	AY.46.5	0.970238
S	156	E156del	GAG	---	4803	4803	AY.69	0.896584
S	156	E156del	GAG	---	4758	4758	AY.7	0.932575
S	156	E156del	GAG	---	4694	4694	AY.75.1	0.846376
S	156	E156del	GAG	---	4440	4440	AY.70	0.925771
S	156	E156del	GAG	---	3927	3927	AY.114	0.907557
S	156	E156del	GAG	---	3854	3854	AY.29.1	0.849835
S	156	E156del	GAG	---	3777	3777	AY.35	0.880214
S	156	E156del	GAG	---	3645	3645	AY.93	0.995358
S	156	E156del	GAG	---	3305	3305	AY.5.4	0.914499
S	156	E156del	GAG	---	3116	3116	AY.41	0.915932
S	156	E156del	GAG	---	2952	2952	AY.92	0.848032
S	156	E156del	GAG	---	2932	2932	AY.12	0.926675
S	156	E156del	GAG	---	2903	2903	AY.37	0.917509
S	156	E156del	GAG	---	2838	2838	AY.116.1	0.883837
S	156	E156del	GAG	---	2834	2834	AY.53	0.814836
S	156	E156del	GAG	---	2788	2788	AY.120.1	0.895024
S	156	E156del	GAG	---	2751	2751	AY.68	0.75308
S	156	E156del	GAG	---	2700	2700	AY.116	0.774305
S	156	E156del	GAG	---	2632	2632	AY.5.3	0.887989
S	156	E156del	GAG	---	2594	2594	AY.106	0.868721
S	156	E156del	GAG	---	2553	2553	AY.63	0.987621
S	156	E156del	GAG	---	2536	2536	AY.2	0.903134
S	156	E156del	GAG	---	2332	2332	AY.23.1	0.973289
S	156	E156del	GAG	---	2229	2229	AY.4.4	0.912029
S	156	E156del2	gAG	g--	1150	2223	All	0.00022
S	156	E156del2	GAg	--g	1072	2223	All	0.000205
S	156	E156del2	GAG	--T	1	2223	All	0
S	156	E156del	GAG	---	2189	2189	AY.85	0.93507
S	156	E156del	GAG	---	2160	2160	AY.62	0.941176
S	156	E156del	GAG	---	2158	2158	AY.24	0.930172
S	156	E156del	GAG	---	2079	2079	AY.94	0.920319
S	156	E156del	GAG	---	2060	2060	AY.30	0.815196
S	156	E156del	GAG	---	1893	1893	AY.71	0.899287
S	156	E156del	GAG	---	1887	1887	AY.107	0.87931
S	156	E156del	GAG	---	1867	1867	AY.1	0.738821
S	156	E156del	GAG	---	1867	1867	AY.48	0.868372
S	156	E156del	GAG	---	1824	1824	AY.120.2.1	0.908819
S	156	E156del	GAG	---	1798	1798	AY.67	0.834726
S	156	E156del	GAG	---	1798	1798	AY.84	0.786527
S	156	E156del	GAG	---	1767	1767	AY.101	0.866601
S	156	E156del	GAG	---	1684	1684	AY.7.2	0.941834
S	156	E156del	GAG	---	1682	1682	AY.38	0.83974
S	156	E156del	GAG	---	1652	1652	AY.10	0.875464
S	156	E156del	GAG	---	1605	1605	AY.59	0.850106
S	156	E156del	GAG	---	1591	1591	AY.8	0.964242
S	156	E156del	GAG	---	1528	1528	AY.64	0.909524
S	156	E156del	GAG	---	1516	1516	AY.65	0.808102
S	156	E156del	GAG	---	1488	1488	AY.32	0.792332
S	156	E156del	GAG	---	1477	1477	AY.57	0.96916
S	156	E156del	GAG	---	1469	1469	AY.46.2	0.933291
S	156	E156del	GAG	---	1463	1463	AY.73	0.973387
S	156	E156del	GAG	---	1428	1428	AY.16	0.542141
S	156	E156del	GAG	---	1411	1411	AY.105	0.907395
S	156	E156del	GAG	---	1353	1353	AY.39.1.1	0.980435
S	156	E156del	GAG	---	1352	1352	AY.90	0.925394
S	156	E156del	GAG	---	1294	1294	AY.34.1	0.659867
S	156	E156del	GAG	---	1276	1276	AY.4.1	0.941003
S	156	E156E	gaG	gaA	1224	1224	All	0.000234
S	156	E156del	GAG	---	1207	1207	AY.109	0.892751
S	156	E156del	GAG	---	1148	1148	AY.91	0.838568
S	156	E156del	GAG	---	1142	1142	AY.50	0.91287
S	156	E156del	GAG	---	1133	1133	AY.86	0.940249
S	156	E156del	GAG	---	1105	1105	AY.4.3	0.930135
S	156	E156del	GAG	---	1097	1097	AY.87	0.913405
S	156	E156del	GAG	---	998	998	AY.51	0.907273
S	156	E156del	GAG	---	996	996	AY.46.3	0.929972
S	156	E156del	GAG	---	990	990	AY.58	0.898367
S	156	E156del	GAG	---	962	962	AY.60	0.902439
S	156	E156del	GAG	---	943	943	AY.46.1	0.968172
S	156	E156del	GAG	---	918	918	AY.88	0.811671
S	156	E156del	GAG	---	895	895	AY.66	0.957219
S	156	E156del	GAG	---	884	884	AY.16.1	0.415414
S	156	E156del	GAG	---	832	832	AY.80	0.939052
S	156	E156del	GAG	---	818	818	AY.52	0.666124
S	156	E156del	GAG	---	781	781	AY.79	0.945521
S	156	E156del	GAG	---	772	772	AY.40	0.744455
S	156	E156del	GAG	---	765	765	AY.99	0.802728
S	156	E156del	GAG	---	756	756	AY.108	0.833517
S	156	E156del	GAG	---	750	750	AY.19	0.855188
S	156	E156G	gAG	gGA	329	746	All	0.000063
S	156	E156G	gAG	gGT	327	746	All	0.000063
S	156	E156G	gAg	gGg	90	746	All	0.000017
S	156	E156del	GAG	---	715	715	AY.95	0.54414
S	156	E156del	GAG	---	705	705	AY.72	0.959184
S	156	E156del	GAG	---	701	701	AY.11	0.93842
S	156	E156del	GAG	---	684	684	AY.120.2	0.879177
S	156	E156E	gaG	gaA	668	668	B.1.1.7	0.000598
S	156	E156del1	gAG	g-N	451	636	All	0.000086
S	156	E156del1	gaG	ga-	125	636	All	0.000024
S	156	E156del1	GAG	-NN	31	636	All	0.000006
S	156	E156del1	Gag	-ag	15	636	All	0.000003
S	156	E156del1	gAG	gG-	8	636	All	0.000002
S	156	E156del1	GaG	-aN	4	636	All	0.000001
S	156	E156del1	GAg	-Gg	1	636	All	0
S	156	E156del1	gAg	g-g	1	636	All	0
S	156	E156del	GAG	---	622	622	AY.39.2	0.958398
S	156	E156del	GAG	---	611	611	AY.82	0.829037
S	156	E156del	GAG	---	606	606	AY.77	0.683202
S	156	E156del	GAG	---	601	601	B.1.1.523	0.939063
S	156	E156del	GAG	---	577	577	AY.78	0.88906
S	156	E156del	GAG	---	573	573	AY.99.1	0.889752
S	156	E156del	GAG	---	544	544	AY.83	0.937931
S	156	E156del	GAG	---	499	499	AY.56	0.800963
S	156	E156del	GAG	---	485	485	AY.28	0.916824
S	156	E156del	GAG	---	475	475	AY.97	0.807823
S	156	E156del	GAG	---	473	473	AY.9.2.1	0.934783
S	156	E156del	GAG	---	460	460	AY.104	0.912698
S	156	E156del	GAG	---	458	458	AY.81	0.912351
S	156	E156del	GAG	---	455	455	AY.21	0.863378
S	156	E156del	GAG	---	447	447	AY.22	0.935146
S	156	E156D	gaG	gaT	430	436	All	0.000082
S	156	E156D	gaG	gaC	6	436	All	0.000001
S	156	E156del	GAG	---	393	393	AY.15	0.873333
S	156	E156del2	GAg	--g	233	392	AY.25	0.001401
S	156	E156del2	gAG	g--	159	392	AY.25	0.000956
S	156	E156del	GAG	---	374	374	AY.5.2	0.921182
S	156	E156del2	gAG	g--	178	327	AY.44	0.001083
S	156	E156del2	GAg	--g	149	327	AY.44	0.000907
S	156	E156V	gAg	gTg	277	311	All	0.000053
S	156	E156V	gAG	gTT	31	311	All	0.000006
S	156	E156V	gAG	gTA	3	311	All	0.000001
S	156	E156del	GAG	---	300	300	AY.55	0.275229
S	156	E156del2	GAg	--g	157	285	AY.103	0.000975
S	156	E156del2	gAG	g--	128	285	AY.103	0.000795
S	156	E156Q	Gag	Cag	245	247	All	0.000047
S	156	E156Q	GaG	CaA	2	247	All	0
S	156	E156V	gAg	gTg	222	246	B.1.1.7	0.000199
S	156	E156V	gAG	gTT	22	246	B.1.1.7	0.00002
S	156	E156V	gAG	gTA	2	246	B.1.1.7	0.000002
S	156	E156del	GAG	---	243	243	AY.5.1	0.913534
S	156	E156del	GAG	---	236	236	AY.91.1	0.95935
S	156	E156del	GAG	---	219	219	AY.49	0.699681
S	156	E156E	gaG	gaA	205	205	AY.117	0.017326
S	156	E156G	gAG	gGT	201	201	AY.110	0.02265
S	156	E156del	GAG	---	192	192	B.1	0.001759
S	156	E156del	GAG	---	186	186	AY.76	0.898551
S	156	E156del	GAG	---	186	186	AY.89	0.911765
S	156	E156del	GAG	---	163	163	AY.96	0.338174
S	156	E156D	gaG	gaT	133	134	B.1.1.7	0.000119
S	156	E156D	gaG	gaC	1	134	B.1.1.7	0.000001
S	156	E156G	gAG	gGA	125	133	AY.113	0.017799
S	156	E156G	gAg	gGg	8	133	AY.113	0.001139
S	156	E156del2	GAg	--g	78	125	AY.118	0.004887
S	156	E156del2	gAG	g--	47	125	AY.118	0.002944
S	156	E156del	GAG	---	112	112	AY.17	0.918033
S	156	E156del	GAG	---	112	112	B	0.014315
S	156	E156G	gAG	gGT	100	109	AY.43	0.000443
S	156	E156G	gAG	gGA	7	109	AY.43	0.000031
S	156	E156G	gAg	gGg	2	109	AY.43	0.000009
S	156	E156del1	gAG	g-N	81	107	AY.25	0.000487
S	156	E156del1	gaG	ga-	20	107	AY.25	0.00012
S	156	E156del1	GAG	-NN	4	107	AY.25	0.000024
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	107	AY.25	0.000006
S	156	E156del1	GaG	-aN	1	107	AY.25	0.000006
S	156	E156del2	GAg	--g	58	105	AY.3	0.000577
S	156	E156del2	gAG	g--	47	105	AY.3	0.000467
S	156	E156A	gAg	gCg	99	99	All	0.000019
S	156	E156del2	gAG	g--	58	99	B.1.617.2	0.000218
S	156	E156del2	GAg	--g	41	99	B.1.617.2	0.000154
S	156	E156del	GAG	---	97	97	B.1.617.3	0.289552
S	156	E156del	GAG	---	94	94	AY.18	0.949495
S	156	E156del2	GAg	--g	60	93	AY.47	0.001866
S	156	E156del2	gAG	g--	33	93	AY.47	0.001026
S	156	E156del1	gAG	g-N	59	91	AY.103	0.000366
S	156	E156del1	gaG	ga-	25	91	AY.103	0.000155
S	156	E156del1	GAG	-NN	7	91	AY.103	0.000043
S	156	E156del1	gAG	g-N	73	91	AY.44	0.000444
S	156	E156del1	gaG	ga-	14	91	AY.44	0.000085
S	156	E156del1	GAG	-NN	4	91	AY.44	0.000024
S	156	E156D	gaG	gaT	86	86	B.1.525	0.009732
S	156	E156Q	Gag	Cag	81	81	B.1.2	0.000713
S	156	E156E	gaG	gaA	73	73	AY.4	0.000114
S	156	E156del2	gAG	g--	63	72	AY.43	0.000279
S	156	E156del2	GAg	--g	9	72	AY.43	0.00004
S	156	E156del2	GAg	--g	45	71	AY.26	0.001274
S	156	E156del2	gAG	g--	26	71	AY.26	0.000736
S	156	E156X	Gag	Tag	46	70	All	0.000009
S	156	E156X	GaG	TaA	18	70	All	0.000003
S	156	E156X	GAG	TGA	6	70	All	0.000001
S	156	E156del2	gAG	g--	44	64	AY.39	0.001087
S	156	E156del2	GAg	--g	20	64	AY.39	0.000494
S	156	E156del	GAG	---	57	57	B.1.1.7	0.000051
S	156	E156A	gAg	gCg	53	53	B.1.1.37	0.010222
S	156	E156del	GAG	---	50	50	AY.115	0.260417
S	156	E156L	GAg	TTg	29	47	All	0.000006
S	156	E156L	GAG	TTA	11	47	All	0.000002
S	156	E156L	GAG	CTT	3	47	All	0.000001
S	156	E156L	GAg	CTg	2	47	All	0
S	156	E156L	GAG	CTA	2	47	All	0
S	156	E156del	GAG	---	46	46	AY.31	0.851852
S	156	E156Y	GaG	TaT	44	44	All	0.000008
S	156	E156E	gaG	gaA	44	44	AY.113	0.006265
S	156	E156del2	gAG	g--	32	43	AY.4	0.00005
S	156	E156del2	GAg	--g	11	43	AY.4	0.000017
S	156	E156del2	GAg	--g	25	42	AY.119	0.000883
S	156	E156del2	gAG	g--	17	42	AY.119	0.0006
S	156	E156F	GAG	TTT	39	39	All	0.000007
S	156	E156G	gAG	gGA	37	38	AY.4	0.000058
S	156	E156G	gAg	gGg	1	38	AY.4	0.000002
S	156	E156Q	Gag	Cag	37	38	B.1.1.7	0.000033
S	156	E156Q	GaG	CaA	1	38	B.1.1.7	0.000001
S	156	E156K	Gag	Aag	28	37	All	0.000005
S	156	E156K	GaG	AaA	9	37	All	0.000002
S	156	E156del2	GAg	--g	20	37	AY.100	0.00092
S	156	E156del2	gAG	g--	17	37	AY.100	0.000782
S	156	E156G	gAG	gGA	32	35	AY.25	0.000192
S	156	E156G	gAg	gGg	3	35	AY.25	0.000018
S	156	E156X	Gag	Tag	27	35	B.1.1.7	0.000024
S	156	E156X	GaG	TaA	8	35	B.1.1.7	0.000007
S	156	E156G	gAG	gGA	24	35	B.1.617.2	0.00009
S	156	E156G	gAg	gGg	6	35	B.1.617.2	0.000023
S	156	E156G	gAG	gGT	5	35	B.1.617.2	0.000019
S	156	E156del1	gAG	g-N	26	33	AY.118	0.001629
S	156	E156del1	GAG	-NN	4	33	AY.118	0.000251
S	156	E156del1	gaG	ga-	3	33	AY.118	0.000188
S	156	E156Y	GaG	TaT	33	33	B.1.1.7	0.00003
S	156	E156L	GAg	TTg	21	33	B.1.1.7	0.000019
S	156	E156L	GAG	TTA	8	33	B.1.1.7	0.000007
S	156	E156L	GAG	CTT	2	33	B.1.1.7	0.000002
S	156	E156L	GAg	CTg	1	33	B.1.1.7	0.000001
S	156	E156L	GAG	CTA	1	33	B.1.1.7	0.000001
S	156	E156D	gaG	gaT	33	33	B.1.2	0.000291
S	156	E156A	gAg	gCg	32	32	B.1.177.86	0.00587
S	156	E156del2	GAg	--g	20	31	AY.5.3	0.006748
S	156	E156del2	gAG	g--	11	31	AY.5.3	0.003711
S	156	E156del	GAG	---	31	31	B.1.1	0.000562
S	156	E156V	gAg	gTg	30	30	B.1.349	0.021444
S	156	E156del2	gAG	g--	20	29	AY.39.1	0.000792
S	156	E156del2	GAg	--g	9	29	AY.39.1	0.000357
S	156	E156F	GAG	TTT	29	29	B.1.1.7	0.000026
S	156	E156E	gaG	gaA	27	27	AY.43	0.00012
S	156	E156Q	Gag	Cag	27	27	B.1.1.33	0.011364
S	156	E156D	gaG	gaT	26	26	B.1.1.451	1
S	156	E156del1	gAG	g-N	21	24	AY.4	0.000033
S	156	E156del1	Gag	-ag	3	24	AY.4	0.000005
S	156	E156del1	gAG	g-N	13	24	AY.47	0.000404
S	156	E156del1	gaG	ga-	11	24	AY.47	0.000342
S	156	E156del	GAG	---	24	24	B.1.177	0.000316
S	156	E156del1	gAG	g-N	12	24	B.1.617.2	0.000045
S	156	E156del1	gaG	ga-	8	24	B.1.617.2	0.00003
S	156	E156del1	Gag	-ag	3	24	B.1.617.2	0.000011
S	156	E156del1	gAG	gG-	1	24	B.1.617.2	0.000004
S	156	E156E	gaG	gaA	23	23	B.1.617.2	0.000087
S	156	E156E	gaG	gaA	22	22	B.1.177.57	0.006182
S	156	E156I	GAG	ATT	11	21	All	0.000002
S	156	E156I	GAG	ATA	10	21	All	0.000002
S	156	E156del2	gAG	g--	17	21	AY.14	0.001496
S	156	E156del2	GAg	--g	4	21	AY.14	0.000352
S	156	E156G	gAG	gGA	19	21	AY.26	0.000538
S	156	E156G	gAg	gGg	2	21	AY.26	0.000057
S	156	E156del2	GAg	--g	13	20	AY.3.1	0.001108
S	156	E156del2	gAG	g--	7	20	AY.3.1	0.000597
S	156	E156del1	gAG	g-N	11	20	AY.43	0.000049
S	156	E156del1	gAG	gG-	5	20	AY.43	0.000022
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	20	AY.43	0.000004
S	156	E156del1	gAg	g-g	1	20	AY.43	0.000004
S	156	E156del1	GAg	-Gg	1	20	AY.43	0.000004
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	20	AY.43	0.000004
S	156	E156del2	GAg	--g	10	19	AY.55	0.009174
S	156	E156del2	gAG	g--	9	19	AY.55	0.008257
S	156	E156D	gaG	gaT	19	19	P.1	0.000299
S	156	E156D	gaG	gaT	18	18	B.1.177	0.000237
S	156	E156del	GAG	---	18	18	B.1.617.1	0.002321
S	156	E156del	GAG	---	18	18	P.1	0.000284
S	156	E156del1	gAG	g-N	12	17	AY.26	0.00034
S	156	E156del1	gaG	ga-	4	17	AY.26	0.000113
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	17	AY.26	0.000028
S	156	E156del2	GAg	--g	11	17	AY.54	0.001049
S	156	E156del2	gAG	g--	6	17	AY.54	0.000572
S	156	E156del1	gAG	g-N	11	16	AY.100	0.000506
S	156	E156del1	GAG	-NN	3	16	AY.100	0.000138
S	156	E156del1	gaG	ga-	2	16	AY.100	0.000092
S	156	E156del2	GAg	--g	9	16	AY.114	0.00208
S	156	E156del2	gAG	g--	7	16	AY.114	0.001618
S	156	E156del2	gAG	g--	8	16	AY.5.4	0.002214
S	156	E156del2	GAg	--g	8	16	AY.5.4	0.002214
S	156	E156del2	gAG	g--	13	15	AY.5	0.000268
S	156	E156del2	GAg	--g	2	15	AY.5	0.000041
S	156	E156D	gaG	gaT	14	15	B.1	0.000128
S	156	E156D	gaG	gaC	1	15	B.1	0.000009
S	156	E156G	gAg	gGg	15	15	B.1.1.7	0.000013
S	156	E156del1	gAG	g-N	9	14	AY.20	0.00035
S	156	E156del1	GAG	-NN	2	14	AY.20	0.000078
S	156	E156del1	gaG	ga-	2	14	AY.20	0.000078
S	156	E156del1	GaG	-aN	1	14	AY.20	0.000039
S	156	E156del2	GAg	--g	7	14	AY.35	0.001631
S	156	E156del2	gAG	g--	7	14	AY.35	0.001631
S	156	E156del2	gAG	g--	7	14	AY.98.1	0.000339
S	156	E156del2	GAg	--g	7	14	AY.98.1	0.000339
S	156	E156N	GaG	AaT	13	13	All	0.000002
S	156	E156del2	GAg	--g	7	13	AY.20	0.000272
S	156	E156del2	gAG	g--	6	13	AY.20	0.000233
S	156	E156E	gaG	gaA	13	13	AY.25	0.000078
S	156	E156del1	gAG	g-N	8	13	AY.3	0.00008
S	156	E156del1	gaG	ga-	3	13	AY.3	0.00003
S	156	E156del1	GaG	-aN	2	13	AY.3	0.00002
S	156	E156del1	gaG	ga-	7	13	AY.3.1	0.000597
S	156	E156del1	gAG	g-N	6	13	AY.3.1	0.000512
S	156	E156del2	gAG	g--	7	13	AY.61	0.000733
S	156	E156del2	GAg	--g	6	13	AY.61	0.000629
S	156	E156E	gaG	gaA	13	13	AY.9	0.000879
S	156	E156Q	Gag	Cag	11	12	B.1.1	0.0002
S	156	E156Q	GaG	CaA	1	12	B.1.1	0.000018
S	156	E156V	gAg	gTg	6	12	P.1	0.000095
S	156	E156V	gAG	gTT	6	12	P.1	0.000095
S	156	E156E	gaG	gaA	11	11	AY.26	0.000311
S	156	E156del2	gAG	g--	7	11	AY.34	0.000679
S	156	E156del2	GAg	--g	4	11	AY.34	0.000388
S	156	E156G	gAG	gGA	8	11	AY.44	0.000049
S	156	E156G	gAG	gGT	2	11	AY.44	0.000012
S	156	E156G	gAg	gGg	1	11	AY.44	0.000006
S	156	E156del2	gAG	g--	9	11	AY.75	0.000504
S	156	E156del2	GAg	--g	2	11	AY.75	0.000112
S	156	E156D	gaG	gaT	11	11	B.1.426	0.0111
S	156	E156del2	gAG	g--	9	10	AY.13	0.001449
S	156	E156del2	GAg	--g	1	10	AY.13	0.000161
S	156	E156del1	gAG	g-N	10	10	AY.39	0.000247
S	156	E156del1	gAG	g-N	5	10	AY.61	0.000524
S	156	E156del1	gaG	ga-	5	10	AY.61	0.000524
S	156	E156Q	Gag	Cag	10	10	B.1	0.000092
S	156	E156G	gAg	gGg	5	10	B.1	0.000046
S	156	E156G	gAG	gGT	3	10	B.1	0.000027
S	156	E156G	gAG	gGA	2	10	B.1	0.000018
S	156	E156I	GAG	ATT	5	10	B.1.1.7	0.000004
S	156	E156I	GAG	ATA	5	10	B.1.1.7	0.000004
S	156	E156G	gAG	gGA	7	9	AY.103	0.000043
S	156	E156G	gAg	gGg	2	9	AY.103	0.000012
S	156	E156del1	gAG	g-N	5	9	AY.119	0.000177
S	156	E156del1	gaG	ga-	3	9	AY.119	0.000106
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	9	AY.119	0.000035
S	156	E156G	gAG	gGA	9	9	AY.3	0.00009
S	156	E156del2	gAG	g--	9	9	AY.42	0.000362
S	156	E156E	gaG	gaA	9	9	AY.44	0.000055
S	156	E156del2	gAG	g--	5	9	AY.46.4	0.000823
S	156	E156del2	GAg	--g	4	9	AY.46.4	0.000658
S	156	E156X	Gag	Tag	5	9	B.1	0.000046
S	156	E156X	GaG	TaA	2	9	B.1	0.000018
S	156	E156X	GAG	TGA	2	9	B.1	0.000018
S	156	E156K	Gag	Aag	9	9	B.1.1.153	0.009858
S	156	E156Q	Gag	Cag	9	9	B.1.36	0.001313
S	156	E156del1	gAG	g-N	6	8	AY.35	0.001398
S	156	E156del1	gaG	ga-	2	8	AY.35	0.000466
S	156	E156del1	gAG	g-N	6	8	AY.5.3	0.002024
S	156	E156del1	gaG	ga-	2	8	AY.5.3	0.000675
S	156	E156G	gAG	gGT	7	8	AY.9.2	0.000257
S	156	E156G	gAG	gGA	1	8	AY.9.2	0.000037
S	156	E156W	GAg	TGg	7	7	All	0.000001
S	156	E156del2	gAG	g--	6	7	AY.102	0.000159
S	156	E156del2	GAg	--g	1	7	AY.102	0.000027
S	156	E156E	gaG	gaA	7	7	AY.110	0.000789
S	156	E156G	gAG	gGA	7	7	AY.118	0.000439
S	156	E156del1	gAG	g-N	7	7	AY.12	0.002212
S	156	E156del2	gAG	g--	5	7	AY.12	0.00158
S	156	E156del2	GAg	--g	2	7	AY.12	0.000632
S	156	E156del2	gAG	g--	4	7	AY.120	0.000149
S	156	E156del2	GAg	--g	3	7	AY.120	0.000112
S	156	E156del2	gAG	g--	5	7	AY.33	0.000334
S	156	E156del2	GAg	--g	2	7	AY.33	0.000134
S	156	E156del1	gAG	g-N	5	7	AY.55	0.004587
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	7	AY.55	0.000917
S	156	E156del1	gAG	gG-	1	7	AY.55	0.000917
S	156	E156Y	GaG	TaT	7	7	P.1	0.00011
S	156	E156F	GAG	TTT	7	7	P.1	0.00011
S	156	E156I	GAG	ATT	5	7	P.1	0.000079
S	156	E156X	Gag	Tag	5	7	P.1	0.000079
S	156	E156L	GAg	TTg	5	7	P.1	0.000079
S	156	E156I	GAG	ATA	2	7	P.1	0.000032
S	156	E156L	GAG	TTA	2	7	P.1	0.000032
S	156	E156X	GaG	TaA	2	7	P.1	0.000032
S	156	E156D	gaG	gaT	7	7	P.1.14	0.000335
S	156	E156del2	gAG	g--	6	6	AY.1	0.002374
S	156	E156G	gAG	gGA	6	6	AY.101	0.002943
S	156	E156del2	gAG	g--	6	6	AY.101	0.002943
S	156	E156del2	gAG	g--	5	6	AY.117	0.000423
S	156	E156del2	GAg	--g	1	6	AY.117	0.000085
S	156	E156del1	gAG	g-N	5	6	AY.13	0.000805
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	6	AY.13	0.000161
S	156	E156del1	gAG	g-N	6	6	AY.14	0.000528
S	156	E156del2	gAG	g--	5	6	AY.36	0.000741
S	156	E156del2	GAg	--g	1	6	AY.36	0.000148
S	156	E156G	gAG	gGT	5	6	AY.38	0.002496
S	156	E156G	gAG	gGA	1	6	AY.38	0.000499
S	156	E156E	gaG	gaA	6	6	AY.42	0.000241
S	156	E156del2	gAG	g--	6	6	AY.46	0.000624
S	156	E156E	gaG	gaA	6	6	AY.61	0.000629
S	156	E156del2	gAG	g--	5	6	AY.92	0.001436
S	156	E156del2	GAg	--g	1	6	AY.92	0.000287
S	156	E156del2	gAG	g--	6	6	AY.99.2	0.000553
S	156	E156X	Gag	Tag	2	6	B.1.1	0.000036
S	156	E156X	GAG	TGA	2	6	B.1.1	0.000036
S	156	E156X	GaG	TaA	2	6	B.1.1	0.000036
S	156	E156del	GAG	---	6	6	B.1.1.317	0.00247
S	156	E156K	GaG	AaA	5	6	B.1.1.7	0.000004
S	156	E156K	Gag	Aag	1	6	B.1.1.7	0.000001
S	156	E156G	gAg	gGg	6	6	B.1.2	0.000053
S	156	E156E	gaG	gaA	6	6	B.1.2	0.000053
S	156	E156del	GAG	---	6	6	B.1.214	0.021978
S	156	E156D	gaG	gaT	6	6	B.1.258	0.000399
S	156	E156D	gaG	gaT	6	6	B.1.281	0.130435
S	156	E156Q	Gag	Cag	6	6	B.1.609	0.002876
S	156	E156del	GAG	---	5	5	A	0.001935
S	156	E156M	GAg	ATg	5	5	All	0.000001
S	156	E156R	GAG	AGA	2	5	All	0
S	156	E156R	GAg	AGg	2	5	All	0
S	156	E156R	GAg	CGg	1	5	All	0
S	156	E156del2	gAG	g--	5	5	AY.111	0.000916
S	156	E156del1	gAG	g-N	3	5	AY.114	0.000693
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	5	AY.114	0.000231
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	5	AY.114	0.000231
S	156	E156del2	gAG	g--	3	5	AY.116.1	0.000934
S	156	E156del2	GAg	--g	2	5	AY.116.1	0.000623
S	156	E156del1	gAG	g-N	3	5	AY.34	0.000291
S	156	E156del1	gaG	ga-	2	5	AY.34	0.000194
S	156	E156del2	gAG	g--	5	5	AY.34.1	0.00255
S	156	E156del1	gAG	g-N	5	5	AY.39.1	0.000198
S	156	E156E	gaG	gaA	5	5	AY.75	0.00028
S	156	E156V	gAg	gTg	3	5	B.1	0.000027
S	156	E156V	gAG	gTT	2	5	B.1	0.000018
S	156	E156E	gaG	gaA	5	5	B.1.1.429	0.023041
S	156	E156N	GaG	AaT	5	5	B.1.1.7	0.000004
S	156	E156del	GAG	---	5	5	B.1.131	0.04386
S	156	E156Q	Gag	Cag	5	5	B.1.177	0.000066
S	156	E156V	gAg	gTg	5	5	B.1.2	0.000044
S	156	E156Q	Gag	Cag	5	5	B.1.258	0.000333
S	156	E156D	gaG	gaT	5	5	B.1.36	0.00073
S	156	E156Q	Gag	Cag	5	5	B.1.36.29	0.002587
S	156	E156del	GAG	---	5	5	B.1.623	0.002682
S	156	E156N	GaG	AaT	5	5	P.1	0.000079
S	156	E156K	Gag	Aag	3	5	P.1	0.000047
S	156	E156K	GaG	AaA	2	5	P.1	0.000032
S	156	E156del	GAG	---	5	5	P.1.1	0.001588
S	156	E156del	GAG	---	5	5	P.1.15	0.001162
S	156	E156del2	gAG	g--	4	4	AY.106	0.00134
S	156	E156del2	GAg	--g	3	4	AY.107	0.001398
S	156	E156del2	gAG	g--	1	4	AY.107	0.000466
S	156	E156del1	gAG	g-N	3	4	AY.110	0.000338
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	4	AY.110	0.000113
S	156	E156G	gAG	gGA	4	4	AY.20	0.000155
S	156	E156del2	gAG	g--	3	4	AY.23	0.000209
S	156	E156del2	GAg	--g	1	4	AY.23	0.00007
S	156	E156G	gAG	gGA	4	4	AY.29.1	0.000882
S	156	E156G	gAg	gGg	4	4	AY.40	0.003857
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	AY.45	0.000487
S	156	E156del2	gAG	g--	2	4	AY.48	0.00093
S	156	E156del2	GAg	--g	2	4	AY.48	0.00093
S	156	E156G	gAG	gGA	4	4	AY.75	0.000224
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	4	AY.75	0.000112
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	4	AY.75	0.000056
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	4	AY.75	0.000056
S	156	E156del2	GAg	--g	4	4	AY.75.1	0.000721
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	AY.9.2	0.000147
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	B.1	0.000037
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	B.1.1	0.000073
S	156	E156G	gAG	gGA	2	4	B.1.1	0.000036
S	156	E156G	gAg	gGg	2	4	B.1.1	0.000036
S	156	E156Q	Gag	Cag	4	4	B.1.1.306	0.001754
S	156	E156D	gaG	gaT	4	4	B.1.1.416	0.00362
S	156	E156del	GAG	---	4	4	B.1.1.526	0.014184
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	B.1.177	0.000053
S	156	E156D	gaG	gaT	4	4	B.1.177.60	0.000874
S	156	E156A	gAg	gCg	4	4	B.1.2	0.000035
S	156	E156D	gaG	gaT	4	4	B.1.221	0.000284
S	156	E156Q	Gag	Cag	4	4	B.1.243	0.000278
S	156	E156Q	Gag	Cag	4	4	B.1.258.17	0.000416
S	156	E156D	gaG	gaT	4	4	B.1.36.29	0.002069
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	B.1.427	0.000202
S	156	E156del	GAG	---	4	4	B.1.474	0.007605
S	156	E156Q	Gag	Cag	4	4	B.1.526	0.000094
S	156	E156Q	Gag	Cag	4	4	B.1.575.1	0.009756
S	156	E156del	GAG	---	4	4	B.1.604	0.068966
S	156	E156E	gaG	gaA	4	4	B.1.637	0.000292
S	156	E156Q	Gag	Cag	4	4	P.1	0.000063
S	156	E156del	GAG	---	3	3	A.2.5	0.001497
S	156	E156S	GAG	AGT	3	3	All	0.000001
S	156	E156H	GaG	CaT	3	3	All	0.000001
S	156	E156E	gaG	gaA	3	3	AY.102	0.00008
S	156	E156E	gaG	gaA	3	3	AY.103	0.000019
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	3	AY.116.1	0.000623
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	3	AY.116.1	0.000311
S	156	E156G	gAG	gGA	3	3	AY.119	0.000106
S	156	E156del1	gAG	g-N	3	3	AY.121	0.000406
S	156	E156E	gaG	gaA	3	3	AY.3	0.00003
S	156	E156G	gAg	gGg	2	3	AY.33	0.000134
S	156	E156G	gAG	gGA	1	3	AY.33	0.000067
S	156	E156del2	gAG	g--	2	3	AY.37	0.000632
S	156	E156del2	GAg	--g	1	3	AY.37	0.000316
S	156	E156del2	gAG	g--	3	3	AY.38	0.001498
S	156	E156G	gAg	gGg	2	3	AY.42	0.00008
S	156	E156G	gAG	gGT	1	3	AY.42	0.00004
S	156	E156G	gAg	gGg	2	3	AY.46	0.000208
S	156	E156G	gAG	gGA	1	3	AY.46	0.000104
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	3	AY.5.4	0.000553
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	3	AY.5.4	0.000277
S	156	E156G	gAG	gGA	3	3	AY.54	0.000286
S	156	E156del1	gAG	g-N	3	3	AY.54	0.000286
S	156	E156G	gAG	gGA	3	3	AY.69	0.00056
S	156	E156del2	gAG	g--	3	3	AY.70	0.000626
S	156	E156E	gaG	gaA	3	3	AY.71	0.001425
S	156	E156del2	gAG	g--	3	3	AY.9.2	0.00011
S	156	E156V	gAg	gTg	1	3	B.1.1	0.000018
S	156	E156L	GAG	CTA	1	3	B.1.1	0.000018
S	156	E156V	gAG	gTA	1	3	B.1.1	0.000018
S	156	E156L	GAg	CTg	1	3	B.1.1	0.000018
S	156	E156L	GAG	CTT	1	3	B.1.1	0.000018
S	156	E156V	gAG	gTT	1	3	B.1.1	0.000018
S	156	E156Q	Gag	Cag	3	3	B.1.1.519	0.000119
S	156	E156X	Gag	Tag	1	3	B.1.177	0.000013
S	156	E156X	GaG	TaA	1	3	B.1.177	0.000013
S	156	E156X	GAG	TGA	1	3	B.1.177	0.000013
S	156	E156G	gAg	gGg	3	3	B.1.241	0.002435
S	156	E156del	GAG	---	3	3	B.1.351	0.000089
S	156	E156del	GAG	---	3	3	B.1.36.8	0.003
S	156	E156E	gaG	gaA	3	3	B.1.409	0.002344
S	156	E156D	gaG	gaT	3	3	B.1.470	0.004213
S	156	E156del	GAG	---	3	3	B.1.576	0.00272
S	156	E156del	GAG	---	3	3	B.1.596	0.000261
S	156	E156E	gaG	gaA	3	3	B.1.617.1	0.000387
S	156	E156R	GAG	AGA	2	3	B.1.617.2	0.000008
S	156	E156R	GAg	AGg	1	3	B.1.617.2	0.000004
S	156	E156del	GAG	---	3	3	B.1.628	0.001057
S	156	E156Q	Gag	Cag	3	3	B.1.637	0.000219
S	156	E156X	Gag	Tag	1	3	B.1.637	0.000073
S	156	E156X	GAG	TGA	1	3	B.1.637	0.000073
S	156	E156X	GaG	TaA	1	3	B.1.637	0.000073
S	156	E156M	GAg	ATg	3	3	P.1	0.000047
S	156	E156I	GAG	ATA	2	2		0.111111
S	156	E156del	GAG	---	2	2		0.111111
S	156	E156M	GAg	ATg	2	2		0.111111
S	156	E156del	GAG	---	2	2	AU.3	0.004219
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	2	AY.1	0.000396
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.1	0.000396
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	2	AY.101	0.00049
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.101	0.00049
S	156	E156G	gAg	gGg	1	2	AY.102	0.000027
S	156	E156G	gAG	gGA	1	2	AY.102	0.000027
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.108	0.001103
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	2	AY.108	0.001103
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.109	0.001479
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	AY.110	0.000225
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.113	0.000142
S	156	E156del1	GAG	-NN	1	2	AY.113	0.000142
S	156	E156G	gAG	gGA	2	2	AY.117	0.000169
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	2	AY.117	0.000169
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	AY.118	0.000125
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	AY.120	0.000074
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	2	AY.120.2.1	0.000498
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.120.2.1	0.000498
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.121	0.000271
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.16.1	0.00094
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	AY.20	0.000078
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.23	0.00007
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	2	AY.23	0.00007
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.24	0.000862
S	156	E156G	gAG	gGA	2	2	AY.29	0.000032
S	156	E156del2	GAg	--g	1	2	AY.32	0.000532
S	156	E156del2	gAG	g--	1	2	AY.32	0.000532
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.33	0.000067
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	2	AY.33	0.000067
S	156	E156G	gAG	gGA	2	2	AY.39	0.000049
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.4.5	0.000215
S	156	E156X	Gag	Tag	1	2	AY.42	0.00004
S	156	E156X	GaG	TaA	1	2	AY.42	0.00004
S	156	E156del2	GAg	--g	1	2	AY.46.1	0.001027
S	156	E156del2	gAG	g--	1	2	AY.46.1	0.001027
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	2	AY.46.4	0.000329
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	AY.5	0.000041
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	2	AY.5	0.000021
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	2	AY.5	0.000021
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	2	AY.51	0.001818
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	AY.54	0.000191
S	156	E156G	gAg	gGg	2	2	AY.59	0.001059
S	156	E156G	gAG	gGA	2	2	AY.61	0.00021
S	156	E156G	gAg	gGg	2	2	AY.62	0.000871
S	156	E156del2	GAg	--g	1	2	AY.62	0.000436
S	156	E156del2	gAG	g--	1	2	AY.62	0.000436
S	156	E156del2	gAG	g--	1	2	AY.65	0.000533
S	156	E156del2	GAg	--g	1	2	AY.65	0.000533
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.67	0.000929
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	2	AY.67	0.000929
S	156	E156G	gAG	gGA	2	2	AY.70	0.000417
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.74	0.000231
S	156	E156G	gAG	gGA	2	2	AY.82	0.002714
S	156	E156del2	gAG	g--	1	2	AY.84	0.000437
S	156	E156del2	GAg	--g	1	2	AY.84	0.000437
S	156	E156del2	gAG	g--	2	2	AY.88	0.001768
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	2	AY.92	0.000575
S	156	E156del2	GAg	--g	2	2	AY.98	0.000158
S	156	E156del1	gAG	g-N	2	2	AY.98.1	0.000097
S	156	E156W	GAg	TGg	2	2	B.1	0.000018
S	156	E156L	GAg	TTg	2	2	B.1	0.000018
S	156	E156Y	GaG	TaT	2	2	B.1	0.000018
S	156	E156A	gAg	gCg	2	2	B.1	0.000018
S	156	E156F	GAG	TTT	2	2	B.1	0.000018
S	156	E156del2	GAG	--T	1	2	B.1	0.000009
S	156	E156del2	gAG	g--	1	2	B.1	0.000009
S	156	E156W	GAg	TGg	2	2	B.1.1	0.000036
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	B.1.1	0.000036
S	156	E156G	gAg	gGg	1	2	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156G	gAG	gGT	1	2	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.1.315	0.016949
S	156	E156G	gAg	gGg	2	2	B.1.1.348	0.001592
S	156	E156Q	Gag	Cag	2	2	B.1.1.50	0.001358
S	156	E156Q	Gag	Cag	2	2	B.1.1.63	0.000772
S	156	E156H	GaG	CaT	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	156	E156A	gAg	gCg	2	2	B.1.1.7	0.000002
S	156	E156K	Gag	Aag	2	2	B.1.1.70	0.000682
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.160	0.000062
S	156	E156G	gAg	gGg	1	2	B.1.177	0.000013
S	156	E156G	gAG	gGA	1	2	B.1.177	0.000013
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	B.1.177.44	0.001038
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	B.1.177.56	0.001335
S	156	E156K	Gag	Aag	2	2	B.1.2	0.000018
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.2	0.000018
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.208	0.08
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.349	0.00143
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.530	0.014286
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.564	0.000852
S	156	E156I	GAG	ATA	1	2	B.1.576	0.000907
S	156	E156I	GAG	ATT	1	2	B.1.576	0.000907
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.600	0.011696
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.609	0.000959
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	B.1.617.2	0.000008
S	156	E156K	Gag	Aag	1	2	B.1.617.2	0.000004
S	156	E156K	GaG	AaA	1	2	B.1.617.2	0.000004
S	156	E156del	GAG	---	2	2	B.1.621	0.000177
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	B.1.621	0.000177
S	156	E156G	gAg	gGg	1	2	B.1.637	0.000073
S	156	E156G	gAG	gGA	1	2	B.1.637	0.000073
S	156	E156Q	Gag	Cag	2	2	C.35	0.001548
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	D.2	0.00015
S	156	E156E	gaG	gaA	2	2	P.1	0.000032
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	P.1.10	0.000539
S	156	E156del	GAG	---	2	2	P.1.17	0.000324
S	156	E156del	GAG	---	2	2	P.1.7	0.000639
S	156	E156D	gaG	gaT	2	2	R.1	0.00018
S	156	E156G	gAG	gGT	1	1	A	0.000387
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	A.2.5	0.000499
S	156	E156del	GAG	---	1	1	A.2.5.2	0.001572
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	AD.2	0.000219
S	156	E156C	GAG	TGT	1	1	All	0
S	156	E156del	GAG	---	1	1	AT.1	0.005128
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.10	0.00053
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.10	0.00053
S	156	E156G	gAG	gGA	1	1	AY.100	0.000046
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	1	AY.102	0.000027
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.105	0.000643
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.108	0.001103
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	AY.108	0.001103
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.11	0.001339
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.110	0.000113
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.113	0.000142
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.115	0.005208
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.119	0.000035
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.120	0.000037
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.120.1	0.000321
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	AY.14	0.000088
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.16	0.00038
S	156	E156S	GAG	AGT	1	1	AY.16	0.00038
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.19	0.00114
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.19	0.00114
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.2	0.000356
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.23	0.00007
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	AY.25	0.000006
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.29.1	0.000221
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.34.1	0.00051
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.36	0.000148
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	1	AY.36	0.000148
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.37	0.000316
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	AY.38	0.000499
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.39.1	0.00004
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	AY.4	0.000002
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.4.1	0.000737
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.4.2	0.000022
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.4.2	0.000022
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	AY.4.3	0.000842
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.4.4	0.000409
S	156	E156Y	GaG	TaT	1	1	AY.42	0.00004
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.42	0.00004
S	156	E156W	GAg	TGg	1	1	AY.42	0.00004
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	AY.42	0.00004
S	156	E156C	GAG	TGT	1	1	AY.42	0.00004
S	156	E156D	gaG	gaC	1	1	AY.43	0.000004
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.46	0.000104
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.46.2	0.000635
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.46.6	0.000072
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.46.6	0.000072
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.47	0.000031
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.5.2	0.002463
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	AY.5.4	0.000277
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.51	0.000909
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.53	0.000288
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.53	0.000288
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	AY.55	0.000917
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.59	0.00053
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.6	0.000041
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.63	0.000387
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.64	0.000595
S	156	E156G	gAG	gGA	1	1	AY.67	0.000464
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.68	0.000274
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.7	0.000196
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	AY.7.1	0.000113
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	AY.73	0.000665
S	156	E156del2	GAg	--g	1	1	AY.8	0.000606
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.8	0.000606
S	156	E156A	gAg	gCg	1	1	AY.85	0.000427
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.88	0.000884
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.9.1	0.000084
S	156	E156G	gAG	gGA	1	1	AY.9.1	0.000084
S	156	E156del1	gAG	g-N	1	1	AY.9.2	0.000037
S	156	E156del1	gAG	gG-	1	1	AY.94	0.000443
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.94	0.000443
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.96	0.002075
S	156	E156G	gAG	gGT	1	1	AY.97	0.001701
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.98	0.000079
S	156	E156G	gAG	gGA	1	1	AY.98	0.000079
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	AY.98.1	0.000048
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	AY.99.1	0.001553
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	AY.99.2	0.000092
S	156	E156del	GAG	---	1	1	AZ.2	0.000821
S	156	E156del	GAG	---	1	1	AZ.5	0.003509
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B	0.000128
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1	0.000009
S	156	E156R	GAg	CGg	1	1	B.1	0.000009
S	156	E156H	GaG	CaT	1	1	B.1.1	0.000018
S	156	E156A	gAg	gCg	1	1	B.1.1	0.000018
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1.1	0.000018
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.1	0.000327
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.10	0.001115
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.141	0.002012
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.205	0.003717
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.214	0.000055
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.225	0.007194
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.241	0.00207
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.25	0.000569
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156S	GAG	AGT	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156R	GAg	AGg	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156N	GaG	AaT	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.269	0.001353
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.1.28	0.000311
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.284	0.000107
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.294	0.001266
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	B.1.1.306	0.000438
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.311	0.000358
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.315	0.008475
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.318	0.000302
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.1.326	0.001761
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.326	0.001761
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.348	0.000796
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.354	0.004386
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.1.37	0.000193
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.1.379	0.03125
S	156	E156A	gAg	gCg	1	1	B.1.1.385	0.004464
S	156	E156D	gaG	gaC	1	1	B.1.1.432	0.001266
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.434	0.000349
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.448	0.002033
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	1	B.1.1.523	0.001563
S	156	E156A	gAg	gCg	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.1.70	0.000341
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.120	0.007692
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.140	0.018868
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.142	0.002899
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.143	0.021277
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.145	0.052632
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.157	0.002985
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.160.23	0.004831
S	156	E156W	GAg	TGg	1	1	B.1.177	0.000013
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.177	0.000013
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	B.1.177	0.000013
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.16	0.000664
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.17	0.000821
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.4	0.000211
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1.177.45	0.000381
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.54	0.000606
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.6	0.000977
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.62	0.001192
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.7	0.000165
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.73	0.000566
S	156	E156D	gaG	gaC	1	1	B.1.177.86	0.000183
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.177.87	0.000728
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	1	B.1.2	0.000009
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1.206	0.000816
S	156	E156X	Gag	Tag	1	1	B.1.206	0.000816
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.206	0.000816
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.221	0.000071
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1.223	0.002778
S	156	E156K	Gag	Aag	1	1	B.1.232	0.000537
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.234	0.000132
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.240	0.000216
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.241	0.000812
S	156	E156A	gAg	gCg	1	1	B.1.243	0.00007
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	B.1.243	0.00007
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.258	0.000067
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.258.2	0.004505
S	156	E156A	gAg	gCg	1	1	B.1.291	0.019231
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.351	0.00003
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.356	0.001727
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.36	0.000146
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.36	0.000146
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.362	0.001541
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.366	0.004878
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.369	0.000285
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.389	0.001002
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.391	0.001127
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.397	0.004854
S	156	E156X	Gag	Tag	1	1	B.1.401	0.008197
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.415	0.014286
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.427	0.00005
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	B.1.429	0.000024
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.429	0.000024
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.429	0.000024
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.429	0.000024
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.432	0.011236
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.456	0.003268
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.459	0.004082
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.466.2	0.000391
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.485	0.014925
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.525	0.000113
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.525	0.000113
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.526	0.000024
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.526	0.000024
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.551	0.00129
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.561	0.000397
S	156	E156L	GAg	TTg	1	1	B.1.574	0.002151
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.575	0.000303
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.575	0.000303
S	156	E156L	GAG	TTA	1	1	B.1.576	0.000907
S	156	E156F	GAG	TTT	1	1	B.1.576	0.000907
S	156	E156K	GaG	AaA	1	1	B.1.576	0.000907
S	156	E156X	GaG	TaA	1	1	B.1.576	0.000907
S	156	E156N	GaG	AaT	1	1	B.1.576	0.000907
S	156	E156Y	GaG	TaT	1	1	B.1.576	0.000907
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.580	0.004065
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.580	0.004065
S	156	E156V	gAg	gTg	1	1	B.1.590	0.004545
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.596	0.000087
S	156	E156X	Gag	Tag	1	1	B.1.602	0.006536
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	B.1.617.1	0.000129
S	156	E156S	GAG	AGT	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	156	E156N	GaG	AaT	1	1	B.1.617.2	0.000004
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.620	0.000946
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	B.1.621	0.000089
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.621.1	0.000506
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	B.1.623	0.000536
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.625	0.002353
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.629	0.013333
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.630	0.005236
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.1.631	0.003367
S	156	E156W	GAg	TGg	1	1	B.1.637	0.000073
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	B.1.93	0.000934
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.13	0.045455
S	156	E156del	GAG	---	1	1	B.40	0.000364
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	C.1.2	0.004255
S	156	E156D	gaG	gaC	1	1	C.36.3	0.000567
S	156	E156del	GAG	---	1	1	C.36.3	0.000567
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	C.37	0.000116
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	C.37	0.000116
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	C.37	0.000116
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	C.37.1	0.002618
S	156	E156del	GAG	---	1	1	C.37.1	0.002618
S	156	E156X	Gag	Tag	1	1	D.2	0.000075
S	156	E156del1	gaG	ga-	1	1	P.1	0.000016
S	156	E156del2	gAG	g--	1	1	P.1	0.000016
S	156	E156del	GAG	---	1	1	P.1.10	0.000269
S	156	E156Q	Gag	Cag	1	1	P.1.14	0.000048
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	P.1.15	0.000232
S	156	E156del1	Gag	-ag	1	1	P.1.15	0.000232
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	P.1.17	0.000162
S	156	E156del	GAG	---	1	1	P.1.17.1	0.000875
S	156	E156del	GAG	---	1	1	P.1.4	0.000977
S	156	E156G	gAg	gGg	1	1	P.1.8	0.004785
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	P.2	0.000187
S	156	E156del	GAG	---	1	1	P.5	0.013699
S	156	E156del	GAG	---	1	1	P.7	0.004367
S	156	E156D	gaG	gaT	1	1	Q.3	0.000145
S	156	E156del	GAG	---	1	1	Q.8	0.000165
S	156	E156E	gaG	gaA	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.